Electron detachment dissociation for top-down mass spectrometry of acidic proteins

Chemistry - A European Journal

Volumn 17, Issue 16, 2011, Pages 4460-4469

  Ganisl, Barbara ^a   Valovka, Taras ^a   Hartl, Markus ^a   Taucher, Monika ^a   Bister, Klaus ^a   Breuker, Kathrin ^a  

^a UNIVERSITY OF INNSBRUCK   (Austria)

Author keywords

acidic proteins; electron detachment dissociation; FT ICR; mass spectrometry; sequencing

Indexed keywords

ACIDIC PROTEINS; AMINO ACID RESIDUES; BACKBONE FRAGMENTATION; CYSTEINE RESIDUES; ELECTRON DETACHMENT DISSOCIATION; ELECTRON DETACHMENT DISSOCIATIONS; FRAGMENTATION PATTERNS; FT-ICR; LIMITING FACTORS; MELITTIN; PRIMARY STRUCTURE ANALYSIS; PROTEIN BACKBONE; PROTEIN SEQUENCING; SEQUENCING; SIDE CHAINS; SMALL MOLECULES; TOPDOWN;

AMINO ACIDS; CARBOHYDRATES; CARBOXYLIC ACIDS; DISSOCIATION; ELECTRONS; MASS SPECTROMETRY; OLIGONUCLEOTIDES;

PROTEINS;

AMINO ACID; FERREDOXIN; MELITTIN; PROTEIN;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; ELECTRON; MASS SPECTROMETRY; METHODOLOGY; PH;

AMINO ACIDS; ELECTRONS; FERREDOXINS; HYDROGEN-ION CONCENTRATION; MASS SPECTROMETRY; MELITTEN; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; PROTEINS;

EID: 79953704774     PISSN: 09476539     EISSN: 15213765     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/chem.201003709     Document Type: Article

References (79)

