Advances in NMR-based biofluid analysis and metabolite profiling

Analyst

Volumn 135, Issue 7, 2010, Pages 1490-1498

  Zhang, Shucha ^a   Nagana Gowda, G A ^a   Ye, Tao ^a   Raftery, Daniel ^a  

^a PURDUE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL MARKER;

BLOOD; BODY FLUID; CHEMISTRY; INFORMATION PROCESSING; METABOLISM; METABOLOME; METABOLOMICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PRINCIPAL COMPONENT ANALYSIS; PROCEDURES; URINE;

AUTOMATIC DATA PROCESSING; BIOLOGICAL MARKERS; BODY FLUIDS; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; METABOLOME; METABOLOMICS; PRINCIPAL COMPONENT ANALYSIS;

EID: 77953893438     PISSN: 00032654     EISSN: 13645528     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c000091d     Document Type: Review

References (132)

1. J. van der Greef A. K. Smilde J. Chemom. 2005 19 376 386
2. O. Beckonert H. C. Keun T. M. D. Ebbels J. G. Bundy E. Holmes J. C. Lindon J. K. Nicholson Nat. Protoc. 2007 2 2692 2703
3. J. C. Lindon E. Holmes J. K. Nicholson Expert Rev. Mol. Diagn. 2004 4 189 199
4. R. Kaddurah-Daouk B. S. Kristal R. M. Weinshilboum Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 2008 48 653 683
5. J. L. Spratlin N. J. Serkova S. G. Eckhardt Clin. Cancer Res. 2009 15 431 440
6. C. Abate-Shen M. M. Shen Nature 2009 457 799 800
7. G. A. Nagana Gowda S. Zhang H. Gu V. Asiago N. Shanaiah D. Raftery Expert Rev. Mol. Diagn. 2008 8 617 633
8. J. K. Nicholson M. P. O'Flynn P. J. Sadler A. F. Macleod S. M. Juul P. H. Sönksen Biochem. J. 1984 217 365 375
9. J. K. Nicholson I. D. Wilson Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 1989 21 449 501
10. J. K. Nicholson M. J. Buckingham P. J. Sadler Biochem. J. 1983 211 605 615
11. J. C. Lindon J. K. Nicholson J. R. Everett Annu. Rep. NMR Spectrosc. 1999 38 1 88
12. R. A. Iles R. A. Chalmers Clin. Sci. 1988 74 1 10
13. A. J. Hinds R. A. Chalmers R. A. Iles Clin. Sci. 1984 67 53
14. K. P. Gartland C. R. Beddell J. C. Lindon J. K. Nicholson Mol. Pharmacol. 1991 39 629 642
15. E. Holmes F. W. Bonner B. C. Sweatman J. C. Lindon C. R. Beddell E. Rahr J. K. Nicholson Mol. Pharmacol. 1992 42 922 930
16. J. K. Nicholson J. C. Lindon E. Holmes Xenobiotica 1999 29 1181 1189
17. H. C. Keun T. J. Athersuch Pharmacogenomics 2007 8 731 741
18. E. Y. Xu W. H. Schaefer Q. Xu Curr. Opin. Drug Discovery Dev. 2009 12 40 52
19. J.-P. Grivet A.-M. Delort Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 2009 54 1 53
20. H. Gu H. Chen Z. Pan A. U. Jackson N. Talaty B. Xi C. Kissinger C. Duda D. Mann D. Raftery R. G. Cooks Anal. Chem. 2007 79 89 97
21. S. Rezzi Z. Ramadan L. B. Fay S. Kochhar J. Proteome Res. 2007 6 513 525
22. D. S. Wishart Trends Food Sci. Technol. 2008 19 482 493
23. J. C. Lindon H. C. Keun T. M. D. Ebbels J. M. T. Pearce E. Holmes J. K. Nicholson Pharmacogenomics 2005 6 691 699
24. M. Coen E. Holmes J. C. Lindon J. K. Nicholson Chem. Res. Toxicol. 2008 21 9 27
25. R. L. Last A. D. Jones Y. Shachar-Hill Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2007 8 167 174
