Molybdenum site structure of escherichia coli YedY, a novel bacterial oxidoreductase

Inorganic Chemistry

Volumn 50, Issue 3, 2011, Pages 732-740

  Pushie, M Jake ^a   Doonan, Christian J ^a,b   Moquin, Kamila ^c   Weiner, Joel H ^c   Rothery, Richard ^c   George, Graham N ^a  

^a UNIVERSITY OF SASKATCHEWAN   (Canada)

^b UNIVERSITY OF ALBERTA   (Canada)

^c UNIVERSITY OF ADELAIDE   (Australia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ESCHERICHIA COLI PROTEIN; MOLYBDENUM; OXIDOREDUCTASE; YEDY PROTEIN, E COLI;

ANIMAL; ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CHICKEN; ELECTRON SPIN RESONANCE; ENZYME ACTIVE SITE; ENZYMOLOGY; ESCHERICHIA COLI; X RAY ABSORPTION SPECTROSCOPY; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

ANIMALS; CATALYTIC DOMAIN; CHICKENS; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; ELECTRON SPIN RESONANCE SPECTROSCOPY; ESCHERICHIA COLI; ESCHERICHIA COLI PROTEINS; MODELS, MOLECULAR; MOLYBDENUM; OXIDOREDUCTASES; X-RAY ABSORPTION SPECTROSCOPY;

EID: 79951589342     PISSN: 00201669     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ic101280m     Document Type: Article

References (62)

