Rat resources in biomedical research

Current Pharmaceutical Biotechnology

Volumn 10, Issue 2, 2009, Pages 214-220

  Mashimo, Tomoji ^a   Serikawa, Tadao ^a  

^a KYOTO UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CRYOPRESERVATION; DISEASE MODEL; EXPERIMENTAL RAT; FUNCTIONAL GENOMICS; GENE EXPRESSION REGULATION; GENE TARGETING; GENE TECHNOLOGY; GENETIC ANALYSIS; GENETIC DATABASE; GENOTYPE; INSERTIONAL CHROMOSOME TRANSLOCATION; MEDICAL RESEARCH; MUTAGENESIS; MUTANT; NONHUMAN; PHENOTYPE; PHYLOGENY; QUANTITATIVE TRAIT LOCUS; RAT; RAT STRAIN; REVIEW; SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM; TRANSGENE; TRANSGENIC RAT; ANIMAL; ANIMAL MODEL; GENETICS; METHODOLOGY;

ANIMALIA; RATTUS; RATTUS NORVEGICUS;

ANIMALS; BIOMEDICAL RESEARCH; MODELS, ANIMAL; QUANTITATIVE TRAIT LOCI; RATS; RATS, INBRED STRAINS; RATS, TRANSGENIC;

EID: 65549158307     PISSN: 13892010     EISSN: 18734316     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/138920109787315105     Document Type: Review

References (64)