26. J. G. Bundy M. P. Davey M. R. Viant Metabolomics 2009 5 3 21
27. J. T. Bjerrum O. H. Nielsen Y. L. Wang J. Olsen Nat. Clin. Pract. Gastroenterol. Hepatol. 2008 5 332 343
28. M. Ala-Korpela Clin. Chem. Lab. Med. 2008 46 27 42
29. J. C. Lindon E. Holmes J. K. Nicholson FEBS J. 2007 274 1140 1151
30. C. Y. Lin H. Wu R. S. Tjeerdema M. R. Viant Metabolomics 2007 3 55 67
31. H. Wu A. D. Southam A. Hines M. R. Viant Anal. Biochem. 2008 372 204 212
32. D. S. Wishart M. J. Lewis J. A. Morrissey M. D. Flegel K. Jeroncic Y. Xiong D. Cheng R. Eisner B. Gautam D. Tzur S. Sawhney F. Bamforth R. Greiner L. Li J. Chromatogr., B: Biomed. Appl. 2008 871 164 173
33. G. A. Nagana Gowda N. Shanaiah A. Cooper M. Maluccio D. Raftery Lipids 2009 44 27 35
34. G. A. Nagana Gowda N. Shanaiah A. Cooper M. Maluccio D. Raftery Lipids 2009 44 527 535
35. G. A. Nagana Gowda O. B. Ijare B. S. Somashekar A. Sharma V. K. Kapoor C. L. Khetrapal Lipids 2006 41 591 603
36. G. A. Nagana Gowda B. S. Somashekar O. B. Ijare A. Sharma V. K. Kapoor C. L. Khetrapal Lipids 2006 41 577 589
37. F. P. J. Martin M.-E. Dumas Y. Wang C. Legido-Quigley I. K. S. Yap H. Tang S. Zirah G. M. Murphy O. Cloarec J. C. Lindon N. Sprenger L. B. Fay S. Kochhar P. van Bladeren E. Holmes J. K. Nicholson Mol. Syst. Biol. 2007 3 112
38. M. Srivastava A. Sharma V. K. Kapoor G. A. Nagana Gowda Hepatol. Res. 2008 38 997 1005
39. N. K. Srivastava S. Pradhan B. Mittal R. Kumar C. M. Pandey G. A. Nagana Gowda NMR Biomed. 2008 21 89 100
40. A. D. Maher O. Cloarec P. Patki M. Craggs E. Holmes J. C. Lindon J. K. Nicholson Anal. Chem. 2009 81 288 295
41. G. Graa I. F. Duarte B. J. Goodfellow A. S. Barros I. M. Carreira A. B. Couceiro M. Spraul A. M. Gil Anal. Chem. 2007 79 8367 8375
42. G. Graa I. F. Duarte B. J. Goodfellow I. M. Carreira A. B. Couceiro M. D. Domingues M. Spraul L. H. Tseng A. M. Gil Anal. Chem. 2008 80 6085 6092
43. M. D. Reily L. C. Robosky M. L. Manning A. Butler J. D. Baker R. T. Winters J. Am. Chem. Soc. 2006 128 12360 12361
44. N. Shanaiah M. A. Desilva G. A. Nagana Gowda M. A. Raftery B. E. Hainline D. Raftery Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 11540 11544
45. T. Ye H. Mo N. Shanaiah G. A. Nagana Gowda S. Zhang D. Raftery Anal. Chem. 2009 81 4882 4888
46. T. Ye S. Zhang H. Mo F. Tayyari G. A. Nagana Gowda D. Raftery Anal. Chem. 2010 82 2303 2309
47. M. R. Viant D. W. Bearden J. G. Bundy I. W. Burton T. W. Collette D. R. Ekman V. Ezernieks T. K. Karakach C. Y. Lin S. Rochfort J. S. de Ropp Q. Teng R. S. Tieerdema J. A. Walter H. Wu Environ. Sci. Technol. 2009 43 219 225
48. H. C. Bertram A. Malmendal B. O. Petersen J. C. Madsen H. Pedersen N. C. Nielsen C. Hoppe C. Mølgaard K. F. Michaelsen J. Ø. Duus Anal. Chem. 2007 79 7110 7115
49. P. Bernini I. Bertini C. Luchinat S. Nepi E. Saccenti H. Schäfer B. Schütz M. Spraul L. Tenori J. Proteome Res. 2009 8 4264 4271
50. H. C. Keun O. Beckonert J. L. Griffin C. Richter D. Moskau J. C. Lindon J. K. Nicholson Anal. Chem. 2002 74 4588 4593
