Energy landscapes: Calculating pathways and rates

International Reviews in Physical Chemistry

Volumn 25, Issue 1-2, 2006, Pages 237-282

  Wales, David J ^a  

^a Department of Chemistry ^*  (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 33745044234     PISSN: 0144235X     EISSN: 1366591X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1080/01442350600676921     Document Type: Review

References (275)

1. D. Passerone and M. Parrinello, Phys. Rev. Lett. 87, 108302 (2001).
2. D. J. Wales, Mol. Phys. 100, 3285 (2002).
3. A. Laio and M. Parrinello, Proc. Nat. Acad. Sci. USA 99, 12562 (2002).
4. T. S. van Erp, D. Moroni and P. G. Bolhuis, J. Chem. Phys. 118, 7762 (2003).
5. C. Dellago, P. Bolhuis and P. L. Geissler, Adv. Chem. Phys. 123, 1 (2002).
6. P. G. Bolhuis, D. Chandler, C. Dellago and P. L. Geissler, Annu. Rev. Phys. Chem. 53, 291 (2002).
7. D. J. Wales, Mol. Phys. 102, 891 (2004).
8. N. Singhal, C. D. Snow and V. S. Pande, J. Chem. Phys. 121, 415 (2004).
9. A. K. Faradjian and R. Elber, J. Chem. Phys. 120, 10880 (2004).
10. S. Sriraman, I. G. Kevrekidis and G. Hummer, J. Phys. Chem. B 109, 6479 (2005).
11. K. N. Kudin and R. Car, J. Chem. Phys. 122, 114108 (2005).
12. S. A. Trygubenko and D. J. Wales, Mol. Phys. 104, 1497 (2006).
13. A. Berezhkovskii and A. Szabo, J. Chem. Phys. 121, 9186 (2004).
14. D. J. Wales, Energy Landscapes, Cambridge University Press, Cambridge (2003).
15. F. H. Stillinger and T. A. Weber, Science 225, 983 (1984).
16. D. J. Wales and J. P. K. Doye, J. Chem. Phys. 119, 12409 (2003).
17. D. J. McGinty, J. Chem. Phys. 55, 580 (1971).
18. J. J. Burton, J. Chem. Phys. 56, 3133 (1972).
19. M. R. Hoare, Adv. Chem. Phys. 40, 49 (1979).
20. G. Franke, E. R. Hilf and P. Borrmann, J. Chem. Phys. 98, 3496 (1993).
21. D. J. Wales, Mol. Phys. 78, 151 (1993).
22. D. J. Wales, J. P. K. Doye, M. A. Miller, P. N. Mortenson and T. R. Walsh, Adv. Chem. Phys. 115, 1 (2000).
23. P. G. Mezey, Theo. Chim. Acta 58, 309 (1981).
24. P. G. Mezey, Potential Energy Hypersurfaces, Elsevier, Amsterdam (1987).
25. J. P. K. Doye and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 102, 9659 (1995).
26. K. D. Ball and R. S. Berry, J. Chem. Phys. 109, 8541 (1998).
27. K. D. Ball and R. S. Berry, J. Chem. Phys. 109, 8557 (1998).
28. M. A. Miller, J. P. K. Doye and D. J. Wales, Phys. Rev. E 60, 3701 (1999).
29. F. Calvo, J. P. K. Doye and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 115, 9627 (2001).
30. F. Starr, S. Sastry, E. L. Nave, A. Scala, H. Stanley and F. Sciortino, Phys. Rev. E 63, 041201 (2001).
31. F. Calvo, J. P. K. Doye and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 114, 7312 (2001).
32. Z. Li and H. A. Scheraga, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84, 6611 (1987).
33. D. J. Wales and J. P. K. Doye, J. Phys. Chem. A 101, 5111 (1997).
34. T. V. Bogdan, D. J. Wales and F. Calvo, J. Chem. Phys. 124, 044102 (2006).
35. F. Wang and D. P. Landau, Phys. Rev. Lett. 86, 2050 (2001).
36. F. Wang and D. P. Landau, Phys. Rev. E 64, 056101 (2001).
37. D. P. Landau, S.-H. Tsai and M. Exler, Am. J. Phys. 72, 1294 (2004).
38. S. F. Chekmarev and S. V. Krivov, Phys. Rev. E 57, 2445 (1998).
39. R. H. Swendsen and J.-S. Wang, Phys. Rev. Lett. 57, 2607 (1986).
40. G. Geyer, in Computing Science and Statistics: Proceedings of the 23rd Symposium on the Interface, edited by E. K. Keramidas, p. 156. Inferface Foundation, Fairfax Station (1991).