1. Gibbs, R.A.; Weinstock, G.M.; Metzker, M.L.; Muzny, D.M.; Sodergren, E.J.; Scherer, S.; Scott, G.; Steffen, D.; Worley, K.C.; Burch, P.E.; Okwuonu, G.; Hines, S.; Lewis, L.; DeRamo, C.; Delgado, O.; Dugan-Rocha, S.; Miner, G.; Morgan, M.; Hawes, A.; Gill, R.; Celera Holt, R.A.; Adams, M.D.; Amanatides, P.G.; Baden-Tillson, H.; Barnstead, M.; Chin, S.; Evans, C.A.; Ferriera, S.; Fosler, C.; Glodek, A.; Gu, Z.; Jennings, D.; Kraft, C.L.; Nguyen, T.; Pfannkoch, C.M.; Sitter, C.; Sutton, G.G.; Venter, J.C.; Woodage, T.; Smith, D.; Lee, H.M.; Gustafson, E.; Cahill, P.; Kana, A.; Doucette-Stamm, L.; Weinstock, K.; Fechtel, K.; Weiss, R.B.; Dunn, D.M.; Green, E.D.; Blakesley, R.W.; Bouffard, G.G.; De Jong, P.J.; Osoegawa, K.; Zhu, B.; Marra, M.; Schein, J.; Bosdet, I.; Fjell, C.; Jones, S.; Krzywinski, M.; Mathewson, C.; Siddiqui, A.; Wye, N.; McPherson, J.; Zhao, S.; Fraser, C.M.; Shetty, J.; Shatsman, S.; Geer, K.; Chen, Y.; Abramzon, S.; Nierman, W.C.; Havlak, P.H.; Chen, R.; Durbin, K.J.; Egan, A.; Ren, Y.; Song, X.Z.; Li, B.; Liu, Y.; Qin, X.; Cawley, S.; Worley, K.C.; Cooney, A.J.; D'Souza, L.M.; Martin, K.; Wu, J.Q.; Gonzalez-Garay, M.L.; Jackson, A.R.; Kalafus, K.J.; McLeod, M.P.; Milosavljevic, A.; Virk, D.; Volkov, A.; Wheeler, D.A.; Zhang, Z.; Bailey, J.A.; et al. (2004) Nature, 428, 493-521.
2. Kola, I. (2004) Nat. Biotechnol., 22, 529-531.
3. Wallace, C.A. and Aitman, T.J. (2004) Nat. Genet., 36, 441-442.
4. Worley, K.C.; Weinstock, G.M. and Gibbs, R.A. (2008) Physiol. Genomics, 32, 273-282.
5. Velisek, L.; Veliskova, J. and Moshe, S.L. (1995) Ital J. Neurol. Sci., 16, 127-133.
6. Klitgaard, H. (2001) Epilepsia, 42 (Suppl. 4), 13-18.
7. Kupferberg, H. (2001) Epilepsia, 42 (Suppl. 4), 7-12.
8. White, H.S. (2003) Epilepsia, 44 (Suppl. 7), 2-8.
9. Jacob, H.J. and Kwitek, A.E. (2002) Nat. Rev. Genet., 3, 33-42.
10. Lazar, J.; Moreno, C.; Jacob, H.J. and Kwitek, A.E. (2005) Genome. Res., 15, 1717-1728.
11. Smits, B.M. and Cuppen, E. (2006) Trends Genet., 22, 232-240.
12. Aitman, T.J.; Critser, J.K.; Cuppen, E.; Dominiczak, A.; Fernandez-Suarez, X.M.; Flint, J.; Gauguier, D.; Geurts, A.M.; Gould, M.; Harris, P.C.; Holmdahl, R.; Hubner, N.; Izsvak, Z.; Jacob, H.J.; Kuramoto, T.; Kwitek, A.E.; Marrone, A.; Mashimo, T.; Moreno, C.; Mullins, J.; Mullins, L.; Olsson, T.; Pravenec, M.; Riley, L.; Saar, K.; Serikawa, T.; Shull, J.D.; Szpirer, C.; Twigger, S.N.; Voigt, B. and Worley, K. (2008) Nat. Genet., 40, 516-522.
13. Serikawa, T. (2004) Nature, 429, 15.
14. Lindsey, J.R. (1979) in The Laboratory Rat, (Baker, H.J., Lindsey, J.R., Weisbroth, S.H. Eds.) Academic press Inc., New York, pp. 1-36.
15. Mashimo, T.; Voigt, B.; Kuramoto, T. and Serikawa, T. (2005) J. Appl. Physiol., 98, 371-379.
16. Mashimo, T.; Voigt, B.; Tsurumi, T.; Naoi, K.; Nakanishi, S.; Yamasaki, K.; Kuramoto, T. and Serikawa, T. (2006) BMC Genet., 7, 19.
17. Saar, K.; Beck, A.; Bihoreau, M.T.; Birney, E.; Brocklebank, D.; Chen, Y.; Cuppen, E.; Demonchy, S.; Dopazo, J.; Flicek, P.; Foglio, M.; Fujiyama, A.; Gut, I.G.; Gauguier, D.; Guigo, R.; Guryev, V.; Heinig, M.; Hummel, O.; Jahn, N.; Klages, S.; Kren, V.; Kube, M.; Kuhl, H.; Kuramoto, T.; Kuroki, Y.; Lechner, D.; Lee, Y.A.; Lopez-Bigas, N.; Lathrop, G.M.; Mashimo, T.; Medina, I.; Mott, R.; Patone, G.; Perrier-Cornet, J.A.; Platzer, M.; Pravenec, M.; Reinhardt, R.; Sakaki, Y.; Schilhabel, M.; Schulz, H.; Serikawa, T.; Shikhagaie, M.; Tatsumoto, S.; Taudien, S.; Toyoda, A.; Voigt, B.; Zelenika, D.; Zimdahl, H. and Hubner, N. (2008) Nat. Genet., 40, 560-566.
