Molecular dynamics simulations of a binding intermediate between FKBP12 and a high-affinity ligand

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 7, Issue 3, 2011, Pages 725-741

  Olivieri, Lilian ^a,b,c   Gardebien, Fabrice ^a,b,c  

^a INSERM   (France)

^b UNIVERSITÉ DE LA RÉUNION   (France)

^c INSTITUT NATIONAL DE LA TRANSFUSION SANGUINE   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 79952591191     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct100394d     Document Type: Article

References (59)

1. DeCenzo, M. T.; Park, S. T.; Jarrett, B. P.; Aldape, R. A.; Futer, O.; Murcko, M. A.; Livingston, D. J. Protein Eng. 1996, 9, 173-180
2. Fung, J. J.; Starzl, T. E. Ther. Drug Monit. 1995, 17, 592-595
3. Danovitch, G. M. Transplant. Proc. 1999, 31, 2-6
4. Herdegen, T.; Fischer, G.; Gold, B. G. Trends Pharmacol. Sci. 2000, 21, 3-5
5. Davies, T. H.; Sánchez, E. R. Int. J. Biochem. Cell Biol. 2005, 37, 42-47
6. Holt, D.; Luengo, J.; Yamashita, D.; Oh, H.; Konialian, A.; Yen, H.; Rozamus, L.; Brandt, M.; Bossard, M.; Levy, M. A.; Eggleston, D. S.; Liang, J.; Schultz, L. W.; Stout, T. J.; Clardy, J. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9925-9938
7. Xu, Y.; Wang, R. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2006, 64, 1058-1068
8. Wang, J.; Deng, Y.; Roux, B. Biophys. J. 2006, 91, 2798-2814
9. Zhang, C.; Chen, J.; DeLisi, C. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1999, 34, 255-267
10. Ubbink, M. FEBS Lett. 2009, 583, 1060-1066
11. Schreiber, G.; Haran, G.; Zhou, H. X. Chem. Rev. 2009, 109, 839-860
12. Mittag, T.; Schaffhausen, B.; Günther, U. L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 9017-9023
13. Sydor, J. R.; Engelhard, M.; Wittinghofer, A.; Goody, R. S.; Herrmann, C. Biochemistry 1998, 37, 14292-14299
14. Selzer, T.; Albeck, S.; Schreiber, G. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 537-541
15. Lamb, M. L.; Jorgensen, W. L. J. Med. Chem. 1998, 41, 3928-3939
16. Sun, F.; Li, P.; Ding, Y.; Wang, L.; Bartlam, M.; Shu, C.; Shen, B.; Jiang, H.; Li, S.; Rao, Z. Biophys. J. 2003, 85, 3194-3201
17. Zhao, L.; Liu, H.; Wang, L.; Li, S. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2006, 16, 4385-4390
18. Babine, R. E.; Bender, S. L. Chem. Rev. 1997, 97, 1359-1472
19. Zacharias, M. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2004, 54, 759-767
20. Ivery, M. T. G.; Weiler, L. Bioorg. Med. Chem. Lett. 1997, 5, 211-232
21. Rosen, M. K.; Schreiber, S. L. Angew. Chem., Int. Ed. 1992, 31, 384-400
22. Lemons, D. S.; Gythiel, A. Am. J. Phys. 1997, 65, 1079-1081
23. Lazaridis, T.; Karplus, M. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1999, 35, 133-152
24. Brünger, A.; Brooks, C. L., III; Karplus, M. Chem. Phys. Lett. 1984, 105, 495-500
25. Curcio, R.; Caflisch, A.; Paci, E. Protein Sci. 2005, 14, 2499-2514
26. Jorgensen, W. Nature 2010, 466, 42-43
27. Colizzi, F.; Perozzo, R.; Scapozza, L.; Recanatini, M.; Cavalli, A. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 7361-7371
28. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarty, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiórkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616
29. Foloppe, N.; MacKerell, A. D., Jr. J. Comput. Chem. 2000, 21, 86-104
30. Brooks, B. R.; Brooks, C. L., III; Mackerell, A. D., Jr.; Nilsson, L.; Petrella, R. J.; Roux, B.; Won, Y.; Archontis, G.; Bartels, C.; Boresch, S.; Caflish, A.; Caves, L.; Cui, Q.; Dinner, A. R.; Feig, M.; Fischer, S.; Gao, J.; Hodoscek, M.; Im, W.; Kuczera, K.; Lazaridis, T.; Ma, J.; Ovchinnikov, V.; Paci, E.; Pastor, R. W.; Post, C. B.; Pu, J. Z.; Schaefer, M.; Tidor, B.; Venable, R. M.; Woodcock, H. L.; Wu, X.; Yang, W.; York, D. M.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1545-1614
31. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341
32. Brooks, C.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 1983, 79, 6312-6325
33. Paci, E.; Caflisch, A.; Plückthun, A.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 2001, 314, 589-605
34. Swegat, W.; Schlitter, J.; Krüger, P.; Wollmer, A. Biophys. J. 2003, 84, 1493-1506
35. Huang, H.; Ozkirimli, E.; Post, C. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1304-1314
36. Li, A.; Daggett, V. J. Mol. Biol. 1998, 275, 677-694
37. Caves, L. S.; Evanseck, J. D.; Karplus, M. Protein Sci. 1998, 7, 649-666
38. van Duyne, G. D.; Standaert, R. F.; Karplus, P. A.; Schreiber, S. L.; Clardy, J. J. Mol. Biol. 1993, 229, 105-124
39. Nakanishi, I.; Fedorov, D. G.; Kitaura, K. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2007, 68, 145-158
40. Rhodes, G. A User's Guide to Crystallographic Models. In Crystallography Made Crystal Clear: A Guide for Users of Macromolecular Models; Academic Press, an imprint of Elsevier Science: San Diego, CA, 2006; pp 159 - 186.
41. Cornell, W.; Abseher, R.; Nilges, M.; Case, D. A. J. Mol. Graph. Model. 2001, 19, 136-145
42. Wilson, K. P.; Yamashita, M. M.; Sintchak, M. D.; Rotstein, S. H.; Murcko, M. A.; Boger, J.; Thomson, J. A.; Fitzgibbon, M. J.; Black, J. R.; Navia, M. A. Acta Crystallogr. 1995, D51, 511-521
43. Peters, G. H.; Bywater, R. P. Protein Eng. 1999, 12, 747-754
44. Teplyakov, A.; Sebastiao, P.; Obmolova, G.; Perrakis, A.; Brush, G. S.; Bessman, M. J.; Wilson, K. S. EMBO J. 1996, 15, 3487-3497
45. Hornak, V.; Okur, A.; Rizzo, R. C.; Simmerling, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 915-920
46. Burkhard, P.; Taylor, P.; Walkinshaw, M. D. J. Mol. Biol. 2000, 295, 953-962
47. Rosen, M. K.; Yang, D.; Martin, P. K.; Schreiber, S. L. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 821-822
48. Castellano, R. K.; Diederich, F.; Meyer, E. A. Angew. Chem., Int. Ed. 2003, 42, 1210-1250
49. Chang, C. A.; McLaughlin, W. A.; Baron, R.; Wang, W.; McCammon, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 7456-7461
50. Dobbins, S. E.; Lesk, V. I.; Sternberg, M. J. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 10390-10395
51. Lepre, C. A.; Pearlman, D. A.; Cheng, J. W.; DeCenzo, M. T.; Moore, J. M.; Livingston, D. J. Biochemistry 1994, 33, 13571-13580
52. Hamilton, G. S.; Huang, W.; Connolly, M. A.; Ross, D. T.; Guo, H.; Valentine, H. L.; Suzdak, P. D.; Steiner, J. P. Bioorg. Med. Chem. Lett. 1997, 7, 1785-1790
53. Yang, W.; Rozamus, L. W.; Narula, S.; Rollins, C. T.; Yuan, R.; Andrade, L. J.; Ram, M. K.; Phillips, T. B.; van Schravendijk, M. R.; Dalgarno, D.; Clackson, T.; Holt, D. A. J. Med. Chem. 2000, 43, 1135-1142
54. Nikitina, E.; Sulimov, V.; Zayets, V.; Zaitseva, N. Int. J. Quantum Chem. 2004, 97, 747-763
55. Koser, P. L.; Eng, W. K.; Bossard, M. J.; McLaughlin, M. M.; Cafferkey, R.; Sathe, G. M.; Faucette, L.; Levy, M. A.; Johnson, R. K.; Bergsma, D. J.; Livi, G. P. Gene 1993, 129, 159-165
56. Ikura, T.; Ito, N. Protein Sci. 2007, 16, 2618-2625
57. Orozco, M.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. Biochemistry 1993, 32, 12864-12874
58. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577-2637
59. Stewart, J. J. P. MOPAC2006, version 1.0; Fujitsu Limited: Tokyo, Japan, 2006.