Glycine Dimers: Structure, Stability, and Medium Effects

ChemPhysChem

Volumn 11, Issue 16, 2010, Pages 3499-3504

  Friant Michel, Pascale ^a   Ruiz López, Manuel F ^a  

^a NANCY UNIVERSITÉ   (France)

Author keywords

Ab initio calculations; Amino acids; Dimerization; Solvent effects; Zwitterions

Indexed keywords

AMINO ACIDS; CALCULATIONS; CONTINUUM MECHANICS; CONTRAST MEDIA; CRYSTAL STRUCTURE; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; DIMERIZATION; GASES; IONIZATION OF GASES; QUANTUM THEORY; SOLVENTS;

AB INITIO CALCULATIONS; OPTIMIZED STRUCTURES; POLARIZABLE CONTINUUM MODEL; QUANTUM-MECHANICAL CALCULATION; SOLVENT EFFECTS; SUPERSATURATED AQUEOUS SOLUTIONS; ZWITTERION STRUCTURES; ZWITTERIONS;

DIMERS;

EID: 78349291515     PISSN: 14394235     EISSN: 14397641     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cphc.201000354     Document Type: Article

References (77)

1. I. N. Serdyuk, N. R. Zaccai, J. Zaccai, Methods in Molecular Biophysics: Structure, Dynamics, Function, Cambridge University Press, Cambridge, 2007.
2. A. G. Császár, J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 9568.
3. Y. Ding, K. Krogh-Jespersen, Chem. Phys. Lett. 1992, 199, 261.
4. J. H. Jensen, M. S. Gordon, J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 8159.
5. F. R. Tortonda, J. L. Pascual-Ahuir, E. Silla, I. Tuñón, Chem. Phys. Lett. 1996, 260, 21.
6. I. Tuñón, E. Silla, M. F. Ruiz-López, Chem. Phys. Lett. 2000, 321, 433.
7. L. F. Pacios, P. C. Gómez, J. Mol. Struct. THEOCHEM 2001, 544, 237.
8. P. Selvarengan, P. Kolandaivel, J. Mol. Struct. THEOCHEM 2002, 617, 99.
9. F. R. Tortonda, J. L. Pascual-Ahuir, E. Silla, I. Tuñón, J. Mol. Struct. THEOCHEM 2003, 623, 203.
10. W. Wang, X. Pu, W. Zheng, N.-B. Wong, A. Tian, J. Mol. Struct. THEOCHEM 2003, 626, 127.
11. B. Balta, V. Aviyente, J. Comput. Chem. 2003, 24, 1789.
12. B. Balta, V. Aviyente, J. Comput. Chem. 2004, 25, 690.
13. C. M. Aikens, M. S. Gordon, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 12835.
14. M. G. Campo, J. Chem. Phys. 2006, 125, 114511.
15. R. M. Balabin, Chem. Phys. Lett. 2009, 479, 195.
16. P. Bandyopadhyay, M. S. Gordon, J. Chem. Phys. 2000, 113, 1104.
17. P. Bandyopadhyay, M. S. Gordon, B. Mennucci, J. Tomasi, J. Chem. Phys. 2002, 116, 5023.
18. S. Yamabe, N. Ono, N. Tsuchida, J. Phys. Chem. A 2003, 107, 7915.
19. J.-Y. Kim, S. Im, B. Kim, C. Desfrançois, S. Lee, Chem. Phys. Lett. 2008, 451, 198.
20. N. Benbrahim, A. Rahmouni, M. F. Ruiz-López, Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 5624.
21. J. T. Edsall, M. H. Blanchard, J. Am. Chem. Soc. 1933, 55, 2337.
22. P. Haberfield, J. Chem. Educ. 1980, 57, 346.
23. G. Wada, E. Tamura, M. Okina, M. Nakamura, Bull. Chem. Soc. Jpn. 1982, 55, 3064.
24. S. Xu, J. M. Nilles, J. Kit, H. Bowen, J. Chem. Phys. 2003, 119, 10696.
25. M. T. Parsons, Y. Koga, J. Chem. Phys. 2005, 123, 234504.
26. R. D. Singh, D. R. Ferro, J. Phys. Chem. 1974, 78, 970.
27. P. Hobza, Z. Havlas, Collect. Czech. Chem. Commun. 1998, 63, 1343.
28. J. Chocholoušová, J. Vacek, F. Huisken, O. Werhahn, P. Hobza, J. Phys. Chem. A 2002, 106, 11540.
29. C. E. Hughes, S. Hamad, K. D. M. Harris, C. R. A. Catlow, P. C. Griffiths, Faraday Discuss. 2007, 136, 71.
30. S. Hamad, C. E. Hughes, C. R. A. Catlow, K. D. M. Harris, J. Phys. Chem. B 2008, 112, 7280.
31. P. G. Jönsson, A. Kvick, Acta Crystallogr. Sect. B 1972, 28, 1827.
32. I. Weissbuch, M. Lahav, L. Leiserowitz, Cryst. Growth Des. 2003, 3, 125.
33. S. Chattopadhyay, D. Erdemir, J. M. B. Evans, J. Ilavsky, H. Amenitsch, C. U. Segre, A. S. Myerson, Cryst. Growth Des. 2005, 5, 523.
34. D. Erdemir, S. Chattopadhyay, L. Guo, J. Ilavsky, H. Amenitsch, C. U. Segre, A. S. Myerson, Phys. Rev. Lett. 2007, 99, 115702.
35. C. S. Towler, R. J. Davey, R. W. Lancaster, C. J. Price, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 13347.
