Distribution of conformations sampled by the central amino acid residue in tripeptides inferred from amide i band profiles and NMR scalar coupling constants

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 113, Issue 9, 2009, Pages 2922-2932

  Schweitzer Stenner, Reinhard ^a  

^a DREXEL UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDES; AMINATION; AMINO ACIDS; DISTRIBUTION FUNCTIONS; KNOWLEDGE BASED SYSTEMS; MODEL STRUCTURES; ORGANIC ACIDS; PEPTIDES;

ALANINE RESIDUES; AMIDE I BANDS; AMINO ACID RESIDUES; COIL TRANSITIONS; CONFORMATIONAL PREFERENCES; ENERGY LANDSCAPES; FORCE FIELDS; J COUPLINGS; MD SIMULATIONS; SCALAR COUPLINGS; SIMILAR ANALYSIS; TRI-PEPTIDES; TRIALANINE;

AMINES;

EID: 65249128090     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp8087644     Document Type: Article

References (81)

1. Brant, D. A.; Flory, P. J. J. J. Am. Chem. Soc. 1965, 87, 2791.
2. Flory, P. J. Statistical Mechanics of Chain Molecules; Wiley Sons: New York, 1969.
3. Ramachandran, G. N.; Ramakrishnan, C.; Sasisekharan, V J. Mol. Biol. 1963, 7, 95.
4. Wright, P. E.; Dyson, H. J.; Lerner, R. A. Biochemistry 1988, 27, 7167.
5. Bai, Y.; Chung, J.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Protein Sci. 2001, 10, 1056.
6. Shortle, D. Adv. Protein Chem. 2002, 62, 1.
7. Dyson, H. J.; Wright, P. E. Adv. Protein Chem. 2002, 62, 311.
8. Shi, Z.; Shen, K.; Liu, Z.; Kallenbach, N. R. Chem. Rev. 2006, 106, 1877.
9. Shi, Z.; Olson, C. A.; Rose, G. A.; Baldwin, R. L.; Kallenbach, N. R. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 2002, 99, 9190.
10. Rucker, A. L.; Creamer, T. P. Protein Sci. 2002, 11, 980.
11. Rucker, A. L.; Pager, C. T.; Campbell, M. N.; Qualls, J. E.; Creamer, T. P. Proteins: Struct., Funct. Genet. 2003, 53, 68.
12. Chen, K.; Liu, Z.; Kallenbach, N. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 15352.
13. Eker, F.; Griebenow, K.; Cao, X.; Nafie, L.; Schweitzer-Stenner, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 10054.
14. Eker, F.; Griebenow, K.; Cao, X.; Nafie, L.; Schweitzer-Stenner, R. Biochemistry 2004, 43, 613.
15. Eker, F.; Cao, X.; Nafie, L.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14330.
16. Eker, F.; Griebenow, K.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8178.
17. Tran, H. T.; Wang, X.; Pappu, R. V. Biochemistry 2005, 44, 11369.
18. Hagarman, A.; Eker, F.; Measey, T.; Griebenow, K.; Schweitzer- Stenner, R. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 6979.
19. Avbelj, F.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 5742.
20. Jha, A. K.; Colubri, A.; Zaman, M. H.; Koide, S.; Sosnick, T. R.; Freed, K. F. Biochemistry 2005, 44, 9691.
21. Swindells, M. B.; MacArthur, M. W.; Thornton, J. M. Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 596.
22. Serrano, L. J. Mol. Biol. 1995, 254, 322.
23. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999.
24. Hovmöller, S.; Zhou, T.; Ohlson, T. Acta Crystallogr. 2002, D58, 768.
25. Hu, H. E., M.; Herman, J. Proteins: Struct., Funct. Genet. 2003, 50, 451.
26. Zagrovic, B.; Lipfert, J.; Sorin, E. J.; Millett, I. S.; van Gunsteren, W. F.; Doniach, S.; Pande, V. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 11698.
27. Eker, F.; Griebenow, K.; Schweitzer-Stenner, R. Biochemistry 2004, 43, 6893.
28. Schweitzer-Stenner, R.; Measey, T.; Hagarman, A.; Eker, F.; Griebenow, K. Biochemistry 2006, 45, 2810.
29. Measey, T.; Hagarman, A.; Eker, F.; Griebenow, K.; Schweitzer- Stenner, R. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 8195.
30. Scholtz, J. M.; Marqusee, S.; Baldwin, R. L.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Santoro, M.; Bolen, D. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 2854.
31. Scholtz, J. M.; Baldwin, R. L. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1992, 21, 95.
32. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11316.
33. Schweitzer-Stenner, R.; Measey, T.; Kakalis, L.; Jordan, F.; Pizzanelli, S.; Forte, C.; Griebenow, K. Biochemistry 2007, 46, 1587.
34. Gnanakaran, S.; Garcia, A. E. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 12555.
35. Smith, L. J.; Bolin, K. A.; Schwalbe, H.; MacArthur, M. W.; Thornton, J. M.; Dobson, C. M. J. Mol. Biol. 1996, 255, 494.
36. Fiebig, K. M.; Schwalbe, H.; Buck, M.; Smith, L. J.; Dobson, C. M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2661.
