Hybrid molecular dynamics-quantum mechanics simulations of solute spectral properties in the condensed phase: Evaluation of simulation parameters

Journal of Computational Chemistry

Volumn 28, Issue 9, 2007, Pages 1572-1581

  Zwier, Matthew C ^a   Shorb, Justin M ^a   Krueger, Brent P ^a  

^a HOPE COLLEGE   (United States)

Author keywords

3PEPS; Cumulant expansion; Linebroadening; Methanol; Oxazine 4 (LD690); Reorganization energy; Solvation dynamics

Indexed keywords

CUMULANT EXPANSION; OXAZINE-4 (LD690); REORGANIZATION ENERGY; SOLVATION DYNAMICS;

EMISSION SPECTROSCOPY; METHANOL; MOLECULAR DYNAMICS; PARAMETER ESTIMATION;

QUANTUM THEORY;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; COMPUTER SIMULATION; TIME;

COMPUTER SIMULATION; MOLECULAR STRUCTURE; TIME FACTORS;

EID: 34249778382     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.20662     Document Type: Article

References (54)

1. Maroncelli, M.; Fleming, G. R. J Chem Phys 1988, 89, 5044.
2. Maroncelli, M. J Chem Phys 1991, 94, 2084.
3. Fonseca, T.; Ladanyi, B. M. J Phys Chem 1991, 95, 2116.
4. Carter, E. A.; Hynes, J. T. J Chem Phys 1991, 94, 5961.
5. Duppen, K.; Haan, F. d.; Nibbering, E. T. J.; Wiersma, D. A. Phys Rev A 1993, 47, 5120.
6. Nibbering, E. T. J.; Wiersma, D. A.; Duppen, K. Chem Phys 1994, 183, 167.
7. Dhar, L.; Rogers, J. A.; Nelson, K. A. Chem Rev. 1994, 94, 157.
8. Cho, M.; Scherer, N. F.; Fleming, G. R.; Mukamel, S. J Chem Phys 1992, 96, 5618.
9. Berg, M.; Vanden Bout, D. A. Acc Chem Res 1997, 30, 65.
10. Besemann, D. M.; Condon, N. J.; Murdoch, K. M.; Meyer, K. A.; Zhao,W.; Wright, J. C. Chem Phys 2001, 266, 177.
11. Golonzka, O.; Khalil, M.; Demirdven, N.; Tokmakoff, A. J Chem Phys 2001, 115, 10814.
12. Hybl, J. D.; Ferro, A. A.; Jonas, D. M. J Chem Phys 2001, 115, 6606.
13. Brixner, T.; Stenger, J.; Vaswani, H. M.; Cho, M.; Blankenship, R. E.; Fleming, G. R. Nature 2005, 434, 625.
14. Moskun, A. C.; Jailaubekov, A. E.; Bradforth, S. E.; Tao, G.; Stratt, R. M. Science 2006, 311, 1907.
15. Joo, T.; Jia, Y.; Yu, J. Y.; Lang, M. J.; Fleming, G. R. J Chem Phys 1996, 104, 6089.
16. Fourkas, J. T. Annu Rev Phys Chem 2002, 53, 17.
17. Mercer, I. P.; Gould, I. R.; Klug, D. R. Faraday Discuss 1997, 108, 51.
18. Pieniazek, P. A.; Bradforth, S. E.; Krylov, A. I. J Phys Chem A 2006, 110, 4854.
19. Damjanović, A.; Kosztin, I.; Kleinekathöfer, U.; Schulten, K. Phys Rev E 2002, 65, 031919.
20. Gao, J.; Xia, X. Science 1992, 258, 631.
21. Bradforth, S. E.; Jungwirth, P. J Phys Chem A 2002, 106, 1286.
22. Thompson, M. A.; Schenter, G. K. J Phys Chem 1995, 99, 6374.
23. Bandyopadhyay, P.; Gordon, M. S.; Mennucci, B.; Tomasi, J. J Chem Phys 2002, 116, 5023.
24. Poulsen, T. D.; Ogilby, P. R.; Mikkelsen, K. V. J Chem Phys 2001, 115, 7843.
25. Mercer, I. P.; Gould, I. R.; Klug, D. R. J Phys Chem B 1999, 103, 7720.
26. Mukamel, S. Principles of Nonlinear Optical Spectroscopy; Oxford University Press: Oxford, 1995.
27. Cho, B. M.; Walker, R. C.; Amer, H.; Mercer, I.; Klug, D. R.; Gould, I. R. J Phys Chem B 2005, 109, 5954.
28. Walker, R. C.; de Souza, M. M.; Mercer, I. P.; Gould, I. R.; Klug, D. R. J Phys Chem B 2002, 106, 11658.