51. D. L. Olson T. L. Peck A. G. Webb R. L. Magin J. V. Sweedler Science 1995 270 1967 1970
52. R. Kc I. D. Henry G. H. J. Park D. Raftery J. Magn. Reson. 2009 197 186 192
53. I. D. Henry G. H. J. Park R. Kc B. Tobias D. Raftery Concepts Magn. Reson., Part B 2008 33 1 8
54. P. J. M. van Bentum J. W. G. Janssen A. P. M. Kentgens J. Bart J. G. E. Gardeniers J. Magn. Reson. 2007 189 104 113
55. J. Bart A. J. Kolkman A. J. Oosthoek-de Vries K. Koch P. J. Nieuwland H. (J. W. G.) Janssen J. (P. J. M.) van Bentum K. A. M. Ampt F. P. J. T. Rutjes S. S. Wijmenga H. (J. G. E.) Gardeniers A. P. M. Kentgens J. Am. Chem. Soc. 2009 131 5014 5015
56. S. Balayssac M.-A. Delsuc V. Gilard Y. Prigent M. Malet-Martino J. Magn. Reson. 2009 196 78 83
57. A. J. Simpson S. A. Brown J. Magn. Reson. 2005 175 340 346
58. E. J. Saude C. M. Slupsky B. D. Sykes Metabolomics 2006 2 113 123
59. B. D. Nguyen X. Meng K. J. Donovan A. J. Shaka J. Magn. Reson. 2007 184 263 274
60. H. Mo D. Raftery J. Magn. Reson. 2008 190 1 6
61. H. Mo D. Raftery J. Biomol. NMR 2008 41 105 111
62. A. D. Maher D. Crockford H. Toft D. Malmodin J. H. Faber M. I. McCarthy A. Barrett M. Allen M. Walker E. Holmes J. C. Lindon J. K. Nicholson Anal. Chem. 2008 80 7354 7362
63. L. Van Lokeren R. Kerssebaum R. Willem P. Denkova Magn. Reson. Chem. 2008 46 S63 S71
64. L. M. Smith A. D. Maher O. Cloarec M. Rantalainen H. Tang P. Elliott J. Stamler J. C. Lindon E. Holmes J. K. Nicholson Anal. Chem. 2007 79 5682 5689
65. M. A. DeSilva N. Shanaiah G. A. Nagana Gowda K. Rosa-Perez B. A. Hanson D. Raftery Magn. Reson. Chem. 2009 47 S74 S80
66. E. Chikayama M. Suto T. Nishihara K. Shinozaki J. Kikuchi PLoS One 2008 3 e3805
67. T. W. M. Fan A. N. Lane R. M. Higashi M. A. Farag H. Gao M. Bousamra D. M. Miller Mol. Cancer 2009 8 41
68. L. Frydman D. Blazina Nat. Phys. 2007 3 415 419
69. M. Mishkovsky L. Frydman ChemPhysChem 2008 9 2340 2348
70. M. G. Saunders C. Ludwig U. L. Gunther J. Am. Chem. Soc. 2008 130 6914 6915
71. P. Bhattacharya E. Y. Chekmenev W. H. Perman K. C. Harris A. P. Lin V. A. Norton C. T. Tan B. D. Ross D. P. Weitekamp J. Magn. Reson. 2007 186 150 155
72. E. Y. Chekmenev J. Hövener V. A. Norton K. Harris L. S. Batchelder P. Bhattacharya B. D. Ross D. P. Weitekamp J. Am. Chem. Soc. 2008 130 4212 4213
73. E. Y. Chekmenev V. A. Norton D. P. Weitekamp P. Bhattacharya J. Am. Chem. Soc. 2009 131 3164 3165
74. S. J. Kohler Y. Yen J. Wolber A. P. Chen M. J. Albers R. Bok V. Zhang J. Tropp S. Nelson D. B. Vigneron J. Kurhanewicz R. E. Hurd Magn. Reson. Med. 2007 58 65 69
75. D. M. Wilson R. E. Hurd K. Keshari M. Van Criekinge A. P. Chen S. J. Nelson D. B. Vigneron J. Kurhanewicz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 5503 5507
76. P. Sandusky D. Raftery Anal. Chem. 2005 77 7717 7723
77. P. Sandusky D. Raftery Anal. Chem. 2005 77 2455 2463
78. F. Zhang A. T. Dossey C. Zachariah A. S. Edison R. Brüschweiler Anal. Chem. 2007 79 7748 7752
79. F. Zhang L. Brüschweiler-Li S. L. Robinette R. Brüschweiler Anal. Chem. 2008 80 7549 7553
