Simple physics-based analytical formulas for the potentials of mean force for the interaction of amino acid side chains in water. 2. Tests with simple spherical systems

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 11, 2007, Pages 2917-2924

  Makowski, Mariusz ^a,b   Liwo, Adam ^a   Maksimiak, Katarzyna ^c   Makowska, Joanna ^a,b   Scheraga, Harold A ^a  

^a Baker Laboratory of Chemistry and Chemical Biology Cornell University ^*  (United States)

^b UNIVERSITY OF GDA SK   (Poland)

^c MICHIGAN STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHEMICAL MODIFICATION; COMPUTER SIMULATION; HYDROPHOBICITY; METHANE; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR STRUCTURE; POSITIVE IONS;

GAUSSIAN-OVERLAP-BASED EXPRESSION; LENNARD-JONES NONBONDED POTENTIAL; POTENTIALS OF MEAN FORCE (PMF);

AMINO ACIDS;

EID: 34047214229     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp065917k     Document Type: Article

References (48)

1. Liwo, A.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. Protein Sci. 1993, 2, 1697.
2. Liwo, A.; Oldziej, S.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 849.
3. Liwo, A.; Czaplewski, C.; Pillardy, J.; Scheraga H. A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 2324.
4. Liwo, A.; Oldziej, S.; Czaplewski, C.; Kozlowska, U.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 9421.
5. Czaplewski, C.; Liwo, A.; Ołdziej, S.; Scheraga, H. A. Polymer 2004, 45, 677.
6. Ołdziej, S.; Łagiewka, J.; Liwo, A.; Czaplewski, C.; Chinchio, M.; Nanias, M.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 16950.
7. Scheraga, H. A.; Liwo, A.; Ołdziej, S.; Czaplewski, C.; Pillardy, J.; Ripoll, D. R.; Vila, J. A.; Kaźmierkiewicz, R.; Saunders, J. A.; Arnautova, Y. A.; Jagielska, A.; Chinchio, M.; Nanias, M. Front. Biosci. 2004, 9, 3296.
8. Liwo, A.; Khalili, M.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 2362.
9. Kubo, R. J. Phys. Soc. Jpn. 1962, 17, 1100.
10. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235.
11. Gay, J. G.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1981, 74, 3316.
12. Czaplewski, C.; Rodziewicz-Motowidlo, S.; Liwo, A.; Ripoll, D. R.; Wawak, R. J.; Scheraga, H. A. Protein Sci. 2000, 9, 1235.
13. Czaplewski, C.; Ripoll, D. R.; Liwo, A.; Rodziewicz-Motowidlo, S.; Wawak, R. J.; Scheraga, H. A. Int. J. Quantum Chem. 2002, 88, 41.
14. Czaplewski, C.; Rodziewicz-Motowidlo, S.; Da̧bal, M.; Liwo, A.; Ripoll, D. R.; Scheraga, H. A. Biophys. Chem. 2003, 105, 339.
15. Maksimiak, K.; Rodziewicz-Motowidlo, S.; Czaplewski, C.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 13496.
16. Czaplewski, C.; Liwo, A.; Ripoll, D. R.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 8108.
17. Born, M. Z. Phys. 1920, 1, 45.
18. Still, W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Hendrickson, T, J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127.
19. Hawkins, G. D.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. 1996, 100, 19824.
20. Bashford, D.; Case, D. A. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 57, 129.
21. Wojciechowski, M.; Lesyng, B. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 18368.
22. Cited in: Margenau, H.; Kestner, N. R. Theory of Intermodular Forces, 1st ed.; Pergamon Press: Oxford, U.K., 1969; p 107.
23. Vorobjev, Y. N.; Grant, J. A. and Scheraga, H. A. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 3189.
24. Makowski, M.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 2910.
25. Rank, J. A.; Baker, D. Protein Sci. 1997, 6, 347.
26. Wawak, R. J.; Gibson, K. D.; Scheraga, H. A. J. Math. Chem. 1994, 15, 207.
27. Gibson, K. D.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1967, 58, 420.
28. Kang, Y. K.; Némethy, G.; Scheraga, H. A. J. Chem. Phys 1987, 91, 4105.
29. Kang, Y. K.; Némethy, G.; Scheraga, H. A. J. Chem. Phys 1987, 91, 4109.
30. Kang, Y. K.; Némethy, G.; Scheraga, H. A. J. Chem. Phys. 1987, 97,4118.
31. Kang, Y. K.; Némethy, G.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1988, 92, 4739.
32. Stouten, P. F. W.; Frömmel, C.; Nakamura, H.; Sander, C. Mol. Simul. 1993, 102, 97.
33. Augspurger, J. D.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1996, 13, 1549.
34. Berne, B. J.; Pechukas, P. J. Chem. Phys. 1972, 56, 4213.
35. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
36. Makowska, J.; Makowski, M.; Gieldori, A.; Liwo, A.; Chmurzyriski, L. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 12222.
37. Makowska, J.; Makowski, M.; Liwo, A.; Chmurzyński, L. J. Comput. Chem. 2004, 26, 235.
38. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011.
39. Kumar, S.; Rosenberg, J. M.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1339.
40. Czaplewski, C.; Kalinowski, S.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. Mol. Phys. 2005, 3157.
41. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham, T. E., III; DeBolt, S.; Ferguson, D.; Seibel, G.; Kollman, P. A. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 1.
42. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Chaetham, T. E., III; Wang, J.; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowley, M; Tsui, V.; Gohlke, H; Radmer, R. J.; Duan, Y; Pitera, J.; Massova, I.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. AMBER 7; University of California, San Francisco, 2002.
43. Wassenaar, T. A.; Mark, A. E. J. Comput. Chem. 2006, 27, 316.
44. Jorgensen, W. L.; Madura, J. D.; Swenson C. J. J Am Chem Soc. 1984, 106, 6638.
45. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
46. Marquardt, D. W. J. Soc. Ind. Appl. Math. 1963, 11, 431.
47. Compostizo, A.; Cancho, S. M.; Rubio, R. G.; Colin, A. C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 1861.
48. Makowski, M.; Sobolewski, E.; Liwo, A.; Czaplewski, C.; Ołdziej, S.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 2925.