Complete genome sequence and comparative analysis of Shewanella violacea, a psychrophilic and piezophilic bacterium from deep sea floor sediments

Molecular BioSystems

Volumn 6, Issue 7, 2010, Pages 1216-1226

  Aono, Eiji ^a   Baba, Tomoya ^b   Ara, Takeshi ^b   Nishi, Tatsunari ^c   Nakamichi, Tomoko ^a   Inamoto, Eiji ^a   Toyonaga, Hiromi ^a   Hasegawa, Miki ^b   Takai, Yuki ^b   Okumura, Yoshiko ^b   Baba, Miki ^b   Tomita, Masaru ^b   Kato, Chiaki ^d   Oshima, Taku ^a   Nakasone, Kaoru ^e   Mori, Hirotada ^a,b  

^a NARA INSTITUTE OF SCIENCE AND TECHNOLOGY   (Japan)

^b KEIO UNIVERSITY   (Japan)

^c Akito Nishizawa   (Japan)

^d JAPAN AGENCY FOR MARINE EARTH SCIENCE AND TECHNOLOGY   (Japan)

^e KINKI UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIA (MICROORGANISMS); GAMMAPROTEOBACTERIA; PROTEOBACTERIA; SHEWANELLA; SHEWANELLA ONEIDENSIS; SHEWANELLA VIOLACEA;

BACTERIAL DNA; BACTERIAL PROTEIN; CIRCULAR DNA; FRESH WATER; NITRIC ACID DERIVATIVE; NITRITE; OXIDOREDUCTASE; RNA 16S; SEA WATER;

AEROBIC METABOLISM; BACTERIAL CHROMOSOME; BACTERIAL GENOME; CHEMISTRY; CLASSIFICATION; COMPARATIVE STUDY; DNA SEQUENCE; GENETICS; METABOLISM; MICROBIOLOGY; MOLECULAR GENETICS; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PHYLOGENY; SEDIMENT; SHEWANELLA; SPECIES DIFFERENCE; SYNTENY;

AEROBIOSIS; BACTERIAL PROTEINS; BASE SEQUENCE; CHROMOSOMES, BACTERIAL; DNA, BACTERIAL; DNA, CIRCULAR; FRESH WATER; GENOME, BACTERIAL; GEOLOGIC SEDIMENTS; MOLECULAR SEQUENCE DATA; NITRATES; NITRITES; OXIDOREDUCTASES; PHYLOGENY; RNA, RIBOSOMAL, 16S; SEAWATER; SEQUENCE ANALYSIS, DNA; SHEWANELLA; SPECIES SPECIFICITY; SYNTENY; WATER MICROBIOLOGY;

EID: 77953590873     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c000396d     Document Type: Article

References (83)

