Global risk transformative prioritization for prostate cancer candidate genes in molecular networks

Molecular BioSystems

Volumn 7, Issue 9, 2011, Pages 2547-2553

  Chen, Lina ^a   Tai, Jingxie ^a   Zhang, Liangcai ^a   Shang, Yukui ^a   Li, Xu ^a   Qu, Xiaoli ^a   Li, Weiguo ^a   Miao, Zhengqiang ^a   Jia, Xu ^a   Wang, Hong ^a   Li, Wan ^a   He, Weiming ^b  

^a HARBIN MEDICAL UNIVERSITY   (China)

^b HARBIN INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALGORITHM; ARTICLE; BIOLOGY; GENETIC DATABASE; GENETIC PREDISPOSITION; GENETICS; HUMAN; MALE; METABOLISM; METHODOLOGY; PROSTATE TUMOR; PROTEIN ANALYSIS;

ALGORITHMS; COMPUTATIONAL BIOLOGY; DATABASES, GENETIC; GENETIC PREDISPOSITION TO DISEASE; HUMANS; MALE; PROSTATIC NEOPLASMS; PROTEIN INTERACTION MAPPING;

EID: 80051718486     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1mb05134b     Document Type: Article

References (53)

1. D. Botstein N. Risch Nat. Genet. 2003 33 Suppl. 228 237
2. R. A. George J. Y. Liu L. L. Feng R. J. Bryson-Richardson D. Fatkin M. A. Wouters Nucleic Acids Res. 2006 34 e130
3. E. A. Adie R. R. Adams K. L. Evans D. J. Porteous B. S. Pickard BMC Bioinf. 2005 6 55
4. S. Aerts D. Lambrechts S. Maity P. Van Loo B. Coessens F. De Smet L. C. Tranchevent B. De Moor P. Marynen B. Hassan P. Carmeliet Y. Moreau Nat. Biotechnol. 2006 24 537 544
5. J. Hu J. Wan L. Hackler, Jr. D. J. Zack J. Qian Bioinformatics 2010 26 2289 2297
6. D. Shriner T. M. Baye M. A. Padilla S. Zhang L. K. Vaughan A. E. Loraine Nucleic Acids Res. 2008 36 e26
7. L. Franke H. van Bakel L. Fokkens E. D. de Jong M. Egmont-Petersen C. Wijmenga Am. J. Hum. Genet. 2006 78 1011 1025
8. J. Freudenberg P. Propping Bioinformatics 2002 18 Suppl. 2 S110 S115
9. F. S. Turner D. R. Clutterbuck C. A. Semple Genome Biology 2003 4 R75
10. J. Chen H. Xu B. J. Aronow A. G. Jegga BMC Bioinf. 2007 8 392
11. N. Tiffin I. Okpechi C. Perez-Iratxeta M. A. Andrade-Navarro R. Ramesar Physiol. Genomics 2008 35 55 64
12. C. Ortutay M. Vihinen Nucleic Acids Res. 2009 37 622 628
13. L. C. Tranchevent R. Barriot S. Yu S. Van Vooren P. Van Loo B. Coessens B. De Moor S. Aerts Y. Moreau Nucleic Acids Res. 2008 36 W377 W384
14. N. Tiffin J. F. Kelso A. R. Powell H. Pan V. B. Bajic W. A. Hide Nucleic Acids Res. 2005 33 1544 1552
15. S. Li L. Wu Z. Zhang Bioinformatics 2006 22 2143 2150
16. K. J. Gaulton K. L. Mohlke T. J. Vision Bioinformatics 2007 23 1132 1140
17. Z. Lombard N. Tiffin O. Hofmann V. B. Bajic W. Hide M. Ramsay BMC Genomics 2007 8 389
18. M. Oti H. G. Brunner Clin. Genet. 2007 71 1 11
19. J. Chen B. J. Aronow A. G. Jegga BMC Bioinf. 2009 10 73
20. Z. Tumer P. J. Croucher L. R. Jensen J. Hampe C. Hansen V. Kalscheuer H. H. Ropers N. Tommerup S. Schreiber Gene 2002 288 179 185
21. A. Koike Y. Niwa T. Takagi Bioinformatics 2005 21 1227 1236
