A coarse-grained model for molecular dynamics simulations of native cellulose

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 7, Issue 3, 2011, Pages 753-760

  Wohlert, Jakob ^a   Berglund, Lars A ^a  

^a ROYAL INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 79952606527     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct100489z     Document Type: Article

References (44)

1. Nishiyama, Y.; Langan, P.; Chanzy, H. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 9074-9082
2. Nishiyama, Y.; Sugiyama, J.; Chanzy, H.; Langan, P. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 14300-14306
3. Atalla, R. H.; VanderHart, D. L. Science 1984, 223, 283-285
4. Samir, M. A. S. A.; Alloin, F.; Dufresne, A. Biomacromolecules 2005, 6, 612-626
5. Berglund, L. A.; Peijs, T. MRS Bull. 2010, 35, 201-207
6. Eichhorn, S. J.; Dufresne, A.; Aranguren, M. J. Mater. Sci. 2010, 45, 1-33
7. Ragauskas, A. J.; Williams, C. K.; Davison, B. H.; Britovsek, G.; Cairney, J.; Eckert, C. A.; Frederick, W. J., Jr.; Hallett, J. P.; Leak, D. J.; Liotta, C. L.; Mielenz, J. R.; Murphy, R.; Templer, R.; Tschaplinski, T. Science 2006, 311, 484-489
8. Himmel, M. E.; Ding, S.-Y.; Johnson, D. K.; Adney, W. S.; Nimlos, M. R.; Brady, J. W.; Foust, T. D. Science 2007, 315, 804-807
9. Matthews, J. F.; Scopec, C. E.; Mason, P. E.; Zuccato, P.; Torget, R. W.; Sugiyama, J.; Himmel, M. E.; Brady, J. W. Carbohydr. Res. 2006, 341, 138-152
10. Bergenstråle, M.; Berglund, L. A.; Mazeau, K. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 9138-9145
11. Bergenstråhle, M.; Wohlert, J.; Larsson, P. T.; Mazeau, K.; Berglund, L. A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 2590-2595
12. Mazeau, K.; Rivet, A. Biomacromolecules 2008, 9, 1352-1354
13. Zhong, L.; Matthews, J. F.; Crowley, M. F.; Rignall, T.; Talón, C.; Cleary, J. M.; Walker, R. C.; Chukkapalli, G.; McCabe, C.; Nimlos, M. R.; C., L. B., III; Himmel, M. E.; Brady, J. W. Cellulose 2008, 15, 261-273
14. Nishiyama, Y.; Johnson, G. P.; French, A. D.; Forsyth, V. T.; Langan, P. Biomacromolecules 2008, 9, 3133-3140
15. Lins, R. D.; Hünenberger, P. H. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1400-1412
16. Guvench, O.; Greene, S. N.; Kamath, G.; Brady, J. W.; Venable, R. M.; Pastor, R. W.; MacKerell, A. D., Jr. J. Comput. Chem. 2008, 29, 2543-2564
17. Sun, H.; Mumby, S. J.; Maple, J. R.; Hagler, A. T. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 2978-2987
18. Kirschner, K. N.; Yongye, A. B.; Tschampel, S. M.; González- Outeiriño, J.; Daniels, C. R.; Foley, B. L.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2007, 29, 622-655
19. Voth, G. A. Coarse-graining of condensed phase and biomolecular systems; CRC Press: Boca Raton, FL, 2009.
20. Molinero, V.; Goddard, W. A., III. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 1414-1427
21. Liu, P.; Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 11566-11575
22. Marrink, S. J.; Risselada, H. J.; Yemov, S.; Tieleman, D. P.; de Vries, A. H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7812-7824
23. López, C. A.; Rzepiela, A. J.; de Vries, A. H.; Dijkhizen, L.; Hünenberger, P. H.; Marrink, S. J. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 3195-3210
24. Bu, L.; Beckham, G. T.; Crowley, M. F.; Chang, C. H.; Matthews, J. F.; Bomble, Y. J.; Adney, W. S.; Himmel, M. E.; Nimlos, M. R. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 10994-11002
25. Jervis, E. J.; Haynes, C. A.; Kilburn, D. G. J. Biol. Chem. 1997, 272, 24016-24023
26. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput 2008, 4, 435-447
27. G. Bussi, D. D.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2007, 126, 014101
28. Parrinello, M.; Rahman, A. J. Appl. Phys. 1981, 52, 7182-7190
29. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38
30. Kraulis, P. J.; Clore, G. M.; Nilges, M.; Jones, T. A.; Pettersson, G.; Knowles, J.; Gronenborn, A. M. Biochemistry 1989, 28, 7241-7257
31. Periole, X.; Cavalli, M.; Marrink, S.; Ceruso, M. A. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2531-2543
32. Schuler, L. D.; Daura, X.; van Gunsteren, W. F. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1205-1218
33. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Hermans, J. In Intermolecular Forces; Pullman, B. E., Ed.; Riedel: Dordrecht, The Netherlands, 1981; p 331.
34. Hess, B. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 116-122
35. Hanley, S. J.; Revol, J.-F.; Godbout, L.; Gray, D. G. Cellulose 1997, 4, 209-220
36. Lehtiö, J.; Sugiyama, J.; Gustafsson, M.; Fransson, L.; Linder, M.; Teeri, T. T. Proc. Natl. Acad. Sci. 2003, 100, 484-489
37. Ruovinen, J.; Bergfors, T.; Teeri, T.; Knowles, J. K. C.; Jones, T. A. Science 1990, 249, 380-386
38. Igarashi, K.; Koivula, A.; Wada, M.; Kimura, S.; Penttilä, M.; Samejima, M. J. Biol. Chem. 2009, 284, 36186-36190
39. Nimlos, M. R.; Matthews, J. F.; Crowley, M. F.; Walker, R. C.; Chukkapalli, G.; Brady, J. W.; Adney, W. S.; Cleary, J. M.; Zhong, L.; Himmel, M. E. Protein Eng. Des. Sel. 2007, 20, 179-187
40. Reinikainen, T.; Ruohonen, L.; Nevanen, T.; Laaksonen, L.; Kraulis, P.; Jones, T. A.; Knowles, J. K. C.; Teeri, T. T. Proteins 1992, 14, 475-482
41. Beckham, G. T.; Matthews, J. F.; Bomble, Y. J.; Bu, L.; Adney, W. S.; Himmel, M. E.; Nimlos, M. R.; Crowley, M. F. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 1447-1453
42. Ting, C. L.; Makarov, D. E.; Wang, Z. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 4970-4977
43. Zhong, L. H.; Matthews, J. F.; Hansen, P. I.; Crowley, M. F.; Cleary, J. M.; Walker, R. C.; Nimlos, M. R.; Brooks, C. L.; Adney, W. S.; Himmel, M. E.; Brady, J. W. Carbohydr. Res. 2010, 344, 1984-1992
44. Monticelli, L.; Kandasamy, S. K.; Periole, X.; Larson, R. G.; Tieleman, D. P.; Marrink, S. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 819-834