Functional metal ions in nucleic acids

Metallomics

Volumn 2, Issue 5, 2010, Pages 318-327

  Müller, Jens ^a  

^a UNIVERSITY OF MÜNSTER   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; DNA A; DNA B; DNA Z; GUANINE; METAL ION; NUCLEIC ACID; NUCLEIC ACID BASE; RIBOZYME; RNA;

ACIDITY; CHEMICAL STRUCTURE; COMPLEX FORMATION; MOLECULAR INTERACTION; PRIORITY JOURNAL; REVIEW; TRIPLE HELIX;

DNA; HUMANS; METALS; MODELS, MOLECULAR; NUCLEIC ACID CONFORMATION; NUCLEIC ACIDS; RNA;

TETRA;

EID: 77952575506     PISSN: 17565901     EISSN: 1756591X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c000429d     Document Type: Review

References (114)

1. Nucleic Acid-Metal Ion Interactions, ed., N. V. Hud, RSC Publishing, 2009
2. Metal Complex-DNA Interactions, ed., N. Hadjiliadis, and, E. Sletten, John Wiley & Sons, 2009
3. A. R. Timerbaev Metallomics 2009 1 193 198
4. R. C. Todd S. J. Lippard Metallomics 2009 1 280 291
5. A. Arita M. Costa Metallomics 2009 1 222 228
6. G. S. Manning Q. Rev. Biophys. 1978 11 179 246
7. J. D. Watson F. H. C. Crick Nature 1953 171 737 738
8. R. Wing H. Drew T. Takano C. Broka S. Tanaka K. Itakura R. E. Dickerson Nature 1980 287 755 758
9. M. A. Young B. Jayaram D. L. Beveridge J. Am. Chem. Soc. 1997 119 59 69
10. X. Shui L. McFail-Isom G. G. Hu L. D. Williams Biochemistry 1998 37 8341 8355
11. F. C. Marincola V. P. Denisov B. Halle J. Am. Chem. Soc. 2004 126 6739 6750
12. N. C. Seeman J. M. Rosenberg F. L. Suddath J. J. P. Kim A. Rich J. Mol. Biol. 1976 104 109 144
13. J. M. Rosenberg N. C. Seeman R. O. Day A. Rich J. Mol. Biol. 1976 104 145 167
14. M. Egli Chem. Biol. 2002 9 277 286
15. N. V. Hud M. Polak Curr. Opin. Struct. Biol. 2001 11 293 301
16. N. V. Hud and A. E. Engelhart, in Nucleic Acid-Metal Ion Interactions, ed., N. V. Hud, RSC Publishing, 2009, pp. 75-117
17. R. E. Franklin R. G. Gosling Nature 1953 171 740 741
18. D. A. Marvin M. Spencer M. H. F. Wilkins L. D. Hamilton Nature 1958 182 387 388
19. M. C. Wahl and M. Sundaralingam, in Oxford Handbook of Nucleic Acid Structure, ed., S. Neidle, Oxford University Press, 1999, pp. 117-144
20. B. Basham, B. F. Eichman and P. S. Ho, in Oxford Handbook of Nucleic Acid Structure, ed., S. Neidle, Oxford University Press, 1999, pp. 199-252
21. F. M. Pohl T. M. Jovin J. Mol. Biol. 1972 67 375 396
22. S. C. Ha K. Lowenhaupt A. Rich Y.-G. Kim K. K. Kim Nature 2005 437 1183 1186
23. B. Spingler C. Da Pieve Dalton Trans. 2005 1637 1643
24. B. Spingler P. M. Antoni Chem.-Eur. J. 2007 13 6617 6622
25. G. Felsenfeld D. R. Davies A. Rich J. Am. Chem. Soc. 1957 79 2023 2024
26. E. Wang and J. Feigon, in Oxford Handbook of Nucleic Acid Structure, ed., S. Neidle, Oxford University Press, 1999, pp. 355-388
27. J. Muñoz J. L. Gelpí M. Soler-López J. A. Subirana M. Orozco F. J. Luque J. Phys. Chem. B 2002 106 8849 8857
28. J. Müller M. Drumm M. Boudvillain M. Leng E. Sletten B. Lippert J. Biol. Inorg. Chem. 2000 5 603 611
29. M. Gellert M. N. Lipsett D. R. Davies Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1962 48 2013 2018
30. K. Paeschke T. Simonsson J. Postberg D. Rhodes H. J. Lipps Nat. Struct. Mol. Biol. 2005 12 847 854
31. C. Schaffitzel I. Berger J. Postberg J. Hanes H. J. Lipps A. Plückthun Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 8572 8577
32. C.-C. Chang I.-C. Kuo I.-F. Ling C.-T. Chen H.-C. Chen P.-J. Lou J.-J. Lin T.-C. Chang Anal. Chem. 2004 76 4490 4494