29. Walker, R. C.; Mercer, I. P.; Gould, I. R.; Klug, D. R. J Comput Chem 2007, 28, 478.
30. Cho, M.; Yu, J. Y; Joo, T.; Nagasawa, Y; Passino, S.; Fleming, G. R. J Phys Chem 1996, 100, 11944.
31. Nagasawa, Y.;Watanabe, A.; Takikawa, H.; Okada, T. J Phys Chem A 2003, 107, 632.
32. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; III, T. E. C.; Wang, J.; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Radmer, R. J.; Duan, Y.; Pitera, J.; Massova, I.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A., Amber T, University of California, San Francisco, 2002.
33. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren,W. F; DiNola, A.; Haak, J. R. J Chem Phys 1984, 81, 3684.
34. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J Chem Phys 1993, 98, 10089.
35. Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J Phys Chem 1995, 99, 6208.
36. Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J Comput Chem 2004, 25, 1157.
37. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J.W.; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 1995, 117, 5179.
38. VanBeek, D. B.; Zwier, M. C.; Shorb, J. M.; Krueger, B. P. Biophys J (in press).
39. Wang, J.; Kollman, P. A. J Comput Chem 2001, 22, 1219.
40. Frisch, M. J.; Trucks, G.W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; J. A. Montgomery, J.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Baboul, A. G.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S; Pople, J. A. Gaussian 98. Gaussian Inc Wallingford CT 1998.
41. Zerner, M. C.; Ridley, J. E.; Bacon, A. D.; Edwards, W. D.; Head, J. D.; McKelvey, J.; Culberson, J. C.; Knappe, P.; Cory, M. G.; Weiner, B.; Baker, J. D.; Parkinson, W. A.; Kannis, D.; Yu, J.; Roesch, N.; Kotzian, M.; Tamm, T.; Karelson, M. M.; Zheng, X.; Pearl, G.; Broo, A.; Albert, K.; Cullen, J. M.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G.; Li, J.; Hawkins, G. D.; Liotard, D. A. Zindo a general semiempirical program package, University of Florida, Gainesville, 1999.
42. Foreman, J. B.; Head-Gordon, M.; Pople, J. A.; Frisch, M. J. J Phys Chem 1992, 96, 135.
43. Stratmann, R. E.; Scuseria, G. E.; Frisch, M. J. J Chem Phys 1998, 109, 8218.
44. Casida, M. E.; Jamorski, C.; Casida, K. C.; Salahub, D. R. J Chem Phys 1998, 108, 4439.
45. Hehre, W. J.; Stewart, R. F.; Pople, J. A. J Chem Phys 1969, 51, 2657.
46. Binkley, J. S.; Pople, J. A.; Hehre, W. J. J Am Chem Soc 1980, 102, 939.
47. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Chem Phys Lett 1972, 16, 217.
48. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Theor Chim Acta 1973, 28, 213.
49. Ridley, J. E.; Zerner, M. C. Theor Chim Acta 1973, 32, 111.
50. Zerner, M. C. In Reviews in Computational Chemistry Vol. 2; Lipkowitz, K. B.; Boyd, D. B., Eds., VCH Publishers, New York, NY, 1991; Chapter 8, pp. 313.
51. Cramer, C. J. Essentials of Computational Chemistry: Theories and Models; Wiley, Chichester, West Sussex, England, 2002.
52. Fonseca, T.; Ladanyi, B. M. J Phys Chem 1991, 95, 2116.
53. Geissler, P. L.; Chandler, D. J Chem Phys, 2000, 113, 9759.
54. Pentidis, S. A.; Loring, R. F. Chem Phys Lett 1998, 287, 217.