Refined kinetic transition networks for the GB1 hairpin peptide

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 11, Issue 18, 2009, Pages 3341-3354

  Carr, Joanne M ^a,b,c   Wales, David J ^a,d  

^a UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

^b DARESBURY LABORATORY   (United Kingdom)

^c SCIENCE AND TECHNOLOGY FACILITIES COUNCIL   (United Kingdom)

^d Department of Chemical Physics ^*  (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PEPTIDE; SOLVENT;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; KINETICS; PROTEIN FOLDING; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; THERMODYNAMICS;

COMPUTER SIMULATION; KINETICS; MODELS, MOLECULAR; PEPTIDES; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; SOLVENTS; THERMODYNAMICS;

EID: 65349189938     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b820649j     Document Type: Article

References (117)

1. A. F. Voter Phys. Rev. B 1998 57 R13985
2. D. Hamelberg J. Mongan J. A. McCammon J. Chem. Phys. 2004 120 11919
3. A. Laio M. Parrinello Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 12562
4. G. Bussi F. L. Gervasio A. Laio M. Parrinello J. Am. Chem. Soc. 2006 128 13435
5. C. Dellago P. G. Bolhuis F. S. Csajka D. Chandler J. Chem. Phys. 1998 108 1964
6. C. Dellago P. G. Bolhuis D. Chandler J. Chem. Phys. 1999 110 6617
7. P. G. Bolhuis D. Chandler C. Dellago P. L. Geissler Annu. Rev. Phys. Chem. 2002 53 291
8. D. J. Wales Mol. Phys. 2002 100 3285
9. D. J. Wales Mol. Phys. 2004 102 891
10. D. J. Wales Int. Rev. Phys. Chem. 2006 25 237
11. F. Noé D. Krachtus J. Smith S. Fischer J. Chem. Theory Comput. 2006 2 840
12. F. Noé M. Oswald G. Reinelt S. Fischer J. C. Smith Multiscale Model. Simul. 2006 5 393
13. F. Noé S. Fischer Curr. Opin. Struct. Biol. 2008 18 154
14. G. C. Boulougouis D. N. Theodorou J. Chem. Phys. 2007 127 084903
15. D. A. Evans D. J. Wales J. Chem. Phys. 2003 119 9947
16. D. A. Evans D. J. Wales J. Chem. Phys. 2004 121 1080
17. J. M. Carr D. J. Wales J. Chem. Phys. B 2008 112 8760
18. B. Strodel C. S. Whittleston D. J. Wales J. Am. Chem. Soc. 2007 129 16005
19. J. M. Carr D. J. Wales J. Chem. Phys. 2005 123 234901
20. M. Khalili D. J. Wales J. Phys. Chem. B 2008 112 2456
21. B. R. Brooks R. E. Bruccoleri B. D. Olafson D. J. States S. Swaminathan M. Karplus J. Comput. Chem. 1983 4 187
22. T. Lazaridis M. Karplus Proteins: Struct., Funct., Genet. 1999 35 133
23. A. R. Dinner T. Lazaridis M. Karplus Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 9068
24. S. V. Krivov M. Karplus Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 14766
25. S. Krivov M. Karplus J. Phys. Chem. B 2006 110 12689
26. D.-W. Li M. Khanlarzadeh J. Wang S. Huo R. Bruschweiler J. Phys. Chem. B 2007 111 13807
27. H. Yang D. Wu D.-W. Li L. Han S. Huo J. Chem. Theory Comput. 2007 3 17
28. A. M. Gronenborn D. R. Filpula N. Z. Essig A. Acharia M. Whitlow P. T. Wingfield G. M. Clore Science 1991 253 657
29. F. J. Blanco G. Rivas L. Serrano Nat. Struct. Biol. 1994 1 584
30. V. Muñoz P. A. Thompson J. Hofrichter W. A. Eaton Nature 1997 390 196
31. K. A. Olsen R. M. Fesinmeyer J. M. Stewart N. H. Andersen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 15483
32. V. Muñoz R. Ghirlando F. Blanco G. Jas J. Hofrichter W. Eaton Biochemistry 2006 45 7023
