Alternative interdomain configurations of the full-length MMP-2 enzyme explored by molecular dynamics simulations

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 9, 2012, Pages 2677-2686

  Díaz, Natalia ^a   Suárez, Dimas ^a  

^a UNIVERSITY OF OVIEDO   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONS; ENZYME INHIBITION;

CONFORMATIONAL FREEDOM; DIFFERENT DOMAINS; ELONGATED STRUCTURES; FIBRONECTIN DOMAINS; FREE ENERGY ANALYSIS; HEMOPEXIN; INTER-DOMAIN; MATRIX METALLOPROTEINASES; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; PROTEIN DOMAINS; PROTEIN-PROTEIN DOCKING; X-RAY STRUCTURE;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 84858014432     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp211088d     Document Type: Article

References (57)

1. Nagase, H.; Woessner, J. F. J. J. Biol. Chem. 1999, 274, 21491-21494
2. Steffensen, B.; Häkkinen, L.; Larjava, H. Crit. Rev. Oral Biol. Med. 2001, 12, 373-398
3. López-Otín, C.; Matrisian, L. M. Nat. Rev. Cancer 2007, 7, 800-808
4. Rodríguez, D.; Morrison, C. J.; Overall, C. M. Biochim. Biophys. Acta 2010, 1803, 39-54
5. Butler, G. S.; Overall, C. M. Biochemistry 2009, 48, 10830-10845
6. Overall, C. M. Mol. Biotechnol. 2002, 22, 51-86
7. Bode, W.; Maskos, K. Biol. Chem. 2003, 384, 863-872
8. Maskos, K. Biochimie 2005, 87, 249-263
9. Li, J.; Brick, P.; O'Hare, M. C.; Skarzynski, T.; Lloyd, L. F.; Curry, V. A.; Clark, I. M.; Bigg, H. F.; Hazleman, B. L.; Cawston, T. E.; Blow, D. M. Structure 1995, 3, 541-549
10. Piccard, H.; Van den Steen, P. E.; Opdenakker, G. J. Leukocyte Biol. 2007, 81, 870-892
11. Bode, W. Structure 1995, 3, 527-530
12. Murphy, G.; Knäuper, V. Matrix Biol. 1997, 15, 511-518
13. Knäuper, V.; Docherty, A. J.; Smith, B.; Tschesche, H.; Murphy, G. FEBS Lett. 1997, 405, 60-64
14. Morgunova, E.; Tuuttila, A.; Bergmann, U.; Isupov, M.; Lindqvist, Y.; Schneider, G.; Tryggvason, K. Science 1999, 284, 1667-1670
15. Steffensen, B.; Wallon, U. M.; Overall, C. M. J. Biol. Chem. 1995, 270, 11555-11566
16. Gehrmann, M. L.; Douglas, J. T.; Bányai, L.; Hedvig, T.; Patthy, L.; Llinás, M. J. Biol. Chem. 2004, 279, 46921-46929
17. Xu, X.; Wang, Y.; Lauer-Fields, J. L.; Fields, G. B.; Steffensen, B. Matrix Biol. 2004, 23, 171-181
18. Xu, X.; Mikhailova, M.; Llangovan, U.; Chen, Z.; Yu, A.; Pal, S.; Hinck, A. P.; Bjorn Steffensen, B. Biochemistry 2009, 48, 5822-5831
19. Jozic, D.; Bourenkov, G.; Lim, N.-H.; Visse, R.; Nagase, H.; Bode, W.; Maskos, K. J. Biol. Chem. 2005, 280, 9578-9585
20. Bertini, I.; Fragai, M.; Luchinat, C.; Melikian, M.; Mylonas, E.; Sarti, N.; Svergun, D. I. J. Biol. Chem. 2009, 284, 12821-12828
21. Chung, L.; Dinakarpandian, D.; Yoshida, N.; Lauer-Fields, J. L.; Fields, G. B.; Visse, R.; Nagase, H. EMBO J. 2004, 23, 3020-3030
22. Overall, C. M.; Butler, G. S. Structure 2007, 15, 1159-1161
23. Rosenblum, G.; Van den Steen, P. E.; Cohen, S. R.; Bitler, A.; Opdenakker, G.; Sagi, I. PLoS ONE 2010, 5, e11043
24. Saffarian, S.; Collier, I. E.; Marmer, B. L.; Elson, E. L.; Goldberg, G. Science 2004, 206, 108-111
25. Collier, I. E.; Saffarian, S.; Marmer, B. L.; Elson, E. L.; Goldberg, G. Biophys. J. 2001, 81, 2370-2377
26. Iyer, S.; Visse, R.; Nagase, H.; Acharya, K. R. J. Mol. Biol. 2006, 362, 78-88
