PyDockCG: New coarse-grained potential for protein-protein docking

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 115, Issue 19, 2011, Pages 6032-6039

  Solernou, Albert ^a   Fernandez Recio, Juan ^a  

^a BARCELONA SUPERCOMPUTING CENTER   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPLEXATION; COMPUTATIONAL EFFICIENCY; DOCKING;

BIOLOGICAL PROCESS; COARSE GRAINED MODELS; COARSE-GRAINED; COARSE-GRAINED POTENTIAL; COMPUTATIONAL COSTS; COMPUTATIONAL DOCKINGS; DOCKING ALGORITHMS; FLEXIBLE DOCKING; OPTIMAL PARAMETER; POLYPEPTIDE CHAIN; PROTEIN-PROTEIN COMPLEXES; PROTEIN-PROTEIN DOCKING; PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS; RIGID BODY; RIGID-BODY DOCKING; SCORING FUNCTIONS; SOLVATION ENERGY;

PROTEINS;

EID: 79956150167     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp112292b     Document Type: Article

References (39)

1. Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Mark, A. E. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 750-760
2. Monticelli, L.; Kandasamy, S. K.; Periole, X.; Larson, R. G.; Tieleman, D. P.; Marrink, S. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 819-834
3. Bond, P. J.; Sansom, M. S. P. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2697-2704
4. Clementi, C. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 10-15
5. Tozzini, V. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 144-150
6. Oödziej, S.; Czaplewski, C.; Liwo, A.; Chinchio, M.; Nanias, M.; Vila, J. A.; Khalili, M.; Arnautova, Y. A.; Jagielska, A.; Makowski, M.; Schafroth, H. D.; Kaźmierkiewicz, R.; Ripoll, D. R.; Pillardy, J.; Saunders, J. A.; Kang, Y. K.; Gibson, K. D.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 7547-7552
7. Liwo, A.; Khalili, M.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci.U.S.A. 2005, 102, 2362-2367
8. Solernou, A.; Fernández-Recio, J. Open Access Bioinf. 2010, 2, 19-27
9. Blundell, T. L.; Fernández-Recio, J. Nature 2006, 444, 279-280
10. Makowski, M.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 2910-2916
11. Makowski, M.; Liwo, A.; Maksimiak, K.; Makowska, J.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 2917-2924
12. Makowski, M.; Sobolewski, E.; Czaplewski, C.; Oödziej, S.; Liwo, A.; Scheraga, H. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 11385-11395
13. Cheng, T.-K.; Blundell, T. L.; Fernández-Recio, J. Proteins 2007, 68, 503-515
14. Grosdidier, S.; Pons, C.; Solernou, A.; Fernández-Recio, J. Proteins 2007, 69, 852-858
15. Pons, C.; Solernou, A.; Perez-Cano, L.; Grosdidier, S.; Fernández-Recio, J. Proteins 2010, 78, 3182-3188
16. Liwo, A.; Oödziej, S.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 849-873
17. Liwo, A.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Oödziej, S.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 874-887
18. Liwo, A.; Kazmierkiewicz, R.; Czaplewski, C.; Groth, M.; Oödziej, S.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Pincus, M. R.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1998, 19, 259-276
19. Liwo, A.; Czaplewski, C.; Pillardy, J.; Scheraga, H. A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 2323-2347
20. Lee, J.; Ripoll, D. R.; Czaplewski, C.; Pillardy, J.; Wedemeyer, W. J.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 7291-7298
21. Pillardy, J.; Czaplewski, C.; Liwo, A.; Wedemeyer, W. J.; Lee, J.; Ripoll, D. R.; Aröukowicz, P.; Oödziej, S.; Arnautova, Y. A.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 7299-7311
22. Oödziej, S.; Kozlowska, U.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 8035-8046
23. Liwo, A.; Oödziej, S.; Czaplewski, C.; Kozlowska, U.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 9421-9438
24. Liwo, A.; Aröukowicz, P.; Oödziej, S.; Czaplewski, C.; Makowski, M.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 16918-16933
25. Oödziej, S.; Liwo, A.; Czaplewski, C.; Pillardy, J.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 16934-16949
26. Oödziej, S.; Ágiewka, J.; Liwo, A.; Czaplewski, C.; Chinchio, M.; Nanias, M.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 16950-16959
27. Kubo, R. J. Phys. Soc. Jpn. 1962, 17, 1100-1120
28. Rojas, A. V.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 293-309
29. Liwo, A.; Khalili, M.; Czaplewski, C.; Kalinowski, S.; Oödziej, S.; Wachucik, K.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 260-285
30. Lazaridis, T.; Karplus, M. Proteins 1999, 35, 133-152
31. Liwo, A.; Pincus, M.; Wawak, R.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. Protein Sci. 1993, 2, 1715-1731
32. Ponder, J. W. TINKER: Software tools for molecular design, version 4.2; Washington University: Saint Louis, MO, 2004.
33. Fernández-Recio, J.; Totrov., M.; Abagyan, R. J. Mol. Biol. 2004, 335, 843-865
34. Arnautova, Y.; Jagielska, A.; Scheraga, H. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 5025-5044
35. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Kenneth M. Merz, J.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197
36. Gabb, H.; Jackson, R.; Sternberg, M. J. Mol. Biol. 1997, 272, 106-120
37. Pons, C.; Grosdidier, S.; Solernou, A.; Pérez-Cano, L.; Fernández-Recio, J. Proteins 2010, 78, 95-108
38. Mintseris, J.; Wiehe, K.; Pierce, B.; Anderson, R.; Chen, R.; Janin, J.; Weng, Z. Proteins 2005, 60, 214-216
39. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evenseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Wantanabe, M.; Wiórkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616