41. K. Hukushima and K. Nemoto, J. Phys. Soc. Japan 65, 1604 (1996).
42. M. C. Tesi, E. J. J. van Rensburg, E. Orlandini and S. G. Whittington, J. Stat. Phys. 82, 155 (1996).
43. U. H. E. Hansmann, Chem. Phys. Lett. 281, 140 (1997).
44. J. P. K. Doye and D. J. Wales, Phys. Rev. Lett. 80, 1357 (1998).
45. J. P. K. Doye, D. J. Wales and M. A. Miller, J. Chem. Phys. 109, 8143 (1998).
46. J. P. K. Doye, M. A. Miller and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 110, 6896 (1999).
47. J. P. K. Doye and F. Calvo, J. Chem. Phys. 116, 8307 (2002).
48. J. P. Neirotti, F. Calvo, D. L. Freeman and J. D. Doll, J. Chem. Phys. 112, 10340 (2000).
49. F. Calvo, J. P. Neirotti, D. L. Freeman and J. D. Doll, J. Chem. Phys. 112, 10350 (2000).
50. J. N. Murrell and K. J. Laidler, Trans. Faraday. Soc. 64, 371 (1968).
51. R. E. Kunz and R. S. Berry, J. Chem. Phys. 103, 1904 (1995).
52. N. G. van Kampen, Stochastic Processes in Physics and Chemistry, North-Holland, Amsterdam (1981).
53. R. E. Kunz, Dynamics of First-Order Phase Transitions, Deutsch, Thun (1995).
54. K. D. Ball, R. S. Berry, R. E. Kunz, F.-Y. Li, A. Proykova and D. J. Wales, Science 271, 963 (1996).
55. K. D. Ball and R. S. Berry, J. Chem. Phys. 111, 2060 (1999).
56. M. A. Miller, J. P. K. Doye and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 110, 328 (1999).
57. P. N. Mortenson and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 114, 6443 (2001).
58. P. N. Mortenson, D. A. Evans and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 117, 1363 (2002).
59. D. A. Evans and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 118, 3891 (2003).
60. D. A. Evans and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 119, 9947 (2003).
61. F. Calvo, F. Spiegelman and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 118, 8754 (2003).
62. D. A. Evans and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 121, 1080 (2004).
63. J. M. Carr and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 123, 234901 (2005).
64. E. A. Carter, G. Ciccotti, J. T. Hynes and R. Kapral, Chem. Phys. Lett. 156, 472 (1989).
65. R. Czerminski and R. Elber, J. Chem. Phys. 92, 5580 (1990).
66. E. M. Sevick, A. T. Bell and D. N. Theodorou, J. Chem. Phys. 98, 3196 (1993).
67. R. Olender and R. Elber, J. Chem. Phys. 105, 9299 (1996).
68. S. Huo and J. E. Straub, J. Chem. Phys. 107, 5000 (1997).
69. A. F. Voter, J. Chem. Phys. 106, 4665 (1997).
70. A. F. Voter, Phys. Rev. Lett. 78, 3908 (1997).
71. S. F. Chekmarev and S. V. Krivov, Chem. Phys. Lett. 287, 719 (1998).
72. S. Huo and J. E. Straub, Proteins 36, 249 (1999).
