Proteomic study of human glioblastoma multiforme tissue employing complementary two-dimensional liquid chromatography- and mass spectrometry-based approaches

Journal of Proteome Research

Volumn 8, Issue 10, 2009, Pages 4604-4614

  Melchior, Katja ^a,d   Tholey, Andreas ^a,b   Heisel, Sabrina ^c   Keller, Andreas ^a   Lenhof, Hans Peter ^a   Meese, Eckart ^c   Huber, Christian G ^a,d  

^a SAARLAND UNIVERSITY   (Germany)

^b UNIVERSITY OF KIEL   (Germany)

^c SAARLAND UNIVERSITY   (Germany)

^d UNIVERSITY OF SALZBURG   (Austria)

Author keywords

Human brain tumor tissue; Protein fractionation; Proteome analysis; Two dimensional chromatography

Indexed keywords

AUTOANTIBODY; MEMBRANE PROTEIN;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; ASTROCYTOMA; BRAIN TISSUE; BRAIN TUMOR; CONTROLLED STUDY; GLIOBLASTOMA; HUMAN; HUMAN TISSUE; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN DETERMINATION; PROTEIN EXPRESSION; PROTEIN ISOLATION; PROTEOMICS; TWO DIMENSIONAL LIQUID CHROMATOGRAPHY; WORLD HEALTH ORGANIZATION;

ANTIGENS, NEOPLASM; BRAIN CHEMISTRY; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; GLIOBLASTOMA; HUMANS; ISOELECTRIC POINT; MALE; MASS SPECTROMETRY; MEMBRANE PROTEINS; MIDDLE AGED; MOLECULAR WEIGHT; PEPTIDES; PROTEINS; PROTEOME; REPRODUCIBILITY OF RESULTS;

EID: 70349974394     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr900420b     Document Type: Article

References (56)