1. Hille, R. Chem. Rev. 1996, 96, 2757-2816.
2. Rajagopalan, K. V. In Molybdenum and Molybdenum-Containing Enzymes; Coughlan, M. P., Ed.; Pergamon Press: Oxford, U.K., 1980; pp 243-272.
3. Braaten, A. C.; Bentley, M. M. Biochem. Genet. 1993, 31, 375-91.
4. (a) Eilers, T.; Schwarz, G.; Brinkmann, H.; Witt, C.; Richter, T.; Nieder, J.; Koch, B.; Hille, R.; Hansch, R.; Mendel, R. R. J. Biol. Chem. 2001, 276, 46989-46994.
5. (b) Hille, R. Structure 2003, 11, 1189-1197.
6. (c) Schrader, N.; Fischer, K.; Theis, K.; Mendel, R. R.; Schwartz, G.; Kisker, K. Structure 2003, 11, 1251-1263.
7. (a) Kappler, U.; Bennett, B.; Rethmeier, J.; Schwarz, G.; Deutzmann, R.; McEwan, A. G.; Dahl, C. J. Biol. Chem. 2000, 275, 13202-13212.
8. (b) Doonan, C. J.; Kappler, U.; George, G. N. Inorg. Chem. 2006, 45, 7488-7492.
9. Hänsch, R.; Mendel, R. Photosynth. Res. 2005, 86, 337-343.
10. Kappler, U. In Microbial Sulfur Metalbolism; Dahl, C., Friedrich, C. G., Eds.; Springer: Berlin, 2007; pp 151-169.
11. Kisker, C.; Schindelin, H.; Pacheco, A.; Wehbi, W. A.; Garrett, R. M.; Rajagopalan, K. V.; Enemark, J. E.; Rees, D. C. Cell 1997, 91,1-20.
12. Pushie, M. J.; George, G. N. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 3266-3275.
13. Blattner, F. R.; Plunkett, G.; Bloch, C. A.; Perna, N. T.; Burland, V.; Riley, M.; Collado-Vides, J.; Glasner, J. D.; Rode, C. K.; Mayhew, G. F.; Gregor, J.; Davis, N. W.; Kirkpatrick, H. A.; Goeden, M. A.; Rose, D. J.; Mau, B.; Shao, Y. Science 1997, 277, 1453-1462.
14. Loschi, L.; Brockx, S. J.; Hills, T. L.; Zhang, G.; Bertero, M. G.; Lovering, A. L.; Weinger, J. H.; Strynadka, N. C. J. J. Biol. Chem.2004, 279, 50391-50400.
15. Brokx, S. J.; Rothery, R. A.; Zhang, G.; Ng, D. P.; Weiner, J. H. Biochemistry 2005, 44, 10339-10348.
16. Workun, G. J.; Moquin, K.; Rothery, R. A.; Weiner, J. H. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2008, 72, 228-248.
17. George, G. N.; Hilton, J.; Temple, C.; Prince, R. C.; Rajagopolan, K. V. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 1256-1266.
18. (a) George, G. N. J. Biol. Inorg. Chem. 1997, 2, 790-796.
19. (b) George, G. N.; Hilton, J.; Rajagopalan, K. V. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 1113-1117.
20. (c) George, G. N.; Doonan, C. J.; Rothery, R. A.; Boroumand, A.; Weiner, J. H. Inorg. Chem. 2007, 46, 2-1.
21. (d) George, G. N.; Mertens, J. A.; Campbell, W. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 9730-9731.
22. Cramer, S. P.; Tench, O.; Yocum, M.; George, G. N. Nucl. Instrum. Methods 1988, A266, 586-591.
23. http://ssrl.slac.stanford.edu/exafspak.html.
24. George, G. N.; Garrett, R. M.; Prince, R. C.; Rajagopalan, K. V. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8588-8592.
25. Rehr, J. J.; Mustre de Leon, J.; Zabinsky, S. I.; Albers, R. C. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 5135-5140.
26. Mustre de Leon, J.; Rehr, J. J.; Zabinsky, S. I.; Albers, R. C. Phys. Rev. B 1991, 44, 4146-4156.
27. Delley, B. J. Chem. Phvs. 1990, 92, 508-517.
28. Delley, B. J. Chem. Phys. 2000, 113, 7756-7764.
29. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G., Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision E.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
30. Becke, A. D. J. Chem. Phvs. 1988, 88, 2547-2553.
31. Perdew, J. P.; Wang, Y. Phvs. Rev. B 1992, 45, 13244-13249.
32. Hay, P. J.; Wadt, W. R. J. Chem. Phvs. 1985, 82, 270-283.
33. Graham, D. C.; Christian, G.; Stranger, R.; Yates, B. F. J. Comput. Chem. 2009, 2146-2156.
34. Klamt, A.; Schüürmann, G. J. Chem. Soc., Perkin. Trans. 1993, 2, 799-805.
35. Cances, E.; Mennucci, B.; Tomasi, J. J. Chem. Phvs. 1997, 107, 3032-3041.
36. Mennucci, B.; Cances, E.; Tomasi, J. J. Phvs. Chem. B 1997, 101, 10506-10517.
37. Mennucci, B.; Cammi, R.; Tomasi, J. J. Chem. Phvs. 1999, 110, 6858-6870.
38. ORCA-an ab initio, DFT and semiempirical SCF-MO package. http://www.thch.uni-bonn.de/tc/orca/.
39. Klein, E. L.; Astashkin, A. V.; Ganyushin, D.; Riplinger, C.; Johnson-Winters, K.; Neese, F.; Enemark, J. H. Inorg. Chem. 2009, 48, 4743-4752.
40. Kutzler, F. W.; Natoli, C. R.; Misemer, D. K.; Donaich, S.; Hodgson., K. O. J. Chem. Phvs. 1980, 73, 3274-3288.
41. Cramer, S. P.; Wahl, R.; Rajagopolan, K. V. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 7721-7727.
42. Kutzler, F. W.; Scott, R. A.; Berg, J. M.; Hodgson, K. O.; Donaich, S.; Cramer, S. P.; Chang, C. H. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 6083-6088.
43. George, G. N.; Garrett, R. M.; Prince, R. C.; Rajagopalan, K. V. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8588-8592.
44. Joyner, R. W.; Martin, K. J.; Meehan, P. J. Phvs. C: Solid State Phvs. 1987, 20, 4005-4012.
45. Sachs, L. Applied Statistics, 2nd ed.; Springer-Verlag: New York, 1984.
46. George, G. N.; Pickering, I. J. In Brilliant Light in Life and Materials Sciences; Tsakanov, V., Wiedemann, H., Eds.; Springer: Dordrecht, The Netherlands, 2007; pp 97-119.
47. Doonan, C. J.; Stockert, A.; Hille, R.; George, G. N. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4518-4522.
48. Harris, H. H.; George, G. N.; Rajagopalan, K. V. Inorg. Chem. 2006, 45, 493-495.
49. Allen, F. H.; Kennard, O.; Watson, D. G. Struct. Correl. 1994, 1, 71-110.
50. Yang, J.; Rothery, R.; Sempombe, J.; Weiner, J. H.; Kirk, M. L. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 15612-15614.
51. George, G. N.; Bray, R. C. Biochemistrv 1988, 27, 3603-3609.
52. George, G. N. J. Magn. Reson. 1985, 64, 384-394.
53. Astashkin, A. V.; Mader, M. L.; Pacheco, A.; Enemark, J. H.; Raitsimring, A. M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 5294-5302.
54. Enemark, J. H.; Astashkin, A. V.; Raitsimring, A. M. J. Chem. Soc., Dalton Trans. 2006, 3501-3514.
55. (a) George, G. N.; Prince, R. C.; Kipke, C. A.; Sunde, R. A.; Enemark, J. E. Biochem. J. 1988, 256, 307-309.
56. (b) Pacheco, A.; Basu, P.; Borbat, P.; Raitsimring, A. M.; Enemark, J. H. Inorg. Chem. 1996, 35, 7001-7008.
57. (c) George, G. N.; Garrett, R. M.; Graf, T.; Prince, R. C.; Rajagopalan, K. V. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 4522-4523.
58. (d) Astashkin, A. V.; Johnson-Winters, K.; Klein, E. L.; Feng, C.; Wilson, H. L.; Rajagopalan, K. V.; Raitsimring, A. M.; Enemark, J. H. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 8471-8480.
59. Doonan, C. J.; Wilson, H.; Garrett, R. M.; Bennet, B.; Prince, R. C.; Rajagopalan, K. V.; George, G. N. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 9421-9428.
60. Qiu, J. A.; Wilson, H. L.; Pushie, M. J.; Kisker, C.; George, G. N.; Rajagopalan, K. V. Biochemistry 2010, 49, 3989-4000.
61. George, G. N.; Pickering, I. J.; Kisker, C. Inorg. Chem. 1999, 38, 2539-2540.
62. George, G. N.; Garret, R. M.; Prince, R. C.; Rajagopalan, K. V. Inorg. Chem. 2004, 43, 8456-8460.