ITRAQ-based profiling of grape berry exocarp proteins during ripening using a parallel mass spectrometric method

Molecular BioSystems

Volumn 7, Issue 3, 2011, Pages 749-765

  Martínez Esteso, Maria José ^a   Casado Vela, Juan ^b   Sellés Marchart, Susana ^a   Elortza, Felix ^b   Pedreño, Maria Angeles ^c   Bru Martínez, Roque ^a  

^a UNIVERSITY OF ALICANTE   (Spain)

^b CIC BIOGUNE   (Spain)

^c UNIVERSITY OF MURCIA   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PEPTIDE; VEGETABLE PROTEIN;

ARTICLE; CHEMISTRY; GENETICS; GRAPE; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; PHYLOGENY; PROTEIN DATABASE; PROTEOMICS;

DATABASES, PROTEIN; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDES; PHYLOGENY; PLANT PROTEINS; PROTEOMICS; VITIS;

VITACEAE; VITIS;

EID: 79951589410     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0mb00194e     Document Type: Article

References (91)

1. S. E. Ong M. Mann Nat. Chem. Biol. 2005 1 252 262
2. P. L. Ross Y. N. Huang J. N. Marchese B. Williamson K. Parker S. Hattan N. Khainovski S. Pillai S. Dey S. Daniels S. Purkayastha P. Juhasz S. Martin M. Bartlet-Jones F. He A. Jacobson D. J. Pappin Mol. Cell. Proteomics 2004 3 1154 1169
3. J. Casado-Vela M. J. Martínez-Esteso E. Rodríguez E. Borrás F. Elortza R. Bru Martínez Proteomics 2010 10 343 347
4. A. Pierce R. D. Unwin C. A. Evans S. Griffiths L. Carney L. Zhang E. Jaworska C.-F. Lee D. Blinco M. J. Okoniewski C. J. Miller D. A. Bitton E. Spooncer A. D. Whetton Mol. Cell. Proteomics 2008 7 853 863
5. P. M. Gehrig P. E. Hunziker S. Zahariev S. Pongor J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004 15 142 149
6. J. V. Olsen L. M. F. de Godoy G. Li B. Macek P. Mortensen R. Pesch A. Makarov O. Lange S. Horning M. Mann Mol. Cell. Proteomics 2005 4 2010 2021
7. J. E. Elias W. Haas B. K. Faherty S. P. Gygi Nat. Methods 2005 2 667 675
8. F. Monigatti H. Steen J. Proteome Res. 2008 7 1984 1993
9. J. V. Olsen B. Macek O. Lange A. Makarov S. Horning M. Mann Nat. Methods 2007 4 709 712
10. T. Köcher P. Pichler M. Schutzbier C. Stingl A. Kaul N. Teucher G. Hasenfuss J. M. Penninger K. Mechtler J. Proteome Res. 2009 8 4743 4752
11. B. G. Coombe Am. J. Enol. Vitic. 1992 43 101 110
12. C. Conde P. Silva N. Fontes A. C. P. Dias R. M. Tavares M. J. Sousa A. Agasse S. Delrot H. Gerós Food 2007 1 1 22
13. C. Davies S. P. Robinson Plant Physiol. 1996 111 1 275 283
14. P. K. Boss C. Davies S. P. Robinson Plant Physiol. 1996 111 1059 1066
15. D. B. Tattersall R. van Heeswijck P. B. Høj Plant Physiol. 1997 114 759 769
16. C. Davies T. Wolf S. P. Robinson Plant Sci. 1999 147 93 100
17. K. J. Nunan C. Davies S. P. Robinson G. B. Fincher Planta 2001 214 257 264
18. L. G. Deluc G. Jérôme D. W. Matthew R. L. Tillett D. R. Quilici C. Osborne D. A. Schooley K. A. Schlauch J. C. Cushman G. R. Cramer BMC Genomics 2007 8 429
19. D. L. E. Waters T. A. Holton E. M. Ablett L. S. Lee R. J. Henry Funct. Integr. Genomics 2005 5 40 58
20. N. Terrier G. J. Glissant F. Barrieu P. Abbal C. Coutre A. Ageoges R. Atanassova C. Léon J. P. Renaudin F. Dédaldéchamp C. Romieu S. Delrot S. Hamdi Planta 2005 222 832 847
21. L. Fernandez L. Torregrosa N. Terrier L. Sreekantan J. Grimplet C. Davies M. R. Thomas C. Romieu A. Ageorges Plant Mol. Biol. 2007 63 3 307 323
22. D. L. E. Waters T. A. Holton E. M. Ablett L. L. Slade R. J. Henry Plant Sci. 2006 171 132 138
