Simulated IR, isotropic and anisotropic Raman, and vibrational circular dichroism amide i band profiles of stacked β-sheets

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 14, 2012, Pages 4141-4153

  Schweitzer Stenner, Reinhard ^a  

^a DREXEL UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANISOTROPY; DICHROISM; PEPTIDES;

AMIDE I; AMIDE I BANDS; AMIDE I MODE; ANTIPARALLEL ORIENTATIONS; ASYMMETRIC BROADENING; EXCITONIC COUPLING; INHOMOGENEITIES; IR ABSORPTION; IR BANDS; PARALLEL ORIENTATION; PEPTIDE GROUPS; RAMAN BANDS; STRUCTURE ANALYSIS; STRUCTURE-SENSITIVE; THEORETICAL SIMULATION; TWO LAYERS; VIBRATIONAL CIRCULAR DICHROISM;

AMIDES;

EID: 84859736655     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp2112445     Document Type: Article

References (74)

1. Krimm, S.; Bandekar, J. Adv. Protein Chem. 1986, 38, 181
2. Bandekar, J. Biochim. Biophys. Acta 1992, 1120, 123
3. Torii, H.; Tasumi, M. J. Chem. Phys. 1992, 97, 92
4. Torii, H.; Tasumi, M. J. Chem. Phys. 1992, 96, 3379
5. Torii, H.; Tasumi, M. J. Raman Spectrosc. 1998, 29, 81
6. Torii, H.; Tatsumi, T.; Kanazawa, T.; Tasumi, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 309
7. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11316
8. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2727
9. Woutersen, S.; Pfister, R.; Hamm, P.; Mu, Y.; Kosov, D. S.; Stock, G. J. Chem. Phys. 2002, 117, 6833
10. Hamm, P.; Lim, M.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 10049
11. Kim, S.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 9697
12. Kim, Y. S.; Wang, J.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 7511
13. Schweitzer-Stenner, R. Vibr. Spectrosc. 2006, 42, 98
14. Eker, F.; Cao, X.; Nafie, L.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14330
15. Wang, Y.; Purello, R.; Georgiu, S.; Spiro, T. G. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6368
16. Ham, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 6915
17. Choi, J.-H.; Ham, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2002, 117, 6821
18. Choi, J.-H.; Ham, S.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9132
19. Ham, S.; Cha, S.; Choi, J.-H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 119, 1452
20. Ham, S.; Hahn, S.; Lee, C.; Kim, T.-K.; Kwak, K.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 9333
21. Brauner, J. W.; Dugan, C.; Mendelsohn, R. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 677
22. Choi, J.-H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2004, 120, 4383
23. Kubelka, J.; Kim, J.; Bour, P.; Keiderling, T. A. Vibr. Spectrosc. 2007, 42, 63
24. Kubelka, J.; Silva, R. A. G. D.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 5325
25. Kubelka, J.; Huang, T. A.; Keiderling, T. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 8231
26. Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 6142
27. Bouŕ, P.; Keiderling, T. A. J. Phys. Chem. B 2005, 123, 23687
28. Moran, A.; Mukamel, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 506
29. Dijkstra, A. G.; Knoester, J. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 9787
30. Hahn, S.; Kim, S.-S.; Lee, C.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2005, 123, 084905
31. Paul, C.; Wang, J.; Wimley, W. C.; Hochstrasser, R. M.; Axelsen, P. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5843
32. Lee, C.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 20397
33. Aggeli, A.; Nyrkova, I. A.; Bell, M.; Harding, R.; Carrick, L.; McLeish, T. C. B.; Semenov, A. N.; Boden, N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 11857
34. de la Paz, M. L.; Goldie, K.; Zurdo, J.; Lacroix, E.; Dobson, C. M.; Hoenger, A.; Serrano, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 16052
35. Dobson, C. M. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 329
36. Chiti, F.; Taddei, N.; Baroni, F.; Capanni, C.; Stefani, M.; Ramponi, G.; Dobson, C. M. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 137
