Magic angle spinning NMR experiments for structural studies of differentially enriched protein interfaces and protein assemblies

Journal of the American Chemical Society

Volumn 130, Issue 17, 2008, Pages 5798-5807

  Yang, Jun ^a   Tasayco, Maria Luisa ^b   Polenova, Tatyana ^a  

^a UNIVERSITY OF DELAWARE   (United States)

^b CITY COLLEGE OF NEW YORK   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MAGNETIZATION; NONCRYSTALLINE SOLIDS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PROTONS;

MAGIC ANGLE SPINNING (MAS); PROTEIN ASSEMBLIES; PROTEIN INTERFACES;

PROTEINS;

CRYSTALLIN; THIOREDOXIN;

ARTICLE; COMPUTER SIMULATION; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN ASSEMBLY; PROTEIN BINDING; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; PROTEIN STRUCTURE; SOLID STATE;

CARBON ISOTOPES; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; DIFFUSION; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; NITROGEN ISOTOPES; PEPTIDE FRAGMENTS; PROTONS; SPIN LABELS; THIOREDOXINS;

EID: 42649130052     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja711304e     Document Type: Article

References (69)

1. Vale, R. D. Cell 2003, 112, 467-480.
2. Yool, A. J. Neuroscientist 2007, 13, 470-485.
3. Grunewald, K.; Cyrklaff, M. Curr. Opin. Microbiol. 2006, 9, 437-442.
4. Klein, K. C.; Reed, J. C.; Lingappa, J. R. AIDS Rev. 2007, 9, 150-161.
5. Verdier, Y.; Penke, B. Curr. Signal Transduction Therapy 2006, 1, 97-112.
6. Lim, J.; Hao, T.; Shaw, C.; Patel, A. J.; Szabo, G.; Ruai, J. F.; Fisk, C. J.; Li, N.; Smolyar, A.; Hill, D. E.; Barabasi, A. L.; Vidal, M.; Zoghbi, H. Y. Cell 2006, 125, 801-814.
7. Hernandez, F.; Avila, J. Cell. Mol. Life Sci. 2007, 64, 2219-2233.
8. Baldus, M. Curr. Opin. Struct. Biol. 2006, 16, 618-623.
9. Goldbourt, A.; Gross, B. J.; Day, L. A.; McDermott, A. E. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 2338-2344.
10. Zheng, Z.; Yang, R.; Bodner, M. L.; Weliky, D. P. Biochemistry 2006, 45, 12960-12975.
11. Hong, M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 10340-10351.
12. Lange, A.; Giller, K.; Hornig, S.; Martin-Eauclaire, M. F.; Pongs, O.; Becker, S.; Baldus, M. Nature 2006, 440, 959-962.
13. Porcelli, F.; Buck-Koehntop, B. A.; Thennarasu, S.; Ramamoorthy, A.; Veglia, G. Biochemistry 2006, 45, 5793-5799.
14. van der Wel, P. C. A.; Lewandowski, J. R.; Griffin, R. G. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 5117-5130.
15. Shewmaker, F.; Wickner, R. B.; Tycko, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 19754-19759.
16. Tycko, R. Q. Rev. Biophys. 2006, 39, 1-55.
17. Chimon, S.; Ishii, Y. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 13472-13473.
18. Jaroniec, C. P.; MacPhee, C. E.; Bajaj, V. S.; McMahon, M. T.; Dobson, C. M.; Griffin, R. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 711-716.
19. Petkova, A. T.; Buntkowsky, G.; Dyda, F.; Leapman, R. D.; Yau, W. M.; Tycko, R. J. Mol. Biol. 2004, 335, 247-260.
20. Siemer, A. B.; Arnold, A. A.; Ritter, C.; Westfeld, T.; Ernst, M.; Riek, R.; Meier, B. H. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13224-13228.
21. Etzkorn, M.; Böckmann, A.; Lange, A.; Baldus, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14746-14751.
22. Marulanda, D.; Tasayco, M. L.; McDermott, A.; Cataldi, M.; Arriaran, V.; Polenova, T. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 16608-16620.
23. Yang, J.; Paramasivam, S.; Marulanda, D.; Cataldi, M.; Tasayco, M. L.; Polenova, T. Magn. Reson. Chem. 2007, 45, S73-S83.
24. McDermott, A.; Polenova, T.; Bockmann, A.; Zilm, K. W.; Paulsen, E. K.; Martin, R. W.; Montelione, G. T. J. Biomol. NMR 2000, 16, 209-219.
25. Martin, R. W.; Zilm, K. W. J. Magn. Reson. 2003, 165, 162-174.
26. Pauli, J.; Baldus, M.; van Rossum, B.; de Groot, H.; Oschkinat, H. ChemBioChem 2001, 2, 272-281.
27. Costa, P. R.; Gross, J. D.; Hong, M.; Griffin, R. G. Chem. Phys. Lett. 1997, 280, 95-103.
28. Hong, M.; Gross, J. D.; Griffin, R. G. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 5869-5874.
29. Ishii, Y.; Terao, T.; Kainosho, M. Chem. Phys. Lett. 1996, 256, 133-140.
30. Ladizhansky, V.; Veshtort, M.; Griffin, R. G. J. Magn. Reson. 2002, 154, 317-324.
31. Chan, J. C. C.; Tycko, R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 11828-11829.