33. V. Muñoz E. R. Henry J. Hofrichter W. A. Eaton Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 5872
34. H. X. Zhou J. Chem. Phys. 2008 128 195104
35. A. Kolinski B. Ilkowski J. Skolnick Biophys. J. 1999 77 2942
36. P. Eastman N. Grønbech-Jensen S. Doniach J. Chem. Phys. 2001 114 3823
37. P. G. Bolhuis Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 12129
38. P. G. Bolhuis Biophys. J. 2005 88 50
39. N. Kobayashi S. Honda H. Yoshii E. Munekata Biochemistry 2000 39 6564
40. Y. Zhou A. Linhananta Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2002 47 154
41. A. E. García K. Y. Sanbonmatsu Proteins: Struct., Funct., Genet. 2001 42 345
42. P. H. Nguyen G. Stock E. Mittag C.-K. Hu M. S. Li Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2005 61 795
43. R. Zhou B. J. Berne Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 12777
44. T. Yoda Y. Sugita Y. Okamoto Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2007 66 846
45. V. S. Pande D. S. Rokhsar Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 1273
46. B. Ma R. Nussinov J. Mol. Biol. 2000 296 1091
47. J. Lee S. Shin Biophys. J. 2001 81 2507
48. J. Lee S. Shin J. Phys. Chem. B 2002 106 8796
49. R. Zhou B. J. Berne R. Germain Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 14931
50. A. Felts Y. Harano E. Gallicchio R. Levy Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2004 56 310
51. R. Zhou Proteins: Struct., Funct., Genet. 2003 53 148
52. A. Irback B. Samuelsson F. Sjunnesson S. Wallin Biophys. J. 2003 85 1466
53. I. H. Lee S. Y. Kim J. Lee Chem. Phys. Lett. 2005 412 307
54. B. Zagrovic E. J. Sorin V. Pande J. Mol. Biol. 2001 313 151
55. I. V. Khavrutskii R. H. Byrd C. L. Brooks III J. Chem. Phys. 2006 124 194903
56. J. Tsai M. Levitt Biophys. Chem. 2002 101-102 187
57. D. K. Klimov D. Thirumalai Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 2544
58. G. Wei N. Mousseau P. Derreumaux Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2004 56 464
59. M. Andrec A. K. Felts E. Gallicchio R. M. Levy Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 6801
60. S. Jang E. Kim Y. Pak Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2007 66 53
61. W. Swope J. Pitera F. Suits M. Pitman M. Eleftheriou B. Fitch R. Germain A. Rayshubski T. Ward Y. Zhestkov R. Zhou J. Phys. Chem. B 2004 108 6582
62. T. S. van Erp D. Moroni P. G. Bolhuis J. Chem. Phys. 2003 118 7762
63. P. H. Nguyen Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006 65 898
64. S. Yang J. N. Onuchic A. E. García H. Levine J. Mol. Biol. 2007 372 756
65. J. D. Bloom, Computer Simulations of Protein Aggregation, Master's thesis, University of Cambridge, 2002
66. http://www-wales.ch.cam.ac.uk/ ∼ sat39/charmm/rotamers/rotamers-in- CHARMM19.pdf
67. D. J. Wales, Energy Landscapes, Cambridge University Press, Cambridge, 2003
68. J. N. Murrell K. J. Laidler J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1968 64 371
69. L. Onsager Phys. Rev. 1938 54 554
70. S. A. Trygubenko D. J. Wales J. Chem. Phys. 2006 124 234110
71. H. M. Taylor and S. Karlin, An Introduction to Stochastic Modeling, Academic Press, Orlando, 1984
72. E. W. Dijkstra Numer. Math. 1959 1 269
73. S. K. Kearsley Acta Crystallogr., Sect. A 1989 45 208
