Resonance assignments and secondary structure analysis of dynein light chain 8 by magic-angle spinning NMR spectroscopy

Canadian Journal of Chemistry

Volumn 89, Issue 7, 2011, Pages 909-918

  Sun, Shangjin ^a   Butterworth, Andrew H ^a   Paramasivam, Sivakumar ^a   Yan, Si ^a   Lightcap, Christine M ^b   Williams, John C ^b   Polenova, Tatyana ^a  

^a UNIVERSITY OF DELAWARE   (United States)

^b CITY OF HOPE NATIONAL MEDICAL CENTER   (United States)

Author keywords

Dynein; LC8; Magic angle spinning; MAS; Solid state NMR

Indexed keywords

DYNEIN; LC8; MAGIC ANGLE SPINNING; MAS; SOLID STATE NMR;

COMPLEXATION; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PROTEINS; RESONANCE;

CRYSTAL STRUCTURE;

EID: 80051523615     PISSN: 00084042     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1139/v11-030     Document Type: Article

References (69)

1. King S. M. Biochim. Biophys. Acta 2000 1496 (1), 60. 10.1016/S0167- 4889(00)00009-4 (Pubitemid 30155598)
2. Pfister K. K. Shah P. R. Hummerich H. Russ A. Cotton J. Annuar A. A. King S. M. Fisher E. M. PLoS Genet. 2006 2 (1), e1. 10.1371/journal.pgen.0020001
3. Harrison A. Olds-Clarke P. King S. M. J. Cell Biol. 1998 140 (5), 1137. 10.1083/jcb.140.5.1137 (Pubitemid 28128873)
4. King S. M. Patel-King R. S. J. Biol. Chem. 1995 270 (19), 11445. 10.1074/jbc.270.19.11445
5. Pazour G. J. Wilkerson C. G. Witman G. B. J. Cell Biol. 1998 141 (4), 979. 10.1083/jcb.141.4.979 (Pubitemid 28243965)
6. Espindola F. S. Suter D. M. Partata L. B. Cao T. Wolenski J. S. Cheney R. E. King S. M. Mooseker M. S. Cell Motil. Cytoskeleton 2000 47 (4), 269. 10.1002/1097-0169(200012)47:4<269::AID-CM2>3.0.CO;2-G
7. Stelter P. Kunze R. Flemming D. Hopfner D. Diepholz M. Philippsen P. Bottcher B. Hurt E. Nat. Cell Biol. 2007 9 (7), 788. 10.1038/ncb1604 (Pubitemid 47019465)
8. Barbar E. Biochemistry 2008 47 (2), 503. 10.1021/bi701995m (Pubitemid 351195422)
9. Vadlamudi R. K. Bagheri-Yarmand R. Yang Z. Balasenthil S. Nguyen D. Sahin A. A. den Hollander P. Kumar R. Cancer Cell 2004 5 (6), 575. 10.1016/j.ccr.2004.05.022 (Pubitemid 38748919)
10. Kubota T. Matsuoka M. Chang T. H. Bray M. Jones S. Tashiro M. Kato A. Ozato K. J. Virol. 2009 83 (13), 6952. 10.1128/JVI.00480-09
11. Su Y. Qiao W. Guo T. Tan J. Li Z. Chen Y. Li X. Li Y. Zhou J. Chen Q. Cell. Microbiol. 2010 12 (8), 1098. 10.1111/j.1462-5822.2010.01453.x
12. Tan G. S. Preuss M. A. Williams J. C. Schnell M. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007 104 (17), 7229. 10.1073/pnas.0701397104 (Pubitemid 47186037)
13. Moseley G. W. Roth D. M. DeJesus M. A. Leyton D. L. Filmer R. P. Pouton C. W. Jans D. A. Mol. Biol. Cell 2007 18 (8), 3204. 10.1091/mbc.E07-01-0030 (Pubitemid 47235323)
14. Fejtova A. Davydova D. Bischof F. Lazarevic V. Altrock W. D. Romorini S. Schone C. Zuschratter W. Kreutz M. R. Garner C. C. Ziv N. E. Gundelfinger E. D. J. Cell Biol. 2009 185 (2), 341. 10.1083/jcb.200807155
15. Lightcap C. M. Kari G. Arias-Romero L. E. Chernoff J. Rodeck U. Williams J. C. PLoS ONE 2009 4 (6), e6025. 10.1371/journal.pone.0006025
16. Barbar E. Kleinman B. Imhoff D. Li M. Hays T. S. Hare M. Biochemistry 2001 40 (6), 1596. 10.1021/bi002278+ (Pubitemid 32144028)
17. Mohan P. M. Barve M. Chatterjee A. Hosur R. V. Protein Sci. 2006 15 (2), 335. 10.1110/ps.051854906 (Pubitemid 43145005)
18. Jung Y. Kim H. Min S. H. Rhee S. G. Jeong W. J. Biol. Chem. 2008 283 (35), 23863. 10.1074/jbc.M803072200
