Electron capture dissociation of highly charged proteolytic peptides from Lys N, Lys C and Glu C digestion

Molecular BioSystems

Volumn 6, Issue 9, 2010, Pages 1668-1681

  Kalli, Anastasia ^a,b   Håkansson, Kristina ^a  

^a UNIVERSITY OF MICHIGAN   (United States)

^b CALIFORNIA INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHYMOTRYPSIN; GLUTAMIC ACID; LYSINE; PEPTIDE; TRYPSIN;

ARTICLE; CHEMISTRY; METHODOLOGY; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

CHYMOTRYPSIN; GLUTAMIC ACID; LYSINE; PEPTIDES; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TRYPSIN;

EID: 79952025365     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c003834b     Document Type: Article

References (93)

1. K. Biemann Annu. Rev. Biochem. 1992 61 977 1010
2. R. M. M. Branca G. Bodo C. Bagyinka L. Prokai J. Mass Spectrom. 2007 42 1569 1582
3. C. Deon J. Mass Spectrom. 1997 32 880 887
4. E. D. Dodds J. B. German C. B. Lebrilla Anal. Chem. 2007 79 9547 9556
5. C. L. Gatlin J. K. Eng S. T. Cross J. C. Detter J. R. Yates Anal. Chem. 2000 72 757 763
6. L. E. Henderson J. Virol. 1992 66 1856 1865
7. R. A. Henderson Science 1992 255 1264 1266
8. S. Hopper J. Biol. Chem. 1989 264 20438 20447
9. D. F. Hunt J. R. Yates J. Shabanowitz S. Winston C. R. Hauer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1986 83 6233 6237
10. R. S. Johnson K. Biemann Biochemistry 1987 26 1209 1214
11. R. S. Johnson W. R. Mathews K. Biemann S. Hopper J. Biol. Chem. 1988 263 9589 9597
12. S. E. Martin Anal. Chem. 2000 72 4266 4274
13. K. F. Medzihradszky Biol. Mass Spectrom. 2005 402 209 244
14. K. G. Standing Curr. Opin. Struct. Biol. 2003 13 595 601
15. R. Aebersold Curr. Opin. Biotechnol. 1993 4 412 419
16. R. Bruni G. Gianfranceschi G. Koch J. Pept. Sci. 2005 11 225 234
17. C. Fenselau Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1991 20 205 220
18. J. W. Metzger Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1994 33 723 725
19. K. Nokihara Anal. Chim. Acta 1998 372 21 32
20. R. N. Hayes M. L. Gross Methods Enzymol. 1990 193 237 263
21. S. A. McLuckey J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1992 3 599 614
22. N. J. Hauser H. L. Han S. A. McLuckey F. Basile J. Proteome Res. 2008 7 1867 1872
23. F. Kjeldsen A. M. B. Giessing C. R. Ingrell O. N. Jensen Anal. Chem. 2007 79 9243 9252
24. R. J. Simpson L. M. Connolly J. S. Eddes J. J. Pereira R. L. Moritz G. E. Reid Electrophoresis 2000 21 1707 1732
25. R. Zubarev Expert Rev. Proteomics 2006 3 251 261
26. R. A. Zubarev Curr. Opin. Biotechnol. 2004 15 12 16
27. R. A. Zubarev N. L. Kelleher F. W. McLafferty J. Am. Chem. Soc. 1998 120 3265 3266
28. L. M. Mikesh B. Ueberheide A. Chi J. J. Coon J. E. P. Syka J. Shabanowitz D. F. Hunt Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2006 1764 1811 1822
29. J. E. P. Syka J. J. Coon M. J. Schroeder J. Shabanowitz D. F. Hunt Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 9528 9533
30. A. Kalli K. Hakansson J. Proteome Res. 2008 7 2834 2844
31. P. B. O'Connor C. Lin J. J. Cournoyer J. L. Pittman M. Belyayev B. A. Budnik J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006 17 576 585
