Assessment of the amide-I local modes in γ- And β-turns of peptides

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 11, Issue 26, 2009, Pages 5310-5322

  Wang, Jianping ^a  

^a INSTITUTE OF CHEMISTRY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDE; PEPTIDE;

ARTICLE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE;

AMIDES; COMPUTER SIMULATION; PEPTIDES; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY;

EID: 70349257625     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b900063a     Document Type: Article

References (62)

1. S. Krimm J. Bandekar Adv. Protein Chem. 1986 38 181 364
2. S. Krimm Adv. Polym. Sci. 1960 2-1 51
3. T. Miyazawa e. R. Blott J. Am. Chem. Soc. 1961 83 712 719
4. Y. Abe S. Krimm Biopolymers 1972 11 1871 1839
5. M. Pezolet M. Pigeon-Gosselin L. Coulombe Biochim. Biophys. Acta 1976 453 502 512
6. Y. N. Chirgadze N. A. Nevskaya Biopolymers 1976 15 607 625
7. R. W. Williams J. Mol. Biol. 1983 166 581 603
8. Z. Ganim H. S. Chung A. W. Smith L. P. DeFlores K. C. Jones A. Tokmakoff Acc. Chem. Res. 2008 41 432 441
9. H. Maekawa F. Formaggio C. Toniolo N.-H. Ge J. Am. Chem. Soc. 2008 130 6556 6566
10. D. B. Strasfeld Y. L. Ling S.-H. Shim M. T. Zanni J. Am. Chem. Soc. 2008 130 6698 6699
11. J. Wang W. Zhuang S. Mukamel R. Hochstrasser J. Phys. Chem. B 2008 112 5930 5937
12. R. M. Hochstrasser Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 14189
13. A. W. Smith A. Tokmakoff Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 7984 7987
14. C. Kolano J. Helbing M. Kozinski W. Sander P. Hamm Nature 2006 444 469 472
15. P. Mukherjee I. Kass I. Arkin M. T. Zanni Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 3528
16. J. Wang J. Chen R. M. Hochstrasser J. Phys. Chem. B 2006 110 7545 7555
17. C. Fang A. Senes L. Cristian W. F. DeGrado R. M. Hochstrasser Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 16740
18. N. Demirdoeven C. M. Cheatum H. S. Chung M. Khalil J. Knoester A. Tokmakoff J. Am. Chem. Soc. 2004 126 7981 7990
19. Y. S. Kim J. Wang R. M. Hochstrasser J. Phys. Chem. B 2005 109 7511 7521
20. P. Mukherjee I. Kass I. T. Arkin M. T. Zanni J. Phys. Chem. B 2006 110 24740 24749
21. S. Ham J.-H. Kim H. Lee M. Cho J. Chem. Phys. 2003 118 3491 3498
22. J.-H. Choi S. Ham M. Cho J. Phys. Chem. B 2003 107 9132 9138
23. P. Bour T. A. Keiderling J. Chem. Phys. 2003 119 11253 11262
24. J. R. Schmidt S. A. Corcelli J. L. Skinner J. Chem. Phys. 2004 121 8887 8896
25. T. Hayashi W. Zhuang S. Mukamel J. Phys. Chem. A 2005 109 9747 9759
26. T. l. C. Jansen J. Knoester J. Chem. Phys. 2006 124 044502-044501 044502-044511
27. H. Torii M. Tasumi J. Chem. Phys. 1992 96 3379 3387
28. P. Hamm M. Lim R. M. Hochstrasser J. Phys. Chem. B 1998 102 6123 6138
29. J. Wang R. M. Hochstrasser Chem. Phys. 2004 297 195 219
30. W. Zhuang D. Abramavicius T. Hayashi S. Mukamel J. Phys. Chem. B 2006 110 3362 3374
31. M. Kohtani M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 2004 126 8454 8458
32. P. Hamm M. Lim W. F. DeGrado R. M. Hochstrasser Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 2036