22. U. Stelzl U. Worm M. Lalowski C. Haenig F. H. Brembeck H. Goehler M. Stroedicke M. Zenkner A. Schoenherr S. Koeppen J. Timm S. Mintzlaff C. Abraham N. Bock S. Kietzmann A. Goedde E. Toksoz A. Droege S. Krobitsch B. Korn W. Birchmeier H. Lehrach E. E. Wanker Cell (Cambridge, Mass.) 2005 122 957 968
23. T. Ideker R. Sharan Genome Res. 2008 18 644 652
24. M. G. Kann Briefings Bioinf. 2007 8 333 346
25. K. Lage E. O. Karlberg Z. M. Storling P. I. Olason A. G. Pedersen O. Rigina A. M. Hinsby Z. Tumer F. Pociot N. Tommerup Y. Moreau S. Brunak Nat. Biotechnol. 2007 25 309 316
26. S. Kohler S. Bauer D. Horn P. N. Robinson Am. J. Hum. Genet. 2008 82 949 958
27. M. Oti B. Snel M. A. Huynen H. G. Brunner J. Med. Genet. 2006 43 691 698
28. X. Wu R. Jiang M. Q. Zhang S. Li Mol. Syst. Biol. 2008 4 189
29. J. Xu Y. Li Bioinformatics 2006 22 2800 2805
30. L. Sam Y. Liu J. Li C. Friedman Y. A. Lussier Pac. Symp. Biocomput. 2007 76 87
31. S. I. Berger J. M. Posner A. Ma'ayan BMC Bioinf. 2007 8 372
32. I. Feldman A. Rzhetsky D. Vitkup Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 4323 4328
33. X. Jiang B. Liu J. Jiang H. Zhao M. Fan J. Zhang Z. Fan T. Jiang FEBS Lett. 2008 582 2549 2554
34. K. I. Goh M. E. Cusick D. Valle B. Childs M. Vidal A. L. Barabasi Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 8685 8690
35. E. Wang A. Lenferink M. O'Connor-McCourt Cell. Mol. Life Sci. 2007 64 1752 1762
36. P. F. Jonsson P. A. Bates Bioinformatics 2006 22 2291 2297
37. V. A. McKusick Am. J. Hum. Genet. 2007 80 588 604
38. J. H. Kim S. M. Dhanasekaran R. Mehra S. A. Tomlins W. Gu J. Yu C. Kumar-Sinha X. Cao A. Dash L. Wang D. Ghosh K. Shedden J. E. Montie M. A. Rubin K. J. Pienta R. B. Shah A. M. Chinnaiyan Cancer Res. 2007 67 8229 8239
39. W. Yu A. Wulf T. Liu M. J. Khoury M. Gwinn BMC Bioinf. 2008 9 528
40. K. R. Brown I. Jurisica Genome Biology 2007 8 R95
41. K. R. Brown I. Jurisica Bioinformatics 2005 21 2076 2082
42. G. Dennis, Jr. B. T. Sherman D. A. Hosack J. Yang W. Gao H. C. Lane R. A. Lempicki Genome Biology 2003 4 P3
43. W. Huang da B. T. Sherman R. A. Lempicki Nat. Protocols 2009 4 44 57
44. D. Wigle I. Jurisica Cancer Inf. 2007 5 10 18
45. D. Huang T. W. Chow Bioinformatics 2007 23 1503 1510
46. I. G. Khalil C. Hill Curr. Opin. Oncol. 2005 17 44 48
47. J. C. Pignon B. Koopmansch G. Nolens L. Delacroix D. Waltregny R. Winkler Cancer Res. 2009 69 2941 2949
48. D. Di Vizio M. Morello F. Sotgia R. G. Pestell M. R. Freeman M. P. Lisanti Cell Cycle 2009 8 2420 2424
49. J. Concato D. Jain E. Uchio H. Risch W. W. Li C. K. Wells Ann. Intern. Med. 2009 150 595 603
50. T. R. Johnson L. Khandrika B. Kumar S. Venezia S. Koul R. Chandhoke P. Maroni R. Donohue R. B. Meacham H. K. Koul Mol. Cancer Res. 2008 6 1639 1648
51. A. Salonia A. Briganti A. Gallina P. Karakiewicz S. Shariat M. Freschi G. Zanni U. Capitanio E. Bosi P. Rigatti F. Montorsi Urology 2009 73 850 855
52. K. Zhu W. Chan J. Heymach M. Wilkinson D. J. McConkey Cancer Res. 2009 69 1836 1843
53. T. J. Walton G. Li T. A. McCulloch R. Seth D. G. Powe M. C. Bishop R. C. Rees Prostate 2009 69 810 819