Interdomain conformations in the full-length MMP-2 enzyme explored by protein-protein docking calculations using pyDock

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 6, Issue 7, 2010, Pages 2204-2213

  Valdés, Haydee ^a   Díaz, Natalia ^a   Suárez, Dimas ^a   Fernández Recio, Juan ^b  

^a UNIVERSITY OF OVIEDO   (Spain)

^b BARCELONA SUPERCOMPUTING CENTER   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 79551493085     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct100097x     Document Type: Article

References (37)

1. Sternlicht, M. D.; Werb, Z. Ann. Rev. Cell. Dev. Biol. 2001, 17, 463-516.
2. McCawley, L. J.; Matrisian, L. M. Curr. Opin. Cell Biol. 2001, 13, 534-540.
3. Coussens, L. M.; Werb, Z. Chem. Biol. 1996, 3, 895-904.
4. van Meurs, J.; van Lent, P.; Holthuysen, A.; Lambrou, D.; Bayne, E.; Singer, I.; Berg, W. v. d. J. Immunol. 1999, 163, 5633-5639.
5. Nagase, H.; Woessner, J. F. Jr. J. Biol. Chem. 1999, 274, 21491-21494.
6. Maskos, K. Biochimie 2005, 87, 249-263.
7. Diaz, N.; Suarez, D. Biochemistry 2007, 46, 8943-8952.
8. Jozic, D.; Bourenkov, G.; Lim, N.-H.; Visse, R.; Nagase, H.; Bode, W.; Maskos, K. J. Biol. Chem. 2005, 280, 9578-9585.
9. Iyer, S.; Visse, R.; Nagase, H.; Acharya, K. R. J. Mol. Biol. 2006, 362, 78-88.
10. Morgunova, E.; Tuuttila, A.; Bergmann, U.; Isupov, M.; Lindqvist, Y.; Schneider, G.; Tryggvason, K. Science 1999, 284, 1667-1670.
11. Morgunova, E.; Tuuttila, A.; Bergmann, U.; Tryggvason, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 7414-7419.
12. Bertini, I.; Calderone, V.; Fragai, M.; Jaiswal, R.; Luchinar, C.; Melikian, M.; Mylonas, E.; Svergun, D. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 7011-7021.
13. Bode, W. Structure 1995, 3, 527-530.
14. Rosenblum, G.; Van den Steen, P. E.; Cohen, S. R.; Grossmann, J. G.; Frenkel, J.; Sertchook, R.; Slack, N.; Strange, R. W.; Opdenakker, G.; Sagi, I. Structure 2007, 15, 1227- 1236.
15. Bertini, I.; Fragai, M.; Luchinat, C.; Melikian, M.; Mylonas, E.; Sarti, N.; Svergun, D. I. J. Biol. Chem. 2009, 284, 12821- 12828.
16. Diaz, N.; Suarez, D.; Valdes, H. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 14070-14071.
17. Ritchie, D. W. Curr. Protein Pept. Sci. 2008, 9, 1-15.
18. Cheng, T. M.; Blundell, T. L.; Fernandez-Recio, J.
19. MK Cheng, T.; Blundell, T. L.; Fernandez-Recio, J. BMC Bioinf. 2008, 9, 441-453.
20. Hinsen, K. J. Comput. Chem. 2000, 21, 79-85.
21. Gabb, H. A.; Jackson, R. M.; Sternberg, M. J. J. Mol. Biol. 1997, 272, 106-120.
22. Katchalski-Katzir, E.; Shariv, I.; Eisenstein, M.; Friesem, A. A.; Aflalo, C.; Vakser, I. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 2195-2199.
23. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179- 5197.
24. Fernandez-Recio, J.; Totrov, M.; Abagyan, R. J. Mol. Biol. 2004, 335, 843-865.
25. Fernandez-Recio, J.; Totrov, M.; Skorodumov, C.; Abagyan, R. Proteins 2005, 58, 134-143.
26. Mashiach, E.; Nussinov, R.; Wolfson, H. J. Prot. Struct. Funct. Bioinf. 2010, 78, 1503-1519.
27. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2003, 14, 1999-2012.
28. Srinivasan, J.; Cheatham, T. E.; Cieplak, P.; Kollman, P.; Case, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9401-9409.
29. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E.; Simmerling, I. C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Wu, X.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Mathews, D. H.; Schafmeister, C.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER9; University of California: San Francisco, CA, 2006.
30. Kumar, S.; Rosenberg, J. M.; Bouzida, D.; Swendsen, D. R. H.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1339- 1350.
31. Krivov, G. I.; Shapovalov, M. L.; Dunbrack, R. L. Prot. Struct. Funct. Bioinf. 2009, 77, 778-795.
32. Gohlke, H.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2003, 25, 238-250.
33. Hooft, R. W. W.; Vriend, G.; Sander, C.; Abola, E. E. Nature 1996, 381, 272-272.
34. Díaz, N.; Suárez, D. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2008, 72, 50-61.
35. Piccard, H.; Van den Steen, P. E.; Opdenakker, G. J. Leukoc. Biol. 2007, 81, 870-892.
36. Gehrmann, M. L.; Douglas, J. T.; Bányai, L.; Tordai, H.; Patthy, L.; Llinás, M. J. Biol. Chem. 2004, 279, 46921-46929.
37. Briknarová, K.; Grishaev, A.; Bányai, L.; Tordai, H.; Patthy, L.; Llinás, M. Structure 1999, 7, 1235-1245.