73. C. Dellago, P. G. Bolhuis and D. Chandler, J. Chem. Phys. 110, 6617 (1999).
74. R. Elber, J. Meller and R. Olender, J. Phys. Chem. B 103, 899 (1999).
75. M. R. Sørensen and A. F. Voter, J. Chem. Phys. 112, 9599 (2000).
76. R. Elber and D. Shalloway, J. Chem. Phys. 112, 5539 (2000).
77. P. Eastman, N. Gronbech-Jensen and S. Doniach, J. Chem. Phys. 114, 3823 (2001).
78. S. V. Krivov, S. F. Chekmarev and M. Karplus, Phys. Rev. Lett. 88, 038101 (2002).
79. F. Montalenti and A. F. Voter, J. Chem. Phys. 116, 4819 (2002).
80. J. A. Rahman and J. C. Tully, J. Chem. Phys. 116, 8750 (2002).
81. J. A. Rahman and J. C. Tully, Chem. Phys. 285, 277 (2002).
82. R. Elber, A. Ghosh and A. Cardenas, Accounts Chem. Res. 35, 396 (2002).
83. J. E. Straub, J. Guevara, S. Huo and J. P. Lee, Accounts Chem. Res. 35, 473 (2002).
84. D. Chandler, J. Chem. Phys. 68, 2959 (1978).
85. J. B. Anderson, J. Chem. Phys. 58, 4684 (1973).
86. C. H. Bennett, in Algorithms for Chemical Computations, edited by R. E. Christofferson, pp. 63-97, American Chemical Society, Washington, D.C. (1977).
87. J. Pitman, Probability, Springer-Verlag, New York (1993).
88. B. E. Trumbo, Relationship Between the Poisson and Exponential Distributions, http://www.sci.csuhayward.edu/statistics/Resources/Essays/ PoisExp.htm (1999).
89. R. Du, V. S. Pande, A. Y. Grosberg, T. Tanaka and E. I. Shakhnovich, J. Chem. Phys. 108, 334 (1998).
90. C. D. Snow, E. J. Sorin, Y. M. Rhee and V. S. Pande, Ann. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 34, 43 (2004).
91. A. B. Bortz, M. H. Kalos and J. L. Lebowitz, J. Comput. Phys. 17, 10 (1975).
92. D. A. Reed and G. Ehrlich, Surf. Sci. 105, 603 (1981).
93. A. F. Voter, Phys. Rev. B 34, 6819 (1986).
94. K. A. Fichthorn and W. H. Weinberg, J. Chem. Phys 95, 1090 (1991).
95. A. F. Voter, in Radiation Effects in Solids, pp. 1-22. Springer-Verlag (2005).
96. M. A. Novotny, Phys. Rev. Lett. 74, 1 (1995).
97. W. Cai, M. H. Kalos, M. de Koning and V. V. Bulatov, Phys. Rev. E 66, 046703 (2002).
98. M. de Koning, W. Cai, B. Sadigh, T. Oppelstrup, M. H. Kalos and V. V. Bulatov, J. Chem. Phys. 122, 074103 (2005).
99. H. M. Taylor and S. Karlin, An Introduction to Stochastic Modeling, Academic Press, Orlando (1984).
100. W. H. Press, S. A. Teukolsky, W. T. Vetterling and B. P. Flannery, Numerical Recipes in FORTRAN, Cambridge University Press, 2nd edn. (1992).
101. Z. Bai, J. Demmel, J. Dongarra, A. Ruhe and H. van der Vorst (eds), Templates for the Solution of Algebraic Eigenvalue Problems: A Practical Guide, SIAM, Philadelphia (2000).
