Coarse-grain model for glucose, cellobiose, and cellotetraose in water

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 7, Issue 7, 2011, Pages 2137-2150

  Hynninen, Antti Pekka ^a   Matthews, James F ^b   Beckham, Gregg T ^a,c   Crowley, Michael F ^a   Nimlos, Mark R ^a  

^a National Bioenergy Center   (United States)

^b NATIONAL RENEWABLE ENERGY LABORATORY   (United States)

^c Department of Metallurgical and Materials Engineering   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 79960204633     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct200092t     Document Type: Article

References (64)

1. Himmel, M. E.; Ding, S. Y.; Johnson, D. K.; Adney, W. S.; Nimlos, M. R.; Brady, J. W.; Foust, T. D. Science 2007, 315, 804
2. Matthews, J. F.; Skopec, C. E.; Mason, P. E.; Zuccato, P.; Torget, R. W.; Sugiyama, J.; Himmel, M. E.; Brady, J. W. Carbohydr. Res. 2006, 341, 138
3. Bergenstrahle, M.; Wohlert, J.; Himmel, M. E.; Brady, J. W. Carbohydr. Res. 2010, 345, 2060
4. Shen, T.; Langan, P.; French, A. D.; Johnson, G. P.; Gnanakaran, S. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 14786
5. Yui, T.; Hayashi, S. Biomacromolecules 2007, 8, 817
6. Yui, T.; Hayashi, S. Cellulose 2009, 16, 151
7. Yui, T.; Nishimura, S.; Akiba, S.; Hayashi, S. Carbohydr. Res. 2006, 341, 2521
8. Yui, T.; Okayama, N.; Hayashi, S. Cellulose 2010, 17, 679
9. Gross, A. S.; Chu, J.-W. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 13333
10. Bellesia, G.; Asztalos, A.; Shen, T.; Langan, P.; Redondo, A.; Gnanakaran, S. Acta Crystallogr., Sect. D 2010, 66, 1184
11. Ford, Z. M.; Stevens, E. D.; Johnson, G. P.; French, A. D. Carbohydr. Res. 2005, 340, 827
12. French, A. D.; Johnson, G. P. Cellulose 2009, 16, 959
13. Yoneda, Y.; Mereiter, K.; Jaeger, C.; Brecker, L.; Kosma, P.; Rosenau, T.; French, A. D. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 16678
14. Zhong, L.; Matthews, J. F.; Crowley, M. F.; Rignall, T.; Talon, C.; Cleary, J. M.; Walker, R. C.; Chukkapalli, G.; McCabe, C.; Nimlos, M. R.; Brooks, C. L.; Himmel, M. E.; Brady, J. W. Cellulose 2008, 15, 261
15. Zhong, L. H.; Matthews, J. F.; Hansen, P. I.; Crowley, M. F.; Cleary, J. M.; Walker, R. C.; Nimlos, M. R.; Brooks, C. L.; Adney, W. S.; Himmel, M. E.; Brady, J. W. Carbohydr. Res. 2009, 344, 1984
16. Bergenstrathle, M.; Berglund, L. A.; Mazeau, K. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 9138
17. Beckham, G. T.; Matthews, J. F.; Peters, B.; Bomble, Y. J.; Himmel, M. E.; Crowley, M. F. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 4118
18. Payne, C. M.; Himmel, M. E.; Crowley, M. F.; Beckham, G. T. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 1546
19. Lopez, C. A.; Rzepiela, A. J.; de Vries, A. H.; Dijkhuizen, L.; Huenenberger, P. H.; Marrink, S. J. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 3195
20. Molinero, V.; Goddard, W. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 1414
21. Liu, P.; Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 11566
22. Shen, T.; Gnanakaran, S. Biophys. J. 2009, 96, 3032
23. Bu, L.; Beckham, G. T.; Crowley, M. F.; Chang, C. H.; Matthews, J. F.; Bomble, Y. J.; Adney, W. S.; Himmel, M. E.; Nimlos, M. R. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 10994
24. Beckham, G. T.; Bomble, Y. J.; Bayer, E. A.; Himmel, M. E.; Crowley, M. F. Curr. Opin. Biotech. 2010, 22, 231
25. Kroon-Batenburg, L. M. J.; Bouma, B.; Kroon, J. Macromolecules 1996, 29, 5695
26. Liu, H. B.; Sale, K. L.; Holmes, B. M.; Simmons, B. A.; Singh, S. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 4293
27. Ramakrishnan, S.; Collier, J.; Oyetunji, R.; Stutts, B.; Burnett, R. Bioresour. Technol. 2010, 101, 4965
28. Swatloski, R. P.; Spear, S. K.; Holbrey, J. D.; Rogers, R. D. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 4974
