Cα-C backbone fragmentation dominates in electron detachment dissociation of gas-phase polypeptide polyanions

Chemistry - A European Journal

Volumn 11, Issue 6, 2005, Pages 1803-1812

  Kjeldsen, Frank ^a,b   Silivra, Oleg A ^a   Ivonin, Igor A ^a   Haselmann, Kim F ^b   Gorshkov, Mikhail ^c   Zubarev, Roman A ^a  

^a UPPSALA UNIVERSITY   (Sweden)

^b UNIVERSITY OF SOUTHERN DENMARK   (Denmark)

^c SEMENOV INSTITUTE OF CHEMICAL PHYSICS   (Russian Federation)

Author keywords

Charge solvation electron detachment dissociation; Mass spectrometry; Peptides fragmentation

Indexed keywords

CHEMICAL BONDS; CHEMICAL MODIFICATION; DISSOCIATION; ELECTRON IRRADIATION; MASS SPECTROMETRY; NEGATIVE IONS;

BACKBONE FRAGMENTATION; ELECTRON DETACHMENT DISSOCIATION (EDD); PEPTIDE SEQUENCING; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

POLYPEPTIDES;

POLYANION; POLYPEPTIDE;

AB INITIO CALCULATION; AMINO ACID SEQUENCE; AMINO TERMINAL SEQUENCE; ARTICLE; CHEMICAL BOND; DISSOCIATION; ELECTRON; FOURIER TRANSFORM MASS SPECTROMETRY; IRRADIATION; PHOSPHORYLATION; PROTEIN PROCESSING; PROTON TRANSPORT; SOLVATION; SULFATION; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

ANIONS; CARBON; ELECTRONS; GASES; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR CONFORMATION; PEPTIDES; SENSITIVITY AND SPECIFICITY;

EID: 15044352515     PISSN: 09476539     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/chem.200400806     Document Type: Article

References (56)

