Structural heterogeneity in the collision complex between organic dyes and tryptophan in aqueous solution

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 1, 2012, Pages 660-666

  Sun, Qinfang ^a   Lu, Rong ^a   Yu, Anchi ^a  

^a RENMIN UNIVERSITY OF CHINA   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; BIOMOLECULES; BIOPOLYMERS; ELECTRONIC STATES; EXCITED STATES; FLUORESCENCE SPECTROSCOPY; KINETICS; MOLECULAR DYNAMICS; QUENCHING; SEPARATION; SOLUTIONS;

ALEXA FLUOR; AMINO ACID RESIDUES; CHARGE SEPARATIONS; EXCITED ELECTRONIC STATE; FEMTOSECOND TRANSIENT ABSORPTION SPECTROSCOPY; FEMTOSECONDS; FLUORESCENCE CORRELATION SPECTROSCOPY; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; ORGANIC DYE; PET PROCESS; PHOTO-INDUCED ELECTRON TRANSFER; RELATIVE BRIGHTNESS; RHODAMINE B; STRUCTURAL HETEROGENEITY;

FLUOROPHORES;

EID: 84855858757     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp2100304     Document Type: Article

References (60)

1. Neuweiler, H.; Sauer, M. Curr. Pharm. Biotechnol. 2004, 5, 285-298
2. Heinlein, T.; Knemeyer, J. P.; Piestert, O.; Sauer, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 7957-7964
3. Nazarenko, I.; Pires, R.; Lowe, B.; Obaidy, M.; Rashtchian, A. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 2089-2095
4. Neuweiler, H.; Schulz, A.; Bohmer, M.; Enderlein, J.; Sauer, M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 5324-5330
5. Rachofsky, E. L.; Osman, R.; Ross, J. B. A. Biochemistry 2001, 40, 946-956
6. Rachofsky, E. L.; Seibert, E.; Stivers, J. T.; Osman, R.; Ross, J. B. A. Biochemistry 2001, 40, 957-967
7. Edman, L.; Mets, U.; Rigler, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 6710-6715
8. Kelley, S. O.; Barton, J. K. Science 1999, 283, 375-381
9. Kim, J.; Doose, S.; Neuweiler, H.; Sauer, M. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 2516-2527
10. Knemeyer, J. P.; Marme, N.; Sauer, M. Anal. Chem. 2000, 72, 3717-3724
11. Kurata, S.; Kanagawa, T.; Yamada, K.; Torimura, M.; Yokomaku, T.; Kamagata, Y.; Kurane, R. Nucleic Acids Res. 2001, 29, e34
12. Lewis, F. D.; Letsinger, R. L.; Wasielewski, M. R. Acc. Chem. Res. 2001, 34, 159-170
13. Lewis, F. D.; Wu, T. F.; Zhang, Y. F.; Letsinger, R. L.; Greenfield, S. R.; Wasielewski, M. R. Science 1997, 277, 673-676
14. Rogers, J. M. G.; Poishchuk, A. L.; Guo, L.; Wang, J.; DeGrado, W. F.; Gai, F. Langmuir 2011, 27, 3815-3821
15. Schuettpelz, M.; Schoening, J. C.; Doose, S.; Neuweiler, H.; Peters, E.; Staiger, D.; Sauer, M. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 9507-9513
16. Hudgins, R. R.; Huang, F.; Gramlich, G.; Nau, W. M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 556-564
17. Kaji, T.; Ito, S.; Iwai, S.; Miyasaka, H. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 13917-13925
18. Chen, H.; Rhoades, E.; Butler, J. S.; Loh, S. N.; Webb, W. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 10459-10464
19. Doose, S.; Neuweiler, H.; Barsch, H.; Sauer, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 17400-17405
20. Eggeling, C.; Fries, J. R.; Brand, L.; Gunther, R.; Seidel, C. A. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 1556-1561
21. Neuweiler, H.; Doose, S.; Sauer, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 16650-16655
22. Neuweiler, H.; Banachewicz, W.; Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 22106-22110
23. Doose, S.; Neuweiler, H.; Sauer, M. ChemPhysChem 2009, 10, 1389-1398
24. Qu, P.; Yang, X. X.; Li, X.; Zhou, X. X.; Zhao, X. S. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 8235-8243
25. Li, X.; Zhu, R. X.; Yu, A. C.; Zhao, X. S. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 6265-6271
26. Zhu, R. X.; Li, X.; Zhao, X. S.; Yu, A. C. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 5001-5007