102. A. R. Fersht, Proc. Nat. Acad. Sci. USA 99, 14122 (2002).
103. S. V. Krivov and M. Karplus, Proc. Nat. Acad. Sci. USA 101, 14766 (2004).
104. N. J. Marianayagam, N. L. Fawzi and T. Head-Gordon, Proc. Nat. Acad. Sci. USA 102, 16684 (2005).
105. C. D. Snow, B. Zagrovic and V. S. Pande, J. Am. Chem. Soc. 124, 14548 (2002).
106. C. D. Snow, H. Nguyen, V. Pande and M. Gruebele, Nature 420, 102 (2002).
107. C. D. Snow, L. Qiu, F. Gai, S. J. Hagen and V. S. Pande, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101, 4077 (2004).
108. D. J. Wales, OPTIM: A Program for Optimising Geometries and Calculating Pathways, http://www-wales.ch.cam.ac.uk/software.html.
109. E. W. Dijkstra, Numerische Math. 1, 269 (1959).
110. T. H. Cormen, C. E. Leiserson, R. L. Rivest and C. Stein, Introduction to Algorithms, MIT Press, Cambridge, Mass., 2nd edn (2001).
111. H. Pelzer and E. Wigner, Z. Phys. Chem. B15, 445 (1932).
112. W. F. K. Wynne-Jones and H. Eyring, J. Chem. Phys. 3, 492 (1935).
113. H. Eyring, Chem. Rev. 17, 65 (1935).
114. M. G. Evans and M. Polanyi, Trans. Farady Soc. 31, 875 (1935).
115. W. Forst, Theory of Unimolecular Reactions, Academic Press, New York (1973).
116. K. J. Laidler, Chemical Kinetics, Harper & Row, New York (1987).
117. H. Eyring, J. Chem. Phys. 3, 107 (1935).
118. M. G. Evans and M. Polanyi, Trans. Farady Soc. 33, 448 (1937).
119. R. G. Gilbert and S. C. Smith, Theory of Unimolecular and Recombination Reactions, Blackwell, Oxford (1990).
120. D. T. Gillespie, J. Comput. Phys. 22, 403 (1976).
121. D. T. Gillespie, J. Phys. 81, 2340 (1977).
122. G. H. Gilmer, Science 208, 335 (1980).
123. T. J. Frankcombe and S. C. Smith, J. Comp. Chem. 21, 592 (2000).
124. S. A. Trygubenko and D. J. Wales, J. Chem. Phys., in press.
125. J. Nocedal, Mathematics of Computation 35, 773 (1980).
126. D. Liu and J. Nocedal, Math. Prog. 45, 503 (1989).
127. L. J. Munro and D. J. Wales, Phys. Rev. B 59, 3969 (1999).
128. Y. Kumeda, L. J. Munro and D. J. Wales, Chem. Phys. Lett. 341, 185 (2001).
129. F. B. Hildebrand, Methods of Applied Mathematics, Dover, New York (1992).
130. E. B. Wilson, J. C. Decius and P. C. Cross, Molecular Vibrations, Dover, New York (1980).
131. M. Page and J. W. McIver, J. Chem. Phys. 88, 922 (1988).
132. D. J. Wales, J. Chem. Phys. 101, 3750 (1994).
133. D. J. Wales and J. Uppenbrink, Phys. Rev. B 50, 12342 (1994).
134. D. J. Wales and T. R. Walsh, J. Chem. Phys. 105, 6957 (1996).
135. R. Fletcher, Practical Methods of Optimization: Volume 1 - Unconstrained Optimization, Wiley, New York (1980).
136. J. Simons, P. Jørgenson, H. Taylor and J. Ozment, J. Phys. Chem. 87, 2745 (1983).
137. V. Bakken and T. Helgaker, J. Chem. Phys. 117, 9160 (2002).
138. K. Németh, O. Coulaud, G. Monard and J. G. Angyan, J. Chem. Phys. 113, 5598 (2000).
139. K. Németh, O. Coulaud, G. Monard and J. G. Angyan, J. Chem. Phys. 114, 9747 (2001).
140. S. A. Trygubenko and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 120, 2082 (2004).
141. R. Elber and M. Karplus, Chem. Phys. Lett. 139, 375 (1987).
142. R. Elber and M. Karplus, Chem. Phys. Lett. 311, 335 (1999).