80. F. Zhang R. Brüschweiler Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 2639 2642
81. S. L. Robinette F. Zhang L. Brüschweiler-Li R. Brüschweiler Anal. Chem. 2008 80 3606 3611
82. R. Brüschweiler F. Zhang J. Chem. Phys. 2004 120 5253 5260
83. G. E. Martin B. D. Hilton K. A. Blinov A. J. Williams J. Heterocycl. Chem. 2008 45 1109 1113
84. G. E. Martin B. D. Hilton K. A. Blinov A. J. Williams J. Nat. Prod. 2007 70 1966 1970
85. G. E. Martin B. D. Hilton P. A. Irish K. A. Blinov A. J. Williams Magn. Reson. Chem. 2007 45 883 888
86. D. Djukovic E. Appiah-Amponsah N. Shanaiah G. A. Nagana Gowda I. D. Henry M. Everly B. Tobias D. Raftery J. Pharm. Biomed. Anal. 2008 47 328 334
87. Z. Zhou W. Lan W. Zhang X. Zhang S. Xia H. Zhu C. Ye M. Liu J. Chromatogr., A 2007 1154 464 468
88. D. Djukovic S. Liu I. Henry B. Tobias D. Raftery Anal. Chem. 2006 78 7154 7160
89. O. Cloarec A. Campbell L. H. Tseng U. Braumann M. Spraul G. Scarfe R. Weaver J. K. Nicholson Anal. Chem. 2007 79 3304 3311
90. A. Craig O. Cloareo E. Holmes J. K. Nicholson J. C. Lindon Anal. Chem. 2006 78 2262 2267
91. J. Xia T. C. Bjorndahl P. Tang D. S. Wishart BMC Bioinf. 2008 9 507
92. K. A. Veselkov J. C. Lindon T. M. D. Ebbels D. Crockford V. V. Volynkin E. Holmes D. B. Davies J. K. Nicholson Anal. Chem. 2009 81 56 66
93. R. A. Davis A. J. Charlton J. Godward S. A. Jones M. Harrison J. C. Wilson Chemom. Intell. Lab. Syst. 2007 85 144 154
94. P. E. Anderson N. V. Reo N. J. DelRaso T. E. Doom M. L. Raymer Metabolomics 2008 4 261 272
95. T. De Meyer D. Sinnaeve B. Van Gasse E. Tsiporkova E. R. Rietzschel M. L. De Buyzere T. C. Gillebert S. Bekaert J. C. Martins W. Van Criekinge Anal. Chem. 2008 80 3783 3790
96. S. Zhang C. Zheng I. R. Lanza K. S. Nair D. Raftery O. Vitek Anal. Chem. 2009 81 6080 6088
97. F. Dieterle A. Ross G. Schlotterbeck H. Senn Anal. Chem. 2006 78 4281 4290
98. R. J. O. Torgrip K. M. Åberg E. Alm I. Schuppe-Koistinen J. Lindberg Metabolomics 2008 4 114 121
99. N. J. Serkova C. U. Niemann Expert Rev. Mol. Diagn. 2006 6 717 731
100. O. Cloarec M. E. Dumas A. Craig R. H. Barton J. Trygg J. Hudson C. Blancher D. Gauguier J. C. Lindon E. Holmes J. K. Nicholson Anal. Chem. 2005 77 1282 1289
101. A. C. Alves M. Rantalainen E. Holmes J. K. Nicholson T. M. D. Ebbels Anal. Chem. 2009 81 2075 2084
102. D. J. Crockford E. Holmes J. C. Lindon R. S. Plumb S. Zirah S. J. Bruce P. Rainville C. L. Stumpf J. K. Nicholson Anal. Chem. 2006 78 363 371
103. D. J. Crockford A. D. Maher K. R. Ahmadi A. Barrett R. S. Plumb I. D. Wilson J. K. Nicholson Anal. Chem. 2008 80 6835 6844
104. M. J. Albers T. N. Butler I. Rahwa N. Bao K. R. Keshari M. G. Swanson J. Kurhanewicz Magn. Reson. Med. 2009 61 525 532
105. M. C. Martínez-Bisbal D. Monleon O. Assemat M. Piotto J. Piquer J. L. Llácer B. Celda NMR Biomed. 2009 22 199 206
106. F. Ziarelli S. Viel S. Caldarelli D. N. Sobieski M. P. Augustine J. Magn. Reson. 2008 194 307 312
107. H. Mo D. Raftery Anal. Chem. 2008 80 9835 9839
