Effects of Microsolvation on the Structures and Reactions of Neutral and Zwitterion Alanine: Computational Study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 107, Issue 50, 2003, Pages 14109-14118

  Ahn, Doo Sik ^a   Park, Sung Woo ^a   Jeon, In Sun ^a   Lee, Min Kyung ^a   Kim, Nam Hee ^a   Han, Young Hwa ^a   Lee, Sungyul ^a  

^a Kyung Hee University   (South Korea)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; CHARGE TRANSFER; CONFORMATIONS; FREE ENERGY; HYDROGEN BONDS; ISOMERIZATION; PROTONS; SOLUTIONS; THERMODYNAMIC STABILITY;

CONFORMERS; KINETIC STABILITY; MICROSOLVATION;

SOLVENTS;

EID: 84961974423     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp031041v     Document Type: Article

References (62)

1. Zwier, T. S. J. Phys. Chem. A 2001, 705, 8827.
2. Rizzo, T. R.; Park, Y. D.; Levy, D. H. J. Chem, Phys. 1986, 85, 6945.
3. Ebata, T.; Fujii, A.; Mikami, N. Int. Rev. Phys. Chem. 1998, 17, 331.
4. Robertson, E. G.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 1.
5. Sicinska, D.; Paheth, P.; Truhlar, G. J Phys. Chem. B 2002, 124, 13257.
6. Scheiner, S. Kar, T.; Pattanayak, J. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 13257.
7. Schutz, M.; Burgi, T.; Leutwyler, S.; Fischer, T. J. Chem. Phys. 1993, 98, 3763.
8. Kim, N. J.; Kang, H.;Jelong, G.; Kim, Y. S.; Lee, K. T.; Kim, S. K. J. Phys. Chem. A 2001, 104, 6552.
9. Cramer, C. J.; Truhar, D. G. Chem. Rev. 1999, 86, 99, 2161 and reference therein.
10. Cappelli, C.; Mennucci, B.; da Silva, C. O.; Tomasi, J. J. Chem. Phys 2000, 772, 5382.
11. Bandyopadhyay, P.; Gordon, M. S.; Menucci, B.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 2002, 116, 5023.
12. Tortonda, F. R.; Pasual-Ahuir, J. L.; Silla, E. Tunon, I. Chem. Phys. Lett. 1996, 260, 21.
13. Tortonda, F. R.; Pascual-Ahuir, J. L.; Tunon, I. J. Chem. Phys. 1998, 709, 592.
14. Tunon, I.; Silla, E.; Rufiz-Lopez, M. F. Chem. Phys. Lett. 2000, 321, 433.
15. Lee, K. T.; Sung, J.; Lee, K. J.; Kim, S. K.; Park, Y. D. J. Chem. Phys. 2002, 116, 8251.
16. Lee, K. T.; Sung, J.; Lee, K. L.; Kim, S. K.; Park, Y. D. Chem. Phys. Lett. 2003, 368, 262.
17. Phillips, L. A.; Levy, D. H. J Phys. Chem. 1986, 90, 492.
18. Fleming, G. R.; Levy, D. H. J. Am. Chem. Soc. 1998, 770, 1352.
19. Snoek, L.; Kroemer, R. T.; Hockridge, M. R.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 1819. Snoek, L. C.; Kroemer, R. T.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem Phys. 2001, 4, 2130.
20. Snoek, L.; Kroemer, R. T.; Hockridge, M. R.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 1819, Snoek, L. C.; Kroemer, R. T.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 4, 2130.
21. Snoek, L. C.; Robertson, E. G.; Kroemer, R. T.; Simons, J. P. Chem. Phys. Lett. 2000, 327, 49.
22. Spinor, J.; Sulkes, M. J. Chem. Phys. 1993, 98, 9398.
23. Csaszar, A. G.; Perczel, A. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1999, 77, 243.
24. Csaszar, A. G. J. Phys. Chem. 1996, 700, 3541.
25. Godfrey, P. D.; Firth, S.; Heatherley, L. D.; Brown, R. D.; Pierlot, A. P. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9687.
26. Gao, X.; Fischer, G. J. Phys. Chem. A 1999, 703, 4404.
27. Gao, X.; Fischer, G. Spectrochim. Acta 1999, 55, 2329.
28. Gordon-Snoek, L. C.; Robertson, Szabo, A. G.; Willis, K. J.; Somrjai, R. L. J. Phys. Chem. 1992, 96, 1915.