32. M. M. Savitski F. Kjeldsen M. L. Nielsen R. A. Zubarev J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007 18 113 120
33. R. A. Zubarev D. M. Horn E. K. Fridriksson N. L. Kelleher N. A. Kruger M. A. Lewis B. K. Carpenter F. W. McLafferty Anal. Chem. 2000 72 563 573
34. F. Kjeldsen K. F. Haselmann B. A. Budnik F. Jensen R. A. Zubarev Chem. Phys. Lett. 2002 356 201 206
35. H. J. Cooper K. Hakansson A. G. Marshall Mass Spectrom. Rev. 2005 24 201 222
36. M. J. Chalmers W. Kolch M. R. Emmett A. G. Marshall H. Mischak J. Chromatogr., B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2004 803 111 120
37. H. K. Kweon K. Hakansson J. Proteome Res. 2008 7 749 755
38. H. Molina D. M. Horn N. Tang S. Mathivanan A. Pandey Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 2199 2204
39. S. D. H. Shi M. E. Hemling S. A. Carr D. M. Horn I. Lindh F. W. McLafferty Anal. Chem. 2001 73 19 22
40. A. Stensballe O. N. Jensen J. V. Olsen K. F. Haselmann R. A. Zubarev Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000 14 1793 1800
41. F. Kjeldsen K. F. Haselmann B. A. Budnik E. S. Sorensen R. A. Zubarev Anal. Chem. 2003 75 2355 2361
42. J. T. Adamson K. Hakansson J. Proteome Res. 2006 5 493 501
43. K. Hakansson M. J. Chalmers J. P. Quinn M. A. McFarland C. L. Hendrickson A. G. Marshall Anal. Chem. 2003 75 3256 3262
44. K. Hakansson H. J. Cooper M. R. Emmett C. E. Costello A. G. Marshall C. L. Nilsson Anal. Chem. 2001 73 4530 4536
45. K. F. Haselmann B. A. Budnik J. V. Olsen M. L. Nielsen C. A. Reis H. Clausen A. H. Johnsen R. A. Zubarev Anal. Chem. 2001 73 2998 3005
46. J. M. Hogan S. J. Pitteri P. A. Chrisman S. A. McLuckey J. Proteome Res. 2005 4 628 632
47. E. Mirgorodskaya P. Roepstorff R. A. Zubarev Anal. Chem. 1999 71 4431 4436
48. R. L. Kelleher R. A. Zubarev K. Bush B. Furie B. C. Furie F. W. McLafferty C. T. Walsh Anal. Chem. 1999 71 4250 4253
49. H. Liu K. Hakansson Anal. Chem. 2006 78 7570 7576
50. J. Axelsson M. Palmblad K. Hakansson P. Hakansson Rapid Commun. Mass Spectrom. 1999 13 474 477
51. N. A. Kruger R. A. Zubarev B. K. Carpenter N. L. Kelleher D. M. Horn F. W. McLafferty Int. J. Mass Spectrom. 1999 183 1 5
52. N. A. Kruger R. A. Zubarev D. M. Horn F. W. McLafferty Int. J. Mass Spectrom. 1999 187 787 793
53. Y. Xia H. Han S. A. McLuckey Anal. Chem. 2008 80 1111 1117
54. S. J. Pitteri P. A. Chrisman J. M. Hogan S. A. McLuckey Anal. Chem. 2005 77 1831 1839
55. S. J. Pitteri P. A. Chrisman S. A. McLuckey Anal. Chem. 2005 77 5662 5669
56. D. L. Swaney G. C. McAlister M. Wirtala J. C. Schwartz J. E. P. Syka J. J. Coon Anal. Chem. 2007 79 477 485
57. A. T. Iavarone J. C. Jurchen E. R. Williams Anal. Chem. 2001 73 1455 1460
58. A. T. Iavarone E. R. Williams Int. J. Mass Spectrom. 2002 219 63 72
59. A. T. Iavarone E. R. Williams J. Am. Chem. Soc. 2003 125 2319 2327
60. D. N. Perkins D. J. C. Pappin D. M. Creasy J. S. Cottrell Electrophoresis 1999 20 3551 3567
61. D. M. Good M. Wirtala G. C. McAlister J. J. Coon Mol. Cell. Proteomics 2007 6 1942 1951
62. S. L. Wu A. F. R. Huehmer Z. Q. Hao B. L. Karger J. Proteome Res. 2007 6 4230 4244
63. T. Nonaka H. Ishikawa Y. Tsumuraya Y. Hashimoto N. Dohmae K. Takio J. Biochem. (Tokyo) 1995 118 1014 1020