37. Makowska, J.; Rodziewicz-Motowidlo, S.; Baginska, K.; Vila, J. A.; Liwo, A.; Chmurzynski, L.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 1744.
38. Makowska, J.; Rodziewicz, S.; Baginska, Makowski, M.; Vila, J. A.; Liwo, A.; Chmurzyński, Scheraga, H. A. Biophys. J. 2007, 92, 2904.
39. Schweitzer-Stenner, R.; Measey, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 6649.
40. Eker, F.; Cao, X.; Nafie, L.; Griebenow, K.; Schweitzer-Stenner, R. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 358.
41. Schweitzer-Stenner, R.; Eker, F.; Griebenow, K.; Cao, X.; Nafie, L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2768.
42. Shi, Z.; Chen, K.; Liu, Z.; Ng, A.; Bracken, W. C.; Kallenbach, N. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 17964.
43. Graf, J.; Nguyen, P. H.; Stock, G.; Schwalbe, H. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 1179.
44. Petri, W.; Hennig, M.; Smith, L. J.; Schwalbe, H. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 12017.
45. Best, R. B.; Buchete, N.-V.; Hummer, G Biophys. J. 2008, 94, L07.
46. Bernado, P.; Blanchard, L.; Timminis, P.; Marion, D.; Rugrok, R. W. H.; Blackledge, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 17002.
47. Peti, W.; Hennig, M.; Smith, L. J.; Schwalbe, H. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 12017.
48. Meier, S.; Grzesiek, S.; Blackledge, M. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 9799.
49. Bernado, P.; Mylonas, E.; Petoukhov, M. V.; Blackledge, M.; Svergun, D. I. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 5656.
50. Schweitzer-Stenner, R. Vibr. Spectrosc. 2006, 42, 98.
51. Schweitzer-Stenner, R., Measey, T., Hagarman, A., Dragomir, I. the Structure of Unfolded Peptides and Proteins Explored by Raman and Ir Spectroscopies In Vibrational Spectroscopy on Peptides and Proteins; Longhi, S., Uversky, V. N., Eds.; Wiley & Sons: Chichester, U.K., 2008; In press.
52. Choi, J.-H.; Ham, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2002, 117, 6821.
53. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2727.
54. Hamm, P.; Manho, L.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6123.
55. Moran, A.; Mukamel, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 506.
56. Schweitzer-Stenner, R. Biophys. J. 2002, 83, 523.
57. Schweitzer-Stenner, R. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 16965.
58. Huang, Q.; Schweitzer-Stenner, R. J. Raman Spectrosc. 2004, 53, 586.
59. Torii, H.; Tasumi, M. J. Raman Spectrosc. 1998, 29, 81.
60. Ham, S.; Cha, S.; Choi, J.-H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 119, 1452.
61. Gorbunov, R. D.; Kosov, D. S.; Stock, G. J. Chem. Phys. 2005, 122, 224904.
62. Schweitzer-Stenner, R. J. Phys. Chem. B. 2004, 108, 16965.
63. Ham, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 6915.
64. Gorbunov, R. D.; Nguyen, P. H.; Kobus, M.; Stock, G. J. Chem. Phys. 2007, 126.
65. Motta, A.; Reches, M.; Pappalardo, L.; Andreotti, G; Gazit, E. Biochemistry 2005, 144, 14170.
66. Gong, H.; Rose, G. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 3321.
67. Avbelj, F. B. Private communication.
68. Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12048.
69. Case, D. A.; Scheurer, C.; Brüschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10390.
70. Schweitzer-Stenner, R. J. Raman Spectrosc. 2001, 32, 711.
71. Grdadolnik, J.; Grdadolnik, S. G.; Avbelji, F. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 2712.
72. Myshakina, N. S.; Asher, S. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 4271.
73. Vila, J. A.; Baldoni, H. A.; Ripoli, D. R.; Gosh, A.; Scheraga, H. Biophys. J. 2004, 86, 731.
74. Graf, J. N.; Nguyen, P. H.; Stock, G.; Schwalbe, H. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 1179.
75. Measey, T.; Schweitzer-Stenner, R. J. Raman Spectrosc. 2006, 37, 248.
76. Mu, Y.; Stock, G. J. Phys. Chem. 2002, 106, 5294.
77. McColl, I. H.; Blanch, E. W.; Hecht, L.; Kallenbach, N. R.; Barron, L. D. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5076.
78. Garcia, A. E. Polymer 2004, 120, 885.
79. Jun, S.; Becker, J. S.; Yonkunas, M.; Coalson, R.; Saxena, S. Biochemistry 2006, 45, 11666.
80. Chen, K.; Liu, Z.; Zhou, C.; Bracken, W. C.; Kallenbach, N. R. Angew. Chemie, Int. Ed. 2007, 46, 9036.
81. Kelly, M. A.; Chellgren, B. W.; Rucker, A. L.; Troutman, J. M.; Fried, M. G.; Miller, A.; Creamer, T. P. Biochemistry 2001, 2001, 14376.