143. G. Henkelman and H. Jónsson, J. Chem. Phys. 111, 7010 (1999).
144. G. Henkelman, B. P. Uberuaga and H. Jónsson, J. Chem. Phys. 113, 9901 (2000).
145. G. Henkelman and H. Jónsson, J. Chem. Phys. 113, 9978 (2000).
146. G. Henkelman and H. Jónsson, J. Chem. Phys. 115, 9657 (2001).
147. J. M. Carr, S. A. Trygubenko and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 122, 234903 (2005).
148. O. M. Becker and M. Karplus, J. Chem. Phys. 106, 1495 (1997).
149. D. J. Wales, M. A. Miller and T. R. Walsh, Nature 394, 758 (1998).
150. D. J. Wales, Phil. Trans. Roy. Soc. A 363, 357 (2005).
151. C. Levinthal, in Mössbauer Spectroscopy in Biological Systems, Proceedings of a Meeting Held at Allerton House, Monticello, Illinois, edited by P. DeBrunner, J. Tsibris and E. Munck, p. 22, Urbana (1969), University of Illinois Press.
152. T. Komatsuzaki, K. Hoshino, Y. Matsunaga, G. J. Rylance, R. L. Johnston and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 122, 084714 (2005).
153. F. H. Stillinger and T. A. Weber, Phys. Rev. B 31, 5262 (1985).
154. T. F. Middleton and D. J. Wales, Phys. Rev. B 64, 024205 (2001).
155. G. Chartrand, Introductory Graph Theory, Dover, New York (1985).
156. P. E. Leopold, M. Montal and J. N. Onuchic, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89, 8721 (1992).
157. Y. Kumeda and D. J. Wales, Chem. Phys. Lett. 374, 125 (2003).
158. R. Zwanzig, A. Szabo and B. Bagchi, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89, 20 (1992).
159. R. Zwanzig, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 9801 (1995).
160. J. P. K. Doye and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 105, 8428 (1996).
161. J. D. Bryngelson and P. G. Wolynes, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84, 7524 (1987).
162. J. D. Bryngelson and P. G. Wolynes, J. Phys. Chem. 93, 6902 (1989).
163. J. D. Bryngelson and P. G. Wolynes, Biopolymers 30, 177 (1990).
164. H. Frauenfelder, S. G. Sligar and P. G. Wolynes, Science 254, 1598 (1991).
165. J. N. Onuchic, P. G. Wolynes, Z. Luthey-Schulten and N. D. Socci, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 3626 (1995).
166. J. D. Bryngelson, J. N. Onuchic, N. D. Socci and P. G. Wolynes, Proteins: Struct., Func. and Gen. 21, 167 (1995).
167. P. G. Wolynes, J. N. Onuchic and D. Thirumalai, Science 267, 1619 (1995).
168. J. N. Onuchic, Z. Luthey-Schulten and P. G. Wolynes, Annu. Rev. Phys. Chem. 48, 545 (1997).
169. K. A. Dill and H. S. Chan, Nature Struct. Biol. 4, 10 (1997).
170. N. D. Socci, J. N. Onuchic and P. G. Wolynes, Proteins: Struct., Func. Gen. 32, 136 (1998).
171. C. M. Dobson, A. Šali and M. Karplus, Angew. Chem. Int. Ed. 37, 868 (1998).
172. J. N. Onuchic, H. Nymeyer, A. E. García, J. Chahine and N. D. Socci, Adv. Prot. Chem. 53, 87 (2000).
173. N. D. Socci and J. N. Onuchic, J. Chem. Phys. 101, 1519 (1994).
174. N. D. Socci, J. N. Onuchic and P. G. Wolynes, J. Chem. Phys. 104, 5860 (1996).
175. R. A. Goldstein, Z. Luthey-Schulten and P. G. Wolynes, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89, 4918 (1992).
