Simple physics-based analytical formulas for the potentials of mean force for the interaction of amino acid side chains in water. 1. Approximate expression for the free energy of hydrophobie association based on a Gaussian-overlap model

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 11, 2007, Pages 2910-2916

  Makowski, Mariusz ^a,b   Liwo, Adam ^a   Scheraga, Harold A ^a  

^a Department of Obstetrics Gynecology   (United States)

^b UNIVERSITY OF GDA SK   (Poland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

FREE ENERGY; HYDRATION; HYDROPHOBICITY; MATHEMATICAL MODELS; MOLECULAR STRUCTURE;

CAVITY; GAUSSIAN-OVERLAP MODEL; MAXIMA;

AMINO ACIDS;

EID: 34047227787     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp065916s     Document Type: Article

References (49)

1. Duan, Y.; Kollman, P. A. Science 1998, 282, 740.
2. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Chem. Rev. 1999, 99, 2161.
3. Vila, J. A.; Ripoll, D. R.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 14812.
4. Jang, H. B.; Hall, C. K.; Zhou, Y. Q. Biophys. J. 2004, 86, 31.
5. Schug, A.; Wenzel, W. Biophys. J. 2006, 90, 4273.
6. Fraternal!, F.; van Gunsteren, W. F. J. Mol. Biol. 1996, 256, 939.
7. Lazaridis, T.; Karplus, M. Proteins: Struct. Func. Genet. 1999, 35, 133.
8. Wagner, F.; Simonson, T. J. Comput. Chem. 1999, 20, 322.
9. Tomasi, J.; Mennucci, B.; Cammi, R. Chem. Rev. 2005, 105, 2999.
10. Gibson, K. D.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1967, 58, 420.
11. Modes, Z. I.; Némethy, G.; Scheraga, H. A. Biopolymers 1979, 18, 1565.
12. Hodes, Z. I.; Némethy, G.; Scheraga, H. A. Biopolymers 1979, 18, 1611.
13. Kang, Y. K.; Némethy, G.; Scheraga, H. A. J. Chem. Phys. 1987, 91, 4105.
14. Kang, Y. K.; Némethy, G.; Scheraga, H. A. J. Chem. Phys. 1987, 91, 4109.
15. Kang, Y. K.; Némethy, G.; Scheraga, H. A. J. Chem. Phys. 1987, 97, 4118.
16. Kang, Y. K.; Némethy, G.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1988, 92, 4739.
17. Vila, J.; Williams, R. L.; Vasquez, M.; Scheraga, H. A. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1991, 10, 199.
18. Stouten, P. F. W.; Frömmel, C.; Nakamura, H.; Sander, C. Mol. Simul. 1993, 102, 97.
19. Augspurger, J. D.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1996, 13, 1549.
20. Höfinger, S.; Zerbetto, F. Chem. Soc. Rev. 2005, 34, 1012.
21. Graziano, G. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1998, 94, 3345.
22. Hummer, G.; Garde, S.; García, A. E.; Pohorille, A.; Pratt, L. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 8951.
23. Hummer, G. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 6299.
24. Némethy, G.; Scheraga, H. A. J. Chem. Phys. 1962, 36, 3401.
25. Némethy, G.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1962, 66, 1773.
26. Lum, K.; Chandler, D.; Weeks, J. D. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 4570.
27. Southall, N. T.; Dill, K. A.; Haymet, D. J. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 521.
28. Paschek, D. J. Chem. Phys. 2004, 120, 6674.
29. Fukunishi, Y.; Suzuki, M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1656.
30. Wawak, R. J.; Gibson, K. D.; Scheraga, H. A. J. Math. Chem. 1994, 15, 207.
31. Liwo, A.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. Protein Sci. 1993, 2, 1697.
32. Liwo, A.; Ołdziej, S.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 849.
33. Liwo, A.; Czaplewski, C.; Pillardy, J.; Scheraga H. A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 2324.
34. Liwo, A.; Oldziej, S.; Czaplewski, C.; Kozlowska, U.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 9421.
35. Czaplewski, C.; Liwo, A.; Oldziej, S.; Scheraga, H. A. Polymer 2004, 45, 677.
36. Oldziej, S.; Lagiewka, J.; Liwo, A.; Czaplewski, C.; Chinchio, M.; Nanias, M.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 16950.
37. Scheraga, H. A.; Liwo, A.; Oldziej, S.; Czaplewski, C.; Pillardy, J.; Ripoll, D. R.; Vila, J. A.; Kazmierkiewicz, R.; Saunders, J. A.; Arnautova, Y. A.; Jagielska, A.; Chinchio, M.; Nanias, M. Front. Biosci. 2004, 9, 3296.
38. Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 104, 59.
39. Wagoner, J. A.; Baker, N. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 8331.
40. De Jong, P. H. K.; Wilson, J. E.; Neilson, G. W.; Buckingham, A. D. Mol. Phys. 1997, 97, 99.
41. Czaplewski, C.; Kalinowski, S.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. Mol. Phys. 2005, 3157.
42. Perrot, G.; Cheng, B.; Gibson, K. D.; Vila, J.; Palmer, K. A.; Nayeem, A.; Maigret, B.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1.
43. Czaplewski, C.; Ripoll, D. R.; Liwo, A.; Rodziewicz-Motowidlo, S.; Wawak, R. J.; Scheraga, H. A. Int. J. Quantum Chem. 2002, 88, 41.
44. Czaplewski, C.; Liwo, A.; Ripoll, D. R.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 8108.
45. Lee, B. J. Chem. Phys. 1985, 83, 2421.
46. Makowski, M.; Liwo, A.; Maksimiak, K.; Makowska, J.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 2917.
47. Berne, B. J.; Pechukas, P. J. Chem. Phys. 1972, 56, 4213.
48. Gay, J. G.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1981, 74, 3316.
49. Makowski, M.; Liwo, A.; Sobolewski, E.; Czaplewski, C.; Oldziej, S.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 2925.