Tandem mass tag protein labeling for top-down identification and quantification

Analytical Chemistry

Volumn 84, Issue 1, 2012, Pages 161-170

  Hung, Chien Wen ^a   Tholey, Andreas ^a  

^a UNIVERSITY OF KIEL   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ELECTRON-TRANSFER DISSOCIATION; FURTHER DEVELOPMENT; HIGH-ENERGY COLLISIONS; INTACT PROTEINS; ION PAIRS; LOW ENERGIES; PILOT STUDIES; PROTEIN CHARGE; PROTEIN CHEMISTRY; PROTEIN LABELING; PROTEIN QUANTIFICATION; PROTEIN SEQUENCES; PROTEOMICS; REVERSED-PHASE LIQUID CHROMATOGRAPHY; STATIONARY PHASIS; TANDEM MASS; TOPDOWN; WIDE DYNAMIC RANGE;

CHEMICAL ANALYSIS; DISSOCIATION; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR BIOLOGY;

PROTEINS;

PROTEIN;

ARTICLE; METHODOLOGY; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

PROTEINS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 84855405436     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac202243r     Document Type: Article

References (55)

1. Aebersold, R.; Mann, M. Nature 2003, 422, 198-207
2. Cravatt, B. F.; Simon, G. M.; Yates, J. R., III. Nature 2007, 450, 991-1000
3. Dreger, M. Eur. J. Biochem. 2003, 270, 569
4. Yates, J. R., III. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2004, 33, 297-316
5. Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2004, 76, 197A-203A
6. Wu, S.; Tolic, N.; Tian, Z.; Robinson, E. W.; Pasa-Tolic, L. Methods Mol. Biol. 2011, 694, 291-304
7. Zhai, B.; Villen, J.; Beausoleil, S. A.; Mintseris, J.; Gygi, S. P. J. Proteome Res. 2008, 7, 1675-1682
8. Fridriksson, E. K.; Beavil, A.; Holowka, D.; Gould, H. J.; Baird, B.; McLafferty, F. W. Biochemistry 2000, 39, 3369-3376
9. Garcia, B. A.; Thomas, C. E.; Kelleher, N. L.; Mizzen, C. A. J. Proteome Res. 2008, 7, 4225-4236
10. Whitelegge, J. P.; Zabrouskov, V.; Halgand, F.; Souda, P.; Bassilian, S.; Yan, W.; Wolinsky, L.; Loo, J. A.; Wong, D. T.; Faull, K. F. Int. J. Mass Spectrom. 2007, 268, 190-197
11. Roth, M. J.; Forbes, A. J.; Boyne, M. T., II; Kim, Y. B.; Robinson, D. E.; Kelleher, N. L. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1002-1008
12. Bogdanov, B.; Smith, R. D. Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 168-200
13. McLafferty, F. W.; Horn, D. M.; Breuker, K.; Ge, Y.; Lewis, M. A.; Cerda, B.; Zubarev, R. A.; Carpenter, B. K. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 245-249
14. Parks, B. A.; Jiang, L.; Thomas, P. M.; Wenger, C. D.; Roth, M. J.; Boyne, M. T., II; Burke, P. V.; Kwast, K. E.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2007, 79, 7984-7991
15. Makarov, A. Anal. Chem. 2000, 72, 1156-1162
16. Hu, Q.; Noll, R. J.; Li, H.; Makarov, A.; Hardman, M.; Cooks, R. G. J. Mass Spectrom. 2005, 40, 430-443
17. Makarov, A.; Denisov, E.; Kholomeev, A.; Balschun, W.; Lange, O.; Strupat, K.; Horning, S. Anal. Chem. 2006, 78, 2113-2120
18. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266
19. Syka, J. E.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9528-9533
20. Bunger, M. K.; Cargile, B. J.; Ngunjiri, A.; Bundy, J. L.; Stephenson, J. L., Jr. Anal. Chem. 2008, 80, 1459-1467
21. Leduc, R. D.; Kelleher, N. L. Curr. Protoc. Bioinf. 2007, Chapter 13, Unit 13 6.
22. Chi, A.; Bai, D. L.; Geer, L. Y.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Int. J. Mass Spectrom. 2007, 259, 197-203
23. Sharma, S.; Simpson, D. C.; Tolic, N.; Jaitly, N.; Mayampurath, A. M.; Smith, R. D.; Pasa-Tolic, L. J. Proteome Res. 2007, 6, 602-610
24. Vellaichamy, A.; Tran, J. C.; Catherman, A. D.; Lee, J. E.; Kellie, J. F.; Sweet, S. M.; Zamdborg, L.; Thomas, P. M.; Ahlf, D. R.; Durbin, K. R.; Valaskovic, G. A.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2010, 82, 1234-1244
25. Lee, C. S.; Balgley, B. M. Methods Mol. Biol. 2009, 492, 233-240