23. A. J. Castro C. Carapito N. Zorn C. Magne E. Leize A. Van Dorsselaer C. Clement J. Exp. Bot. 2005 56 421 2783 2795
24. D. Vincent A. Ergul M. C. Bohlman E. A. R. Tattersall R. L. Tillett M. D. Wheatley R. Woolsey D. R. Quilici J. Joets K. Schlauch D. A. Schooley J. C. Cushman G. R. Cramer J. Exp. Bot. 2007 58 7 1873 1892
25. N. Jellouli H. Ben Jouira H. Skouri A. Ghorbel A. Gourgouri A. Mliki J. Plant Physiol. 2008 165 5 471 481
26. M. J. Martinez-Esteso S. Selles-Marchart J. C. Vera-Urbina M. A. Pedreño R. Bru-Martinez J. Proteomics 2009 73 2 331 341
27. J. E. Sarry N. Sommerer F. X. Sauvage A. Bergoin M. Rossignol G. Albagnac C. Romieu Proteomics 2004 4 201 215
28. D. Vincent M. D. Wheatley G. R. Cramer Electrophoresis 2006 27 1853 1865
29. M. Giribaldi I. Perugini F. X. Sauvage A. Shubert Proteomics 2007 7 3154 3170
30. C. Deytieux L. Geny D. Lapaillerie S. Claverol M. Bonneu B. Donèche J. Exp. Bot. 2007 58 1851 1862
31. J. Zhang H. Ma J. Feng L. Zeng Z. Wang S. Chen J. Exp. Bot. 2008 59 11 2979 2990
32. N. A. Karp R. Feret D. V. Rubtsov K. S. Lilley Proteomics 2008 8 948 960
33. J. Lücker M. Laszczak D. Smith S. T. Lund BMC Genomics 2009 10 1
34. F. Y. Peng K. E. Reid N. Liao J. Schlosser D. Lijavetzky R. Holt J. M. Martínez Zapater S. Jones M. Marra J. Bohlmann S. T. Lund Gene 2007 402 1-2 40 50
35. The French-Italian Public Consortium for Grapevine Genome Characterization Nature 2007 449 463 467
36. R. Velasco A. Zharkikh M. Troggio D. A. Cartwright A. Cestaro et al. PLoS One 2007 2 e1326
37. S. Götz J. M. García-Gómez J. Terol T. M. Williams M. J. Nueda M. Robles M. Talón J. Dopazo A. Conesa Nucleic Acids Res. 2008 36 10 3420 3435
38. J. Fenoll A. Manso P. Hellín L. Ruiz P. Flores Food Chem. 2009 114 420 428
39. W. Wang M. Scali R. Vignani A. Spadafora E. Sensi S. Mazzuca M. Cresti Electrophoresis 2003 24 2369 2375
40. W. J. Hurkman C. K. Tanaka Plant Physiol. 1986 81 802 806
41. M. M. Bradford Anal. Biochem. 1976 72 248 254
42. A. I. Nesvizhskii R. Aebersold Mol. Cell. Proteomics 2005 4 1419 1440
43. N. Blüthgen K. Brand B. Cajavec M. Swat H. Herzel D. Beule Genome Inf. 2005 16 106 115
44. D. L. Swaney G. C. McAlister J. J. Coon Nat. Methods 2008 5 959 964
45. H. Liu R. G. Sadygov J. R. Yates Anal. Chem. 2004 76 14 4193 4201
46. A. S. Negri B. Prinsi M. Rossoni O. Failla A. Scienza M. Cocucci L. Espen BMC Genomics 2008 9 378
47. K. A. Marrs M. R. Alfenito A. M. Lloyd V. A. Walbot Nature 1995 375 397 400
48. S. Kitamura N. Shikazono A. Tanaka Plant J. 2004 37 104 114
49. M. R. Alfenito E. Souer C. D. Goodman R. Buell J. Mol R. Koes V. Walbot Plant Cell 1998 10 1135 1149
50. M. Naoumkina M. A. Farag L. W. Sumner Y. Tang C.-J. Liu R. A. Dixon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 17909 17915
51. R. Berger H. van Faassen G. P. Smith Clin. Chim. Acta 1983 134 129 141
52. J. Sampedro D. J. Cosgrove GenomeBiology 2005 6 242 253
53. K. Nishitani Int. Rev. Cytol. 1997 173 157 206
54. D. A. Brummell M. H. Harpster Plant Mol. Biol. 2001 47 311 340
55. L. Almagro L. V. Gómez-Ros S. Belchi-Navarro R. Bru A. Ros-Barceló M. A. Pedreño J. Exp. Bot. 2009 60 377 390
56. J. Schlosser N. Olsson M. Weis K. Reid F. Peng S. Lund P. Bowen Protoplasma 2008 232 255 265
57. X. H. Yang Z. H. Xu H. W. Xue Plant Cell 2005 17 116 131
