Entropy localization in proteins

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 48, 2010, Pages 16036-16044

  Li, Da Wei ^a   Showalter, Scott A ^a,b   Brüschweiler, Rafael ^a  

^a FLORIDA STATE UNIVERSITY   (United States)

^b PENNSYLVANIA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; COMPUTER SIMULATION; ENTROPY; LIGANDS; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; THERMODYNAMICS;

CONFIGURATIONAL ENTROPY; DIHEDRAL ANGLES; ENTROPY CHANGES; LIGAND BINDING; MOLECULAR DYNAMICS COMPUTER SIMULATIONS; NMR SPECTROSCOPY; ONCOPROTEINS; PEPTIDE LIGAND; PHYSIOLOGICAL CONDITION; PROTEIN DYNAMICS; PROTEIN FUNCTIONS; PROTEIN MOTION; PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS; QUANTITATIVE CHARACTERIZATION; SIDE-CHAIN; SITE-SPECIFIC;

PROTEINS;

EID: 78650094737     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp109908u     Document Type: Article

References (66)

1. Boehr, D. D.; McElheny, D.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Science 2006, 313, 1638-1642
2. Mittermaier, A.; Kay, L. E. Science 2006, 312, 224-228
3. Henzler-Wildman, K. A.; Lei, M.; Thai, V.; Kerns, S. J.; Karplus, M.; Kern, D. Nature 2007, 450, 913-916
4. Tsai, C. J.; Del Sol, A.; Nussinov, R. Mol. Biosyst. 2009, 5, 207-216
5. Gruenberg, R.; Nilges, M.; Leckner, J. Structure 2006, 14, 683-693
6. Mendez, R.; Bastolla, U. Phys. Rev. Lett. 2010, 104, 228103
7. Levy, R. M.; Karplus, M.; Kushick, J.; Perahia, D. Macromolecules 1984, 17, 1370-1374
8. Garcia, A. E. Phys. Rev. Lett. 1992, 68, 2696-2699
9. Amadei, A.; Linssen, A. B. M.; Berendsen, H. J. C. Proteins 1993, 17, 412-425
10. Karplus, M.; Kushick, J. N. Macromolecules 1981, 14, 325-332
11. Missimer, J. H.; Steinmetz, M. O.; Baron, R.; Winkler, F. K.; Kammerer, R. A.; Daura, X.; van Gunsteren, W. F. Protein Sci. 2007, 16, 1349-1359
12. Mu, Y. G.; Nguyen, P. H.; Stock, G. Proteins 2005, 58, 45-52
13. Wang, J.; Brüschweiler, R. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 18-24
14. Altis, A.; Otten, M.; Nguyen, P. H.; Hegger, R.; Stock, G. J. Chem. Phys. 2008, 128, 245102
15. Killian, B. J.; Kravitz, J. Y.; Somani, S.; Dasgupta, P.; Pang, Y. P.; Gilson, M. K. J. Mol. Biol. 2009, 389, 315-335
16. Chang, C. E. A.; Chen, W.; Gilson, M. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 1534-1539
17. Hnizdo, V.; Fedorowicz, A.; Singh, H.; Demchuk, E. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1172-1183
18. Darian, E.; Hnizdo, V.; Fedorowicz, A.; Singh, H.; Demchuk, E. J. Comput. Chem. 2005, 26, 651-660
19. Chang, C. E.; Chen, W.; Gilson, M. K. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 1017-1028
20. Prompers, J. J.; Brüschweiler, R. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11416-11424
21. Maisuradze, G. G.; Leitner, D. M. Proteins 2007, 67, 569-578
22. Li, D. W.; Meng, D.; Brüschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 14610-14611
23. Li, D. W.; Brüschweiler, R. Phys. Rev. Lett. 2009, 102, 118108
24. Akke, M.; Brüschweiler, R.; Palmer, A. G. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9832-9833
25. Yang, D.; Kay, L. E. J. Mol. Biol. 1996, 263, 369-382
26. Li, Z.; Raychaudhuri, S.; Wand, A. J. Protein Sci. 1996, 5, 2647-2650
27. Igumenova, T. I.; Frederick, K. K.; Wand, A. J. Chem. Rev. 2006, 106, 1672-1699
28. Jarymowycz, V. A.; Stone, M. J. Chem. Rev. 2006, 106, 1624-1671
29. Wrabl, J. O.; Shortle, D.; Woolf, T. B. Proteins 2000, 38, 123-133
30. Prabhu, N. V.; Lee, A. L.; Wand, A. J.; Sharp, K. A. Biochemistry 2003, 42, 562-570
31. Li, D. W.; Brüschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 7226-7227
