Characterization of a disordered protein during micellation: Interactions of α-Synuclein with Sodium Dodecyl Sulfate

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 15, 2012, Pages 4417-4424

  Tian, Jianhui ^a   Sethi, Anurag ^a   Anunciado, Divina ^a   Vu, Dung M ^a   Gnanakaran, S ^a  

^a LOS ALAMOS NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MOLECULAR DYNAMICS; PROTEINS; SELF ASSEMBLY; SODIUM; SODIUM SULFATE;

DISORDERED PROTEINS; HYDROPHOBIC FORCES; LIPID MEMBRANES; MICELLATION; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; N-TERMINAL HELIX; PROTEIN CHAINS; SODIUM DODECYL SULFATE; SYNUCLEIN; TIME-SCALES;

MICELLES;

EID: 84859954989     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp210339f     Document Type: Article

References (65)

1. George, J. M.; Jin, H.; Woods, W. S.; Clayton, D. F. Neuron 1995, 15, 361
2. Jensen, P. H.; Nielsen, M. S.; Jakes, R.; Dotti, G.; Goedert, M. J. Biol. Chem. 1998, 273, 26292
3. Iwai, A.; Masliah, E.; Yoshimoto, M.; Ge, N. F.; Flanagan, L.; Desilva, H. A. R.; Kittel, A.; Saitoh, T. Neuron 1995, 14, 467
4. Sidhu, A.; Wersinger, C.; Vernier, P. FEBS Lett. 2004, 565, 1
5. Sudhof, T. C.; Chandra, S.; Fornai, F.; Kwon, H. B.; Yazdani, U.; Atasoy, D.; Liu, X. R.; Hammer, R. E.; Battaglia, G.; German, D. C.; Castillo, P. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 14966
6. Rosenthal, A.; Abeliovich, A.; Schmitz, Y.; Farinas, I.; Choi-Lundberg, D.; Ho, W. H.; Castillo, P. E.; Shinsky, N.; Verdugo, J. M. G.; Armanini, M.; Ryan, A.; Hynes, M.; Phillips, H.; Sulzer, D. Neuron 2000, 25, 239
7. Murphy, D. D.; Rueter, S. M.; Trojanowski, J. Q.; Lee, V. M. Y. J. Neurosci. 2000, 20, 3214
8. Cooper, A. A.; Gitler, A. D.; Cashikar, A.; Haynes, C. M.; Hill, K. J.; Bhullar, B.; Liu, K. N.; Xu, K. X.; Strathearn, K. E.; Liu, F.; Cao, S. S.; Caldwell, K. A.; Caldwell, G. A.; Marsischky, G.; Kolodner, R. D.; LaBaer, J.; Rochet, J. C.; Bonini, N. M.; Lindquist, S. Science 2006, 313, 324
9. Baba, M.; Nakajo, S.; Tu, P. H.; Tomita, T.; Nakaya, K.; Lee, V. M. Y.; Trojanowski, J. Q.; Iwatsubo, T. Am. J. Pathol. 1998, 152, 879
10. Spillantini, M. G.; Schmidt, M. L.; Lee, V. M. Y.; Trojanowski, J. Q.; Jakes, R.; Goedert, M. Nature 1997, 388, 839
11. Bussell, R., Jr.; Eliezer, D. J. Mol. Biol. 2003, 329, 763
12. Bartels, T.; Ahlstrom, L. S.; Leftin, A.; Kamp, F.; Haass, C.; Brown, M. F.; Beyer, K. Biophys. J. 2010, 99, 2116
13. Vamvaca, K.; Volles, M. J.; Lansbury, P. T., Jr. J. Mol. Biol. 2009, 389, 413
14. Meuvis, J.; Gerard, M.; Desender, L.; Baekelandt, V.; Engelborghs, Y. Biochemistry 2010, 49, 9345
15. Wu, K. P.; Weinstock, D. S.; Narayanan, C.; Levy, R. M.; Baum, J. J. Mol. Biol. 2009, 391, 784
16. Hoyer, W.; Antony, T.; Cherny, D.; Heim, G.; Jovin, T. M.; Subramaniam, V. J. Mol. Biol. 2002, 322, 383
17. Hong, D. P.; Xiong, W.; Chang, J. Y.; Jiang, C. FEBS Lett. 2011, 585, 561
18. Fernandez, C. O.; Hoyer, W.; Zweckstetter, M.; Jares-Erijman, E. A.; Subramaniam, V.; Griesinger, C.; Jovin, T. M. EMBO J. 2004, 23, 2039
19. Wu, K.-P.; Baum, J. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 5546
20. Wu, K. P.; Kim, S.; Fela, D. A.; Baum, J. J. Mol. Biol. 2008, 378, 1104
21. Dedmon, M. M.; Lindorff-Larsen, K.; Christodoulou, J.; Vendruscolo, M.; Dobson, C. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 127, 476
22. Bartels, T.; Choi, J. G.; Selkoe, D. J. Nature 2011, 477, 107
23. Jao, C. C.; Hegde, B. G.; Chen, J.; Haworth, I. S.; Langen, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 19666
24. Jao, C. C.; Der-Sarkissian, A.; Chen, J.; Langen, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 8331
25. Drescher, M.; Rooijen, B. D. v.; Veldhuis, G.; Subramaniam, V.; Huber, M. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 4080
