Alanine: Then there was water

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 113, Issue 25, 2009, Pages 8657-8669

  Mullin, Jonathan M ^a   Gordon, Mark S ^a  

^a IOWA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINES; AMINO ACIDS; ELECTRONIC STRUCTURE; ORGANIC ACIDS; PULSE CODE MODULATION; SOLVATION;

AB INITIO; AB INITIO STUDY; CONFIGURATION SPACE; CONFORMATIONAL PREFERENCES; EFFECTIVE FRAGMENT POTENTIALS; ELECTRONIC STRUCTURE THEORY; ENTHALPY DIFFERENCES; GLOBAL MINIMA; L-ALANINE; MONTE CARLO ALGORITHMS; POLARIZABLE CONTINUUM METHODS; SECOND ORDER PERTURBATION THEORY; SOLVATION MODELS; WATER MOLECULE;

PERTURBATION TECHNIQUES;

EID: 84961983516     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp901459y     Document Type: Article

References (94)

1. Vishveshwara, S.; Pople, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 2422.
2. Tse, Y.-C.; Newton, M. D.; S.Vishveshwara, S.; Pople, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1978, 100, 4329.
3. Clementi, E.; Cavallone, F.; Scordamaglia, R. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 5531.
4. Clementi, E. Computational Aspects for large Chemical Systems, Lecture notes in Chemistry; Springer: Berlin, 1980; Vol. 19.
5. Jensen, J. H.; Gordon, M. S. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 7917.
6. Hu, C.-H.; Shen, M.; Schaefer, H. F., III. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 106.
7. Ding, Y.; Krogh-Jespersen, K. J. Comput. Chem. 1996, 17, 338.
8. Gontrani, L.; Mennucci, B.; Tomasi, J. THEOCHEM. 2000, 500, 113.
9. Bonaccorsi, R.; Palla, P.; Tomasi, J. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 1945.
10. Truong, T. N.; Stefanovich, E. V. J. Chem. Phys. 1995, 103, 3709.
11. Andzelm, J.; Kolmel, C.; Klamt, A. J. Chem. Phys. 1995, 103, 9312.
12. Adamo, C.; Dillet, V.; Barone, V. Chem. Phys. Lett. 1996, 263, 113.
13. Tortonda, F. R.; Pascual Ahuir, J.-L.; Silla, E.; Tunon, I.; Ramirez, F. J. J. Chem. Phys. 2000, 109, 592.
14. Tunon, I.; Silla, E.; Ruiz-Lopez, M. F. Chem. Phys. Lett. 2000, 321, 433.
15. Gontrani, L.; Mennucci, B.; Tomasi, J. THEOCHEM 2000, 113, 500.
16. Bandyopadhyay, P.; Mennucci, B.; Tomasi, J.; Gordon, M. S. J. Chem. Phys.; 2002, 116, 5023.
17. Aikens, C. M.; Gordon, M. S. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 12835.
18. Jensen, J. H.; Gordon, M. S. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 8159.
19. Rzepa, H. S.; Yi, M. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1991, 2, 531.
20. Cui, Q. J. Chem. Phys. 2002, 117, 4720.
21. Bandyopadhyay, P.; Gordon, M. S. J. Chem. Phys. 2000, 113, 1104.
22. De Vries, A. H.; Van Duijnen, P. T.; Juffer, A. H.; Rullmann, J. A. C.; Dijkman, J. P.; Merenga, H.; Thole, B. T. J. Comput. Chem. 1995, 16, 37.
23. Russell, S. T.; Warshel, A. J. Mol. Biol. 1985, 185, 389.
24. Fernandez-Ramos, A.; Smedarchina, Z.; Siebrand, W.; Zgierski, M. Z. J. Chem. Phys. 2000, 113, 9714.
25. Ramaekers, R.; Pajak, J.; Lambie, B.; Maes, G. J. Chem. Phys. 2004, 120, 4182.
26. Yamabe, S.; Ono, N.; Tsuchida, N. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 7915.