176. M. Karplus and A. Šali, Curr. Opin. Struct. Biol. 5, 58 (1995).
177. F. Crick and J. D. Watson, Nature 177, 473 (1956).
178. H. S. Chan and K. Dill, J. Chem. Phys. 99, 2116 (1993).
179. H. S. Chan and K. Dill, J. Chem. Phys. 100, 9238 (1994).
180. H. S. Chan and K. Dill, Proteins: Struct., Func. Gen. 30, 2 (1998).
181. R. S. Berry and D. J. Wales, Phys. Rev. Lett. 63, 1156 (1989).
182. D. J. Wales and R. S. Berry, Phys. Rev. Lett. 73, 2875 (1994).
183. J. P. K. Doye, M. A. Miller and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 110, 6896 (1999).
184. D. D. Frantz, J. Chem. Phys. 115, 6136 (2001).
185. J. D. Honeycutt and D. Thirumalai, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 3526 (1990).
186. J. D. Honeycutt and D. Thirumalai, Biopolymers 32, 695 (1992).
187. M. A. Miller and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 111, 6610 (1999).
188. J. P. K. Doye and D. J. Wales, Phys. Rev. B 59, 2292 (1999).
189. J. P. K. Doye and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 111, 11070 (1999).
190. T. F. Middleton and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 118, 4583 (2003).
191. S. V. Krivov and M. Karplus, J. Chem. Phys. 117, 10894 (2002).
192. R. K. Ahuja, T. L. Magnanti and J. B. Orlin, Network Flows, Prentice-Hall, New Jersey (1993).
193. J. S. Shaffer and A. K. Chakraborty, Macromolecules 26, 1120 (1993).
194. J. E. Jones and A. E. Ingham, Proc. R. Soc. A 107, 636 (1925).
195. D. J. Wales and H. A. Scheraga, Science 285, 1368 (1999).
196. L. T. Wille, in Annual Reviews of Computational Physics VII, edited by D. Stauffer, World Scientific, Singapore (2000).
197. D. J. Wales, J. P. K. Doye, A. Dullweber, M. P. Hodges, F. Y. Naumkin, F. Calvo, J. Hernández-Rojas, T. F. Middleton, The Cambridge Cluster Database, http://www-wales.ch.cam.ac.uk/CCD.html.
198. For example, the Birmingham cluster web site at http://www.tc.bham.ac.uk/ bcweb contains a variety of cluster global minima, global minima for Lennard-Jones clusters are tabulated at http:// www.vcl.uh.edu/~cbarron/ LJ_cluster/researchpot.html, and global optimisation packages using interval arithmetic are available from http://www.mscs.mu.edu/~globsol. Results for genetic algorithms and related methods can be found at http://panizzi.shef.ac. uk/cisrg/links/ea_bib.html.
199. R. S. Berry, T. L. Beck, H. L. Davis and J. Jellinek, Adv. Chem. Phys. 70B, 75 (1988).
200. C. Dellago, P. G. Bolhuis and D. Chandler, J. Chem. Phys. 108, 9236 (1998).
201. W. E, W. Ren and E. Vanden-Eijnden, Phys. Rev. B 66, 052301 (2002).
202. A. L. Mackay, Acta Cryst. 15, 916 (1962).
203. S. Gómez and D. Romero, in Proceedings of the First European Congress of Mathematics, vol. III, pp. 503-509, Birkhauser, Basel (1994).