64. R. J. Chalkley K. F. Medzihradszky A. J. Lynn P. R. Baker A. L. Burlingame Anal. Chem. 2010 82 579 584
65. N. Taouatas A. F. M. Altelaar M. M. Drugan A. O. Helbig S. Mohammed A. J. R. Heck Mol. Cell. Proteomics 2009 8 190 200
66. L. Hohmann C. Sherwood A. Eastham A. Peterson J. K. Eng J. S. Eddes D. Shteynberg D. B. Martin J. Proteome Res. 2009 8 1415 1422
67. S. Gauci A. O. Helbig M. Slijper J. Krijgsveld A. J. R. Heck S. Mohammed Anal. Chem. 2009 81 4493 4501
68. P. J. Boersema N. Taouatas A. F. M. Altelaar J. W. Gouw P. L. Ross D. J. Pappin A. J. R. Heck S. Mohammed Mol. Cell. Proteomics 2009 8 650 660
69. N. Taouatas M. M. Drugan A. J. R. Heck S. Mohammed Nat. Methods 2008 5 405 407
70. D. L. Swaney C. D. Wenger J. J. Coon J. Proteome Res. 2010 9 1323 1329
71. S. Mohammed K. Lorenzen R. Kerkhoven B. van Breukelen A. Vannini P. Cramer A. J. R. Heck Anal. Chem. 2008 80 3584 3592
72. J. Yang J. J. Mo J. T. Adamson K. Hakansson Anal. Chem. 2005 77 1876 1882
73. L. J. de Koning N. M. M. Nibbering S. L. van Orden F. H. Laukien Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1997 165 209 219
74. S. M. M. Sweet C. M. Bailey D. L. Cunningham J. K. Heath H. J. Cooper Mol. Cell. Proteomics 2009 8 904 912
75. A. J. Creese H. J. Cooper J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007 18 891 897
76. M. M. Savitski M. L. Nielsen R. A. Zubarev Mol. Cell. Proteomics 2006 5 935 948
77. M. L. Nielsen M. M. Savitski R. A. Zubarev Mol. Cell. Proteomics 2005 4 835 845
78. H. J. Cooper S. Akbarzadeh J. K. Heath M. Zeller J. Proteome Res. 2005 4 1538 1544
79. M. W. Senko J. D. Canterbury S. H. Guan A. G. Marshall Rapid Commun. Mass Spectrom. 1996 10 1839 1844
80. E. B. Ledford D. L. Rempel M. L. Gross Anal. Chem. 1984 56 2744 2748
81. M. J. Chalmers K. Hakansson R. Johnson R. Smith J. W. Shen M. R. Emmett A. G. Marshall Proteomics 2004 4 970 981
82. D. M. Horn Y. Ge F. W. McLafferty Anal. Chem. 2000 72 4778 4784
83. K. Breuker H. B. Oh D. M. Horn B. A. Cerda F. W. McLafferty J. Am. Chem. Soc. 2002 124 6407 6420
84. D. M. Horn K. Breuker A. J. Frank F. W. McLafferty J. Am. Chem. Soc. 2001 123 9792 9799
85. M. V. Gorshkov C. D. Masselon E. N. Nikolaev H. R. Udseth L. Pasa-Tolic R. D. Smith Int. J. Mass Spectrom. 2004 234 131 136
86. M. A. McFarland M. J. Chalmers J. P. Quinn C. L. Hendrickson A. G. Marshall J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005 16 1060 1066
87. M. Mormann J. Peter-Katalinic Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003 17 2208 2214
88. X. H. Chen F. Turecek J. Am. Chem. Soc. 2006 128 12520 12530
89. R. Mihalca A. J. Kleinnijenhuis L. A. McDonnell A. J. R. Heck R. M. A. Heeren J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004 15 1869 1873
90. E. W. Robinson R. D. Leib E. R. Williams J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006 17 1469 1479
91. B. A. Budnik M. L. Nielsen J. V. Olsen K. F. Haselmann P. Horth W. Haehnel R. A. Zubarev Int. J. Mass Spectrom. 2002 219 283 294
92. M. M. Savitski F. Kjeldsen M. L. Nielsen R. A. Zubarev Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 5301 5303
93. K. Breuker H. B. Oh B. A. Cerda D. M. Horn F. W. McLafferty Eur. J. Mass Spectrom. 2002 8 177 180