Molecular description of flexibility in an antibody combining site

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 21, 2010, Pages 7359-7370

  Zimmermann, Jörg ^a   Romesberg, Floyd E ^a   Brooks, Charles L ^a,b   Thorpe, Ian F ^a,c  

^a SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

^b UNIVERSITY OF MICHIGAN   (United States)

^c UNIVERSITY OF MARYLAND BALTIMORE COUNTY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANTIBODIES; ANTIGENS; COMPUTER SIMULATION; DYNAMICS; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULES; PHOTONS;

AFFINITY MATURATION; ATOMIC LEVELS; BIOLOGICAL FUNCTIONS; BIOPHYSICAL PROPERTIES; EXPERIMENTAL MEASUREMENTS; FINITE NUMBER; GERMLINE; MOLECULAR DESCRIPTIONS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; MOLECULAR LEVELS; MOLECULAR SYSTEMS; PROTEIN DYNAMICS; PROTEIN FLEXIBILITY; SPECTROSCOPIC MEASUREMENTS; SPECTROSCOPIC SIGNALS; THREE-PULSE PHOTON ECHO;

CONFORMATIONS;

EID: 77952935013     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp906421v     Document Type: Article

References (49)

1. Notkins, A. L. Trends Immunol. 2004, 25, 174
2. Patten, P. A.; Gray, N. S.; Yang, P. L.; Marks, C. B.; Wedemayer, G. J.; Boniface, J. J.; Stevens, R. C.; Schultz, P. G. Science 1996, 271, 1086
3. Wedemayer, G. J.; Patten, P. A.; Wang, L. H.; Schultz, P. G.; Stevens, R. C. Science 1997, 276, 1665
4. Romesberg, F.; Spiller, B.; Schultz, P.; Stevens, R. Science 1998, 279, 1929
5. Li, Y.; Li, H.; Yang, F.; Smith-Gill, S. J.; Mariuzza, R. A. Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 482
6. Terzyan, S.; Ramsland, P. A.; Voss, E. W.; Herron, J. N.; Edmundson, A. B. J. Mol. Biol. 2004, 339, 1141
7. Manivel, V.; Sahoo, N. C.; Salunke, D. M.; Rao, K. V. Immunity 2000, 13, 611
8. Sagawa, T.; Oda, M.; Ishimura, M.; Furukawa, K.; Azuma, T. Mol. Immunol. 2003, 39, 801
9. Li, Y. L.; Lipschultz, C. A.; Mohan, S.; Smith-Gill, S. J. Biochem. 2001, 40, 2011
10. Mohan, S.; Sinha, N.; Smith-Gill, J. Biophys. J. 2003, 85, 3221
11. Acierno, J. P.; Braden, B. C.; Klinke, S.; Goldbaum, F. A.; Cauerhff, A. J. Mol. Biol. 2007, 374, 130
12. Jimenez, R.; Salazar, G.; Baldridge, K. K.; Romesberg, F. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 92
13. Jimenez, R.; Salazar, G.; Yin, J.; Joo, T.; Romesberg, F. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 3803
14. Zimmermann, J.; Oakman, E. L.; Thorpe, I. F.; Shi, X.; Abbyad, P.; Brooks, C. L., III; Boxer, S. G.; Romesberg, F. E Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 13722
15. Thielges, M. C.; Zimmermann, J.; Yu, W.; Oda, M.; Romesberg, F. E. Biochemistry 2008, 47, 7237
16. Jimenez, R.; Case, D. A.; Romesberg, F. E. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 1090
17. Yan, Y. J.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1988, 89, 5160
18. Joo, T. H.; Jia, Y. W.; Yu, J. Y.; Lang, M. J.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 1996, 104, 6089
19. Cho, M.; Yu, J.-Y.; Joo, T.; Nagasawa, Y.; Passino, S.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. 1996, 100, 11944
20. Thorpe, I. F.; Brooks, C. L., III. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 8821
21. Mukamel, S. Principles of Nonlinear Optical Spectroscopy; Oxford University Press: New York, 1995.
22. de Boeij, W. P.; Pshenichnikov, M. S.; Wiersma, D. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 11806
23. Mercer, I. P.; Gould, I. R.; Klug, D. R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 7720