204. J. Pillardy and L. Piela, J. Phys. Chem. 99, 11805 (1995).
205. J. P. K. Doye and D. J. Wales, Chem. Phys. Lett. 247, 339 (1995).
206. J. P. K. Doye, D. J. Wales and R. S. Berry, J. Chem. Phys. 103, 4234 (1995).
207. J. A. Niesse and H. R. Mayne, J. Chem. Phys. 105, 4700 (1996).
208. R. H. Leary, Abstract for the International Workshop on Global Optimization (1999).
209. R. S. Berry and R. Breitengraser-Kunz, Phys. Rev. Lett. 74, 3951 (1995).
210. J. P. K. Doye, M. A. Miller and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 111, 8417 (1999).
211. M. P. Hodges, XMakemol: A Program for Visualising Atomic and Molecular Systems, version 4.09 (1998).
212. L. D. Marks, Phil. Mag. A 49, 81 (1984).
213. V. V. Nauchitel and A. J. Pertsin, Mol. Phys. 40, 1341 (1980).
214. J. Jellinek, T. L. Beck and R. S. Berry, J. Chem. Phys. 84, 2783 (1986).
215. J. D. Honeycutt and H. C. Andersen, J. Phys. Chem. 91, 4950 (1987).
216. T. L. Beck, J. Jellinek and R. S. Berry, J. Chem. Phys. 87, 545 (1987).
217. T. L. Beck and R. S. Berry, J. Chem. Phys. 88, 3910 (1988).
218. L. M. Amon and W. P. Reinhardt, J. Chem. Phys. 113, 3573 (2000).
219. P. Labastie and R. L. Whetten, Phys. Rev. Lett. 65, 1567 (1990).
220. D. J. Wales and R. S. Berry, J. Chem. Phys. 92, 4473 (1990).
221. H.-P. Cheng, X. Li, R. L. Whetten and R. S. Berry, Phys. Rev. A 46, 791 (1992).
222. S. Weerasinghe and F. G. Amar, J. Chem. Phys. 98, 4967 (1993).
223. C. J. Tsai and K. D. Jordan, J. Chem. Phys. 99, 6957 (1993).
224. R. E. Kunz and R. S. Berry, Phys. Rev. E 49, 1895 (1994).
225. R. M. Lynden-Bell and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 101, 1460 (1994).
226. D. J. Wales and J. P. K. Doye, J. Chem. Phys. 103, 3061 (1995).
227. R. B. McClurg, R. C. Flagan and W. A. Goddard, J. Chem. Phys. 102, 3322 (1995).
228. D. D. Frantz, J. Chem. Phys. 102, 3747 (1995).
229. J. P. K. Doye and D. J. Wales, J. Chem. Phys. 102, 9673 (1995).
230. G. E. Lopez, J. Chem. Phys. 104, 6650 (1996).
231. W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura, R. W. Impey and M. L. Klein, J. Chem. Phys. 79, 926 (1983).
232. W. L. Jorgensen, J. Am. Chem. Soc. 103, 335 (1981).
233. W. L. Jorgensen, J. Chem. Phys. 77, 4156 (1982).
234. D. J. Wales and M. P. Hodges, Chem. Phys. Lett. 286, 65 (1998).
235. B. Hartke, Phys. Chem. Chem. Phys. 5, 275 (2003).
236. H. Kabrede and R. Hentschke, J. Phys. Chem. B 107, 3914 (2003).
237. C. J. Tsai and K. D. Jordan, J. Chem. Phys. 95, 3850 (1991).
238. C. J. Tsai and K. D. Jordan, Chem. Phys. Lett. 213, 181 (1993).
239. D. J. Wales and I. Ohmine, J. Chem. Phys. 98, 7257 (1993).
240. D. J. Wales and I. Ohmine, J. Chem. Phys. 98, 7245 (1993).
241. J. M. Pedulla and K. D. Jordan, Chem. Phys. 239, 593 (1998).
242. D. Laria, J. Rodriguez, C. Dellago and D. Chandler, J. Phys. Chem. A 105, 2646 (2001).
243. U. Buck, I. Ettisher, M. Melzer, V. Buch and J. Sadlej, Phys. Rev. Lett. 80, 2578 (1998).
244. C. J. Gruenloh, J. R. Carney, F. C. Hagemeister, C. A. Arrington, T. S. Zwier, S. Y. Fredericks, J. T. Wood and K. D. Jordan, J. Chem. Phys. 109, 6601 (1998).