1. R. A. Zubarev, N. L. Kelleher, F. W. McLafferty, J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266
2. R. A. Zubarev, D. M. Horn, E. K. Fridriksson, N. L. Kelleher, N. A. Kruger, M. A. Lewis, B. K. Carpenter, F. W. McLafferty, Anal. Chem. 2000, 72, 563-573
3. D. M. Horn, Y. Ge, F. W. McLafferty, Anal. Chem. 2000, 72, 4778-4784
4. F. W. McLafferty, D. M. Horn, K. Breuker, Y. Ge, M. A. Lewis, B. Cerda, R. A. Zubarev, B. K. Carpenter, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 245-249
5. K. Breuker, H. B. Oh, D. M. Horn, B. A. Cerda, F. W. McLafferty, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6407-6420.
6. N. L. Kelleher, H. Y. Lin, G. A. Valaskovic, D. J. Aaserud, E. K. Fridriksson, F. W. McLafferty, J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 806-812
7. R. L. Kelleher, R. A. Zubarev, K. Bush, B. Furie, B. C. Furie, F. W. McLafferty, C. T. Walsh, Anal. Chem. 1999, 71, 4250-4253
8. E. K. Fridriksson, A. Beavil, D. Holowka, H. J. Gould, B. Baird, F. W. McLafferty, Biochemistry 2000, 39, 3369-3376
9. Y. Ge, B. G. Lawhorn, M. ElNaggar, E. Strauss, J. H. Park, T. P. Begley, F. W. McLafferty, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 672-678
10. G. E. Reid, S. A. McLuckey, J. Mass Spectrom. 2002, 37, 663-675
11. N. L. Kelleher, Anal. Chem. 2004, 76, 196A-203A
12. X. M. Han, M. Jin, K. Breuker, F. W. McLafferty, Science 2006, 314, 109-112
13. F. W. McLafferty, K. Breuker, M. Jin, X. M. Han, G. Infusini, H. Jiang, X. G. Kong, T. P. Begley, FEBS J. 2007, 274, 6256-6268
14. K. Breuker, M. Jin, X. M. Han, H. H. Jiang, F. W. McLafferty, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 1045-1053
15. M. Hartl, A. M. Mitterstiller, T. Valovka, K. Breuker, B. Hobmayer, K. Bister, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2010, 107, 4051-4056.
16. S. D. H. Shi, M. E. Hemling, S. A. Carr, D. M. Horn, I. Lindh, F. W. McLafferty, Anal. Chem. 2001, 73, 19-22
17. K. Hakansson, M. J. Chalmers, J. P. Quinn, M. A. McFarland, C. L. Hendrickson, A. G. Marshall, Anal. Chem. 2003, 75, 3256-3262
18. J. J. Cournoyer, C. Lin, P. B. O'Connor, Anal. Chem. 2006, 78, 1264-1271
19. X. J. Li, C. Lin, P. B. O'Connor, Anal. Chem. 2010, 82, 3606-3615
20. E. Mirgorodskaya, P. Roepstorff, R. A. Zubarev, Anal. Chem. 1999, 71, 4431-4436.
21. J. B. Fenn, M. Mann, C. K. Meng, S. F. Wong, C. M. Whitehouse, Science 1989, 246, 64-71
22. K. D. Henry, E. R. Williams, B. H. Wang, F. W. McLafferty, J. Shabanowitz, D. F. Hunt, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1989, 86, 9075-9078
23. S. K. Chowdhury, V. Katta, B. T. Chait, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1990, 167, 686-692
24. R. D. Smith, J. A. Loo, C. G. Edmonds, C. J. Barinaga, H. R. Udseth, Anal. Chem. 1990, 62, 882-899.
25. P. Pan, H. P. Gunawardena, Y. Xia, S. A. McLuckey, Anal. Chem. 2004, 76, 1165-1174.
26. B. A. Budnik, K. F. Haselmann, R. A. Zubarev, Chem. Phys. Lett. 2001, 342, 299-302
27. F. Kjeldsen, O. A. Silivra, I. A. Ivonin, K. F. Haselmann, M. Gorshkov, R. A. Zubarev, Chem. Eur. J. 2005, 11, 1803-1812.
28. H. Liu, K. Håkansson, Anal. Chem. 2006, 78, 7570-7576
29. F. Kjeldsen, O. B. Horning, S. S. Jensen, A. M. B. Giessing, O. N. Jensen, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 1156-1162.
30. J. T. Adamson, K. Håkansson, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 2162-2172
31. J. J. Wolff, I. J. Amster, L. L. Chi, R. J. Linhardt, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 234-244
32. J. J. Wolff, L. L. Chi, R. J. Linhardt, I. J. Amster, Anal. Chem. 2007, 79, 2015-2022
33. F. E. Leach III, J. J. Wolff, T. N. Laremore, R. J. Linhardt, I. J. Amster, Int. J. Mass Spectrom. 2008, 276, 110-115
34. J. J. Wolff, T. N. Laremore, A. M. Busch, R. J. Linhardt, I. J. Amster, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 790-798
35. J. J. Wolff, T. N. Laremore, A. M. Busch, R. J. Linhardt, I. J. Amster, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 294-304
36. C. J. Taylor, R. M. Burke, B. H. Wu, S. Panja, S. B. Nielsen, C. E. H. Dessent, Int. J. Mass Spectrom. 2009, 285, 70-77.