32. Ladizhansky, V.; Jaroniec, C. P.; Diehl, A.; Oschkinat, H.; Griffin, R. G. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 6827-6833.
33. Jaroniec, C. P.; Tounge, B. A.; Herzfeld, J.; Griffin, R. G. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3507-3519.
34. Jaroniec, C. P.; Filip, C.; Griffin, R. G. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 10728-10742.
35. Ramachandran, R.; Ladizhansky, V.; Bajaj, V. S.; Griffin, R. G. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15623-15629.
36. Takegoshi, K.; Nakamura, S.; Terao, T. Chem. Phys. Lett. 2001, 344, 631-637.
37. Igumenova, T. I.; McDermott, A. E.; Zilm, K. W.; Martin, R. W.; Paulson, E. K.; Wand, A. J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 6720-6727.
38. Franks, W. T.; Zhou, D. H.; Wylie, B. J.; Money, B. G.; Graesser, D. T.; Frericks, H. L.; Sahota, G.; Rienstra, C. M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12291-12305.
39. Marulanda, D.; Tasayco, M. L.; Cataldi, M.; Arriaran, V.; Polenova, T. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 18135-18145.
40. Bockmann, A.; Lange, A.; Galinier, A.; Luca, S.; Giraud, N.; Juy, M.; Heise, H.; Montserret, R.; Penin, F.; Baldus, M. J. Biomol. NMR 2003, 27, 323-339.
41. Lange, A.; Becker, S.; Seidel, K.; Giller, K.; Pongs, O.; Baldus, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 2089-2092.
42. Zech, S. G.; Wand, A. J.; McDermott, A. E. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 8618-8626.
43. Castellani, F.; van Rossum, B.; Diehl, A.; Schubert, M.; Rehbein, K.; Oschkinat, H. Nature 2002, 420, 98-102.
44. Zhou, D. H.; Shea, J. J.; Niewkoop, A. J.; Franks, W. T.; Wylie, B. J.; Mullen, C.; Sandoz, D.; Rienstra, C. M. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 8380-8383.
45. Fu, R. Q.; Cotten, M.; Cross, T. A. J. Biomol. NMR 2000, 16, 261-268.
46. Gullion, T.; Schaefer, J. J. Magn. Reson. 1989, 81, 196-200.
47. Kiihne, S. R.; Creemers, A. F. L.; de Grip, W. J.; Bovee-Geurts, P. H. M.; Lugtenburg, J.; de Grool, H. J. M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 5734-5735.
48. Chaffotte, A. F.; Li, J. H.; Georgescu, R. E.; Goldberg, M. E.; Tasayco, M. L. Biochemistry 1997, 36, 16040-16048.
49. Tasayco, M. L.; Chao, K. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1995, 22, 41-44.
50. Yu, W. F.; Tung, C. S.; Wang, H.; Tasayco, M. L. Protein Sci. 2000, 9, 20-28.
51. Neue, G.; Dybowski, C. Solid State Nucl. Magn. Reson. 1997, 7, 333-336.
52. Morcombe, C. R.; Zilm, K. W. J. Magn. Reson. 2003, 162, 479-486.
53. Bennett, A. E.; Rienstra, C. M.; Auger, M.; Lakshmi, K. V.; Griffin, R. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 6951-6958.
54. Gullion, T.; Baker, D. B.; Conradi, M. S. J. Magn. Reson. 1990, 89, 479-484.
55. Lewandowski, J. R.; De Paepe, G.; Griffin, R. G. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 728-729.
56. Bielecki, A.; Kolbert, A. C.; Levitt, M. H. Chem. Phys. Lett. 1989, 155, 341-346.
57. vanRossum, B. J.; Forster, H.; deGroot, H. J. M. J. Magn. Reson. 1997, 124, 516-519.
58. Schmidt-Rohr, K.; Hong, M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 5648-5649.
59. Delaglio, F.; Grzesiek, S.; Vuister, G. W.; Zhu, G.; Pfeifer, J.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1995, 6, 277-293.
60. Goddard, T. D.; Kneller, D. G. Sparky;University of California, San Francisco.
61. Veshtort, M.; Griffin, R. G. J. Magn. Reson. 2006, 178, 248-282.
62. Baldus, M.; Petkova, A. T.; Herzfeld, J.; Griffin, R. G. Mol. Phys. 1998, 95, 1197-1207.
63. van Rossum, B. J.; Castellani, F.; Pauli, J.; Rehbein, K.; Hollander, J.; de Groot, H. J. M.; Oschkinat, H. J. Biomol. NMR 2003, 25, 217-223.
64. Chevelkov, V.; Rehbein, K.; Diehl, A.; Reif, B. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 3878-3881.
65. Zhou, D. H.; Shah, G.; Cormos, M.; Mullen, C.; Sandoz, D.; Rienstra, C. M. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 11791-11801.
66. LeMaster, D. M.; Kushlan, D. M. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 9255-9264.
67. Laskowski, R. A.; Hutchinson, E. G.; Michie, A. D.; Wallace, A. C.; Jones, M. L.; Thornton, J. M. Trends Biochem. Sci. 1997, 22, 488-490.
68. Katti, S. K.; LeMaster, D. M.; Eklund, H. J. Mol. Biol. 1990, 212, 167-184.
69. DeLano, W. L. Pymol; DeLano Scientific, LLC: San Carols, CA, 2003.