19. King S. M. Sci. Signal. 2008 1 (47), pe51. 10.1126/scisignal.147pe51
20. Song Y. Benison G. Nyarko A. Hays T. S. Barbar E. J. Biol. Chem. 2007 282 (23), 17272. 10.1074/jbc.M610445200 (Pubitemid 47093205)
21. Song C. Wen W. Rayala S. K. Chen M. Ma J. Zhang M. Kumar R. J. Biol. Chem. 2008 283 (7), 4004. 10.1074/jbc.M704512200
22. Lightcap C. M. Sun S. Lear J. D. Rodeck U. Polenova T. Williams J. C. J. Biol. Chem. 2008 283 (40), 27314. 10.1074/jbc.M800758200
23. Yang P. Yang C. Wirschell M. Davis S. J. Biol. Chem. 2009 284 (45), 31412. 10.1074/jbc.M109.050666
24. Fan J. Zhang Q. Tochio H. Li M. Zhang M. J. Mol. Biol. 2001 306 (1), 97. 10.1006/jmbi.2000.4374 (Pubitemid 33027735)
25. Lo K. W. Kan H. M. Chan L. N. Xu W. G. Wang K. P. Wu Z. Sheng M. Zhang M. J. Biol. Chem. 2005 280 (9), 8172. 10.1074/jbc.M411408200 (Pubitemid 40349718)
26. Williams J. C. Roulhac P. L. Roy A. G. Vallee R. B. Fitzgerald M. C. Hendrickson W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007 104 (24), 10028. 10.1073/pnas.0703614104 (Pubitemid 47175257)
27. Benison G. Karplus P. A. Barbar E. J. Mol. Biol. 2007 371 (2), 457. 10.1016/j.jmb.2007.05.046 (Pubitemid 47048273)
28. Chen Y. M. Gerwin C. Sheng Z. H. J. Neurosci. 2009 29 (30), 9429. 10.1523/JNEUROSCI.1472-09.2009
29. Wang W. Lo K. W. Kan H. M. Fan J. S. Zhang M. J. Biol. Chem. 2003 278 (42), 41491. 10.1074/jbc.M307118200 (Pubitemid 37280978)
30. Makokha M. Huang Y. J. Montelione G. Edison A. S. Barbar E. Protein Sci. 2004 13 (3), 727. 10.1110/ps.03462204 (Pubitemid 38252570)
31. Fan J. S. Zhang Q. Tochio H. Zhang M. J. Biomol. NMR 2002 23 (2), 103. 10.1023/A:1016332918178 (Pubitemid 34778163)
32. Hall J. Hall A. Pursifull N. Barbar E. Biochemistry 2008 47 (46), 11940. 10.1021/bi801093k
33. Benison G. Karplus P. A. Barbar E. J. Mol. Biol. 2008 384 (4), 954. 10.1016/j.jmb.2008.09.083
34. Benison G. Barbar E. Methods Enzymol. 2009 455, 237. 10.1016/S0076- 6879(08)04209-2
35. Nyarko A. Cochrun L. Norwood S. Pursifull N. Voth A. Barbar E. Biochemistry 2005 44 (43), 14248. 10.1021/bi0512694 (Pubitemid 41533049)
36. Petit C. Giron M.-L. Tobaly-Tapiero J. Bittoun P. Real E. Jacob Y. Tordo N. de Thé H. Sab A. J. Cell Sci. 2003 116 (16), 3433. 10.1242/jcs.00613 (Pubitemid 37038990)
37. Yang J. Paramasivam S. Marulanda D. Cataldi M. Tasayco M. L. Polenova T. Magn. Reson. Chem. 2007 45 (S1), S73. 10.1002/mrc.2092
38. Yang J. Tasayco M. L. Polenova T. J. Am. Chem. Soc. 2008 130 (17), 5798. 10.1021/ja711304e (Pubitemid 351600513)
39. Marulanda D. Tasayco M. L. McDermott A. Cataldi M. Arriaran V. Polenova T. J. Am. Chem. Soc. 2004 126 (50), 16608. 10.1021/ja0464589 (Pubitemid 40081963)
40. Sun S. Siglin A. Williams J. C. Polenova T. J. Am. Chem. Soc. 2009 131 (29), 10113. 10.1021/ja902003u
41. Etzkorn M. Bockmann A. Lange A. Baldus M. J. Am. Chem. Soc. 2004 126 (45), 14746. 10.1021/ja0479181 (Pubitemid 39532154)
42. Böckmann A. Lange A. Galinier A. Luca S. Giraud N. Juy M. Heise H. Montserret R. Penin F. Baldus M. J. Biomol. NMR 2003 27 (4), 323. 10.1023/A:1025820611009 (Pubitemid 37322106)
43. Shen Y. Delaglio F. Cornilescu G. Bax A. J. Biomol. NMR 2009 44 (4), 213. 10.1007/s10858-009-9333-z
44. Laskowski R. A. Hutchinson E. G. Michie A. D. Wallace A. C. Jones M. L. Thornton J. M. Trends Biochem. Sci. 1997 22 (12), 488. 10.1016/S0968-0004(97) 01140-7 (Pubitemid 27515917)