29. Hu, C. H.; Shen, M.; Schafer, H. F., III. J. Am. Chem. Soc. 1993, 775, 2923.
30. Bonaccorsi, R.; Palla, P.; Tomasi, J. J. Am. Chem. Soc. 1984, 706, 1945.
31. Kassab, E.; Langlet, J.; Evieth, E.; Akacem, Y. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2000, 537, 267.
32. Jensen, J. H.; Gordon, M. S. J. Am. Chem. Soc. 1995, 777, 8159.
33. Albrecht, G.; Corey, R. R. J. Am. Chem. Soc. 1939, 61, 1087.
34. Ding, Y.; Krogh-Jespersen, K. Chem. Phys. Lett. 1992, 199, 261.
35. Jonsson, P. G.; Kvick, A. Acta Cryst. 1972, B 28, 1827.
36. Alhambra, C.; Gao, J.; Corchado, J. C.; Villa, J.; Truhlar, D. G. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2253.
37. Tomasi, J.; Persico, M. Chem. Rev. 1994, 94, 2027.
38. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T.; Petersson, G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. P.; Head-Gordon, M.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 94, revision x.x; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1995.
39. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
40. Lee, C.; Yang, W.; Parr,R. P. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
41. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 95, 5648.
42. Perdew, J. P.; Chevary,J. A.; Vosko, S. H.; Jackson, K. A.; Pederson, M. R.; Singh, D. J.; Fiohalis, C. Phys. Rev. B. 1992, 46, 6671; Phys. Rev. B. 1993, 48, 4978.
43. Perdew, J. P.; Chevary,J. A.; Vosko, S. H.; Jackson, K. A.; Pederson, M. R.; Singh, D. J.; Fiohalis, C. Phys. Rev. B. 1992, 46, 6671; Phys. Rev. B. 1993, 48, 4978.
44. Perdew, J. P.; Burke, K.; Wang, Y. Phys. Rev. B 1996, 54, 16533.
45. Cao, M.; Newton, S. Q.; Pranata, J.; Schafer, L. J Mol. Struct. (THEOCHEM) 1995, 332, 251.
46. Powis, I.; Rennie, E. E.: Hergenhahn, U.; Kugeler, O.; Bussy-Socrate, R. J. Phys. Chem. A 2003, 707, 25.
47. Park, S. W.; Ahn, D.-S.; Lee, S. Chem. Phys. Lett. 2003, 371, 74.
48. Agmon, N. Chem. Phys. Lett. 1995, 244, 456.
49. Toba, S.; Colombo, G.; Merz, K. M. J Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2290.
50. Wada, G.; Tamura, E.;Okina, M.; Nakamura, M. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1982, 55, 3064.
51. Fernandez-Ramos, A.; Smedarchina, Z.; Siebrand, W.; Zgierski, M. Z. J Chem. Phys. 2000, 113, 9714.
52. Smedarchina, Z.; Siebrand, W.; Femandez-Ramos, A.; Gorb, L.; Leszczynski, J. J. Chem. Phys. 2000, 112, 556.
53. Tunon, I.; Silla, E.; Millot, C.; Martins-Costa, M. T. C.; Ruiz-Lopez, M. F. J. Phy. Chem. A 1998, 102, 8673.
54. Gontrani, L.; Mennucci, B.; Tomasi, J. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2000, 500, 113.
55. Jalkanen, K. J.; Nieminen, R. M.; Frimand, K.; Bohr, J.; Bohr, H.; Wade, R. C.; Tajkhorshid, E.; Suhai, S. Chem. Phys. 2001, 205, 125.
56. Miertus, S.; Scrocco, E.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1981, 55, 117.
57. Miertus, S.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1982, 65, 239.
58. Cossi, M.; Barone, V.; Cammi, R. Tomasi, J. Chem. Phys. Lett. 1996, 255, 327.
59. Cances, E.; Menuucci, B.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 1997, 107, 3032.
60. Cossi, M.; Barone, V.; Mennucci, B. Tomasi, J. Chem. Phys. Lett. 1998, 280, 253.
61. Cances, E.; Mennucci, B.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1998, 709, 260.
62. Park, S. T.; Kim, S. K.; Kim, M. S. Nature (London) 2002, 43, 306.