26. Middleton, E. R.; Rhoades, E. Biophys. J. 2010, 99, 2279
27. Zhu, M.; Li, J.; Fink, A. L. J. Biol. Chem. 2003, 278, 40186
28. Ferreon, A. C.; Gambin, Y.; Lemke, E. A.; Deniz, A. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 5645
29. Ferreon, A. C. M.; Deniz, A. A. Biochemistry 2007, 46, 4499
30. Ulmer, T. S.; Bax, A.; Cole, N. B.; Nussbaum, R. L. J. Biol. Chem. 2005, 280, 9595
31. Ferreon, A. C.; Moran, C. R.; Ferreon, J. C.; Deniz, A. A. Angew. Chem. 2010, 49, 3469
32. Giehm, L.; Oliveira, C. L.; Christiansen, G.; Pedersen, J. S.; Otzen, D. E. J. Mol. Biol. 2010, 401, 115
33. Bisaglia, M.; Tessari, I.; Pinato, L.; Bellanda, M.; Giraudo, S.; Fasano, M.; Bergantino, E.; Bubacco, L.; Mammi, S. Biochemistry 2004, 44, 329
34. Gambin, Y.; VanDelinder, V.; Ferreon, A. C. M.; Lemke, E. A.; Groisman, A.; Deniz, A. A. Nat. Meth. 2011, 8, 239
35. Bortolus, M.; Tombolato, F.; Tessari, I.; Bisaglia, M.; Mammi, S.; Bubacco, L.; Ferrarini, A.; Maniero, A. L. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 6690
36. Li, C.; Lutz, E. A.; Slade, K. M.; Ruf, R. A. S.; Wang, G.-F.; Pielak, G. J. Biochemistry 2009, 48, 8578
37. Ahmad, M. F.; Ramakrishna, T.; Raman, B.; Rao Ch, M. J. Mol. Biol. 2006, 364, 1061
38. Mihajlovic, M.; Lazaridis, T. Proteins: Struct. Funct. Bioinf. 2008, 70, 761
39. Perlmutter, J. D.; Braun, A. R.; Sachs, J. N. J. Biol. Chem. 2009, 284, 7177
40. Shapiro, A. L.; Vinuela, E.; Maizel, J. V. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1967, 28, 815
41. Bhuyan, A. K. Biopolymers 2010, 93, 186
42. Shaw, B. F.; Schneider, G. F.; Arthanari, H.; Narovlyansky, M.; Moustakas, D.; Durazo, A.; Wagner, G.; Whitesides, G. M. J. Am. Chem. Soc. 2011, not supplied.
43. Zhang, X. L.; Penfold, J.; Thomas, R. K.; Tucker, I. M.; Petkov, J. T.; Bent, J.; Cox, A.; Grillo, I. Langmuir 2011, 27, 10514
44. Shiraham., K; Tsujii, K.; Takagi, T. J. Biochem. 1974, 75, 309
45. Georgieva, E. R.; Ramlall, T. F.; Borbat, P. P.; Freed, J. H.; Eliezer, D. J. Biol. Chem. 2010, 285, 28261
46. Sammalkorpi, M.; Karttunen, M.; Haataja, M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 11722
47. Sammalkorpi, M.; Karttunen, M.; Haataja, M. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 5863
48. Best, R. B.; Hummer, G. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 9004
49. Nguyen, P. H.; Li, M. S.; Derreumaux, P. Phys. Chem. Chem. Phys.: PCCP 2011, 13, 9778
50. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435
51. Sgourakis, N. G.; Yan, Y.; McCallum, S. A.; Wang, C.; Garcia, A. E. J. Mol. Biol. 2007, 368, 1448
52. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695
53. Nose, S. Mol. Phys. 1984, 52, 255
54. Parrinello, M.; Rahman, A. J. Appl. Phys. 1981, 52, 7182
55. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577
56. Miyamoto, S.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952
57. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463
58. Wang, G.; Dale Treleaven, W.; Cushley, R. J. Biochim. Biophys. Acta (BBA) - Lipids Lipid Metabolism 1996, 1301, 174
59. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33
60. Tian, J.; Garcia, A. E. Biophys. J. 2009, 96, L57
61. Tian, J.; Garcia, A. E. J. Chem. Phys. 2011, 134
62. Drescher, M.; Godschalk, F.; Veldhuis, G.; van Rooijen, B. D.; Subramaniam, V.; Huber, M. ChemBioChem 2008, 9, 2411
63. Vilar, M.; Chou, H.-T.; Luehrs, T.; Maji, S. K.; Riek-Loher, D.; Verel, R.; Manning, G.; Stahlberg, H.; Riek, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 8637
64. Bodner, C. R.; Dobson, C. M.; Bax, A. J. Mol. Biol. 2009, 390, 775
65. Bodner, C. R.; Maltsev, A. S.; Dobson, C. M.; Bax, A. Biochemistry 2010, 49, 862