18. Twigger, S.; Lu, J.; Shimoyama, M.; Chen, D.; Pasko, D.; Long, H.; Ginster, J.; Chen, C.F.; Nigam, R.; Kwitek, A.; Eppig, J.; Maltais, L.; Maglott, D.; Schuler, G.; Jacob, H. and Tonellato, P.J. (2002) Nucleic Acids Res., 30, 125-128.
19. Twigger, S.N.; Shimoyama, M.; Bromberg, S.; Kwitek, A.E. and Jacob, H.J. (2007) Nucleic Acids Res., 35, D658-662.
20. Twigger, S.N.; Pruitt, K.D.; Fernandez-Suarez, X.M.; Karolchik, D.; Worley, K.C.; Maglott, D.R.; Brown, G.; Weinstock, G.; Gibbs, R.A.; Kent, J.; Birney, E. and Jacob, H.J. (2008) Nat. Genet., 40, 523-527.
21. Shisa, H.; Lu, L.; Katoh, H.; Kawarai, A.; Tanuma, J.; Matsushima, Y. and Hiai, H. (1997) Mamm. Genome, 8, 324-327.
22. Voigt, B.; Kuramoto, T.; Mashimo, T.; Tsurumi, T.; Sasaki, Y.; Hokao, R. and Serikawa, T. (2008) Physiol. Genomics, 32, 335-342.
23. Pravenec, M.; Gauguier, D.; Schott, J.J.; Buard, J.; Kren, V.; Bila, V.; Szpirer, C.; Szpirer, J.; Wang, J.M. and Huang, H.; et al. (1995), J. Clin. Invest., 96, 1973-1978.
24. Hubner, N.; Wallace, C.A.; Zimdahl, H.; Petretto, E.; Schulz, H.; Maciver, F.; Mueller, M.; Hummel, O.; Monti, J.; Zidek, V.; Musilova, A.; Kren, V.; Causton, H.; Game, L.; Born, G.; Schmidt, S.; Muller, A.; Cook, S.A.; Kurtz, T.W.; Whittaker, J.; Pravenec, M. and Aitman, T.J. (2005) Nat. Genet., 37, 243-253.
25. Mott, R.; Talbot, C.J.; Turri, M.G.; Collins, A.C. and Flint, J. (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 97, 12649-12654.
26. Talbot, C.J.; Nicod, A.; Cherny, S.S.; Fulker, D.W.; Collins, A.C. and Flint, J. (1999) Nat. Genet., 21, 305-308.
27. Valdar, W.; Solberg, L.C.; Gauguier, D.; Burnett, S.; Klenerman, P.; Cookson, W.O.; Taylor, M.S.; Rawlins, J.N.; Mott, R. and Flint, J. (2006) Nat. Genet., 38, 879-887.
28. Cowley, A.W., Jr.; Roman, R.J. and Jacob, H.J. (2004) J. Physiol., 554, 46-55.
29. Malek, R.L.; Wang, H.Y.; Kwitek, A.E.; Greene, A.S.; Bhagabati, N.; Borchardt, G.; Cahill, L.; Currier, T.; Frank, B.; Fu, X.; Hasinoff, M.; Howe, E.; Letwin, N.; Luu, T.V.; Saeed, A.; Sajadi, H.; Salzberg, S.L.; Sultana, R.; Thiagarajan, M.; Tsai, J.; Veratti, K.; White, J.; Quackenbush, J.; Jacob, H.J. and Lee, N.H. (2006) Nat. Genet., 38, 234-239.
30. Liang, M.; Lee, N.H.; Wang, H.; Greene, A.S.; Kwitek, A.E.; Kaldunski, M.L.; Luu, T.V.; Frank, B.C.; Bugenhagen, S.; Jacob, H.J. and Cowley Jr, A.W. (2008) Physiol. Genomics, 34(1), 54-64.
31. Howland, D.S.; Liu, J.; She, Y.; Goad, B.; Maragakis, N.J.; Kim, B.; Erickson, J.; Kulik, J.; DeVito, L.; Psaltis, G.; DeGennaro, L.J.; Cleveland, D.W. and Rothstein, J.D. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 99, 1604-1609.
32. Matsuoka, Y.; Hamaguchi, T.; Fukamachi, K.; Yoshida, M.; Watanabe, G.; Taya, K.; Tsuda, H. and Tsubura, A. (2007) Med. Mol. Morphol., 40, 185-190.
33. Flood, D.G.; Lin, Y.G.; Lang, D.M.; Trusko, S.P.; Hirsch, J.D.; Savage, M.J.; Scott, R.W. and Howland, D.S. (2007) Neurobiol. Aging, (in press).
34. Hrnkova, M.; Zilka, N.; Minichova, Z.; Koson, P. and Novak, M. (2007) Brain Res., 1130, 206-213.
35. Estrada Sanchez, A.M.; Mejia-Toiber, J. and Massieu, L. (2008) Arch. Med. Res., 39, 265-276.
36. Tsuda, H.; Fukamachi, K.; Ohshima, Y.; Ueda, S.; Matsuoka, Y.; Hamaguchi, T.; Ohnishi, T.; Takasuka, N. and Naito, A. (2005) Cancer Sci., 96, 309-316.
37. Takayanagi, R.; Ohashi, T.; Yamashita, E.; Kurosaki, Y.; Tanaka, K.; Hakata, Y.; Komoda, Y.; Ikeda, S.; Tsunetsugu-Yokota, Y.; Tanaka, Y. and Shida, H. (2007) J. Virol., 81, 5908-5918.
