Crystal structures of penicillin-binding protein 6 from Escherichia coli

Journal of the American Chemical Society

Volumn 131, Issue 40, 2009, Pages 14345-14354

  Chen, Yu ^a   Zhang, Weilie ^b   Shi, Qicun ^b   Hesek, Dusan ^b   Lee, Mijoon ^b   Mobashery, Shahriar ^b   Shoichet, Brian K ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b UNIVERSITY OF NOTRE DAME   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACTIVE SITE; APO-STATE; BACTERIAL CELLS; CELL SHAPES; CELL WALLS; COMPLEX STRUCTURE; CONFORMATIONAL FLEXIBILITY; LIGAND RECOGNITION; MICHAELIS COMPLEX; MOLECULAR MIMICRY; PENICILLIN- BINDING PROTEINS; PEPTIDOGLYCANS; REACTION COORDINATES; X RAY CRYSTAL STRUCTURES;

ANTIBIOTICS; ESCHERICHIA COLI;

CELL MEMBRANES;

AMPICILLIN; BETA LACTAM ANTIBIOTIC; CARBOXYPEPTIDASE; PENICILLIN BINDING PROTEIN; PENICILLIN BINDING PROTEIN 6; PENTAPEPTIDE; PEPTIDOGLYCAN; UNCLASSIFIED DRUG;

ARTICLE; CONFORMATIONAL TRANSITION; CRYSTAL STRUCTURE; ESCHERICHIA COLI; NONHUMAN;

AMPICILLIN; CATALYTIC DOMAIN; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; DIPEPTIDASES; ESCHERICHIA COLI; ESCHERICHIA COLI PROTEINS; MODELS, MOLECULAR; PENICILLIN-BINDING PROTEINS; PEPTIDE FRAGMENTS; STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP;

EID: 70349912439     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja903773f     Document Type: Article

References (45)

