A multifaceted approach to the interpretation of NMR order parameters: A case study of a dynamic α-helix

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 19, 2008, Pages 6203-6210

  Johnson, Eric ^a   Showalter, Scott A ^a   Brüschweiler, Rafael ^a  

^a FLORIDA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE;

CASE STUDIES; GENERALIZED ORDER; MODEL-FREE; NMR RELAXATION; ORDER PARAMETERS; STANDARD METHODS;

NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY;

ARTICLE; CHEMICAL MODEL; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY;

MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; MODELS, CHEMICAL;

EID: 44949229209     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp711160t     Document Type: Article

References (60)

1. Palmer, A. G. Chem. Rev. 2004, 104, 3623.
2. Brüschweiler, R. Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 175.
3. Mittermaier, A.; Kay, L. E. Science 2006, 312, 224.
4. Lipari, G.; Szabo, A. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 4546.
5. Lipari, G.; Szabo, A. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 4559.
6. Kay, L. E.; Torchia, D. A.; Bax, A. Biochemistry 1989, 28, 8972.
7. Meiler, J.; Prompers, J. J.; Peti, W.; Griesinger, C.; Brüschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 6098.
8. Tolman, J. R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12020.
9. Jarymowycz, V. A.; Stone, M. J. Chem. Rev. 2006, 106, 1624.
10. Case, D. A. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 325.
11. Zhuravleva, A.; Korzhnev. D. M.; Nolde, S. B.; Kay, L. E.; Arseniev, A. S.; Billeter, M.; Orekhov, V. Y. J. Mol. Biol. 2007, 367, 1079.
12. Wang, W.; Nymeyer, H.; Zhou, H.-X.; Berg, B.; Brüschweiler, R. J. Comput. Chem.
13. Chen, J.; Brooks, C. L.; Wright, P. E. J. Biomol. NMR 2004, 29, 243.
14. Markwick, P. R.; Bouvignies, G.; Blackledge, M. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4724.
15. Nederveen, A. J.; Bonvin, A. M. J. J. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 363.
16. Palmer, A. G.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 9059.
17. Levy, R. M.; Karplus, M.; Wolynes, P. G. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 5998.
18. Showalter. S. A.: Brüschweiler, R. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 961.
19. Case, D. A. J. Biomol. NMR 1999, 15, 95.
20. Brüschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 5341.
21. Karplus, M.; Kushick, J. N. Macromolecules 1981, 14, 325.
22. Levy, R. M.: Karplus, M.; Kushick, J.; Perahia, D. Macromolecules 1984, 17, 1370.
23. Brüschweiler, R.: Case, D. A. Phys. Rev. Lett. 1994, 72, 940.
24. Prompers, J. J.; Brüschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 7305.
25. Pfeiffer, S.; Fushman, D.; Cowbum, D. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3021.
26. Haliloglu, T.; Bahar, I. Proteins 1999, 37, 654.
27. Ming, D.; Brüschweiler, R. Biophys. J. 2006, 90, 3382.
28. Abergel, D.; Bodenhausen, G. J. Chem. Phys. 2005, 123, 204901.
29. Zhang, F.; Brüschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12654.
30. Ming, D.; Brüschweiler, R. J. Biomol. NMR 2004, 29, 363.
31. Bremi, T.; Brüschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 6672.
32. Lienin, S. F.; Bremi, T.; Brutscher, B.; Brüschweiler, R.; Ernst, R. R. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9870.
33. Akke, M.; Brüschweiler, R.; Palmer. A. G. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115. 9832.
34. Prompers, J. J.; Brüschweiler, R. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11416.
35. Yang, D.; Kay, L. E. J. Mol. Biol. 1996, 263, 369.
36. Wand, A. J. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 926.
37. Frederick, K. K.; Marlow, M. S.; Valentine, K. G.; Wand, A. J. Nature 2007, 448, 325.
38. Peng, J. W.; Wagner, G. Biochemistry 1995, 34, 16733.
39. Peng, J. W.; Wagner, G. Biochemistry 1992, 31, 8571.
40. Peng, J. W.; Wagner, G. J. Magn. Reson. 1992, 98, 308.
41. Millet, O.; Muhandiram, D. R.; Skrynnikov, N. R.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6439.
42. Skrynnikov, N. R.; Millet, O.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6449.
43. Meirovitch, E.; Shapiro, Y. E.; Polimeno, A.; Freed, J. H. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8366.
44. Meirovitch, E.; Shapiro, Y. E.; Polimeno, A.; Freed, J. H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 12865.
45. Vugmeyster, L.; Raleigh, D. P.; Palmer, A. G., III; Vugmeister, B. E. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8400.
46. Goodman, J. L.; Pagel, M. D.; Stone. M. J. J. Mol. Biol. 2000, 295, 963.
47. Bruschweiler, R. J. Chem. Phys. 1995, 102, 3396.
48. MacKerell, A. D.; Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao. J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; III;. Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
49. Bremi, T.; Brüschweiler, R.; Ernst, R. R. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 4272.
50. Prompers, J. J.; Brüschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 4522.
51. Showalter, S. A.; Baker, N. A.; Tang, C.; Hall, K. B. J. Biomol. NMR 2005, 32, 179.
52. Bouvignies, G.; Bernado, P.; Meier, S.; Cho, K.; Grzesiek, S.; Brüschweiler, R.; Blackledge, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 13885.
53. Ferrage, F.; Pelupessy, P.; Cowburn, D.; Bodenhausen, G. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 11072.
54. Henry, E. R.; Szabo, A. J. Chem. Phys. 1985, 82, 4753.
55. McCammon, J. A.; Gelin, B. R.; Karplus, M. Nature 1977, 267, 585.
56. Levy, R. M.; Karplus, M. Biopolymers 1979, 18, 2465.
57. Go, M.; Go, N. Biopolymers 1976, 15, 1119.
58. Chandrasekhar, I.; Clore, G. M.; Szabo, A.; Gronenbom, A. M.; Brooks, B. R. J. Mol. Biol. 1992, 226, 239.
59. Fadel, A. R.; Jin, D. Q.; Montelione, G. T.; Levy, R. M. J. Biomol. NMR 1995, 6, 221.
60. Wang, T. Z.: Cai, S.; Zuiderweg, E. R. P. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8639.