24. Cho, B. M.; Walker, R. C.; Amer, H.; Mercer, I.; Klug, D. R.; Gould, I. R. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 5954
25. Zwier, M. C.; Shorb, J. M.; Krueger, B. P. J. Comput. Chem. 2007, 28, 1572
26. Finkelstein, I. J.; Goj, A.; McClain, B. L.; Massari, A. M.; Merchant, K. A.; Loring, R. F.; Fayer, M. D. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 16959
27. Nilsson, L.; Halle, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 13867
28. Halder, M.; Mukherjee, P.; Bose, S.; Hargrove, M. S.; Song, X. Y.; Petrich, J. W. J. Chem. Phys. 2007, 127, 055101
29. Homoelle, B. J.; Edington, M. D.; Diffey, W. M.; Beck, W. F. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3044
30. Abbyad, P.; Shi, X. H.; Childs, W.; McAnaney, T. B.; Cohen, B. E.; Boxer, S. G. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 8269
31. Merchant, K. A.; Noid, W. G.; Akiyama, R.; Finkelstein, I. J.; Goun, A.; McClain, B. L.; Loring, R. F.; Fayer, M. D. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13804
32. Massari, A. M.; Finkelstein, I. J.; McClain, B. L.; Goj, A.; Wen, X.; Bren, K. L.; Loring, R. F.; Fayer, M. D. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 14279
33. Whitlow, M.; Howard, A. J.; Wood, J. F.; Voss, E. W.; Hardman, K. D. Protein Eng. 1995, 8, 749
34. Breneman, C. M.; Wiberg, K. B. J. Comput. Chem. 1990, 11, 361
35. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, G. E.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, Jr., J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Baboul, A. G.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A.10; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2001.
36. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187
37. MacKerell, A. D., Jr.; Brooks, B.; Brooks, C. L., III; Nilsson, L.; Roux, B.; Won, Y.; Karplus, M. CHARMM: The Energy Function and its Parameterization with an Overview of the Program. In The Encyclopedia of Computational Chemistry; Schleyer, P. v. R., Ed.; Wiley: Chichester, U.K., 1998; Vol. 1, p 271.
38. Brooks, B. R.; Brooks, C. L., III; Mackerell, A. D., Jr.; Nilsson, L.; Petrella, R. J.; Roux, B.; Won, Y.; Archontis, G.; Bartels, C.; Boresch, S.; Caflisch, A.; Caves, L.; Cui, Q.; Dinner, A. R.; Feig, M.; Fischer, S.; Gao, J.; Hodoscek, M.; Im, W.; Kuczera, K.; Lazaridis, T.; Ma, J.; Ovchinnikov, V.; Paci, E.; Pastor, R. W.; Post, C. B.; Pu, J. Z.; Schaefer, M.; Tidor, B.; Venable, R. M.; Woodcock, H. L.; Wu, X.; Yang, W.; York, D. M.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1545
39. Feig, M.; Karanicolas, J.; Brooks, C. L., III. J. Mol. Graphics Modell. 2004, 22, 377
40. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
41. Brooks, C. L., III; Karplus, M. J. Chem. Phys. 1983, 79, 6312
42. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327
43. Nose, S. Prog. Theor. Phys. Suppl. 1991, 103, 1
44. Lee, M. S.; Feig, M.; Salsbury, F. R., Jr.; Brooks, C. L., III. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1348
45. Steinbach, P. J.; Ionescu, R.; Matthews, C. R. Biophys. J. 2002, 82, 2244
46. Brooks, B. R.; Janežic, D.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1522
47. Kabat, E. A. Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th ed.; U.S. Department of Health and Human Services, Public Health Service, National Institutes of Health: Bethesda, MD, 1991.
48. Lim, K.; Jameson, D. M.; Gentry, C. A.; Herron, J. N. Biochemistry 1995, 34, 6975
49. Lim, K.; Herron, J. N. Biochemistry 1995, 34, 6962