45. McDermott A. Polenova T. Bockmann A. Zilm K. W. Paulsen E. K. Martin R. W. Montelione G. T. J. Biomol. NMR 2000 16 (3), 209. 10.1023/A:1008391625633 (Pubitemid 30217109)
46. Franks W. T. Zhou D. H. Wylie B. J. Money B. G. Graesser D. T. Frericks H. L. Sahota G. Rienstra C. M. J. Am. Chem. Soc. 2005 127 (35), 12291. 10.1021/ja044497e (Pubitemid 41279253)
47. Igumenova T. I. Wand A. J. McDermott A. E. J. Am. Chem. Soc. 2004 126 (16), 5323. 10.1021/ja030546w (Pubitemid 38509487)
48. Pauli J. van Rossum B. Forster H. de Groot H. J. Oschkinat H. J. Magn. Reson. 2000 143 (2), 411. 10.1006/jmre.2000.2029
49. Chen L. Kaiser J. M. Polenova T. Yang J. Rienstra C. M. Mueller L. J. J. Am. Chem. Soc. 2007 129 (35), 10650. 10.1021/ja073498e (Pubitemid 350067463)
50. Chen L. Olsen R. A. Elliott D. W. Boettcher J. M. Zhou D. H. Rienstra C. M. Mueller L. J. J. Am. Chem. Soc. 2006 128 (31), 9992. 10.1021/ja062347t (Pubitemid 44201066)
51. Chen L. L. Kaiser J. M. Lai J. F. Polenova T. Yang J. Rienstra C. M. Mueller L. J. Magn. Reson. Chem. 2007 45 (S1), S84. 10.1002/mrc.2107
52. Marulanda D. Tasayco M. L. Cataldi M. Arriaran V. Polenova T. J. Phys. Chem. B 2005 109 (38), 18135. 10.1021/jp052774d (Pubitemid 41445358)
53. Igumenova T. I. McDermott A. E. Zilm K. W. Martin R. W. Paulson E. K. Wand A. J. J. Am. Chem. Soc. 2004 126 (21), 6720. 10.1021/ja030547o (Pubitemid 38697371)
54. Pauli J. Baldus M. van Rossum B. de Groot H. Oschkinat H. ChemBioChem 2001 2 (4), 272. 10.1002/1439-7633(20010401)2:4<272::AID-CBIC272>3.0.CO;2- 2
55. Han Y. Ahn J. Concel J. Byeon I. J. Gronenborn A. M. Yang J. Polenova T. J. Am. Chem. Soc. 2010 132 (6), 1976. 10.1021/ja908687k
56. Wickramasinghe N. P. Parthasarathy S. Jones C. R. Bhardwaj C. Long F. Kotecha M. Mehboob S. Fung L. W. Past J. Samoson A. Ishii Y. Nat. Methods 2009 6 (3), 215. 10.1038/nmeth.1300
57. Liang J. Jaffrey S. R. Guo W. Snyder S. H. Clardy J. Nat. Struct. Biol. 1999 6 (8), 735. 10.1038/11501 (Pubitemid 29360232)
58. Marley J. Lu M. Bracken C. J. Biomol. NMR 2001 20 (1), 71. 10.1023/A:1011254402785 (Pubitemid 32519656)
59. Takegoshi K. Nakamura S. Terao T. Chem. Phys. Lett. 2001 344 (5-6), 631. 10.1016/S0009-2614(01)00791-6 (Pubitemid 33628408)
60. Baldus M. Petkova A. T. Herzfeld J. Griffin R. G. Mol. Phys. 1998 95 (6), 1197. 10.1080/00268979809483251
61. Verel R. Baldus M. Ernst M. Meier B. H. Chem. Phys. Lett. 1998 287 (3-4), 421. 10.1016/S0009-2614(98)00172-9
62. Neue G. Dybowski C. Solid State Nucl. Mag. Reson. 1997 7 (4), 333. 10.1016/S0926-2040(96)01291-X
63. Morcombe C. R. Zilm K. W. J. Magn. Reson. 2003 162 (2), 479. 10.1016/S1090-7807(03)00082-X
64. Bennett A. E. Rienstra C. M. Auger M. Lakshmi K. V. Griffin R. G. J. Chem. Phys. 1995 103 (16), 6951. 10.1063/1.470372
65. Marion D. Wuthrich K. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1983 113 (3), 967. 10.1016/0006-291X(83)91093-8
66. Delaglio F. Grzesiek S. Vuister G. W. Zhu G. Pfeifer J. Bax A. J. Biomol. NMR 1995 6 (3), 277. 10.1007/BF00197809
67. Goddard, T. D.; Kneller, D. G. Sparky 3-NMR Assignment and Integration Software; University of California: San Francisco.
68. Stern A. S. Li K. B. Hoch J. C. J. Am. Chem. Soc. 2002 124 (9), 1982. 10.1021/ja011669o (Pubitemid 34215315)
69. Mobli M. Maciejewski M. W. Gryk M. R. Hoch J. C. J. Biomol. NMR 2007 39 (2), 133. 10.1007/s10858-007-9180-8 (Pubitemid 47377485)