245. W. B. Blanton, S. W. Gordonwylie, G. R. Clark, K. D. Jordan, J. T. Wood, U. Geiser and T. J. Collins, J. Am. Chem. Soc. 121, 3551 (1999).
246. J. Rodriguez, G. Moriena and D. Laria, Chem. Phys. Lett. 356, 147 (2002).
247. C. J. Tsai and K. D. Jordan, J. Phys. Chem. 97, 5208 (1993).
248. G. J. Geyer, Stat. Sci. 7, 437 (1992).
249. B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States, S. Swaminathan and M. Karplus, J. Comp. Chem. 4, 187 (1983).
250. T. Lazaridis and M. Karplus, Proteins: Struct., Func. Gen. 35, 133 (1999).
251. http://www.trygub.com/charmm/rotamers/ (2004).
252. W. H. Graham, E. S. Carter II and R. P. Hicks, Biopolymers 32, 1755 (1992).
253. U. H. E. Hansmann and Y. Okamoto, J. Comput. Chem. 14, 1333 (1993).
254. Y. Sugita and Y. Okamoto, Chem. Phys. Lett. 314, 141 (1999).
255. U. H. E. Hansmann, M. Masuya and Y. Okamoto, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 10652 (1997).
256. F. Eisenmenger and U. H. E. Hansmann, J. Phys. Chem. B 101, 3304 (1997).
257. U. H. E. Hansmann, Y. Okamato and J. N. Onuchic, Proteins: Struct., Func. and Gen. 34, 472 (1999).
258. M. Shen and K. F. Freed, Biophys. J. 82, 1791 (2002).
259. M. H. Zaman, M. Shen, R. S. Berry and K. F. Freed, J. Phys. Chem. B 107, 1685 (2003).
260. J. Dudowicz, K. F. Freed and M. Shen, J. Chem. Phys. 118, 1989 (2003).
261. A. M. Gronenborn, D. R. Filpula, N. Z. Essig, A. Achari, M. Whitlow, P. T. Wingfield and G. M. Clore, Science 253, 657 (1991).
262. F. J. Blanco, G. Rivas and L. Serrano, Nature Struct. Biol. 1, 584 (1994).
263. V. Muńoz, P. A. Thompson, J. Hofrichter and W. A. Eaton, Nature 390, 196 (1997).
264. V. Muńoz, E. R. Henry, J. Hofrichter and W. A. Eaton, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 5872 (1998).
265. A. R. Dinner, T. Lazaridis and M. Karplus, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 9068 (1999).
266. V. S. Pande and D. S. Rokhsar, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 9062 (1999).
267. A. E. García and K. Y. Sanbonmatsu, Proteins: Struct., Func. and Gen. 42, 345 (2001).
268. R. Zhou, B. J. Berne and R. Germain, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 14931 (2001).
269. B. Zagrovic, E. J. Sorin and V. Pande, J. Mol. Biol. 313, 151 (2001).
270. P. G. Bolhuis, Proc. Nat. Acad. Sci. USA 100, 12129 (2003).
271. G. Wei, P. Derreumaux and N. Mousseau, J. Chem. Phys. 119, 6403 (2003).
272. R. Zhou and B. J. Berne, Proc. Nat. Acad. Sci. USA 99, 12777 (2002).
273. D. Roccatano, A. Amadel, A. Di Nola and H. J. C. Berendsen, Protein Sci. 8, 2130 (1999).
274. B. Ma and R. Nussinov, J. Mol. Biol. 296, 1091 (2000).
275. F. J. Blanco and L. Serrano, Eur. J. Biochem. 230, 634 (1995).