Structure and vibrational spectra of the zwitterion L-alanine in the presence of explicit water molecules: A density functional analysis

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 102, Issue 30, 1998, Pages 5899-5913

  Tajkhorshid, Emadeddin ^a,b   Jalkanen, K J ^a   Suhai, Sándor ^a  

^a GERMAN CANCER RESEARCH CENTER DKFZ   (Germany)

^b TEHRAN UNIVERSITY OF MEDICAL SCIENCES   (Iran)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0001152446     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp9803135     Document Type: Article

References (54)

1. Godfery, P. D.; Brown, R. D. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 2019.
2. Godfery, P. D.; Firth, S.; Hatherley, L. D.; Brown, R. D.; Pierlot, A. P. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9687.
3. Iijima, K.; Tanaka, K.; Onamu, S. J. Mol. Struct. 1991, 246, 257.
4. Iijima, K.; Beagley, B. J. Mol. Struct. 1991, 248, 133.
5. Reva, I. D.; Stepanian, S. G.; Plokhotnichenko, A. M.; Radchenko, E. D.; Sheina, G. G.; Blagoi, Y. P. J. Mol. Struct. 1994, 318, 1.
6. Reva, I. D.; Plokhotnichenko, A. M.; Stepanian, S. G.; Ivanov, A. Y.; Radchenko, E. D.; Sheina, G. G.; Blagoi, Y. P. Chem. Phys. Lett. 1995, 232, 141.
7. Hu, C.-H.; Shen, M.; Schaefer, H. F., III. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 2923.
8. Császár, A. G. J. Mol. Struct. 1995, 346, 141.
9. Császár, A. G. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 9569.
10. Schäfer, L.; Siam, K.; Klimkowski, V. L.; Ewbank, J. D.; van Alsenoy, C. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1990, 63, 361.
11. Schäfer, L.; Kulp-Newton, S. Q.; Siam, K.; Klimkowski, V. J.; van Alsenoy, C. J. Mol. Struct. 1990, 209, 373.
12. Cao, M.; Newton, S. Q.; Pranata, J.; Schäfer, L. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1995, 332, 251.
13. Frey, R. F.; Coffin, J.; Newton, S. Q.; Ramek, M.; Cheng, V. K. W.; Momany, F. A.; Schäfer, L. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 5369.
14. Ramek, M.; Cheng, V. K. W.; Frey, R. F.; Newton, S. Q.; Schäfer, L. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1991, 235, 1.
15. Jensen, J. H.; Gordon, M. S. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 7917.
16. Jensen, J. H.; Baldridge, K. K.; Gordon, M. J. Phys. Chem. 1992, 96, 8340.
17. Gronert, S.; O'Hair, R. A. J. J. Am. Chem. soc. 1995, 117, 2071.
18. Godfrey, P. D.; Brown, R. D.; Rodgers, F. M. J. Mol. Struct. 1996, 376, 65.
19. Császár, A. G. J. Phys. Chem. 1996, 100, 3541.
20. Barron, L. D.; Gargaro, A. R.; Hecht, L.; Polavarapu, P. L. Spectrochim. Acta 1991, 47A, 1001.
21. Yu, G. S.; Freedman, T. B.; Nafie, L. A.; Deng, Z. Polavarapu, P. L. J. Phys. Chem. 1995, 99, 835.
22. Levy, H. A.; Corey, R. B. J. Am. Chem. Soc. 1941, 63, 2095.
23. Donohue, J. J. Am. Chem. Soc. 1950, 72, 949.
24. Takagi, S.; Chihara, H.; Seki, S. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1959, 32, 84.
25. Junk, G.; Sevec, H. J. Am. Chem. Soc. 1963, 85, 839.
26. Lehmann, M. S.; Koetzle, T. F.; Hamilton, N. C. J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, 2657.
27. Diem, M.; Polavarapu, P. L.; Oboodi, M.; Nafie, L. A. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 3329.
28. Diem, M. Introduction to Modern Vibrational Spectroscopy; John Wiley & Sons: New York, pp 194-198 (section 7.5).
29. Diem, M. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 6967.
30. Lal, B. B.; Diem, M.; Polavarapu, P. L.; Oboodi, M.; Freedman, T. B.; Nafie, L. A. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 3336.
31. Stephens, P. J.; Devlin, F. J.; Chabalowski C. F.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11623.
32. Devlin, F. J.; Stephens, P. J.; Cheeseman, J. R.; Frisch, M. J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6327.
33. Stephens, P. J.; Devlin, F. J.; Ashvar, C. S.; Chabalowski C. F.; Frisch, M. J. Faraday Discuss. 1994, 99, 103.
34. Devlin, F. J.; Stephens, P. J.; Cheeseman, J. R.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 9912.
35. Devlin, F. J.; Stephens, P. J.; Cheeseman, J. R.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 6322.
36. Jalkanen, K. J.; Suhai, S. Chem. Phys. 1996, 208, 81.
37. Jalkanen, K. J.; Suhai, S.; Bohr, H. Theoretical and Computaional Methods in Genome Research; Plenum Press: New York, 1997; pp 255-277.
38. Han, W.; Jalkanen, K. J.; Suhai, S. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 2587.
39. Handy, N. C.; Murray, C. W.; Amos, R. D. J. Phys. Chem. 1993, 97, 4392.
40. Johnson, B. G.; Gill, P. M. W.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5612.
41. Florián, J.; Baumruk, V.; Štrajbl, M.; Bednárová, L.; Štêpánek, J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 1559.
42. Florián, J.; Baumruk, V.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 5578.
43. Illich, P.; Hemann, C. F.; Hille, R. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 10923.
44. Insight II User Guide, October 1995; Biosym/MSI: San Diego, 1995.
45. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W. Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T.; Peterson, G. A. Oritz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara A.; Challacombe, M.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W. Andres, J. L.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J. Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. P.; Head-Gordon, M. Gonzales, C.; Pople, J. A. Gaussian 94, Revision C.3; Gaussian, Inc. Pittsburgh, PA, 1985.
46. Frisch, M. J.; Yamaguchi, Y.; Gaw, J. F.; Schaefer, H. F., III; Binkley, J. S. J. Chem. Phys. 1986, 84, 531.
47. Amos, R. D. Chem. Phys. Lett. 1986, 124, 376.
48. Amos, R. D. In Ab Initio Methods in Quantum Chemistry; Lawley, K. P., Ed.; Wiley: New York, 1987.
49. Johnson, B. G.; Florian, J. Chem. Phys. Lett. 1995, 247, 120.
50. Kormonicki, A.; McIver, J. W., Jr. J. Chem. Phys. 1979, 70, 2014.
51. Ding, Y.; Krogh-Jespersen, K. Chem. Phys. Lett. 1992, 199, 261.
52. Yu, D.; Armstrong, D. A.; Rank, A. Can. J. Chem. 1992, 70, 1792.
53. Pulay, P.; Fogarasi, G.; Pang, F.; Boggs, J. E. J. Am. Chem. Soc. 1979, 101, 2550.
54. Jalkanen, K. J.; Knapp-Mohammady, M.; Suhai, S.; Bohr, H.; Nardi, F.; Wade, R. C. To be published.