32. Buck, M.; Bouguet-Bonnet, S.; Pastor, R. W.; MacKerell, A. D. Biophys. J. 2006, 90, L36-L38
33. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins 2006, 65, 712-725
34. Klepeis, J. L.; Lindorff-Larsen, K.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Curr. Opin. Struct. Biol. 2009, 19, 120-127
35. Levine, A. J. Cell 1997, 88, 323-331
36. Romer, L.; Klein, C.; Dehner, A.; Kessler, H.; Buchner, J. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 6440-6460
37. Cho, Y.; Gorina, S.; Jeffrey, P. D.; Pavletich, N. P. Science 1994, 265, 346-355
38. Kussie, P. H.; Gorina, S.; Marechal, V.; Elenbaas, B.; Moreau, J.; Levine, A. J.; Pavletich, N. P. Science 1996, 274, 948-953
39. Showalter, S. A.; Brüschweiler-Li, L.; Johnson, E.; Zhang, F.; Brüschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 6472-6478
40. Case, D. A.; Cheatham, T. E.; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668-1688
41. Showalter, S. A.; Brüschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4158-4159
42. Showalter, S. A.; Johnson, E.; Rance, M.; Brüschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 14146-14147
43. Showalter, S. A.; Brüschweiler, R. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 961-975
44. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 1977, 23, 327-341
45. Grasberger, B. L.; Lu, T.; Schubert, C.; Parks, D. J.; Carver, T. E.; Koblish, H. K.; Cummings, M. D.; LaFrance, L. V.; Milkiewicz, K. L.; Calvo, R. R.; Maguire, D.; Lattanze, J.; Franks, C. F.; Zhao, S.; Ramachandren, K.; Bylebyl, G. R.; Zhang, M.; Manthey, C. L.; Petrella, E. C.; Pantoliano, M. W.; Deckman, I. C.; Spurlino, J. C.; Maroney, A. C.; Tomczuk, B. E.; Molloy, C. J.; Bone, R. F. J. Med. Chem. 2005, 48, 909-912
46. Bremi, T.; Brüschweiler, R.; Ernst, R. R. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 4272-4284
47. Killian, B. J.; Kravitz, J. Y.; Gilson, M. K. J. Chem. Phys. 2007, 127 024107
48. Brady, G. P.; Sharp, K. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 1997, 7, 215-221
49. Trbovic, N.; Cho, J. H.; Abel, R.; Friesner, R. A.; Rance, M.; Palmer, A. G. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 615-622
50. Levy, R. M.; Karplus, M. Biopolymers 1979, 18, 2465-2495
51. Johnson, E.; Showalter, S. A.; Brüschweiler, R. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6203-6210
52. Edholm, O.; Berendsen, H. J. C. Mol. Phys. 1984, 51, 1101-1028
53. Karplus, M.; Ichiye, T.; Pettitt, B. M. Biophys. J. 1987, 52, 1083-1085
54. Schlitter, J. Chem. Phys. Lett. 1993, 215, 617-621
55. Schafer, H.; Mark, A. E.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 2000, 113, 7809-7817
56. Schafer, H.; Daura, X.; Mark, A. E.; van Gunsteren, W. F. Proteins 2001, 43, 45-56
57. Cheluvaraja, S.; Meirovitch, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9241-9246
58. Cheluvaraja, S.; Meirovitch, H. J. Chem. Phys. 2006, 125 024905
59. Frederick, K. K.; Marlow, M. S.; Valentine, K. G.; Wand, A. J. Nature 2007, 448, 325-329
60. Hnizdo, V.; Darian, E.; Fedorowicz, A.; Demchuk, E.; Li, S.; Singh, H. J. Comput. Chem. 2007, 28, 655-668
61. Minh, D. D. L.; Hamelberg, D.; McCammon, A. J. Chem. Phys. 2007, 127, 154105
62. Hnizdo, V.; Tan, J.; Killian, B. J.; Gilson, M. K. J. Comput. Chem. 2008, 29, 1605-1614
63. Go, N.; Scheraga, H. A. Macromolecules 1976, 9, 535-542
64. Li, D. W.; Khanlarzadeh, M.; Wang, J. B.; Huo, S.; Brüschweiler, R. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 13807-13813
65. Brady, G. P.; Szabo, A.; Sharp, K. A. J. Mol. Biol. 1996, 263, 123-125
66. Boresch, S.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1995, 254, 801-807