1. Cravatt, B. F.; Simon, G. M.; Yates, J. R. Nature 2007, 450, 991-1000.
2. Shen, Y.; Kim, J.; Strittmatter, E. F.; Jacobs, J. M.; Camp, D. G.; Fang, R.; Tolie, N.; Moore, R. J.; Smith, R. D. Proteomics 2005, 5, 4034-4045
3. Kim, H.; Lubman, D. M. J. Chromatogr., A 2008, 1194, 3-10.
4. Meyer, H. E.; Stuhler, K. Proteomics 2007, 7, 18-26.
5. Reinders, J.; Zahedi, R. P.; Pfanner, N.; Meisinger, C.; Sickmann, A. J. Proteome Res. 2006, 5, 1543-1554
6. Mitulovic, G.; Stingl, C.; Smoluch, M.; Swart, R.; Chervet, J. P.; Steinmacher, I.; Gerner, C.; Mechtler, K. Proteomics 2004, 4, 2545-2557
7. Rainer, M.; Sonderegger, H.; Bakry, R.; Huck, C. W.; Morandell, S.; Huber, L. A.; Gjerde, D. T.; Bonn, G. K. Proteomics 2008, 8, 4593-4602
8. Fountoulakis, M.; Juranville, J. F.; Dierssen, M.; Lubec, G. Proteomics 2002, 2, 1547-1576
9. Shin, J. H.; Krapfenbauer, K.; Lubec, G. Electrophoresis 2005, 26, 2759-2778
10. Cagney, G.; Park, S.; Chung, C.; Tong, B.; O'Dushlaine, C.; Shields, D. C.; Emili, A. J. Proteome Res. 2005, 4, 1757-1767
11. Dumont, D.; Noben, J. P.; Verhaert, P.; Stinissen, P.; Robben, J. Proteomics 2006, 6, 4967-4977
12. Hamacher, M.; Meyer, H. E. Expert Rev. Proteomics 2005, 2, 1-3.
13. Mueller, M.; Martens, L.; Reidegeld, K. A.; Hamacher, M.; Stephan, C.; Bluggel, M.; Korting, G.; Chamrad, D.; Scheer, C.; Marcus, K.; Meyer, H. E.; Apweiler, R. Proteomics 2006, 6, 5059-5075
14. Reidegeld, K. A.; Muller, M.; Stephan, C.; Bluggel, M.; Hamacher, M.; Martens, L.; Korting, G.; Chamrad, D. C.; Parkinson, D.; Apweiler, R.; Meyer, H. E.; Marcus, K. Proteomics 2006, 6, 4997-5014.
15. Ohgaki, H.; Kleihues, P. J. Neuropathol. Exp. Neurol. 2005, 64, 479-489
16. Prados, M. D.; Gutin, P. H.; Phillips, T. L.; Wara, W. M.; Larson, D. A.; Sneed, P. K.; Davis, R. L.; Ahn, D. K.; Lamborn, K.; Wilson, C. B Int. J. Radiat. Oncol. Biol. Phys 1992, 23, 3-8.
17. Zheng, T.; Cantor, K. P.; Zhang, Y.; Chiu, B. C.; Lynch, C. F. Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev. 2001, 10, 413-414
18. Huncharek, M.; Kupelnick, B.; Wheeler, L. J. Environ. Pathol. Toxicol. Oncol. 2003, 22, 129-137
19. Inskip, P. D.; Tarone, R. E.; Hatch, E. E.; Wilcosky, T. C.; Shapiro, W. R.; Selker, R. G.; Fine, H. A.; Black, P. M.; Loeffler, J. S.; Linet, M. S N. Engl. J. Med 2001, 344, 79-86.
20. Savitz, D. A.; Checkoway, H.; Loomis, D. P. Epidemiology 1998, 9, 398-404.
21. Vilchez, R. A.; Kozinetz, C. A.; Arrington, A. S.; Madden, C. R.; Butel, J. S Am. J. Med, 2003, 114, 675-684
22. Cavenee, W. K. J. Neurosurg. 2000, 92, 1080-1081
23. Wang, Y.; Rudnick, P. A.; Evans, E. L.; Li, J.; Zhuang, Z.; Devoe, D. L.; Lee, C. S.; Balgley, B. M. Anal. Chem. 2005, 77, 6549-6556
24. Odreman, F.; Vindigni, M.; Gonzales, M. L.; Niccolini, B.; Candiano, G.; Zanotti, B.; Skrap, M.; Pizzolitto, S.; Stanta, G.; Vindigni, A. J. Proteome Res. 2005, 4, 698-708.
25. Khalil, A. A. Cancer Sci. 2007, 98, 201-213
26. Schwartz, S. A.; Weil, R. J.; Thompson, R. C.; Shyr, Y.; Moore, J. H.; Toms, S. A.; Johnson, M. D.; Caprioli, R. M. Cancer Res. 2005, 65, 7674-7681
27. Faca, V.; Pitteri, S. J.; Newcomb, L.; Glukhova, V.; Phanstiel, D.; Krasnoselsky, A.; Zhang, Q.; Struthers, J.; Wang, H.; Eng, J.; Fitzgibbon, M.; McIntosh, M.; Hanash, S. J. Proteome Res. 2007, 6, 3558-3565
28. Yoo, C.; Patwa, T. H.; Kreunin, P.; Miller, F. R.; Huber, C. G.; Nesvizhskii, A. I.; Lubman, D. M. J. Mass Spectrom. 2007, 42, 312-334
29. Ludwig, N.; Keller, A.; Comtesse, N.; Rheinheimer, S.; Pallasch, C.; Fischer, U.; Fassbender, K.; Steudel, W. I.; Lenhof, H. P.; Meese, E. Clin. Cancer Res. 2008, 14, 4767-4774
