Vibrational-exciton couplings for the amide I, II, III, and a modes of peptides

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 37, 2007, Pages 11032-11046

  Hayashi, Tomoyuki ^a   Mukamel, Shaul ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ELECTRON ENERGY LEVELS; HAMILTONIANS; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR INTERACTIONS; MOLECULAR VIBRATIONS; PEPTIDES;

ELECTROSTATIC COUPLINGS; GLYCINE DIPEPTIDE; TRANSITION MULTIPOLE COUPLING (TMC);

AMIDES;

EID: 34948852804     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp070369b     Document Type: Article

References (48)

1. Miyazawa, T.; Shimanouchi, T.; Mizushima, S. I. J. Chem. Phys. 1958, 29, 611.
2. Tsuboi, M.; Onishi, T.; Nakagawa, I.; Shimanouchi, T.; Mizushima, S. Spectrochim. Acta 1958, 12, 253.
3. Torii, H.; Tasumi, M. J. Chem. Phys. 1992, 96, 3379.
4. Torii, H.; Tasumi, M. Infrared Spectroscopy of Biomolecules; Wiley-Liss: New York, 1996.
5. Byler, D. M.; Susi, H. Biopolymers 1986, 25, 469.
6. Surewicz, W. K.; Mantsch, H. H. Biochim. Biophys. Acta 1988, 952, 115.
7. Jackson, M.; Haris, P. I.; Chapman, D. J. Mol. Struct. 1989, 214, 329.
8. Keiderling, T. A. Nature 1986, 322, 851.
9. Hilario, J.; Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 7562.
10. Yoder, G.; Keiderling, T. A.; Formaggio, F.; Crisma, M.; Toniolo, C. Biopolymers 1995, 35, 103.
11. Freedman, T. B.; Nafie, L. A.; Keiderling, T. A. Biopolymers 1995, 37, 265.
12. Xie, P.; Zhou, Q. W.: Diem, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 177, 9502.
13. Lee, S. H.; Krimm, S. Biopolymers 1998, 46, 283.
14. Kubelka, J.; Huang, R.; Keiderling, T. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 8231.
15. Torii, H.; Tasumi, M. J. Raman Spectrosc. 1998, 29, 81.
16. Moran, A. M.; Park, S.-M.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 2003, 118, 9971.
17. Jansen, T. L.; Dijkstra, A. G.; Watson, T. M.; Hirst, J. D.; Knoester, J. J. Chem. Phys. 2006, 125.
18. Hahn, S.; Ham, S.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11789.
19. Lee, H.; Kim, S. S.; Choi, J. H.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 5331.
20. Bour, P.; Keiderling, T. A. J. Chem. Phys. 2003, 119. 11253.
21. Asbury, J. B.; Steinel, T.; Stromberg, C.; Gaffney, K. J.; Piletic, I. R.; Goun, A.; Fayer, M. D. Chem. Phys. Lett. 2003, 374, 362.
22. Bredenbeck, J.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2003, 119, 1569.
23. Tanimura, Y.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1993, 99, 9496.
24. Kato, T.; Tanimura, Y. J. Chem. Phys. 2004, 120, 260.
25. Saito, S.; Ohmine, I. J. Chem. Phys. 2003, 119, 9073.
26. Nagata, Y.; Tanimura, Y. J. Chem. Phys. 2006, 124, 024508.
27. Rubtsov, I. V.; Wang, J.; Hochstrasser, R. M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 7733.
28. Rubtsov, I. V.; Wang, J.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 5601.
29. Hayashi, T.; la Cour Jansen, T.; Zhuang, W.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 64.
30. Hayashi, T.; Zhuang, W.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 9747.
31. DeFlores, L. P.; Ganim, Z.; Ackley, S. F.; Chung, H. S.; Tokmakoff, A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 18973.
32. Perdew, J. P.; Chevary, J. A.; Vosko, S. H.; Jackson, K. A.; Pederson, M. R.; Singh, D. J.; Fiolhais, C. Phys. Rev. B 1992, 46, 6671.
33. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
34. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A.G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin. R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.: Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
35. Stone, A. J. The Theory of lntermolecular Forces; Oxford University Press: Oxford, U.K., 1996; Vol. 32.
36. Chernyak, V.; Zhang, W. M.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1998, 109, 9587.
37. Cheeseman, J. R.; Frisch, M. J.; Devlin, F. J.; Stephens, P. J. Chem. Phys. Lett. 1996, 252, 211.
38. Hayashi, T.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 9113.
39. Mukamel, S.; Berman, O. J. Chem. Phys. 2003, 119, 12194.
40. Zhang, W. M.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1999, 110, 5011.
41. Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Opt. Soc. Am. B 1996, 13, 1302.
42. Choi, J.-H.; Kim, J.-S.; Cho, M. H. J. Chem. Phys. 2005, 122, 174903.
43. Wang, T.; Zhu, Y. J.; Getahun, Z.; Du, D. G.; Huang, C. Y.; DeGrado, W. F.; Gai, F. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 15301.
44. Zhuang, W.; Abramavicius, D.; Hayashi, T.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3362.
45. Piryatinski, A.; Asher, S. A.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 3524.
46. Mukamel, S. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 57, 691.
47. Thouless, D. Phys. Rep. 1974, 15, 93.
48. Kubelka, J.; Silva, R. A. G. D.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 5325.