Comparison of three perturbation molecular dynamics methods for modeling conformational transitions

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 5, Issue 5, 2009, Pages 1304-1314

  Huang, He ^a   Ozkirimli, Elif ^a,b   Post, Carol Beth ^a  

^a PURDUE UNIVERSITY   (United States)

^b BOGAZICI UNIVERSITY   (Turkey)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 66749085629     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct9000153     Document Type: Article

References (51)

1. Schlitter, J.; Engels, M.; Kruger, P.; Jacoby, E.; Wollmer, A. Mol. Simul. 1993, 10, 291-308.
2. Schlitter, J.; Engels, M.; Kruger, P. J. Mol. Graphics 1994, 12, 84-89.
3. Grubmueller, H.; Heymann, B.; Tavan, P. Science 1996, 271, 997-999.
4. Leech, J.; Prins, J.; Hermans, J. IEEE Comput. Sci. Eng. 1996, 3, 38-45.
5. Marchi, M.; Ballone, P. J. Chem. Phys. 1999, 110, 3697-3702.
6. Paci, E.; Karplus, M. J. Mol, Biol. 1999, 288, 441-459.
7. Izrailev, S.; Stepaniants, S.; Balsera, M.; Oono, Y.; Schulten, K. Biophys. J. 1997, 72, 1568-1581.
8. Lu, H.; Isralewitz, B.; Krammer, A.; Vogel, V.; Schulten, K. Biophys. J. 1998, 75, 662-671.
9. Krammer, A.; Lu, H.; Isralewitz, B.; Schulten, K.; Vogel, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 1351-1356.
10. Marszalek, P. E.; Lu, H.; Li, H. B.; Carrion-Vazquez, M.; Oberhauser, A. F.; Schulten, K.; Fernandez, J. M. Nature (London) 1999, 402, 100-103.
11. Law, R. J.; Munson, K.; Sachs, G.; Lightstone, F. C. Biophys. J. 2008, 95, 2739-2749.
12. Swift, R. V.; McCammon, J. A. Biochemistry 2008, 47, 4102-4111.
13. Zou, J.; Wang, Y.-D.; Ma, F.-X.; Xiang, M.-L.; Shi, B.; Wei, Y.-Q.; Yang, S.-Y. Proteins: Struct., Funct. Bioinf. 2008, 72, 323-332.
14. Apostolakis, J.; Ferrara, P.; Caflisch, A. J. Chem. Phys. 1999, 110, 2099-2108.
15. Bui, J. M.; McCammon, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 15451-15456.
16. Ferrara, P.; Apostolakis, J.; Caflisch, A. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 4511-4518.
17. Ma, J.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 11905-11910.
18. Ferrara, P.; Apostolakis, J.; Caflisch, A. Proteins: Struct. Funct. Genet. 2000, 39, 252-260.
19. Paci, E.; Caflisch, A.; Pluckthun, A.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 2001, 314, 589-605.
20. Morra, G.; Hodoscek, M.; Knapp, E. W. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2003, 53, 597-606.
21. Li, Y.; Zhou, Z.; Post, C. B. Proc. Natl, Acad. Sci, U.S.A. 2005, 102, 7529-7534.
22. Stultz, C. M. Protein Sci. 2006, 15, 2166-2177.
23. Ozkirimli, E.; Post, C. B. Protein Sci. 2006, 15, 1051-1062.
24. Levinson, N. M.; Kuchment, O.; Shen, K.; Young, M. A.; Koldobskiy, M.; Karplus, M.; Cole, P. A.; Kuriyan, J. PLoS Biol. 2006, 4, e144.
25. Kastenholz, M. A.; Schwartz, T. U.; Hünenberger, P. H. Biophys. J. 2006, 91, 2976-2990.
26. Perdih, A.; Kotnik, M.; Hodoscek, M.; Solmajer, T. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2007, 68, 243-254.
27. Ozkirimli, E.; Yadav, S. S.; Miller, W. T.; Post, C. B. Protein Sci. 2008, 17, 1871-1880.
28. Tikhonova, I. G.; Best, R. B.; Engel, S.; Gershengorn, M. C.; Hummer, G.; Costanzi, S. J. Am, Chem. Soc. 2008, 130, 10141-10149.
29. Zhong, W.; Guo, W.; Ma, S. FEBS Lett. 2008, 582, 3320-3324.
30. Matrai, J.; Jonckheer, A.; Joris, E.; Kruger, P.; Carpenter, E.; Tuszynski, J.; Maeyer, M. D.; Engelborghs, Y. Fur. Biophys. J. 2008, 38, 13-23.
31. Carrion-Vazquez, M.; Li, H.; Lu, H.; Marszalek, P. E.; Oberhauser, A. F.; Fernandez, J. M. Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 738-743.
32. Sato, S.; Religa, T. L.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 2006, 360, 850-864.
33. Vu, D. M.; Myers, J. K.; Oas, T. G.; Dyer, R. B. Biochemistry 2004, 43, 3582-3589.
34. Myers, J. K.; Oas, T. G. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 552-558.
35. Guo, Z.; Brooks, C. L.; Boczko, E. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 10161-10166.
36. Garcia, A. E.; Onuchic, J. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13898-13903.
37. Cheng, S.; Yang, Y.; Wang, W.; Liu, H. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 23645-23654.
38. Itoh, K.; Sasai, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 7298-7303.
39. Binnig, G.; Quate, C. F.; Gerber, C. Phys. Rev. Lett. 1986, 56, 930-933.
40. Gouda, H.; Torigoe, H.; Saito, A.; Sato, M.; Arata, Y.; Shimada, I. Biochemistry 1992, 31, 9665-9672.
41. Im, W.; Lee, M. S.; Brooks, C. L. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1691-1702.
42. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217.
43. Yamaguchi, H.; Hendrickson, W. A. Nature (London) 1996, 384, 484-489.
44. Schindler, T.; Sichert, F.; Pico, A.; Gazit, A.; Levitzki, A.; Kuriyan, J. Mol. Cell 1999, 3, 639-648.
45. Paci, E.; Smith, L. J.; Dobson, C. M.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 2001, 306, 329-347.
46. Markwick, P. R. L.; Doltsinis, N. L.; Schlitter, J. J. Chem. Phys. 2007, 126, 045104.
47. Tome, G. M.; Valleau, J. P. J. Comnut. Phys. 1977, 23, 187-199.
48. Ferrenberg, A. M.; Swendsen, R. H. Phys. Reu. Lett. 1989, 63, 1195-1198.
49. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14 (33-8), 27-8.
50. West, D. K.; Olmsted, P. D.; Paci, E. J. Chem. Phys. 2006, 125, 204909.
51. Jarzynski, C. Phys. Reuv. Lett. 1997, 78, 2690.