26. Mohr, J.; Swart, R.; Samonig, M.; Bohm, G.; Huber, C. G. Proteomics 2010, 10, 3598-3609
27. Melchior, K.; Tholey, A.; Heisel, S.; Keller, A.; Lenhof, H. P.; Meese, E.; Huber, C. G. J. Proteome Res. 2009, 8, 4604-4614
28. Melchior, K.; Tholey, A.; Heisel, S.; Keller, A.; Lenhof, H. P.; Meese, E.; Huber, C. G. J. Chromatogr., A 2010, 1217, 6159-6168
29. Pesavento, J. J.; Mizzen, C. A.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2006, 78, 4271-4280
30. Zabrouskov, V.; Han, X.; Welker, E.; Zhai, H.; Lin, C.; van Wijk, K. J.; Scheraga, H. A.; McLafferty, F. W. Biochemistry 2006, 45, 987-992
31. Mazur, M. T.; Cardasis, H. L.; Spellman, D. S.; Liaw, A.; Yates, N. A.; Hendrickson, R. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 7728-7733
32. Martinovic, S.; Veenstra, T. D.; Anderson, G. A.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. J. Mass Spectrom. 2002, 37, 99-107
33. Veenstra, T. D.; Martinovic, S.; Anderson, G. A.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 78-82
34. Du, Y.; Parks, B. A.; Sohn, S.; Kwast, K. E.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2006, 78, 686-694
35. Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 376-386
36. Waanders, L. F.; Hanke, S.; Mann, M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 2058-2064
37. Collier, T. S.; Hawkridge, A. M.; Georgianna, D. R.; Payne, G. A.; Muddiman, D. C. Anal. Chem. 2008, 80, 4994-5001
38. Collier, T. S.; Sarkar, P.; Rao, B.; Muddiman, D. C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 879-889
39. Thompson, A.; Schafer, J.; Kuhn, K.; Kienle, S.; Schwarz, J.; Schmidt, G.; Neumann, T.; Johnstone, R.; Mohammed, A. K.; Hamon, C. Anal. Chem. 2003, 75, 1895-1904
40. Ross, P. L.; Huang, Y. N.; Marchese, J. N.; Williamson, B.; Parker, K.; Hattan, S.; Khainovski, N.; Pillai, S.; Dey, S.; Daniels, S.; Purkayastha, S.; Juhasz, P.; Martin, S.; Bartlet-Jones, M.; He, F.; Jacobson, A.; Pappin, D. J. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 1154-1169
41. Wiese, S.; Reidegeld, K. A.; Meyer, H. E.; Warscheid, B. Proteomics 2007, 7, 340-350
42. Sinclair, J.; Timms, J. F. Methods 2011, 54, 361-369
43. Prudova, A.; auf dem Keller, U.; Butler, G. S.; Overall, C. M. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 894-911
44. Vaudel, M.; Sickmann, A.; Martens, L. Proteomics 2010, 10, 650-670
45. Golub, G. H.; Van Loan, C. F. In Matrix Computations, 3 rd ed.; Johns Hopkins University Press: Baltimore, MD, 1996; pp xxvii, 694.
46. Miller, B. T.; Collins, T. J.; Rogers, M. E.; Kurosky, A. Peptides 1997, 18, 1585-1595
47. Chi, H.; Sun, R. X.; Yang, B.; Song, C. Q.; Wang, L. H.; Liu, C.; Fu, Y.; Yuan, Z. F.; Wang, H. P.; He, S. M.; Dong, M. Q. J. Proteome Res. 2010, 9, 2713-2724
48. Compton, P. D.; Zamdborg, L.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2011, 83, 6868-6974
49. Macek, B.; Waanders, L. F.; Olsen, J. V.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 949-958
50. Chi, A.; Huttenhower, C.; Geer, L. Y.; Coon, J. J.; Syka, J. E.; Bai, D. L.; Shabanowitz, J.; Burke, D. J.; Troyanskaya, O. G.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 2193-2198
51. Udeshi, N. D.; Compton, P. D.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; Rose, K. L. Nat. Protoc. 2008, 3, 1709-1717
52. McAlister, G. C.; Phanstiel, D.; Good, D. M.; Berggren, W. T.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2007, 79, 3525-3534
53. Viner, R. I.; Zhang, T.; Second, T.; Zabrouskov, V. J. Proteomics 2009, 72, 874-885
54. Duncan, M. W.; Aebersold, R.; Caprioli, R. M. Nat. Biotechnol. 2010, 28, 659-664
55. Marshall, A. G.; Senko, M. W.; Li, W.; Li, M.; Dillon, S.; Guan, S.; Logan, T. M. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 433-434