1. G. Rowe M. Sibuet J. Deming A. Khripounoff J. Tietjen S. Macko R. Theroux Mar. Ecol.: Prog. Ser. 1991 79 99 114
2. W. B. Whitman D. C. Coleman W. J. Wiebe Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 6578 6583
3. W. R. Martin and F. L. Sayles, in Treatise on Geochemistry, ed., K. K. Turekian, and, H. D. Holland,, Elsevier, 2003, vol. 7, pp. 37-65
4. C. Turley FEMS Microbiol. Ecol. 2000 33 89 99
5. C. Kato T. Sato K. Horikoshi Biodiversity Conserv. 1995 4 1 9
6. Y. Nogi C. Kato K. Horikoshi Arch. Microbiol. 1998 170 331 338
7. K. Venkateswaran D. P. Moser M. E. Dollhopf D. P. Lies D. A. Saffarini B. J. MacGregor D. B. Ringelberg D. C. White M. Nishijima H. Sano J. Burghardt E. Stackebrandt K. H. Nealson Int. J. Syst. Bacteriol. 1999 49 Pt 2 705 724
8. E. P. Ivanova S. Flavier R. Christen Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2004 54 1773 1788
9. C. R. Myers K. H. Nealson Science 1988 240 1319 1321
10. J. F. Heidelberg I. T. Paulsen K. E. Nelson E. J. Gaidos W. C. Nelson T. D. Read J. A. Eisen R. Seshadri N. Ward B. Methe R. A. Clayton T. Meyer A. Tsapin J. Scott M. Beanan L. Brinkac S. Daugherty R. T. DeBoy R. J. Dodson A. S. Durkin D. H. Haft J. F. Kolonay R. Madupu J. D. Peterson L. A. Umayam O. White A. M. Wolf J. Vamathevan J. Weidman M. Impraim K. Lee K. Berry C. Lee J. Mueller H. Khouri J. Gill T. R. Utterback L. A. McDonald T. V. Feldblyum H. O. Smith J. C. Venter K. H. Nealson C. M. Fraser Nat. Biotechnol. 2002 20 1118 1123
11. N. Daraselia D. Dernovoy Y. Tian M. Borodovsky R. Tatusov T. Tatusova OMICS 2003 7 171 175
12. E. Kolker A. F. Picone M. Y. Galperin M. F. Romine R. Higdon K. S. Makarova N. Kolker G. A. Anderson X. Qiu K. J. Auberry G. Babnigg A. S. Beliaev P. Edlefsen D. A. Elias Y. A. Gorby T. Holzman J. A. Klappenbach K. T. Konstantinidis M. L. Land M. S. Lipton L. A. McCue M. Monroe L. Pasa-Tolic G. Pinchuk S. Purvine M. H. Serres S. Tsapin B. A. Zakrajsek W. Zhu J. Zhou F. W. Larimer C. E. Lawrence M. Riley F. R. Collart J. R. Yates, 3rd R. D. Smith C. S. Giometti K. H. Nealson J. K. Fredrickson J. M. Tiedje Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 2099 2104
13. N. Gupta S. Tanner N. Jaitly J. N. Adkins M. Lipton R. Edwards M. Romine A. Osterman V. Bafna R. D. Smith P. A. Pevzner Genome Res. 2007 17 1362 1377
14. M. F. Romine T. S. Carlson A. D. Norbeck L. A. McCue M. S. Lipton Appl. Environ. Microbiol. 2008 74 3257 3265
15. N. Gupta J. Benhamida V. Bhargava D. Goodman E. Kain I. Kerman N. Nguyen N. Ollikainen J. Rodriguez J. Wang M. S. Lipton M. Romine V. Bafna R. D. Smith P. A. Pevzner Genome Res. 2008 18 1133 1142
16. K. T. Konstantinidis M. H. Serres M. F. Romine J. L. Rodrigues J. Auchtung L. A. McCue M. S. Lipton A. Obraztsova C. S. Giometti K. H. Nealson J. K. Fredrickson J. M. Tiedje Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 15909 15914
17. J. K. Fredrickson M. F. Romine A. S. Beliaev J. M. Auchtung M. E. Driscoll T. S. Gardner K. H. Nealson A. L. Osterman G. Pinchuk J. L. Reed D. A. Rodionov J. L. Rodrigues D. A. Saffarini M. H. Serres A. M. Spormann I. B. Zhulin J. M. Tiedje Nat. Rev. Microbiol. 2008 6 592 603