27. Chen, H.; Ahsan, S. S.; Santiago-Berrios, M. E. B.; Abruna, H. D.; Webb, W. W. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 7244-7245
28. Jean, J. M.; Hall, K. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 37-41
29. Fiebig, T.; Wan, C. Z.; Zewail, A. H. ChemPhysChem 2002, 3, 781-788
30. Wan, C. Z.; Fiebig, T.; Kelley, S. O.; Treadway, C. R.; Barton, J. K.; Zewail, A. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6014-6019
31. McEwen, D. P.; Gee, K. R.; Kang, H. C.; Neubig, R. R. Anal. Biochem. 2001, 291, 109-117
32. Seidel, C. A. M.; Schulz, A.; Sauer, M. H. M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 5541-5553
33. Nazarenko, I.; Lowe, B.; Darfler, M.; Ikonomi, P.; Schuster, D.; Rashtchian, A. Nucleic Acids Res. 2002, 30, e37
34. Gotz, M.; Hess, S.; Beste, G.; Skerra, A.; Michel-Beyerle, M. E. Biochemistry 2002, 41, 4156-4164
35. Miura, T.; Urano, Y.; Tanaka, K.; Nagano, T.; Ohkubo, K.; Fukuzumi, S. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8666-8671
36. Togashi, D. M.; Szczupak, B.; Ryder, A. G.; Calvet, A.; O'Loughlin, M. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 2757-2767
37. Piestert, O.; Barsch, H.; Buschmann, V.; Heinlein, T.; Knemeyer, J. P.; Weston, K. D.; Sauer, M. Nano Lett. 2003, 3, 979-982
38. Neuweiler, H.; Schulz, A.; Vaiana, A. C.; Smith, J. C.; Kaul, S.; Wolfrum, J.; Sauer, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2002, 41, 4769-4773
39. Buschmann, V.; Weston, K. D.; Sauer, M. Bioconjugate Chem. 2003, 14, 195-204
40. Doose, S.; Neuweiler, H.; Sauer, M. ChemPhysChem 2005, 6, 2277-2285
41. Qu, P.; Chen, X. D.; Zhou, X. X.; Li, X.; Zhao, X. S. Sci. China, Ser. B: Chem. 2009, 52, 1653-1659
42. Huber, R.; Fiebig, T.; Wagenknecht, H. A. Chem. Commun. 2003, 1878-1879
43. Manoharan, M.; Tivel, K. L.; Zhao, M.; Nafisi, K.; Netzel, T. L. J. Phys. Chem. 1995, 99, 17461-17472
44. Marquez, C.; Pischel, U.; Nau, W. M. Org. Lett. 2003, 5, 3911-3914
45. Wanninger-Weiss, C.; Valis, L.; Wagenknecht, H. A. Bioorg. Med. Chem. 2008, 16, 100-106
46. Vaiana, A. C.; Neuweiler, H.; Schulz, A.; Wolfrum, J.; Sauer, M.; Smith, J. C. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 14564-14572
47. Zhong, D. P.; Zewail, A. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 11867-11872
48. Shi, X.; Duft, D.; Parks, J. H. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 12801-12815
49. Callis, P. R.; Liu, T. Chem. Phys. 2006, 326, 230-239
50. Mataga, N.; Chosrowjan, H.; Shibata, Y.; Tanaka, F. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 7081-7084
51. Mataga, N.; Chosrowjan, H.; Shibata, Y.; Tanaka, F.; Nishina, Y.; Shiga, K. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 10667-10677
52. Mataga, N.; Chosrowjan, H.; Taniguchi, S.; Tanaka, F.; Kido, N.; Kitamura, M. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 8917-8920
53. Chosrowjan, H.; Taniguchi, S.; Mataga, N.; Nakanishi, T.; Haruyama, Y.; Sato, S.; Kitamura, M.; Tanaka, F. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 6175-6182
54. Chosrowjan, H.; Taniguchi, S.; Mataga, N.; Tanaka, F.; Todoroki, D.; Kitamura, M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 8695-8697
55. Tanaka, F.; Chosrowjan, H.; Taniguchi, S.; Mataga, N.; Sato, K.; Nishina, Y.; Shiga, K. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 5694-5699
56. Kim, C. H.; Park, J.; Seo, J.; Park, S. Y.; Joo, T. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 5618-5629
57. Zhang, L. Y.; Kao, Y. T.; Qiu, W. H.; Wang, L. J.; Zhong, D. P. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 18097-18103
58. Marme, N.; Knemeyer, J. P.; Sauer, M.; Wolfrum, J. Bioconjugate Chem. 2003, 14, 1133-1139
59. Beaumont, P. C.; Johnson, D. G.; Parsons, P. J. J. Photochem. Photobiol., A 1997, 107, 175-183
60. van de Linde, S.; Krstic, I.; Prisner, T.; Doose, S.; Heilemann, M.; Sauer, M. Photochem. Photobiol. Sci. 2011, 10, 499-506