74. O. M. Becker M. Karplus J. Chem. Phys. 1997 106 1495
75. A. Godzik A. Koliński J. Skolnick J. Comput.-Aided Mol. Des. 1993 7 397
76. J. D. Bryngelson P. G. Wolynes Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1987 84 7524
77. J. M. Carr S. A. Trygubenko D. J. Wales J. Chem. Phys. 2005 122 234903
78. S. A. Trygubenko D. J. Wales J. Chem. Phys. 2004 120 2082
79. G. Henkelman H. Jónsson J. Chem. Phys. 1999 111 7010
80. G. Henkelman B. P. Uberuaga H. Jónsson J. Chem. Phys. 2000 113 9901
81. G. Henkelman H. Jónsson J. Chem. Phys. 2000 113 9978
82. L. J. Munro D. J. Wales Phys. Rev. B 1999 59 3969
83. J. Nocedal Math. Comput. 1980 35 773
84. D. Liu J. Nocedal Math. Program. 1989 45 503
85. M. R. Hoare J. McInnes Faraday Discuss. Chem. Soc. 1976 61 12
86. M. R. Hoare Adv. Chem. Phys. 1979 40 49
87. P. G. Mezey Theor. Chim. Acta 1981 58 309
88. H. Pelzer E. Wigner Z. Phys. Chem. 1932 B15 445
89. H. Eyring Chem. Rev. 1935 17 65
90. M. G. Evans M. Polanyi Trans. Faraday Soc. 1935 31 875
91. H. Eyring J. Chem. Phys. 1935 3 107
92. M. G. Evans M. Polanyi Trans. Faraday Soc. 1937 33 448
93. W. F. K. Wynne-Jones H. Eyring J. Chem. Phys. 1935 3 492
94. J. B. Anderson J. Chem. Phys. 1973 58 4684
95. C. H. Bennett, in Algorithms for Chemical Computations, ed., R. E. Christofferson, American Chemical Society, Washington, DC, 1977, pp. 63-97
96. D. Chandler J. Chem. Phys. 1978 68 2959
97. J. S. Shaffer A. K. Chakraborty Macromolecules 1993 26 1120
98. S. A. Trygubenko D. J. Wales Mol. Phys. 2006 104 1497
99. N. G. van Kampen, Stochastic Processes in Physics and Chemistry, North-Holland, Amsterdam, 1981
100. A. B. Bortz M. H. Kalos J. L. Lebowitz J. Comput. Phys. 1975 17 10
101. K. A. Fichthorn W. H. Weinberg J. Chem. Phys. 1991 95 1090
102. R. E. Kunz, Dynamics of First-Order Phase Transitions, Deutsch, Thun, 1995
103. J. M. Carr and D. J. Wales, in Latest Advances in Atomic Cluster Collisions: Structure and Dynamics from the Nuclear to the Biological Scale, ed., J.-P. Connerade, and, A. Solov'yov, Imperial College Press, London, 2008, pp. 321-330
104. V. M. Jiménez and A. Marzal, in Algorithm Engineering, 3rd International Workshop, WAE'99, ed., J. S. Vitter, and, C. D. Zaroliagis, Springer, Berlin/Heidelberg, London, UK, 1999, vol. 1668, pp. 15-29
105. H. M. Berman J. Westbrook Z. Feng G. Gilliland T. N. Bhat H. Weissig I. N. Shindyalov P. E. Bourne Nucleic Acids Res. 2000 28 235
106. M. S. Shell R. Ritterson K. A. Dill J. Phys. Chem. B 2008 112 6878
107. A. Irbäck F. Sjunnesson Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2004 56 110
108. D. J. Wales M. A. Miller T. R. Walsh Nature 1998 394 758
109. S. V. Krivov M. Karplus J. Chem. Phys. 2002 117 10894
110. D. A. Evans D. J. Wales J. Chem. Phys. 2003 118 3891
111. P. Ferrara J. Apostolakis A. Caflisch J. Phys. Chem. B 2000 104 5000
112. F. H. Stillinger T. A. Weber J. Chem. Phys. 1983 87 2833
113. C. J. Roberts P. G. Debenedetti F. H. Stillinger J. Phys. Chem. B 1999 103 10258
114. I. Ohmine S. Saito Acc. Chem. Res. 1999 32 741
115. D. J. Wales Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. A 2005 363 357
116. D. J. Wales T. V. Bogdan J. Phys. Chem. B 2006 110 20765
117. W. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Mol. Graphics 1996 14 33