29. Singh, S.; Simmons, B. A.; Vogel, K. P. Biotechnol. Bioeng. 2009, 104, 68
30. Hu, S.-Q.; Gao, Y.-G.; Tajima, K.; Sunagawa, N.; Zhou, Y.; Kawano, S.; Fujiwara, T.; Yoda, T.; Shimura, D.; Satoh, Y.; Munekata, M.; Tanaka, I.; Yao, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 17957
31. Paredez, A. R.; Somerville, C. R.; Ehrhardt, D. W. Science 2006, 312, 1491
32. Fontes, C. M. G. A.; Gilbert, H. J. Annu. Rev. Biochem. 2010, 79, 655
33. Bayer, E. A.; Belaich, J.-P.; Shoham, Y.; Lamed, R. Annu. Rev. Microbiol. 2004, 58, 521
34. Bomble, Y. J.; Beckham, G. T.; Matthews, J. F.; Nimlos, M. R.; Himmel, M. E.; Crowley, M. F. J. Biol. Chem. 2011, 286, 5614
35. Murtola, T.; Bunker, A.; Vattulainen, I.; Deserno, M.; Karttunen, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 1869
36. Lyubartsev, A. P.; Laaksonen, A. Phys. Rev. E 1995, 52, 3730
37. Reith, D.; Putz, M.; Muller-Plathe, F. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1624
38. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 2469
39. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2005, 123, 134105
40. Ercolessi, F.; Adams, J. B. Europhys. Lett. 1994, 26, 583
41. Ruhle, V.; Junghans, C.; Lukyanov, A.; Kremer, K.; Andrienko, D. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 3211
42. Noid, W. G.; Liu, P.; Wang, Y.; Chu, J. W.; Ayton, G. S.; Izvekov, S.; Andersen, H. C.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2008, 128, 244115
43. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 4443
44. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 637
45. Shi, Q.; Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 15045
46. Lu, L.; Izvekov, S.; Das, A.; Andersen, H. C.; Voth, G. A. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 954
47. Krishna, V.; Noid, W. G.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2009, 131
48. Das, A.; Andersen, H. C. J. Chem. Phys. 2010, 132, 164106
49. Larini, L.; Lu, L.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2010, 132, 164107
50. Molinero, V.; Goddard, W. A. Phys. Rev. Lett. 2005, 95, 045701
51. Bu, L.; Himmel, M. E.; Nimlos, M. R. In Computational Modeling in Lignocellulosic Biofuel Production; Nimlos, M. R.; Crowley, M. F., Eds.; American Chemical Society: Washington, DC, 2010; pp 99-117.
52. Im, W.; Feig, M.; Brooks, C. L. I. Biophys. J. 2003, 85, 2900
53. Im, W.; Lee, M. S.; Brooks, C. L. I. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1691
54. Beckham, G. T.; Matthews, J. F.; Bomble, Y. J.; Bu, L.; Adney, W. S.; Himmel, M. E.; Nimlos, M. R.; Crowley, M. F. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 1447
55. Wohlert, J.; Berglund, L. A. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 753
56. Nishiyama, Y.; Langan, P.; Chanzy, H. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 9074
57. Noid, W. G.; Chu, J. W.; Ayton, G. S.; Krishna, V.; Izvekov, S.; Voth, G. A.; Das, A.; Andersen, H. C. J. Chem. Phys. 2008, 128, 244114
58. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187
59. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
60. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089
61. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327
62. Guvench, O.; Greene, S. N.; Kamath, G.; Brady, J. W.; Venable, R. M.; Pastor, R. W.; MacKerell, A. D., Jr. J. Comput. Chem. 2008, 29, 2543
63. Guvench, O.; Hatcher, E.; Venable, R. M.; Pastor, R. W.; MacKerell, A. D., Jr. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2353
64. Anderson, E.; Bai, Z.; Bischof, C.; Blackford, S.; Demmel, J.; Dongarra, J.; Croz, J. D.; Greenbaum, A.; Hammarling, S.; McKenney, A.; Sorensen, D. LAPACK Users Guide, 3rd ed.; Society for Industrial and Applied Mathematics: Philadelphia, PA, 1999.