Function and structure of GFP-like proteins in the protein data bank

Molecular BioSystems

Volumn 7, Issue 4, 2011, Pages 984-992

  Ong, Wayne J H ^a   Alvarez, Samuel ^a   Leroux, Ivan E ^a   Shahid, Ramza S ^a   Samma, Alex A ^a   Peshkepija, Paola ^a   Morgan, Alicia L ^a   Mulcahy, Shawn ^a   Zimmer, Marc ^a  

^a The Holleran Center for Community Action and Public Policy   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GREEN FLUORESCENT PROTEIN; PROTEIN;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; METABOLISM; PROTEIN DATABASE; STRUCTURE ACTIVITY RELATION;

DATABASES, PROTEIN; GREEN FLUORESCENT PROTEINS; MODELS, MOLECULAR; PROTEINS; STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP;

EID: 79952635209     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1mb05012e     Document Type: Article

References (63)

1. M. Zimmer, Glowing Genes: A Revolution in Biotechnology, Prometheus Books, Amherst, NY, 2005.
2. R. Y. Tsien, FEBS Lett., 2005, 579, 927-932.
3. Green Fluorescent Protein: Properties, Applications and Protocols, ed. M. Chalfie and S. R. Kain, John Wiley & Sons, Hoboken New Jersey, 2nd edn, 2006.
4. V. Tozzini, V. Pellegrini and F. Beltram, CRC Handbook of Organic Photochemistry and Photobiology, 2nd edn, 2004.
5. D. M. Chudakov, S. Lukyanov and K. A. Lukyanov, Trends Biotechnol., 2005, 23, 605-613.
6. N. C. Shaner, P. A. Steinbach and R. Y. Tsien, Nat. Methods, 2005, 2, 905-909.
7. N. C. Shaner, G. H. Patterson and M. W. Davidson, J. Cell Sci., 2007, 120, 4247-4260.
8. T. D. Craggs, Chem. Soc. Rev., 2009, 38, 2865-2875.
9. M. Zimmer, Chem. Soc. Rev., 2009, 38, 2823-2832.
10. C. W. Cody, D. C. Prasher, W. M. Westler, F. G. Pendergast and W. W. Ward, Biochemistry, 1993, 32, 1212-1218.
11. R. Heim, D. C. Prasher and R. Y. Tsien, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1994, 91, 12501-12504.
12. B. R. Branchini, A. R. Nemser and M. Zimmer, J. Am. Chem. Soc., 1998, 120, 1-6.
13. M. A. Rosenow, H. A. Huffman, M. E. Phail and R. M. Wachter, Biochemistry, 2004, 43, 4464-4472.
14. D. P. Barondeau, C. D. Putnam, C. J. Kassmann, J. A. Tainer and E. D. Getzoff, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2003, 100, 12111-12116.
15. D. P. Barondeau, C. J. Kassmann, J. A. Tainer and E. D. Getzoff, Biochemistry, 2005, 44, 1960-1970.
16. R. M. Wachter, Acc. Chem. Res., 2007, 40, 120-127.
17. N. P. Lemay, A. L. Morgan, E. J. Archer, L. A. Dickson, C. M. Megley and M. Zimmer, Chem. Phys., 2008, 348, 152-160.
18. M. A. Perozzo, K. B. Ward, R. B. Thompson and W. W. Ward, J. Biol. Chem., 1988, 263, 7713-7716.
19. F. Yang, L. G. Moss and G. N. Phillips, Nat. Biotechnol., 1996, 14, 1246-1251.
20. M. Ormoe, A. B. Cubitt, K. Kallio, L. A. Gross, R. Y. Tsien and S. J. Remington, Science, 1996, 273, 1392-1395.
21. H. M. Berman, J. Westbrook, Z. Feng, G. Gilliland, T. N. Bhat, H. Weissig, I. N. Shindyalov and P. E. Bourne, Nucleic Acids Res., 2000, 28, 235-242.
22. J. M. Pei, B. H. Kim and N. V. Grishin, Nucleic Acids Res., 2008, 36, 2295-2300.
23. M. A. Larkin, G. Blackshields, N. P. Brown, R. Chenna, P. A. McGettigan, H. McWilliam, F. Valentin, I. M. Wallace, A. Wilm, R. Lopez, J. D. Thompson, T. J. Gibson and D. G. Higgins, Bioinformatics, 2007, 23, 2947-2948.
24. I. J. Bruno, J. C. Cole, P. R. Edgington, M. Kessler, C. F. Macrae, P. McCabe, J. Pearson and R. Taylor, Acta Crystallogr., Sect. B: Struct. Sci., 2002, 58, 389-397.
25. M. Hendlich, A. Bergner, J. Gunther and G. Klebe, J. Mol. Biol., 2003, 326, 607-620.
26. J. Gunther, A. Bergner, M. Hendlich and G. Klebe, J. Mol. Biol., 2003, 326, 621-636.
27. D. Kuhn, N. Weskamp, S. Schmitt, E. Hullermeier and G. Klebe, J. Mol. Biol., 2006, 359, 1023-1044.
28. S. Schmitt, M. Hendlich and G. Klebe, Angew. Chem., Int. Ed., 2001, 40, 3141.