36. J. Huang, T. C. Stringfellow, L. Yu, J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 13973.
37. A. D. Bond, Curr. Opin. Solid State Mater. Sci. 2009, 13, 91.
38. S. A. Raspopov, T. B. McMahon, J. Mass Spectrom. 2005, 40, 1536.
39. C. G. Atkins, K. Rajabi, E. A. L. Gillis, T. D. Fridgen, J. Phys. Chem. A 2008, 112, 10220.
40. M. F. de Carvalho, R. A. Mosquera, R. Rivelino, Chem. Phys. Lett. 2007, 445, 117.
41. Gaussian 03, Revision C.02, M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, J. A. Pople, Gaussian, Inc., Pittsburgh PA, 2003.
42. A. D. Becke, J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
43. C. Lee, W. Yang, R. G. Parr, Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
44. M. Cossi, V. Barone, R. Cammi, J. Tomasi, Chem. Phys. Lett. 1996, 255, 327.
45. S. Miertus, J. Tomasi, Chem. Phys. 1982, 65, 239.
46. J. P. Perdew, J. A. Chevary, S. H. Vosko, K. A. Jackson, M. R. Pederson, D. J. Singh, C. Fiolhais, Phys. Rev. B 1992, 46, 6671.
47. J. P Perdew, Y. Wang, Phys. Rev. B 1992, 45, 13244.
48. J. P. Perdew, K. Burke, M. Ernzerhof, Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865.
49. J. Toulouse, A. Savin, C. Adamo, J. Chem. Phys. 2002, 117, 10465.
50. Y. Zhao, D. G. Truhlar, J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 415.
51. S. Chalmet, W. Harb, M. F. Ruiz-López, J. Phys. Chem. A 2001, 105, 11574.
52. P. I. Nagy, K. Takacs-Novak, Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2838.
53. A. Lambert, J.-B. Regnouf-de-Vains, M. F. Ruiz-López, Chem. Phys. Lett. 2007, 442, 281.
54. H. S. Rzepa, M. Y. Yi, J. Chem. Soc. Perkin Trans. 2 1991, 531.
55. M. S. Gordon, J. H. Jensen, Acc. Chem. Res. 1996, 29, 536.
56. E. Tajkhorshid, K. J. Jalkanen, S. Suhai, J. Phys. Chem. B 1998, 102, 5899.
57. K. Frimand, H. Bohr, K. J. Jalkanen, S. Suhai, Chem. Phys. 2000, 255, 165.
58. E. Kassab, J. Langlet, E. Evleth, Y. Akacem, J. Mol. Struct. THEOCHEM 2000, 531, 267.
59. M. N. Blom, I. Compagnon, N. C. Polfer, G. von Helden, G. Meijer, S. Suhai, B. Paizs, J. Oomens, J. Phys. Chem. A 2007, 111, 7309.
60. S. Tiwari, P. C. Mishra, S. Suhai, Int. J. Quantum Chem. 2008, 108, 1004.
61. I. Degtyarenko, K. J. Jalkanen, A. A. Gurtovenko, R. M. Nieminen, J. Comput. Theor. Nanosci. 2008, 5, 277.
62. I. Tuñón, M. T. C. Martins-Costa, C. Millot, M. F. Ruiz-López, J. Mol. Model. 1995, 1, 196.
63. I. Tuñón, M. T. C. Martins-Costa, C. Millot, M. F. Ruiz-López, J. Chem. Phys. 1997, 106, 3633.
64. M. Strnad, M. T. C. Martins-Costa, C. Millot, I. Tuñón, M. F. Ruiz-López, J. L. Rivail, J. Chem. Phys. 1997, 106, 3643.
65. M. T. C. Martins-Costa, M. F. Ruiz-López, Chem. Phys. 2007, 332, 341.
66. M. Retegan, M. F. Ruiz-Lopez, J. Chem. Phys. 2010, 133, 064103.
67. O. Kikuchi, T. Watanabe, Y. Ogawa, H. Takase, O. Takahashi, J. Phys. Org. Chem. 1997, 10, 145.
68. L. Gontrani, B. Mennucci, J. Tomasi, J. Mol. Struct. THEOCHEM 2000, 500, 113.
69. K. J. Jalkanen, R. M. Nieminen, K. Frimand, J. Bohr, H. Bohr, R. C. Wade, E. Tajkhorshid, S. Suhai, Chem. Phys. 2001, 265, 125.
70. M. W. Ellzy, J. O. Jensen, H. F. Hameka, J. G. Kay, Spectrochim. Acta A 2003, 59, 2619.
71. D. S. Ahn, S. W. Park, I. S. Jeon, M. K. Lee, N. H. Kim, Y. H. Han, S. Lee, J. Phys. Chem. B 2003, 107, 14109.
72. H. T. Zhang, Z. Y. Zhou, Y. Shi, J. Phys. Chem. A 2004, 108, 6735.
73. K. Sagarik, S. Dokmaisrijan, J. Mol. Struct. THEOCHEM 2005, 718, 31.
74. K. J. Jalkanen, V. W. Jürgensen, A. Claussen, A. Rahim, G. M. Jensen, R. C. Wade, F. Nardi, C. Jung, I. M. Degtyarenko, R. M. Nieminen, F. Herrmann, M. Knapp-Mohammady, T. A. Niehaus, K. Frimand, S. Suhai, Int. J. Quantum Chem. 2006, 106, 1160.
75. K. J. Jalkanen, I. M. Degtyarenko, R. M. Nieminen, X. Cao, L. A. Nafie, F. Zhu, L. D. Barron, Theor. Chem. Acc. 2008, 119, 191.
76. K. Chuchev, J. J. BelBruno, J. Mol. Struct. THEOCHEM 2008, 850, 111.
77. J. M. Mullin, M. S. Gordon, J. Phys. Chem. B 2009, 113, 8657.