18. T. V. Karpinets A. Y. Obraztsova Y. Wang D. D. Schmoyer G. H. Kora B. H. Park M. H. Serres M. F. Romine M. L. Land T. B. Kothe J. K. Fredrickson K. H. Nealson E. C. Uberbacher Funct. Integr. Genomics 2010 10 97 110
19. J. R. Lobry Mol. Biol. Evol. 1996 13 660 665
20. A. Grigoriev Nucleic Acids Res. 1998 26 2286 2290
21. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/MICROBES/microbial-taxtree.html
22. A. Vezzi S. Campanaro M. D'Angelo F. Simonato N. Vitulo F. M. Lauro A. Cestaro G. Malacrida B. Simionati N. Cannata C. Romualdi D. H. Bartlett G. Valle Science 2005 307 1459 1461
23. C. Kato Y. Nogi FEMS Microbiol. Ecol. 2001 35 223 230
24. N. Bozal M. J. Montes E. Tudela F. Jimenez J. Guinea Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2002 52 195 205
25. C. Cosseau J. Batut Arch. Microbiol. 2004 181 89 96
26. J. A. Garcia-Horsman B. Barquera J. Rumbley J. Ma R. B. Gennis J. Bacteriol. 1994 176 5587 5600
27. S. Alexeeva K. J. Hellingwerf M. J. Teixeira de Mattos J. Bacteriol. 2002 184 1402 1406
28. D. J. Richardson Microbiology 2000 146 Pt 3 551 571
29. M. A. Surpin R. J. Maier Biochim. Biophys. Acta, Bioenerg. 1998 1364 37 45
30. W. S. Broecker G. H. Denton Geochim. Cosmochim. Acta 1989 53 2465 2501
31. S. Rahmstorf Nature 2002 419 207 214
32. M. Kawabe S. Fujio D. Yanagimoto Deep-Sea Res., Part I 2003 50 631 656
33. K. Nakasone M. Yamada M. H. Qureshi C. Kato K. Horikoshi Biosci., Biotechnol., Biochem. 2001 65 690 693
34. L. Toffin A. Bidault P. Pignet B. J. Tindall A. Slobodkin C. Kato D. Prieur Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2004 54 1943 1949
35. C. M. Lalli and T. R. Parsons, Biological Oceanography: An Introduction, Butterworth Heinemann, Oxford, England, 1997, pp. 196-246
36. C. Moreno-Vivian P. Cabello M. Martinez-Luque R. Blasco F. Castillo J. Bacteriol. 1999 181 6573 6584
37. B. Schneider R. Schlitzer G. Fischer E.-M. Nothig Global Biogeochem. Cycles 2003 17 1032 1047
38. A. Boetius K. Lochte Mar. Ecol.: Prog. Ser. 1996 140 239 250
39. J. Brunnegard S. Grandel H. Stahl A. Tengberg P. O. J. Hall Prog. Oceanogr. 2004 63 159 181
40. R. Bolliger K. W. Hanselmann R. Bachofen Cell Mol. Life Sci. 1991 47 517 523
41. H. Corker R. K. Poole J. Biol. Chem. 2003 278 31584 31592
42. B. Weiss J. Bacteriol. 2006 188 829 833
43. R. K. Poole Biochem. Soc. Trans. 2005 33 176 180
44. D. A. Rodionov I. L. Dubchak A. P. Arkin E. J. Alm M. S. Gelfand PLoS Comput. Biol. 2005 1 e55
45. R. Cross D. Lloyd R. K. Poole J. W. Moir J. Bacteriol. 2001 183 3050 3054
46. M. F. Anjum T. M. Stevanin R. C. Read J. W. Moir J. Bacteriol. 2002 184 2987 2993
47. P. S. Choi V. M. Grigoryants H. D. Abruna C. P. Scholes J. P. Shapleigh J. Bacteriol. 2005 187 4077 4085
48. A. M. Gardner P. R. Gardner J. Biol. Chem. 2002 277 8166 8171
49. C. M. Gomes A. Giuffre E. Forte J. B. Vicente L. M. Saraiva M. Brunori M. Teixeira J. Biol. Chem. 2002 277 25273 25276
50. A. M. Gardner C. R. Gessner P. R. Gardner J. Biol. Chem. 2003 278 10081 10086