58. L. Song Q. M. Shi X. H. Yang Z. H. Xu H. W. Xue Cell Res. 2009 19 864 876
59. G. Pearce D. S. Moura J. Stratmann C. A. Ryan Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 12843 12847
60. M. Haruta C. P. Constabel Plant Physiol. 2003 131 814 823
61. S. Park D. M. Rancour S. Y. Bednarek Plant Physiol. 2008 148 246 258
62. P. Thomas J. Shiefelbein Plant Sci. 2002 162 283 288
63. X.-Y. Zhang X.-L. Wang X.-F. Wang G.-H. Xia Q.-H. Pan R.-C. Fan F.-Q. Wu X.-C. Yu D.-P. Zhang Plant Physiol. 2006 142 220 232
64. M. Irshad H. Canut G. Borderies R. Pont-Lezica E. Jamet BMC Plant Biol. 2008 8 94
65. C. Davies P. K. Boss S. P. Robinson Plant Physiol. 1997 115 1155 1161
66. C. Chervin A. El-Kereamy J. P. Roustan A. Latche J. Lamon M. Bouzayen Plant Sci. 2004 167 1301 1305
67. J. Grimplet L. G. Deluc R. L. Tillett M. D. Wheatley K. A. Schlauch G. R. Cramer J. C. Cushman BMC Genomics 2007 8 187
68. R. Jenrich I. Trompetter S. Bak C. E. Olsen B. L. Møller M. Piotrowski Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 18848 18853
69. C. Moser C. Segala P. Fontana I. Salakhudtinov P. Gatto M. Pindo E. Zyprian R. Toepfer M. S. Grando R. Velasco Funct. Integr. Genomics 2005 5 208 217
70. R. A. Salzman I. Tikhonova B. P. Bordelon P. M. Hasegawa R. A. Bressan Plant Physiol. 1998 117 465 472
71. C. Giannakis C. S. Bucheli K. G. M. Skene S. P. Robinson N. S. Scott Australian J. Grape Wine Res. 1998 4 14 22
72. G. Busam H. H. Kassemeyer U. Matern Plant Physiol. 1997 115 1029 1038
73. L. C. Van Loon E. A. Van Strien Physiol. Mol. Plant Pathol. 1999 55 85 97
74. L. A. Río L. M. Sandalio D. A. Altomare B. A. Zilinskas J. Exp. Bot. 2003 54 384 923 933
75. K. Yoshimura K. Miyao A. Gaber T. Takeda H. Kanaboshi H. Miyasaka S. Shigeoka Plant J. 2004 37 1 21 33
76. J. M. Oliveira M. Faria F. Sá F. Barros I. M. Araújo Anal. Chim. Acta 2006 563 300 309
77. X. Wang Plant Physiol. 2005 139 566 573
78. X. Wang Curr. Opin. Plant Biol. 2002 5 408 414
79. W. Zhang C. Qin J. Zhao X. Wang Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 9508 9513
80. W. Zhang C. Wang C. Qin T. Wood G. Olafsdottir R. Welti X. Wang Plant Cell 2003 15 2285 2295
81. W. Li M. Li W. Zhang R. Welti X. Wang Nat. Biotechnol. 2004 22 427 433
82. D. J. Kliebenstein J. E. Lim L. G. Landry R. L. Last Plant Physiol. 2002 130 1 234 243
83. L. Taiz and E. Zeiger, Plant Physiology, on line, 4th edn, (http://4e.plantphys.net/index.php)
84. A. W. Bown K. B. MacGregor B. J. Shelp Trends Plant Sci. 2006 11 424 427
85. K. E. Breitkreuz W. A. Allan O. R. Van Cauwenberghe C. Jakobs D. Talibi B. André B. J. Shelp J. Biol. Chem. 2003 278 41552 41556
86. J. H. Fowler J. Narváez-Vásquez D. N. Aromdee V. Pautot F. M. Holzer L. L. Walling Plant Cell 2009 21 1239 1251
87. V. S. Le, PhD thesis, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, 2005
88. L. Fernandez L. Torregrosa N. Terrier L. Sreekantan J. Grimplet C. Davies M. Thomas C. Romieu A. Ageorges Plant Mol. Biol. 2007 63 307 323
89. L. Van Son J. Tiedemann T. Rutten S. Hillmer G. Hinz T. Zank R. Manteufell H. Bäumlein Plant Mol. Biol. 2009 71 4-5 319 329
90. A. Sturn J. Quackenbush Z. Trajanoski Bioinformatics 2002 18 1 207 208
91. M. A. Larkin G. Blackshields N. P. Brown R. Chenna P. A. McGettigan H. McWilliam F. Valentin I. M. Wallace A. Wilm R. Lopez J. D. Thompson T. J. Gibson D. G. Higgins Bioinformatics 2007 23 2947 2948