38. Goffinet, C.; Allespach, I. and Keppler, O.T. (2007) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 104, 1015-1020.
39. Hoffman, R.M. (2004) APMIS, 112, 441-449.
40. Chapman, S.; Oparka, K.J. and Roberts, A.G. (2005) Curr. Opin. Plant Biol., 8, 565-573.
41. Chudakov, D.M.; Lukyanov, S. and Lukyanov, K.A. (2005) Trends Biotechnol., 23, 605-613.
42. Murakami, T. and Kobayashi, E. (2005) J. Biomed. Opt., 10, 41204.
43. Stewart, C.N., Jr. (2006) Trends Biotechnol., 24, 155-162.
44. Hakamata, Y.; Murakami, T. and Kobayashi, E. (2006) Transplantation, 81, 1179-1184.
45. Sawamoto, K.; Nakao, N.; Kakishita, K.; Ogawa, Y.; Toyama, Y.; Yamamoto, A.; Yamaguchi, M.; Mori, K.; Goldman, S.A.; Itakura, T. and Okano, H. (2001) J. Neurosci., 21, 3895-3903.
46. Charreau, B.; Tesson, L.; Soulillou, J.P.; Pourcel, C. and Anegon, I. (1996) Transgenic Res., 5, 223-234.
47. Tesson, L.; Cozzi, J.; Menoret, S.; Remy, S.; Usal, C.; Fraichard, A. and Anegon, I. (2005) Transgenic Res., 14, 531-546.
48. Dann, C.T. (2007) Transgenic Res., 16, 571-580.
49. Ruhnke, M.; Ungefroren, H.; Zehle, G.; Bader, M.; Kremer, B. and Fandrich, F. (2003) Stem Cells, 21, 428-436.
50. Schulze, M.; Ungefroren, H.; Bader, M. and Fandrich, F. (2006) Methods Mol. Biol., 329, 45-58.
51. Orwig, K.E.; Ryu, B.Y.; Avarbock, M.R. and Brinster, R.L. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 99, 11706-11711.
52. Shinohara, T.; Kato, M.; Takehashi, M.; Lee, J.; Chuma, S.; Nakatsuji, N.; Kanatsu-Shinohara, M. and Hirabayashi, M. (2006) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103, 13624-13628.
53. Zan, Y.; Haag, J.D.; Chen, K.S.; Shepel, L.A.; Wigington, D.; Wang, Y.R.; Hu, R.; Lopez-Guajardo, C.C.; Brose, H.L.; Porter, K.I.; Leonard, R.A.; Hitt, A.A.; Schommer, S.L.; Elegbede, A.F. and Gould, M.N. (2003) Nat. Biotechnol., 21, 645-651.
54. Amos-Landgraf, J.M.; Kwong, L.N.; Kendziorski, C.M.; Reichelderfer, M.; Torrealba, J.; Weichert, J.; Haag, J.D.; Chen, K.S.; Waller, J.L.; Gould, M.N. and Dove, W.F. (2007) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 104, 4036-4041.
55. Homberg, J.R.; Olivier, J.D.; Smits, B.M.; Mul, J.D.; Mudde, J.; Verheul, M.; Nieuwenhuizen, O.F.; Cools, A.R.; Ronken, E.; Cremers, T.; Schoffelmeer, A.N.; Ellenbroek, B.A. and Cuppen, E. (2007) Neuroscience, 146, 1662-1676.
56. Olivier, J.D.; Van Der Hart, M.G.; Van Swelm, R.P.; Dederen, P.J.; Homberg, J.R.; Cremers, T.; Deen, P.M.; Cuppen, E.; Cools, A.R. and Ellenbroek, B.A. (2008) Neuroscience, 152, 573-584.
57. Kitada, K.; Ishishita, S.; Tosaka, K.; Takahashi, R.; Ueda, M.; Keng, V.W.; Horie, K. and Takeda, J. (2007) Nat. Methods, 4, 131-133.
58. Lu, B.; Geurts, A.M.; Poirier, C.; Petit, D.C.; Harrison, W.; Overbeek, P.A. and Bishop, C.E. (2007) Mamm. Genome, 18, 338-346.
59. Smits, B.M.; Mudde, J.B.; van de Belt, J.; Verheul, M.; Olivier, J.; Homberg, J.; Guryev, V.; Cools, A.R.; Ellenbroek, B.A.; Plasterk, R.H. and Cuppen, E. (2006) Pharmacogenet. Genomics, 16, 159-169.
60. Mashimo, T.; Yanagihara, K.; Tokuda, S.; Voigt, B.; Takizawa, A.; Nakajima, R.; Kato, M.; Hirabayashi, M.; Kuramoto, T. and Serikawa, T. (2008) Nat. Genet., 40, 514-515.
61. Hirabayash, M.; Kato, M.; Aoto, T.; Sekimoto, A.; Ueda, M.; Miyoshi, I.; Kasai, N. and Hochi, S. (2002) Transgenic Res., 11, 221-228.
62. Yanagihara, K. and Mizuuchi, K. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 99, 11317-11321.
63. Fink, W.L. (1986) Science, 234, 1135-1139.
64. Page, R.D. (1996) Comput. Appl. Biosci., 12, 357-358.