51. A. M. Gardner R. A. Helmick P. R. Gardner J. Biol. Chem. 2002 277 8172 8177
52. S. G. Vasudevan P. Tang N. E. Dixon R. K. Poole FEMS Microbiol. Lett. 1995 125 219 224
53. P. N. da Costa M. Teixeira L. M. Saraiva FEMS Microbiol. Lett. 2003 218 385 393
54. B. D'Autreaux N. P. Tucker R. Dixon S. Spiro Nature 2005 437 769 772
55. H. Arai M. Hayashi A. Kuroi M. Ishii Y. Igarashi J. Bacteriol. 2005 187 3960 3968
56. A. Busch A. Pohlmann B. Friedrich R. Cramm J. Bacteriol. 2004 186 7980 7987
57. N. Tucker B. D'Autreaux S. Spiro R. Dixon Biochem. Soc. Trans. 2005 33 181 183
58. J. P. Zehr B. B. Ward Appl. Environ. Microbiol. 2002 68 1015 1024
59. R. Abboud R. Popa V. Souza-Egipsy C. S. Giometti S. Tollaksen J. J. Mosher R. H. Findlay K. H. Nealson Appl. Environ. Microbiol. 2005 71 811 816
60. R. Sugai H. Shimizu K. Nishiyama H. Tokuda J. Bacteriol. 2004 186 5968 5971
61. E. Mileykovskaya Q. Sun W. Margolin W. Dowhan J. Bacteriol. 1998 180 4252 4257
62. E. Mileykovskaya I. Fishov X. Fu B. D. Corbin W. Margolin W. Dowhan J. Biol. Chem. 2003 278 22193 22198
63. S. Sato T. Kurihara J. Kawamoto M. Hosokawa S. B. Sato N. Esaki Extremophiles 2008 12 753 761
64. J. Kawamoto T. Kurihara K. Yamamoto M. Nagayasu Y. Tani H. Mihara M. Hosokawa T. Baba S. B. Sato N. Esaki J. Bacteriol. 2009 191 632 640
65. A. G. Lee Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2003 1612 1 40
66. H. Palsdottir C. Hunte Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2004 1666 2 18
67. E. Sedlak N. C. Robinson Biochemistry 1999 38 14966 14972
68. K. Pfeiffer V. Gohil R. A. Stuart C. Hunte U. Brandt M. L. Greenberg H. Schagger J. Biol. Chem. 2003 278 52873 52880
69. J. Stanicova E. Sedlak A. Musatov N. C. Robinson Biochemistry 2007 46 7146 7152
70. B. Ewing L. Hillier M. C. Wendl P. Green Genome Res. 1998 8 175 185
71. B. Ewing P. Green Genome Res. 1998 8 186 194
72. D. Gordon C. Abajian P. Green Genome Res. 1998 8 195 202
73. T. Sakiyama H. Takami N. Ogasawara S. Kuhara T. Kozuki K. Doga A. Ohyama K. Horikoshi Biosci., Biotechnol., Biochem. 2000 64 670 673
74. A. L. Delcher D. Harmon S. Kasif O. White S. L. Salzberg Nucleic Acids Res. 1999 27 4636 4641
75. S. F. Altschul T. L. Madden A. A. Schaffer J. Zhang Z. Zhang W. Miller D. J. Lipman Nucleic Acids Res. 1997 25 3389 3402
76. J. D. Peterson L. A. Umayam T. Dickinson E. K. Hickey O. White Nucleic Acids Res. 2001 29 123 125
77. R. D. Finn J. Mistry B. Schuster-Bockler S. Griffiths-Jones V. Hollich T. Lassmann S. Moxon M. Marshall A. Khanna R. Durbin S. R. Eddy E. L. Sonnhammer A. Bateman Nucleic Acids Res. 2006 34 D247 251
78. D. H. Haft J. D. Selengut O. White Nucleic Acids Res. 2003 31 371 373
79. J. D. Bendtsen H. Nielsen G. von Heijne S. Brunak J. Mol. Biol. 2004 340 783 795
80. T. Carver N. Thomson A. Bleasby M. Berriman J. Parkhill Bioinformatics 2009 25 119 120
81. M. Kimura J. Mol. Evol. 1980 16 111 120
82. N. Saitou M. Nei Mol. Biol. Evol. 1987 4 406 425
83. J. D. Thompson D. G. Higgins T. J. Gibson Nucleic Acids Res. 1994 22 4673 4680