1. Scheffers, D. J.; Pinho, M. G. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2005, 69, 585-607.
2. Meroueh, S. O.; Bencze, K. Z.; Hesek, D.; Lee, M.; Fisher, J. F.; Stemmler, T. L.; Mobashery, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 4404-4409.
3. Macheboeuf, P.; Contreras-Martel, C.; Job, V.; Dideberg, O.; Dessen, A. FEMS Microbiol. Rev. 2006, 30, 673-691.
4. Sauvage, E.; Kerff, F.; Terrak, M.; Ayala, J. A.; Charlier, P. FEMS Microbiol. Rev. 2008, 32, 234-258.
5. Strynadka, N. C.; Adachi, H.; Jensen, S. E.; Johns, K.; Sielecki, A.; Betzel, C.; Sutoh, K.; James, M. N. Nature 1992, 359, 700-705.
6. Lim, D.; Strynadka, N. C. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 870-876
7. Gherman, B. F.; Goldberg, S. D.; Cornish, V. W.; Friesner, R. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7652-7664.
8. Goldberg, S. D.; Iannuccilli, W.; Nguyen, T.; Ju, J.; Cornish, V. W. Protein Sci. 2003, 12, 1633-1645.
9. Fisher, J. F.; Meroueh, S. O.; Mobashery, S. Chem. Rev. 2005, 105, 395-424.
10. Kelly, J. A.; Dideberg, O.; Charlier, P.; Wery, J. P.; Libert, M.; Moews, P. C.; Knox, J. R.; Duez, C.; Fraipont, C.; Joris, B.; et al. Science 1986, 231, 1429-1431.
11. Knox, J. R.; Moews, P. C.; Frere, J. M. Chem. Biol. 1996, 3, 937-947.
12. Nukaga, M.; Mayama, K.; Hujer, A. M.; Bonomo, R. A.; Knox, J. R. J. Mol. Biol. 2003, 328, 289-301.
13. Ghosh, A. S.; Chowdhury, C.; Nelson, D. E. Trends Microbiol. 2008, 16, 309-317.
14. Tamura, T.; Imae, Y.; Strominger, J. L. J. Biol. Chem. 1976, 251, 414-423.
15. Spratt, B. G.; Strominger, J. L. J. Bacteriol. 1976, 127, 660-663.
16. van der Linden, M. P.; de Haan, L.; Dideberg, O.; Keck, W. Biochem. J. 1994, 303, 357-362.
17. Shi, Q.; Meroueh, S. O.; Fisher, J. F.; Mobashery, S. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 9293-9303.
18. Zhang, W.; Shi, Q.; Meroueh, S. O.; Vakulenko, S. B.; Mobashery, S. Biochemistry 2007, 46, 10113-10121.
19. Nicholas, R. A.; Krings, S.; Tomberg, J.; Nicola, G.; Davies, C. J. Biol. Chem. 2003, 278, 52826-52833.
20. Nicola, G.; Peddi, S.; Stefanova, M.; Nicholas, R. A.; Gutheil, W. G.; Davies, C. Biochemistry 2005, 44, 8207-8217.
21. Sauvage, E.; Powell, A. J.; Heilemann, J.; Josephine, H. R.; Charlier, P.; Davies, C.; Pratt, R. F. J. Mol. Biol. 2008, 381, 383-393.
22. Davies, C.; White, S. W.; Nicholas, R. A. J. Biol. Chem. 2001, 276, 616-623.
23. de Pedro, M. A.; Young, K. D.; Holtje, J. V.; Schwarz, H. J. Bacteriol. 2003, 185, 1147-1152.
24. Nelson, D. E.; Young, K. D. J. Bacteriol. 2000, 182, 1714-1721.
25. Nelson, D. E.; Young, K. D. J. Bacteriol. 2001, 183, 3055-3064.
26. McDonough, M. A.; Anderson, J. W.; Silvaggi, N. R.; Pratt, R. F.; Knox, J. R.; Kelly, J. A. J. Mol. Biol. 2002, 322, 111-122.
27. Tipper, D. J.; Strominger, J. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1965, 54, 1133-1141.
28. Otwinowski, Z.; Minor, W. Methods Enzymol. 1997, 276, 307-326.
29. McCoy, A. J.; Grosse-Kunstleve, R. W.; Adams, P. D.; Winn, M. D.; Storoni, L. C.; Read, R. J. J. Appl. Crystallogr. 2007, 40, 658-674.
30. Pieper, U.; Eswar, N.; Davis, F. P.; Braberg, H.; Madhusudhan, M. S.; Rossi, A.; Marti-Renom, M.; Karchin, R.; Webb, B. M.; Eramian, D.; Shen, M. Y.; Kelly, L.; Melo, F.; Sali, A. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D291-295.
31. Marti-Renom, M. A.; Stuart, A. C.; Fiser, A.; Sanchez, R.; Melo, F.; Sali, A. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2000, 29, 291-325.
32. Collaborative Computational Project Number 4. Acta Crystallogr. D: Biol. Crystallogr. 1994, 50, 760-763.
33. Emsley, P.; Cowtan, K. Acta Crystallogr. D: Biol. Crystallogr. 2004, 60, 2126-2132.
34. Cho, S.; Wang, Q.; Swaminathan, C. P.; Hesek, D.; Lee, M.; Boons, G. J.; Mobashery, S.; Mariuzza, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 8761-8766.
35. Kishida, H.; Unzai, S.; Roper, D. I.; Lloyd, A.; Park, S. Y.; Tame, J. R. Biochemistry 2006, 45, 783-792.
36. Jelsch, C.; Mourey, L.; Masson, J. M.; Samama, J. P. Proteins 1993, 16, 364-383.
37. Chen, Y.; Delmas, J.; Sirot, J.; Shoichet, B.; Bonnet, R. J. Mol. Biol. 2005, 348, 349-362.
38. Chen, Y.; Bonnet, R.; Shoichet, B. K. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 5378-5380.
39. Minasov, G.; Wang, X.; Shoichet, B. K. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 5333-5340.
40. Silvaggi, N. R.; Anderson, J. W.; Brinsmade, S. R.; Pratt, R. F.; Kelly, J. A. Biochemistry 2003, 42, 1199-1208.
41. Kuroki, R.; Weaver, L.; Matthews, B. W. Science 1993, 262, 2030-2033.
42. Perez-Dorado, I.; Campillo, N. E.; Monterroso, B.; Hesek, D.; Lee, M.; Paez, J. A.; Garcia, P.; Martinez-Ripoll, M.; Garcia, J. L.; Mobashery, S.; Menendez, M.; Hermoso, J. A. J. Biol. Chem. 2007, 282, 24990-24999.
43. Silvaggi, N. R.; Josephine, H. R.; Kuzin, A. P.; Nagarajan, R.; Pratt, R. F.; Kelly, J. A. J. Mol. Biol. 2005, 345, 521-533.
44. Lee, W.; McDonough, M. A.; Kotra, L.; Li, Z. H.; Silvaggi, N. R.; Takeda, Y.; Kelly, J. A.; Mobashery, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 1427-1431.
45. Lee, M.; Hesek, D.; Suvorov, M.; Lee, W.; Vakulenko, S.; Mobashery, S. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 16322-16326.