33. Y. Xu T. Ishizuka K. Kurubayashi M. Komiyama Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 7833 7836
34. D. R. Corey Chem. Biol. 2009 16 1219 1223
35. J. E. Reed S. Neidle R. Vilar Chem. Commun. 2007 4366 4368
36. A. Arola-Arnal J. Benet-Buchholz S. Neidle R. Vilar Inorg. Chem. 2008 47 11910 11919
37. K. Suntharalingam A. J. P. White R. Vilar Inorg. Chem. 2009 48 9427 9435
38. P. Wu D.-L. Ma C.-H. Leung S.-C. Yan N. Zhu R. Abagyan C.-M. Che Chem.-Eur. J. 2009 15 13008 13021
39. J. L. Huppert Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. A 2007 365 2969 2984
40. A. Siddiqui-Jain C. L. Grand D. J. Bearss L. H. Hurley Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 11593 11598
41. Z. A. E. Waller S. A. Sewitz S.-T. D. Hsu S. Balasubramanian J. Am. Chem. Soc. 2009 131 12628 12633
42. A. Verma V. K. Yadav R. Basundra A. Kumar S. Chowdhury Nucleic Acids Res. 2009 37 4194 4204
43. M. Fry L. A. Loeb Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 4950 4954
44. A. T. Phan V. Kuryavyi J.-B. Ma A. Faure M.-L. Andréola D. J. Patel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 634 639
45. S. Balasubramanian S. Neidle Curr. Opin. Chem. Biol. 2009 13 345 353
46. S. Burge G. N. Parkinson P. Hazel A. K. Todd S. Neidle Nucleic Acids Res. 2006 34 5402 5415
47. T. I. Gaynutdinov P. Brown R. D. Neumann I. G. Panyutin Biochemistry 2009 48 11169 11177
48. Y. Wang D. J. Patel Structure 1993 1 263 282
49. G. N. Parkinson M. P. H. Lee S. Neidle Nature 2002 417 876 880
50. K. N. Luu A. T. Phan V. Kuryavyi L. Lacroix D. J. Patel J. Am. Chem. Soc. 2006 128 9963 9970
51. A. T. Phan K. N. Luu D. J. Patel Nucleic Acids Res. 2006 34 5715 5719
52. K. W. Lim S. Amrane S. Bouaziz W. Xu Y. Mu D. J. Patel K. N. Luu A. T. Phan J. Am. Chem. Soc. 2009 131 4301 4309
53. D. Rovnyak M. Baldus G. Wu N. V. Hud J. Feigon R. G. Griffin J. Am. Chem. Soc. 2000 122 11423 11429
54. S. Basu A. A. Szewczak M. Cocco S. A. Strobel J. Am. Chem. Soc. 2000 122 3240 3241
55. A. Wong G. Wu J. Am. Chem. Soc. 2003 125 13895 13905
56. I. V. Smirnov F. W. Kotch I. J. Pickering J. T. Davis R. H. Shafer Biochemistry 2002 41 12133 12139
57. J. C. Chaput C. Switzer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 10614 10619
58. D. M. J. Lilley Q. Rev. Biophys. 2000 33 109 159
59. R. Holliday Genet. Res. 1964 5 282 304
60. D. M. J. Lilley R. M. Clegg Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1993 22 299 328
61. J. H. Thorpe B. C. Gale S. C. M. Teixeira C. J. Cardin J. Mol. Biol. 2003 327 97 109
62. I. G. Panyutin P. Hsieh Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 2021 2025
63. A. Oleksy A. G. Blanco R. Boer I. Usón J. Aymamí A. Rodger M. J. Hannon M. Coll Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 1227 1231
64. J. Müller B. Lippert Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 2503 2505
65. J. Müller R. K. O. Sigel B. Lippert J. Inorg. Biochem. 2000 79 261 265
66. F. Zamora M. Kunsman M. Sabat B. Lippert Inorg. Chem. 1997 36 1583 1587
67. B. Lippert D. Gupta Dalton Trans. 2009 4619 4634
68. B. Lippert H. Schöllhorn U. Thewalt J. Am. Chem. Soc. 1986 108 6616 6621
69. H. Schöllhorn U. Thewalt B. Lippert J. Am. Chem. Soc. 1989 111 7213 7221
70. O. Renn B. Lippert A. Albinati Inorg. Chim. Acta 1991 190 285 289
71. B. Lippert Prog. Inorg. Chem. 2005 54 385 447
72. B. Lippert Chem. Biodiversity 2008 5 1455 1474
73. R. K. O. Sigel A. M. Pyle Chem. Rev. 2007 107 97 113
74. P. C. Bevilacqua Biochemistry 2003 42 2259 2265