27. Campo, M. G. J. Chem. Phys. 2006, 125, 114511.
28. Santosh, K.; Rai, A. K.; Rai, S. B.; Rai, D. K.; Singh, A. N.; Singh, V. B. J. Mol. Struct. 2006, 791, 23-29.
29. Topol, A.; Burt, S. K.; Russo, N.; Toscano, M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1999, 10, 318.
30. Powis, I.; Rennie, E. E.; Hergenhahn, U.; Kugeler, O.; Bussy-Socrate, R. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 25.
31. Osted, A.; Kongsted, J.; Christiansen, O. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 1430.
32. Kikuchi, O.; Watanabe, T.; Ogawa, Y.; Takase, H.; Takahashi, O. J. Phys. Org. Chem 1997, 10, 145.
33. Messer, B. M.; Cappa, C. D.; Smith, J. D.; Drisdell, W. S.; Schwartz, C. P.; Cohen, R. C.; Saykally, R. J. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 21640.
34. Zhang, H.; Zhou, Z.; Shi, Y. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 6735.
35. Kwon, O. Y.; Kim, S. Y.; No, K. T. Bul. Korean Chem. Soc. 1995, 16, 410.
36. Ahn, D.; Park, S.; Jeon, I.; Lee, M.; Kim, N.; Han, Y.; Lee, S. J. Phys. Chem. B 2003, 1, 14109.
37. Park, S.-W.; Ahn, D.-S.; Lee, S. Chem. Phys. Lett. 2003, 371, 74.
38. Xu, S.; Nilles, J.; Bowen, K. H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 10696.
39. Chuchev, K.; BelBruno, J. J. THEOCHEM 2008, 850, 111.
40. Ellzy, M.; Jensen, J. O.; Hameka, H. F.; Kay, J. G. Spectrochim. Acta, Part A 2003, 59, 2619.
41. Tajkhorshid, E.; Jalkansen, K. J.; Suhai, S. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 5899.
42. Frimand, K.; Bohr, H.; Jalkanen, K. J.; Suhai, S. J. Chem. Phys. 2000, 225, 165.
43. Saqarik, K.; Dokmaisrijam, S. THEOCHEM 2005, 718, 31.
44. Dixit, S. B.; Bhasin, R.; Rajasekaran, E.; Jayaram, B. J. Chem. Soc., Faraday T rans. 1997, 93, 1105.
45. Kemp, D.; Gordon, M. S. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 4885.
46. Blanco, S.; Lesarri, A.; Lopez, J. C.; Alonso, J. L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 11675.
47. Miertus, S.; Scrocco, E.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 1981, 55, 117.
48. Cances, E.; Mennucci, B.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 1997, 107, 30323041.
49. Li, H.; Jensen, J. H. J. Comput. Chem. 2004, 25, 144.
50. Osagner, L. J. Am. Chem. Soc. 1938, 58, 1486.
51. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Acc. Chem. Res. 2008, 41, 760.
52. Klamt, A.; Shüürmann, G. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1993, II, 799.
53. Baldridge, K.; Klamt, A. J. Chem. Phys. 1997, 106, 6622.
54. Zhan, C.-G.; Bentley, J.; Chipman, D. M. J. Chem. Phys. 1998, 108, 177.
55. Gordon, M. S.; Freitag, M. A.; Bandyopadhyay, P.; Jensen, J. H.; Kairys, V.; Stevens, W. J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 293.
56. Jensen, J. H.; Gordon, M. S. J. Chem. Phys. 1996, 104, 7795.
57. Jensen, J. H.; Gordon, M. S. Mol. Phys. 1996, 89, 1313.
58. Jensen, J. H.; Gordon, M. S. J. Chem. Phys. 1998, 108, 4772.
59. Chen, W.; Gordon, M. S. J. Chem. Phys. 1996, 105, 11081.