108. I. A. Lewis S. C. Schommer B. Hodis K. A. Robb M. Tonelli W. M. Westler M. R. Sussman J. L. Markley Anal. Chem. 2007 79 9385 9390
109. W. Gronwald M. S. Klein H. Kaspar S. R. Fagerer N. Nürnberger K. Dettmer T. Bertsch P. J. Oefner Anal. Chem. 2008 80 9288 9297
110. D. S. Wishart D. Tzur C. Knox R. Eisner A. C. Guo N. Young D. Cheng K. Jewell D. Arndt S. Sawhney C. Fung L. Nikolai M. Lewis M.-A. Coutouly I. Forsythe P. Tang S. Shrivastava K. Jeroncic P. Stothard G. Amegbey D. Block D. D. Hau J. Wagner J. Miniaci M. Clements M. Gebremedhin N. Guo Y. Zhang G. E. Duggan G. D. MacInnis A. M. Weljie R. Dowlatabadi F. Bamforth D. Clive R. Greiner L. Li T. Marrie B. D. Sykes H. J. Vogel L. Querengesser Nucleic Acids Res. 2007 35 D521 D526
111. Q. Cui I. A. Lewis A. D. Hegeman M. E. Anderson J. Li C. F. Schulte W. M. Westler H. R. Eghbalnia M. R. Sussman J. L. Markley Nat. Biotechnol. 2008 26 162 164
112. D. Raftery G. A. Nagana Gowda J. Urol. 2008 179 2089 2090
113. J. C. Lindon E. Holmes J. K. Nicholson Pharm. Res. 2006 23 1075 1088
114. R. D. Hall I. D. Brouwer M. A. Fitzgerald Physiol. Plant. 2008 132 162 175
115. E. Holmes H. Tang Y. Wang C. Seger Planta Med. 2006 72 771 785
116. N. Schauer A. R. Fernie Trends Plant Sci. 2006 11 508 516
117. H. C. Keun Pharmacol. Ther. 2006 109 92 106
118. M. R. Viant Mol. BioSyst. 2008 4 980 986
119. C. Y. Lin M. R. Viant R. S. Tjeerdema J. Pestic. Sci. 2006 31 245 251
120. V. P. Mäkinen P. Soininen C. Forsblom M. Parkkonen P. Ingman K. Kaski P.-H. Groop M. Ala-Korpela Mol. Syst. Biol. 2008 4 167
121. S. Zhang G. A. Nagana Gowda V. Asiago N. Shanaiah C. Barbas D. Raftery Anal. Biochem. 2008 383 76 84
122. M.-E. Dumas R. H. Barton A. Toye O. Cloarec C. Blancher A. Rothwell J. Fearnside R. Tatoud V. Blanc J. C. Lindon S. C. Mitchell E. Holmes M. I. McCarthy J. Scott D. Gauguier J. K. Nicholson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 12511 12516
123. V.-P. Mäkinen P. Soininen C. Forsblom M. Parkkonen P. Ingman K. Kaski P.-H. Groop M. Ala-Korpela Magn. Reson. Mater. Phys., Biol. Med. 2006 19 281 296
124. Z. Pan H. Gu N. Talaty H. Chen N. Shanaiah B. E. Hainline R. G. Cooks D. Raftery Anal. Bioanal. Chem. 2007 387 539 549
125. M. A. Constantinou E. Papakonstantinou M. Spraul S. Sevastiadou C. Costalos M. A. Koupparis K. Shulpis A. Tsantili-Kakoulidou E. Mikros Anal. Chim. Acta 2005 542 169 177
126. M. Bogdanov W. R. Matson L. Wang T. Matson R. Saunders-Pullman S. S. Bressman M. F. Beal Brain 2008 131 389 396
127. D. G. Robertson Toxicol. Sci. 2005 85 809 822
128. R. F. Witkamp J. Vet. Pharmacol. Ther. 2005 28 235 245
129. M. J. Gibney M. Walsh L. Brennan H. M. Roche B. German B. van Ommen Am. J. Clin. Nutr. 2006 82 497 503
130. J. van der Greef T. Hankemeier R. N. McBurney Pharmacogenomics 2006 7 1087 1094
131. M. G. Miller J. Proteome Res. 2007 6 540 545
132. J. G. Bundy B. Papp R. Harmston R. A. Browne E. M. Clayson N. Burton R. J. Reece S. G. Oliver K. M. Brindle Genome Res. 2007 17 510 519