37. Cheon, M.; Chang, I.; Mohanty, S.; Luheshi, L. M.; Dobson, C. M.; Vendruscolo, M.; Favrin, G. PLoS Comput. Biol. 2007, 3, 1727
38. Calamai, M.; Canale, C.; Relini, A.; Stefani, M.; Chiti, F.; Dobson, C. M. J. Mol. Biol. 2005, 346, 603
39. Auer, S.; Dobson, C. M.; Vendruscolo, M.; Maritan, A. Phys. Rev. Lett. 2008, 101, 258101
40. Song, S.; Asher, S. A.; Krimm, S.; Bandekar, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 8547
41. Bour, P.; Keiderling, T. A. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2004, 675, 95
42. Colombo, G.; Soto, P.; Gazit, E. Trends Biotechnol. 2007, 25, 211
43. Petty, S. A.; Decatur, S. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 14272
44. Measey, T. J.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 1066
45. Schweitzer-Stenner, R. Biophys. J. 2002, 83, 523
46. Schweitzer-Stenner, R.; Measey, T. J. Spectroscopy 2010, 24, 25
47. Hayashi, T.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 11032
48. Moran, A. M.; Park, S.-M.; Dreyer, S.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 2003, 118, 3651
49. Schweitzer-Stenner, R. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 2922
50. Measey, T.; Hagarman, A.; Eker, F.; Griebenow, K.; Schweitzer-Stenner, R. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 8195
51. Schweitzer-Stenner, R.; Eker, F.; Perez, A.; Griebenow, K.; Cao, X.; Nafie, L. A. Biopolymers 2003, 71, 558
52. Pajcini, V.; Chen, X. G.; Bormett, R. W.; Geib, S. J.; Li, P.; Asher, S. A.; Lidiak, E. G. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 9716
53. Mu, Y.; Kosov, D. S.; Stock, G. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 5064
54. Schweitzer-Stenner, R.; Measey, T. J. Spectroscopy 2010, 24, 25
55. Measey, T. J.; Smith, K. B.; Decatur, S. M.; Zhao, L.; Yang, G.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 18218
56. Blondelle, S. E.; Forood, B.; Houghten, R. A.; PerezPaya, E. Biochemistry 1997, 36, 8393
57. Hagarman, A.; Measey, T. J.; Mathieu, D.; Schwalbe, H.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 540
58. Graf, J.; Nguyen, P. H.; Stock, G.; Schwalbe, H. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 1179
59. Verbaro, D.; Ghosh, I.; Nau, W. M.; Schweitzer-Stenner, R. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 17201
60. Schweitzer-Stenner, R. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 16965
61. Bandekar, J.; Krimm, S. Biopolymers 1988, 27, 909
62. Schweitzer-Stenner, R.; Eker, F.; Griebenow, K.; Cao, X.; Nafie, L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2768
63. Schweitzer-Stenner, R.; Gonzales, W.; Bourne, J. T.; Feng, J. A.; Marshall, G. A. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 13095
64. Sen, A. C.; Keiderling, T. A. Biopolymers 1984, 23, 1533
65. Sawaya, M. R.; Samashivan, S.; Nelson, R.; Ivanova, M. I.; Sievers, S. A.; Apostol, M. I.; Thompson, M. J.; Balbirnie, M.; Wiltzius, J. J. W.; Farlane, H. T.; Madsen, A. Ø.; Riekel, C.; Eisenberg, D. Nature 2007, 447, 453
66. Nelson, R.; Sawaya, M. R.; Balbirnie, M.; Madsen, A. Ø.; Riekel, C.; Grothe, R.; Eisenberg, D. Nature 2005, 435, 773
67. Yu, X.; Wang, J.; Yang, J.-C.; Wang, Q.; Cheng, S. Z. D.; Nussimov, R.; Zheng, J. Biophys. J. 2010, 98, 27
68. Measey, T. J.; Schweitzer-Stenner, R.; Sa, V.; Kornev, K. Macromolecules 2010, 43, 7800
69. Measey, T.; Schweitzer-Stenner, R. Chem. Phys. Lett. 2005, 408, 123
70. Schweitzer-Stenner, R.; Eker, F.; Huang, Q.; Griebenow, K. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9628
71. Chou, K.-C. Biophys. J. 1985, 48, 289
72. Hamm, P.; Lim, M.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6123
73. Tsivlin, D.; May, V. Chem. Phys. Lett. 2005, 408, 360
74. Bodis, P.; Schwartz, E.; Koepf, M.; Cornelissen, J. L. M.; Rowan, A. E.; Nolte, R. J. M.; Woutersen, S. J. Chem. Phys. 2009, 131, 124503