29. O. Shimomura, F. H. Johnson and Y. Saiga, J. Cell. Comp. Physiol., 1962, 59, 223-229.
30. O. Shimomura, J. Microsc. (Oxford, U.K.), 2005, 217, 3-15.
31. D. A. Shagin, E. V. Barsova, Y. G. Yanushevich, A. F. Fradkov, K. A. Lukyanov, Y. A. Labas, T. N. Semenova, J. A. Ugalde, A. Meyers, J. M. Nunez, E. A. Widder, S. A. Lukyanov and M. V. Matz, Mol. Biol. Evol., 2004, 21, 841-850.
32. B. S. W. Chang, J. A. Ugalde and M. V. Matz, in Molecular Evolution: Producing the Biochemical Data, Part B, 2005, vol. 395, pp. 652-670.
33. N. O. Alieva, K. A. Konzen, S. F. Field, E. A. Meleshkevitch, V. Beltran-Ramirez, D. J. Miller, A. Salih, J. Wiedenmann and M. V. Matz, PLoS One, 2008, 3, e2680.
34. E. K. Bomati, G. Manning and D. D. Deheyn, BMC Evol. Biol., 2009, 9, 77-77.
35. M. V. Matz, N. J. Marshall and M. Vorobyev, Photochem. Photobiol., 2006, 82, 345-350.
36. A. Miyawaki, Cell Struct. Funct., 2002, 27, 343-347.
37. S. G. Dove, O. Hoegh-Guldberg and S. Ranganathan, Coral Reefs, 2001, 19, 197-204.
38. S. Dove, Mar. Ecol.: Prog. Ser., 2004, 272, 99-116.
39. F. Bou-Abdallah, N. D. Chasteen and M. P. Lesser, Biochim. Biophys. Acta, Gen. Subj., 2006, 1760, 1690-1695.
40. C. H. Mazel, M. P. Lesser, M. Y. Gorbunov, T. M. Barry, J. H. Farrell, K. D. Wyman and P. G. Falkowski, Limnol. Oceanogr., 2003, 48, 402-411.
41. N. Agmon, Biophys. J., 2005, 88, 2452-2461.
42. A. M. Bogdanov, A. S. Mishin, I. V. Yampolsky, V. V. Belousov, D. M. Chudakov, F. V. Subach, V. V. Verkhusha, S. Lukyanov and K. A. Lukyanov, Nat. Chem. Biol., 2009, 5, 459-461.
43. C. V. Palmer, C. K. Modi and L. D. Mydlarz, PLoS One, 2009, 4.
44. G. E. Crooks, G. Hon, J. M. Chandonia and S. E. Brenner, Genome Res., 2004, 14, 1188-1190.
45. T. E. Creighton, Proteins: Structure and Molecular Properties, W.H. Freeman & Co., New York, 2nd edn, 1993.
46. A. M. Bogdanov, A. S. Mishin, I. V. Yampolsky, V. V. Belousov, D. M. Chudakov, F. V. Subach, V. V. Verkhusha, S. Lukyanov and K. A. Lukyanov, Nat. Chem. Biol., 2009, 5, 459-461.
47. A. G. Evdokimov, M. E. Pokross, N. S. Egorov, A. G. Zaraisky, I. V. Yampolsky, E. M. Merzlyak, A. N. Shkoporov, I. Sander, K. A. Lukyanov and D. M. Chudakov, EMBO Rep., 2006, 7, 1006-1012.
48. N. Agmon, J. Phys. Chem. B, 2007, 111, 7870-7878.
49. A. Shinobu, G. J. Palm, A. J. Schierbeek and N. Agmon, J. Am. Chem. Soc., 2010, 132, 11093-11102.
50. L. V. Schafer, G. Groenhof, A. R. Klingen, G. M. Ullmann, M. Boggio-Pasqua, M. A. Robb and H. Grubmuller, Angew. Chem., Int. Ed., 2007, 46, 530-536.
51. C. Bosisio, V. Quercioli, M. Collini, L. D'Alfonso, G. Baldini, S. Bettati, B. Campanini, S. Raboni and G. Chirico, J. Phys. Chem. B, 2008, 112, 8806-8814.
52. A. Warren and M. Zimmer, J. Mol. Graphics Modell., 2001, 19, 297-303.
53. J. N. Henderson, M. F. Osborn, N. Koon, R. Gepshtein, D. Huppert and S. J. Remington, J. Am. Chem. Soc., 2009, 131, 13212.
54. J. A. Sniegowski, J. W. Lappe, H. N. Patel, H. A. Huffman and R. M. Wachter, J. Biol. Chem., 2005, 280, 26248-26255.
55. S. L. Maddalo and M. Zimmer, Photochem. Photobiol., 2006, 82, 367-372.
56. C. Fang, R. R. Frontiera, R. Tran and R. A. Mathies, Nature, 2009, 462, 200-U274.
57. K. D. Piatkevich, E. N. Efremenko, V. V. Verkhusha and D. D. Varfolomeev, Russ. Chem. Rev., 2010, 79, 243-258.
58. N. Y. A. Baffour-Awuah and M. Zimmer, Chem. Phys., 2004, 303, 7-11.
59. H. E. Seward and C. R. Bagshaw, Chem. Soc. Rev., 2009, 38, 2842-2851.
60. R. N. Day and M. W. Davidson, Chem. Soc. Rev., 2009, 38, 2887-2921.
61. W. Weber, V. Helms, J. McCammon and P. Langhoff, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1999, 96, 6177-6182.
62. C. M. Megley, L. A. Dickson, S. L. Maddalo, G. J. Chandler and M. Zimmer, J. Phys. Chem. B, 2009, 113, 302-308.
63. R. P. Ilagan, E. Rhoades, D. F. Gruber, H. T. Kao, V. A. Pieribone and L. Regan, FEBS J., 2010, 277, 1967-1978.