33. S. Ham S. Cha J.-H. Choi M. Cho J. Chem. Phys. 2003 119 1451 1461
34. S. Woutersen P. Hamm J. Chem. Phys. 2001 114 2727 2737
35. P. Hamm and R. M. Hochstrasser, in Ultrafast Infrared and Raman Spectroscopy, ed., M. D. Fayer, Marcel Dekker Inc., New York, 2001, pp. 273-347
36. A. Moran S. Mukamel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 506
37. T. L. Jansen A. Dijkstra G. T. Watson M. J. Hirst J. Knoester J. Chem. Phys. 2006 125 044312
38. T. Hayashi S. Mukamel J. Phys. Chem. B 2007 111 11032 11046
39. E. Vass M. Hollosi F. Besson R. Buchet Chem. Rev. 2003 103 1917 1954
40. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, V. G. Zakrzewski, J. Montgomery, J. A., R. E. Stratmann, J. C. Burant, S. Dapprich, J. M. Millam, A. D. Daniels, K. N. Kudin, M. C. Strain, O. Farkas, J. Tomasi, V. Barone, M. Cossi, R. Cammi, B. Mennucci, C. Pomelli, C. Adamo, S. Clifford, J. Ochterski, G. A. Petersson, P. Y. Ayala, Q. Cui, K. Morokuma, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. Cioslowski, J. V. Ortiz, A. G. Baboul, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. Gomperts, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, J. L. Andres, C. Gonzalez, M. Head-Gordon, E. S. Replogle and J. A. Pople, GAUSSIAN 98 (Revision A.9), Gaussian, Inc., Pittsburgh, PA, 1998
41. W. Person and G. Zerbi, Vibrational Intensities in Infrared and Raman Spectroscopy, Elsevier, Amsterdam, 1982
42. J. Overend, in Infrared Spectroscopy and Molecular Structure, ed., M. Davies, Elsevier, Amsterdam, London, New York, 1963
43. W. H. Moore S. Krimm Biopolymers 1976 15 2439 2464
44. T. C. Cheam S. Krimm Chem. Phys. Lett. 1984 107 613 616
45. T. C. Cheam S. Krimm J. Chem. Phys. 1985 82 1631 1641
46. A. M. Moran S.-M. Park J. Dreyer S. Mukamel J. Chem. Phys. 2003 118 3651 3659
47. Y. N. Chirgadze N. A. Nevskaya Biopolymers 1976 15 637
48. B. H. Besler K. M. J. Merz P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1990 11 431
49. U. C. Singh P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1984 5 129
50. L. E. Chirlian M. M. Francl J. Comput. Chem. 1987 8 894
51. C. M. Breneman K. B. Wiberg J. Comput. Chem. 1990 11 361
52. W. B. Person J. H. Newton J. Chem. Phys. 1974 61 1040 1049
53. J. Cioslowski J. Am. Chem. Soc. 1989 111 8333 8336
54. P. Hamm S. Woutersen Bull. Chem. Soc. Jpn. 2002 75 985
55. S. Ham S. Hahn C. Lee T.-K. Kim K. Kwak M. Cho J. Phys. Chem. B 2004 108 9333 9345
56. J. Wang R. M. Hochstrasser J. Phys. Chem. B 2006 110 3798 3807
57. N.-H. Ge M. T. Zanni R. M. Hochstrasser J. Phys. Chem. B 2002 106 962 972
58. I. V. Rubtsov J. Wang R. M. Hochstrasser Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 5601
59. C. Fang J. Wang Y. S. Kim A. K. Charnley W. Barber-Armstrong A. B. Smith, III S. M. Decatur R. M. Hochstrasser J. Phys. Chem. B 2004 108 10415 10427
60. R. D. Gorbunov D. S. Kosov G. Stock J. Chem. Phys. 2005 122 224904 224912
61. J. Wang J. Phys. Chem. B 2008 112 4790 4800
62. N. G. Mirkin S. Krimm J. Phys. Chem. A 2004 108 5438 5448