Optimization of the UNRES force field by hierarchical design of the potential-energy landscape. 3. Use of many proteins in optimization

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 43, 2004, Pages 16950-16959

  Oldziej, Stanislaw ^a,b   Lagjewka, Justyna ^b   Liwo, Adam ^a,b   Czaplewski, Cezary ^a,b   Chinchio, Maurizio ^a   Nanias, Marian ^a   Scheraga, Harold A ^a  

^a Department of Obstetrics Gynecology   (United States)

^b UNIVERSITY OF GDA SK   (Poland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONAL SPACE ANNEALING (CSA); HIERARCHICAL OPTIMIZATION; PROTEIN ENERGY; UNITED RESIDUE (UNRES) FORCE FIELD;

BINDING ENERGY; CHEMICAL MODIFICATION; CONFORMATIONS; FUNCTIONS; HIERARCHICAL SYSTEMS; MOLECULAR STRUCTURE; OPTIMIZATION; POTENTIAL ENERGY; SIGNAL DETECTION;

PROTEINS;

EID: 8344262957     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp040329x     Document Type: Article

References (31)

1. Liwo. A.; Arlukowicz, P.; Oldziej, S.; Czaplewski, C.; Makowski, M.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108. 16918-16933.
2. Oldziej, S.; Liwo, A.; Czaplewski, C.; Pillardy, J.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 16934-16949.
3. Liwo, A.; Arlukowicz, P.; Czaplewski, C.; Oldziej, S.; Pillardy, J.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 1937-1942.
4. Liwo, A.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. Protein Sci. 1393, 2, 1697-1714.
5. Liwo, A.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. Protein Sci. 1993, 2, 1715-1731.
6. Liwo, A.; Oldziej, S.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 849-873.
7. Liwo, A.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Oldziej, S.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 874-887.
8. Liwo, A.; Kaźmierkiewicz, R.; Czaplewski, C.; Groth, M.; Oldziej, S.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Pincus, M. R.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1998, 19, 259-276.
9. Liwo, A.; Czaplewski, C.; Pillardy, J.; Scheraga, H. A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 2323-2347.
10. Lee, J.; Ripoll, D. R.; Czaplewski, C.; Pillardy, J.; Wedemeyer, W. J.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 7291-7298.
11. Pillardy, J.; Czaplewski, C.; Liwo, A.; Lee, J.; Ripoll, D. R.; Kaźmierkiewicz, R.; Oldziej, S.; Wedemeyer, W. J.; Gibson, K. D.; Arnautova, Y. A.; Saunders, J.; Ye, Y.-J.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 2329-2333.
12. Pillardy, J.; Czaplewski, C.; Liwo, A.; Wedemeyer, W. J.; Lee, J.; Ripoll, D. R.; Arlukowicz, P.; Oldziej, S.; Arnautova, Y. A.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 7299-7311.
13. Oldziej, S.; Kozlowska, U.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 8035-8046.
14. Liwo, A.; Oldziej, S.; Czaplewski, C.; Kozlowska, U.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 9421-9438.
15. Derrick, J. P.; Wigley, D. B. J. Mol. Biol. 1994, 243, 906-918.
16. Bateman, A.; Bycroft, M. J. Mol. Biol. 2000, 299, 1113-1119.
17. Blanco, F. J.; Rivas, G.; Serrano, L. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 584-590.
18. Kuszewski, J.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M. Protein Sci. 1994, 3, 1945-1952.
19. Macias, M. J.; Gervais, V.; Civera, C.; Oschkinat, H. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 375-379.
20. Johansson, M. U.; de Chateau, M.; Wikstrom, M.; Forsen, S.; Drakenberg, T.; Bjorck, L. J. Mol. Biol. 1997, 266, 859-865.
21. Gay, J. G.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1981, 74, 3316-3319.
22. Lee, J.; Soheraga, H. A. Int. J. Quantum Chem. 1999, 75, 255-265.
23. Czaplewski, C.; Liwo, A.; Pillardy, J.; Oldziej, S.; Scheraga, H. A. Polymer 2004, 45, 677-686.
24. Lee, J.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 2025-2030.
25. Liwo, A.; Lee, J.; Ripoll, D. R.; Pillardy, J.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 5482-5485.
26. Némethy, G.; Gibson, K. D.; Palmer, K. A.; Yoon, C. N.; Paterlini, G.; Zagari, A.; Rumsey, S.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1992, 96, 6472-6484.
27. Myers, J. K.; Oas, T. G. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 552-558.
28. Alonso, D. O. V.; Daggett, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 133-138.
29. Ghosh, A.; Elber, R.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 10394-10398.
30. Martinez, J. C.; Pisabarro, M. T.; Serrano, L. Nat, Struct. Biol. 1998, 5, 721-729.
31. Oldziej, S.; Liwo, A.; Lagiewka, J.; Czaplewski, C.; Scheraga, H. A. To be submitted for publication, 2004.