75. B. Gong J.-H. Chen E. Chase D. M. Chadalavada R. Yajima B. L. Golden P. C. Bevilacqua P. R. Carey J. Am. Chem. Soc. 2007 129 13335 13342
76. M. D. Smith R. Mehdizadeh J. E. Olive R. A. Collins RNA 2008 14 1942 1949
77. M. S. Lüth M. Willermann B. Lippert Chem. Commun. 2001 2058 2059
78. D. E. Draper RNA 2004 10 335 343
79. A. M. Pyle J. Biol. Inorg. Chem. 2002 7 679 690
80. E. Freisinger R. K. O. Sigel Coord. Chem. Rev. 2007 251 1834 1851
81. N. B. Leontis P. Ghosh P. B. Moore Biochemistry 1986 25 7386 7392
82. C. C. Correll B. Freeborn P. B. Moore T. A. Steitz Cell 1997 91 705 712
83. M. J. Serra J. D. Baird T. Dale B. L. Fey K. Retatagos E. Westhof RNA 2002 8 307 323
84. S. Basu R. P. Rambo J. Strauss-Soukup J. H. Cate A. R. Ferré-D'Amaré S. A. Strobel J. A. Doudna Nat. Struct. Biol. 1998 5 986 992
85. A. M. Pyle O. Fedorova C. Waldsich Trends Biochem. Sci. 2007 32 138 145
86. S. A. Woodson Curr. Opin. Chem. Biol. 2005 9 104 109
87. D. P. Giedroc and N. E. Grossoehme, in Nucleic Acid-Metal Ion Interactions, ed., N. V. Hud, RSC Publishing, 2009, pp. 180-220
88. S. Moghaddam G. Caliskan S. Chauhan C. Hyeon R. M. Briber D. Thirumalai S. A. Woodson J. Mol. Biol. 2009 393 753 764
89. M. Steiner K. S. Karunatilaka R. K. O. Sigel D. Rueda Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 13853 13858
90. M. Steiner D. Rueda R. K. O. Sigel Angew. Chem. Int. Ed. 2009 48 9739 9742
91. J. K. Frederiksen, R. Fong and J. A. Piccirilli, in Nucleic Acid-Metal Ion Interactions, ed., N. V. Hud, RSC Publishing, 2009, pp. 260-306
92. R. K. O. Sigel Eur. J. Inorg. Chem. 2005 2281 2292
93. V. J. DeRose Curr. Opin. Struct. Biol. 2003 13 317 324
94. J. B. Murray A. A. Seyhan N. G. Walter J. M. Burke W. G. Scott Chem. Biol. 1998 5 587 595
95. N. Ban P. Nissen J. Hansen P. B. Moore T. A. Steitz Science 2000 289 905 920
96. D. M. Shechner R. A. Grant S. C. Bagby Y. Koldobskaya J. A. Piccirilli D. P. Bartel Science 2009 326 1271 1275
97. E. M. Osborne W. L. Ward M. Z. Ruehle V. J. DeRose Biochemistry 2009 48 10654 10664
98. M. C. Erat O. Zerbe T. Fox R. K. O. Sigel ChemBioChem 2007 8 306 314
99. M. C. Erat R. K. O. Sigel Inorg. Chem. 2007 46 11224 11234
100. R. K. O. Sigel A. M. Pyle Metal Ions Biol. Syst. 2003 40 477 512
101. R. K. O. Sigel A. Vaidya A. M. Pyle Nat. Struct. Biol. 2000 7 1111 1116
102. M. S. Kayne M. Cohn Biochemistry 1974 13 4159 4165
103. J. L. Hougland A. V. Kravchuk D. Herschlag J. A. Piccirilli PLoS Biol. 2005 3 e277
104. D. Herschlag T. R. Cech Biochemistry 1990 29 10159 10171
105. S.-o. Shan A. Yoshida S. Sun J. A. Piccirilli D. Herschlag Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 12299 12304
106. C.-H. T. Webb N. J. Riccitelli D. J. Duminski A. Lupták Science 2009 326 953
107. Y. He Y. Tian Y. Chen T. Ye C. Mao Macromol. Biosci. 2007 7 1060 1064
108. P. Khuu P. S. Ho Biochemistry 2009 48 7824 7832
109. M. Ariyoshi T. Nishino H. Iwasaki H. Shinagawa K. Morikawa Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 8257 8262
110. G. Frommer I. Mutikainen F. J. Pesch E. C. Hillgeris H. Preut B. Lippert Inorg. Chem. 1992 31 2429 2434
111. J. Müller E. Zangrando N. Pahlke E. Freisinger L. Randaccio B. Lippert Chem.-Eur. J. 1998 4 397 405
112. S. E. Taylor E. Buncel A. R. Norris J. Inorg. Biochem. 1981 15 131 141
113. G. Schröder B. Lippert M. Sabat C. J. L. Lock R. Faggiani B. Song H. Sigel J. Chem. Soc., Dalton Trans. 1995 3767 3775
114. M. S. Lüth E. Freisinger F. Glahé B. Lippert Inorg. Chem. 1998 37 5044 5045