37. J. Yang, J. J. Mo, J. T. Adamson, K. Håkansson, Anal. Chem. 2005, 77, 1876-1882
38. J. Yang, K. Håkansson, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 1369-1375
39. Y. Xu, C. Afonso, R. Wen, J. C. Tabet, J. Mass Spectrom. 2008, 43, 1531-1544
40. J. Yang, K. Håkansson, Int. J. Mass Spectrom. 2008, 276, 144-148
41. C. Kinet, V. Gabelica, D. Balbeur, E. De Pauw, Int. J. Mass Spectrom. 2009, 283, 206-213
42. J. Yang, K. Håkansson, Eur. J. Mass Spectrom. 2009, 15, 293-304
43. M. Taucher, K. Breuker, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 918-929.
44. M. B. Comisarow, A. G. Marshall, Chem. Phys. Lett. 1974, 25, 282-283.
45. J. J. Wolff, F. E. Leach, T. N. Laremore, D. A. Kaplan, M. L. Easterling, R. J. Linhardt, I. J. Amster, Anal. Chem. 2010, 82, 3460-3466
46. M. Huzarska, I. Ugalde, D. A. Kaplan, R. Hartmer, M. L. Easterling, N. C. Polfer, Anal. Chem. 2010, 82, 2873-2878
47. J. J. Coon, J. Shabanowitz, D. F. Hunt, J. E. P. Syka, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 880-882.
48. V. Gabelica, T. Tabarin, R. Antoine, F. Rosu, I. Compagnon, M. Broyer, E. De Pauw, P. Dugourd, Anal. Chem. 2006, 78, 6564-6572
49. R. Antoine, L. Joly, T. Tabarin, M. Broyer, P. Dugourd, J. Lemoine, Rapid Commun. Mass Spectrom. 2007, 21, 265-268
50. V. Larraillet, R. Antoine, P. Dugourd, J. Lemoine, Anal. Chem. 2009, 81, 8410-8416
51. V. Larraillet, A. Vorobyev, C. Brunet, J. Lemoine, Y. O. Tsybin, R. Antoine, P. Dugourd, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 670-680.
52. J. J. Wolff, T. N. Laremore, H. Aslam, R. J. Linhardt, I. J. Amster, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 1449-1458
53. B. A. Budnik, K. F. Haselmann, Y. N. Elkin, V. I. Gorbach, R. A. Zubarev, Anal. Chem. 2003, 75, 5994-6001.
54. R. B. Cody, B. S. Freiser, Anal. Chem. 1979, 51, 547-551
55. B. H. Wang, F. W. McLafferty, Org. Mass Spectrom. 1990, 25, 554-556.
56. http://www.expasy.ch/tools/pi-tool.html.
57. C. S. Hoaglund, S. J. Valentine, C. R. Sporleder, J. P. Reilly, D. E. Clemmer, Anal. Chem. 1998, 70, 2236-2242
58. S. L. Koeniger, D. E. Clemmer, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 322-331.
59. D. E. Clemmer, M. F. Jarrold, J. Mass Spectrom. 1997, 32, 577-592.
60. D. J. Bailey, G. C. McAlister, J. J. Coon, 58th ASMS conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Salt Lake City, 2010.
61. I. Anusiewicz, M. Jasionowski, P. Skurski, J. Simons, J. Phys. Chem. A 2005, 109, 11332-11337.
62. P. H. Cannington, N. S. Ham, J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 1983, 32, 139-151
63. L. Klasinc, J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 1976, 8, 161-164
64. M. A. Slifkin, A. C. Allison, Nature 1967, 215, 949-950.
65. D. Dehareng, G. Dive, Int. J. Mol. Sci. 2004, 5, 301-332.
66. B. A. Budnik, Y. O. Tsybin, P. Håkansson, R. A. Zubarev, J. Mass Spectrom. 2002, 37, 1141-1144.
67. NIST Chemistry WebBook, NIST Standard Reference Database Number 69, (retrieved November 9, 2010).
68. A. J. Gianola, T. Ichino, R. L. Hoenigman, S. Kato, V. M. Bierbaum, W. C. Lineberger, J. Phys. Chem. A 2005, 109, 11504-11514.
69. A. G. Harrison, Mass Spectrom. Rev. 1997, 16, 201-217.
70. K. Breuker, S. Brüschweiler, M. Tollinger, Angew. Chem., DOI:; Angew. Chem. Int. Ed., DOI:.
71. Q. Y. Sun, H. Nelson, T. Ly, B. M. Stoltz, R. R. Julian, J. Proteome Res. 2009, 8, 958-966.
72. K. Breuker, F. W. McLafferty, Angew. Chem. 2003, 115, 5048-5052
73. Angew. Chem. Int. Ed. 2003, 42, 4900-4904.
74. V. Ryzhov, A. K. Y. Lam, R. A. J. O'Hair, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 985-995.
75. J. A. Silvester, G. S. Timmins, M. J. Davies, Free Radical Biol. Med. 1998, 24, 754-766
76. J. A. Silvester, G. S. Timmins, M. J. Davies, Arch. Biochem. Biophys. 1998, 350, 249-258.
77. M. Hartl, A. Nist, M. I. Khan, T. Valovka, K. Bister, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2009, 106, 5604-5609.
78. M. Z. Steinberg, R. Elber, F. W. McLafferty, R. B. Gerber, K. Breuker, ChemBioChem 2008, 9, 2417-2423.
79. A. J. Kleinnijenhuis, F. Kjeldsen, B. Kallipolitis, K. F. Haselmann, O. N. Jensen, Anal. Chem. 2007, 79, 7450-7456.