60. Day, P. N.; Jensen, J. H.; Gordon, M. S.; Webb, S. P.; Stevens, J.; Krauss, M.; Garmer, D.; Basch, H.; Cohen, D. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1968.
61. Stone, A. J. The Theory of Intermolecular Forces: Oxford Press: New York; 1996.
62. Adamovic, I.; Freitag, M. A.; Gordon, M. S. J. Chem. Phys. 2003, 118, 6725.
63. Song, J.; Gordon, M. S. Iowa State University, Ames, Iowa. Unpublished work, 2009.
64. Gordon, M. S.; Slipchenko, L.; Li, H.; Jensen, J. H. Ann. Rep. Comp. Chem. 2007, 3, 177.
65. Adamovic, I.; Gordon, M. S. Mol. Phys. 2005, 103, 379.
66. Li, H.; Jensen, J. H.; Gordon, M. S. J. Chem. Phys, 2006, 124, 214108.
67. Wada, G.; Tamura, E.; Okina, M.; Nakamura, M. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1982, 55, 3064.
68. Shoemaker, D. P.; Donahue, J.; Schoemaker, V.; Corey, R. B. J. Am. Chem. Soc. 1950, 72, 2328.
69. Lehman, M. S.; Kotzle, T. F.; Hamilton, W. C. J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, 2657.
70. Kvik, A.; Canning, W. M.; Koetzle, T. F.; Williams, J. B. Acta Crystallogr. 1980, B36, 115.
71. Destro, R.; Marsh, R. E.; Bianchi, R. J. Phys. Chem. 1988, 92, 854.
72. Jiang, J.-S.; Brünger, A. T. J. Mol. Biol. 1994, 243, 100.
73. Structure and Stability of Biological Macromolecules; Rupley, J. A.; Timasheff, S. N.; Fasman, G. D., Eds.; Marcel Dekker: New York, 1969; pp 291-352.
74. The Proteins; Mathews, B. W.; Neurath, H.; Hill, R. L., Eds.; Academic Press: New York, 1977; Vol. III, pp 403-590.
75. Roothan, C. C. J. Rev. Mod. Phys. 1960, 32, 179.
76. Moller, C.; Plesset, S. Phys. Rev. 1934, 46, 618.
77. Hehre, W. J.; Ditchfield, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1972, 56, 2257.
78. Francl, M. M.; Pietro, W. J.; Hehre, W. J.; Binkley, J. S.; Gordon, M. S.; DeFrees, D. J.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1982, 77, 3654.
79. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Theoret. Chim. Acta 1973, 28, 213.
80. Metropolis, N.; Rosenbluth, A.; Teller, A. J. Chem. Phys. 1953, 21, 1087.
81. Kirkpatrick, S.; Gelatt, C. D.; Vecci, M. P. Science. 1983, 220, 671. Wales, D. J.; Hodges, M. P. Chem. Phys. Lett. 1998, 286, 65.
82. Li, Z.; Scheraga, H. A. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 6611.
83. Parks, G. T. Nucl. Technol. 1990, 89, 233.
84. Day, P. N.; Pachter, R.; Gordon, M. S.; Merrill, G. N. J. Chem. Phys. 2000, 112, 2063.
85. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5642.
86. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 78.
87. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347.
88. Gordon, M. S.; Schmidt, M.W. Theory and Applications of Computational Chemistry, the first forty years; Elsevier: Amsterdam, 2005.
89. Bode, B. M.; Gordon, M. S. J. Mol. Graphics Modell. 1998, 16, 133.
90. Bachrach, S. M. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 3722.
91. Stewart, J. J. P. J. Comput. Chem. 1989, 10, 209.
92. Stewart, J. J. P. J. Comput. Chem. 1989, 10, 221.
93. Stewart, J. J. P. J. Comput. Chem. 1991, 12, 320.
94. Dewar, M. J. S.; Zoebisch, E. G.; Healy, E. F.; Stewart, J. J. P. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 3902.