30. Wang, H.; Qian, W. J.; Chin, M. H.; Petyuk, V. A.; Barry, R. C.; Liu, T.; Gritsenko, M. A.; Mottaz, H. M.; Moore, R. J.; Camp Ii, D. G.; Khan, A. H.; Smith, D. J.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2006, 5, 361-369
31. Chen, H.; Horváth, C. Anal. Methods Instr. 1993, 1, 213-222
32. Hancock, W. S.; Chloupek, R. C.; Kirkland, J. J.; Snyder, L. R. J. Chromatogr., A 1994, 686, 31-43.
33. Chloupek, R. C.; Hancock, W. S.; Marchylo, B. A.; Kirkland, J. J.; Boyes, B. E.; Snyder, L. R. J. Chromatogr., A 1994, 686, 45-59.
34. Walcher, W.; Toll, H.; Ingendoh, A.; Huber, C. G. J. Chromatogr., A 2004, 1053, 107-117
35. Hancock, W. S.; Chloupek, R. C.; Kirkland, J. J.; Snyder, L. R. J. Chromatogr., A 1994, 686, 31-43.
36. Lasaosa, M.; Delmotte, N.; Huber, C. G.; Melchior, K.; Heinzle, E.; Tholey, A. Anal. Bioanal. Chem. 2009, 393, 1245-1256
37. Premstaller, A.; Oberacher, H.; Huber, C. G. Anal. Chem. 2000, 72, 4386-4393
38. Campbell, J. M.; Vestal, M. L. Proceedings of the 50th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Orlando, FL, June, 2-6, 2002.
39. Perkins, D. N.; Pappin, D. J.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Electrophoresis 1999, 20, 3551-3567
40. Keller, A.; Nesvizhskii, A. I.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2002, 74, 5383-5392
41. Nesvizhskii, A. I.; Keller, A.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2003, 75, 4646-4658
42. Backes, C.; Keller, A.; Kuentzer, J.; Kneissl, B.; Comtesse, N.; Elnakady, Y. A.; Muller, R.; Meese, E.; Lenhof, H. P. Nucleic Acids Res. 2007, 35, W186-92.
43. Ashburner, M.; Ball, C. A.; Blake, J. A.; Botstein, D.; Butler, H.; Cherry, J. M.; Davis, A. P.; Dolinski, K.; Dwight, S. S.; Eppig, J. T.; Harris, M. A.; Hill, D. P.; Issel-Tarver, L.; Kasarskis, A.; Lewis, S.; Matese, J. C.; Richardson, J. E.; Ringwald, M.; Rubin, G. M.; Sherlock, G. Nat. Genet. 2000, 25, 25-29
44. Mi, H.; Lazareva-Ulitsky, B.; Loo, R.; Kejariwal, A.; Vandergriff, J.; Rabkin, S.; Guo, N.; Muruganujan, A.; Doremieux, O.; Campbell, M. J.; Kitano, H.; Thomas, P. D. Nucleic Acids Res. 2005, 33, D284-8.
45. Wilkins, M. R.; Appel, R. D.; Van Eyk, J. E.; Chung, M. C.; Gorg, A.; Hecker, M.; Huber, L. A.; Langen, H.; Link, A. J.; Paik, Y. K.; Patterson, S. D.; Pennington, S. R.; Rabilloud, T.; Simpson, R. J.; Weiss, W.; Dunn, M. J. Proteomics 2006, 6, 4-8.
46. O'Farrell, P. H. J. Biol. Chem. 1975, 250, 4007-4021
47. Plant-Microbe Genomics Faciity (PMGF) at Ohio State University 2007.
48. Wu, S.; Wan, P.; Li, J.; Li, D.; Zhu, Y.; He, F. Proteomics 2006, 6, 449-455
49. Tan, S.; Tan, H. T.; Chung, M. C. Proteomics 2008, 8, 3924-3932
50. Santoni, V.; Molloy, M.; Rabilloud, T. Electrophoresis 2000, 21, 1054-1070
51. Tholey, A.; Pipkorn, R.; Bossemeyer, D.; Kinzel, V.; Reed, J. Biochemistry 2001, 40, 225-231
52. Wang, H.; Qian, W. J.; Mottaz, H. M.; Clauss, T. R.; Anderson, D. J.; Moore, R. J.; Camp, D. G.; Khan, A. H.; Sforza, D. M.; Pallavicini, M.; Smith, D. J.; Smith, R. D J. Proteome Res 2005, 4, 2397-2403
53. Huber, C. G.; Walcher, W; Timperio, A. M.; Troiani, S.; Porceddu, E.; Zolla, L Proteomics 2004, 4, 3909-3920
54. Thomas, P. D.; Kejariwal, A.; Campbell, M. J.; Mi, H.; Diemer, K.; Guo, N.; Ladunga, I.; Ulitsky-Lazareva, B.; Muruganujan, A.; Rabkin, S.; Vandergriff, J. A.; Doremieux, O. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 334-341
55. Tureci, O.; Sahin, U.; Pfreundschuh, M. Mol. Med. Today 1997, 3, 342-349
56. Lee, S. Y.; Jeoung, D. J. Microbiol. Biotechnol. 2007, 17, 879-890