1. a) A. Pandey, M. Mann, Nature 2000, 405, 837-846;
2. b) I. Rajagopal, K. Ahern, Science 2001, 294, 2571-2573.
3. a) N. L. Kelleher, H. Y. Lin, G. A. Valaskovic, D. J. Aaserud, E. K. Fridriksson, F. W. McLafferty, J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 806-812;
4. b) F. W. McLafferty, E. K. Fridriksson, D. M. Horn, M. A. Lewis, R. A. Zubarev, Science 1999, 284, 1289-1290;
5. c) F. Y. Meng, B. J. Cargile, L. M. Miller, A. J. Forbes, J. R. Johnson, N. L. Kelleher, Nat. Biotechnol. 2001, 19, 952-957;
6. d) S. K. Sze, Y. Ge, H. B. Oh, F. W. McLafferty, Anal. Chem. 2003, 75, 1599-1603.
7. a) T. S. Jardetzky, W. S. Lane, R. A. Robinson, D. R. Madden, D. C. Wiley, Nature 1991, 353, 326-329;
8. b) R. Aebersold, M. Mann, Nature 2003, 422, 198-207;
9. c) M. S. Boguski, M. W. McIntosh, Nature 2003, 422, 233-237.
10. D. F. Hunt, J. R. Yates, J. Shabanowitz, S. Winston, C. R. Hauer, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1986, 83, 6233-6237.
11. a) P. Roepstorff, J. Fohlman, Biomed. Mass Spectrom. 1984, 11, 601;
12. b) K. Biemann, Biomed. Environ. Mass Spectrom. 1988, 16, 99-111.
13. F. Kjeldsen, K. F. Haselmann, B. A. Budnik, F. Jensen, R. A. Zubarev, Chem. Phys. Lett. 2002, 356, 201-206.
14. R. A. Zubarev, N. L. Kelleher, F. W. McLafferty, J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266.
15. a) E. Mirgorodskaya, P. Roepstorff, R. A. Zubarev, Anal. Chem. 1999, 71, 4431-4436;
16. b) K. Hakansson, H. J. Cooper, M. R. Emmett, C. E. Costello, A. G. Marshall, C. L. Nilsson, Anal. Chem. 2001, 73, 4530-4536;
17. c) A. Stensballe, O. N. Jensen, J. V. Olsen, K. F. Haselmann, R. A. Zubarev, Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 1793-1800;
18. d) R. L. Kelleher, R. A. Zubarev, K. Bush, B. Furie, B. C. Furie, F. W. McLafferty, C. T. Walsh, Anal Chem. 1999, 71, 4250-4253.
19. a) K. F. Haselmann, B. A. Budnik, J. V. Olsen, M. L. Nielsen, C. A. Reis, H. Clausen, A. H. Johnsen, R. A. Zubarev, Anal. Chem. 2001, 73, 2998-3005;
20. b) S. D. H. Shi, M. E. Hemling, S. A. Carr, D. M. Horn, I. Lindh, F. W. McLafferty, Anal. Chem. 2001, 73, 19-22;
21. c) H. Niiranen, B. A. Budnik, R. A. Zubarev, S. Auriola, S. Lapinjoki, J. Chromatogr. A 2002, 962, 95-103.
22. K. F. Haselmann, T. J. D. Jorgensen, B. A. Budnik, F. Jensen, R. A. Zubarev, Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 2260-2265.
23. F. Kjeldsen, K. F. Haselmann, E. S. Sorensen, R. A. Zubarev, Anal. Chem. 2003, 75, 1267-1274.
24. F. Kjeldsen, R. Zubarev, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 6628-6629.
25. J. Wong, S. B. Hutchings, R. K. H. Liem, J. Biol. Chem. 1984, 259, 10867-10874.
26. P. A. Baeuerle, W. B. Huttner, J. Biol. Chem. 1985, 260, 6434-6439.
27. S. Quiroga, K. H. Pfenninger, J. Neurochem. 1994, 63, 1150-1158.
28. R. A. Edwards, H. Herrerasosa, J. Otto, J. Bryan, J. Biol. Chem. 1995, 270, 10764-10770.
29. a) S. T. Steinborner, J. H. Bowie, Rapid Commun. Mass Spectrom. 1996, 10, 1243-1247;
30. b) S. T. Steinborner, J. H. Bowie, Rapid Commun. Mass Spectrom. 1997, 11, 253-258;
31. c) R. A. J. O'Hair, S. Blanksby, M. Styles, J. H. Bowie, Int. J. Mass Spectrom. 1999, 183, 203-211;
32. d) C. S. Brinkworth, S. Dua, A. M. McAnoy, J. H. Bowie, Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 1965-1973;
33. e) G. A. Chass, C. N. J. Marai, A. G. Harrison, I. G. Csizmadia, J. Phys. Chem. A 2002, 106, 9695-9704.
34. J. H. Bowie, C. S. Brinkworth, S. Dua, Mass Spectrom. Rev. 2002, 21, 87-107.
35. a) N. P. Ewing, C. J. Cassady, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 105-116;
36. b) P. Boontheung, P. F. Alewood, C. S. Brinkworth, J. H. Bowie, P. A. Wabnitz, M. J. Tyler, Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 281-286.
37. B. A. Budnik, K. F. Haselmann, R. A. Zubarev, Chem. Phys. Lett. 2001, 342, 299-302.
38. K. F. Haselmann, B. A. Budnik, F. Kjeldsen, M. L. Nielsen, J. V. Olsen, R. A. Zubarev, Eur. J. Mass Spectrom. 2002, 8, 117-121.
39. Y. Ge, B. G. Lawhorn, M. El Naggar, E. Strauss, J. H. Park, T. P. Begley, F. W. McLafferty, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 672-678.
40. F. Kjeldsen, K. F. Haselmann, B. A. Budnik, E. S. Sorensen, R. A. Zubarev, Anal. Chem. 2003, 75, 2355-2361.
41. M. S. Thompson, W. Cui, J. P. Reilly, in ASMS, ASMS, TN, USA, 2004.
42. M. S. Thompson, W. Cui, J. P. Reilly, in ASMS, TN, USA, 2004.
43. N. L. Clipston, J. Jai-nhuknan, C. J. Cassady, Int. J. Mass Spectrom. 2003, 222, 363-381.
44. D. Bilusich, C. S. Brinkworth, J. H. Bowie, Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 544-552.
45. D. F. Liu, T. Wyttenbach, C. J. Carpenter, M. T. Bowers, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 3261-3270.
46. B. A. Budnik, M. L. Nielsen, J. V. Olsen, K. F. Haselmann, P. Horth, W. Haehnel, R. A. Zubarev, Int. J. Mass Spectrom. 2002, 219, 283-294.
47. J. E. Bartmess, Negative Ion Energetics Data, National Institute of Standards and Technology, Gaithersburg, MD 20899 (http://webboo-k.nist.gov). 2003.
48. a) H. Oh, K. Breuker, S. K. Sze, Y. Ge, B. K. Carpenter, F. W. McLafferty, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 15863-15868;
49. b) K. Breuker, H. B. Oh, D. M. Horn, B. A. Cerda, F. W. McLafferty, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6407-6420.
50. M. Mann, O. N. Jensen, Nat. Biotechnol. 2003, 21, 255-261.
51. I. A. Ivonin, R. A. Zubarev, in 51st ASMS Conference, ASMS, Montreal, Canada, 2003.
52. L. A. Carpino, G. Y. Hann, J. Org. Chem. 1972, 37, 3404-3409.
53. M. J. Frisch et al., Revision B.05 ed., Pittsburgh, PA, 2003.
54. a) R. Q. Zhang, J. H. Huang, Y. X. Bu, K. Ran, S. T. Lee, G. Z. He, Science in China Series B-Chemistry 2000, 43, 375-388;
55. b) O. Dolgounitcheva, V. G. Zakrzewski, J. V. Ortiz, Chem. Phys. Lett. 1999, 307, 220-226.
56. M. W. Wong, Chem. Phys. Lett. 1996, 256, 391-399.