27. Rosenblum, G.; Van den Steen, P. E.; Cohen, S. R.; Grossman, J. G.; Frenkel, J.; Sertchook, R.; Slack, N.; Strange, R. W.; Opdenakker, G.; Sagi, I. Structure 2007, 1227-1236
28. Bertini, I.; Calderone, V.; Fragai, M.; Jaiswal, R.; Luchinat, C.; Melikian, M.; Mylonas, E.; Svergun, D. I. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 7011-7021
29. Remacle, A. G.; Shiryaev, S. A.; Radichev, I. A.; Rozanov, D. V.; Stec, B.; Strongin, A. Y. J. Biol. Chem. 2011, 286, 21002-21012
30. Díaz, N.; Suárez, D.; Valdés, H. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 14070-14071
31. Valdés, H.; Díaz, N.; Suárez, D.; Fernández-Recio, J. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2204-2213
32. Díaz, N.; Suárez, D. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2008, 72, 50-61
33. Canutescu, A. A.; Dunbrack, R. L., Jr. Bioinformatics 2005, 21, 2914-2916
34. Fernandez-Recio, J.; Totrov, M.; Skorodumov, C.; Abagyan, R. Proteins 2005, 58, 134-143
35. Fernandez-Recio, J.; Totrov, M.; Abagyan, R. J. Mol. Biol. 2004, 335, 843-865
36. Cheng, T. M.; Blundell, T. L.; Fernandez-Recio, J. Proteins 2007, 68, 503-515
37. Cheng, T. M.; Blundell, T. L; Fernandez-Recio, J. BMC Bioinf. 2008, 9, 441-453
38. Tallant, C.; Marrero, A.; Gomis-Rüth, F. X. Biochim. Biophys. Acta 2010, 1803, 20-28
39. Lowry, C. L.; McGeehan, G.; LeVine, H. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1992, 12, 42-48
40. Díaz, N.; Suárez, D. Biochemistry 2007, 46, 8943-8952
41. Díaz, N.; Suárez, D. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 24222-24230
42. Zhang, L.; Hermans, J. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1996, 24, 433-438
43. Duan, Y.; Wu, C.; Zhang, W.; Chowdhury, S.; Yang, R.; Caldwell, J.; Cieplak, P.; Wang, J.; Lee, M.; Luo, R.; Xiong, G.; Lee, T.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999-2012
44. Aqvist, J. J. Phys. Chem. B 1990, 94, 8021-8024
45. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kalé, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802
46. Kollman, P. A.; Massova, I.; Reyes, C.; Kuhn, B.; Huo, S.; Chong, L.; Lee, M.; Lee, T.; Duan, Y.; Wang, W.; Donini, O.; Cieplak, P.; Srinivasan, J.; Case, D. A.; Cheatham, T. E. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 889-897
47. Gohlke, H.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2003, 25, 238-250
48. Sharp, K.; Honig, B. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1991, 19, 301-332
49. Schlitter, J. Chem. Phys. Lett. 1993, 215, 617-621
50. Schäfer, H.; Mark, A. E.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 2000, 113, 7809-7817
51. Schäfer, H.; Daura, X.; Mark, A. E.; van Gunsteren, W. F. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2001, 43, 45-56
52. Harris, S. A.; Gavathiotis, E.; Searle, M. S.; Orozco, M.; Laughton, C. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12658-12663
53. Suárez, E.; Díaz, N.; Suárez, D. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2638-2653
54. Skjaerven, L.; Grant, B.; Muga, A.; Teigen, K.; McCammon, J. A.; Reuter, N.; Martinez, A. PLoS ONE 2011, 7, e1002004
55. Caves, L. S. D.; Evanseck, J. D.; Karplus, M. Protein Sci. 1998, 7, 649-666
56. Abrams, C. F.; Vanden-Eijnden, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 4961-4966
57. Gioia, M.; Monaco, S.; Fasciglione, G. F.; Coletti, A.; Modesti, A.; Marini, S.; Coletta, M. J. Mol. Biol. 2007, 368, 1101-1113