Lipopolysaccharide bound structures of the active fragments of fowlicidin-1, a cathelicidin family of antimicrobial and antiendotoxic peptide from chicken, determined by transferred nuclear overhauser effect spectroscopy

Biopolymers

Volumn 92, Issue 1, 2009, Pages 9-22

  Bhunia, Anirban ^a   Mohanram, Harini ^a   Bhattacharjya, Surajit ^a  

^a NANYANG TECHNOLOGICAL UNIVERSITY   (Singapore)

Author keywords

Cathelicidin; FITC LPS; Fowlicidin; Lipopolysaccharide; NMR; Saturation transfer difference NMR; STD; Tr NOE; Transferred nuclear overhauser effect spectroscopy

Indexed keywords

CATHELICIDIN; FITC-LPS; FOWLICIDIN; LIPOPOLYSACCHARIDE; NMR; SATURATION TRANSFER DIFFERENCE NMR; STD; TR-NOE; TRANSFERRED NUCLEAR OVERHAUSER EFFECT SPECTROSCOPY;

AMINO ACIDS; CONFORMATIONS; DYES; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; ORGANIC ACIDS; PEPTIDES; POLYPEPTIDES; POLYSACCHARIDES; PROTEINS; SPIN-LATTICE RELAXATION;

AMINES;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMALS; ANTI-BACTERIAL AGENTS; CATHELICIDINS; CHICKENS; ENDOTOXINS; LIPOPOLYSACCHARIDES; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR SEQUENCE DATA; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; PEPTIDE FRAGMENTS; PROTEIN BINDING; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY;

VERTEBRATA;

EID: 60149090707     PISSN: 00063525     EISSN: 10970282     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/bip.21104     Document Type: Article

References (68)

1. Raetz, C. R. H.; Whitfield, C. Annu Rev Biochem 2002, 71, 635-700.
2. Rietschel, E. T.; Kirikae, T.; Schade, F. U.; Mamat, U.; Schmidt, G.; Loppnow, H.; Ulmer, A. J.; Zahringer, U.; Seydel, U.; Di Padova, F.; Schreier, M.; Brade, H. FASEB J 1994, 8, 217-225.
3. Fink, P. F. In Handbook of Critical Care, 3rd ed.; Berk, J. L.; Sampliner, J. E., Eds.; Little Brown & Co.: Boston, 1990; p 619.
4. Hamil, R. J.; Maki, D. G. In Handbook of Endotoxin, vol. 4; Proctor, R. A., Ed.; Elsiver: Amsterdam, 1984; p 55.
5. Dinarello, C. A. Curr Top Microbiol Immunol 1996, 216, 133-165.
6. Cohen, J. Nature 2002, 420, 885-891.
7. Zhang, F. X.; Krisching, C. J.; Mancinelli, R.; Xu, X. P.; Jin, Y.; Faure, E.; Mantovani, A.; Rothe, M.; Muzio, M.; Arditi, M. J Biol Chem 1996, 274, 7611-7614.
8. Hardaway, R. M. Am Surg 2000, 66, 22-29.
9. Schumann, R. R.; Leong, S. R.; Flaggs, G. W.; Gray, P. W.; Wright, S. D.; Mathison, J. C.; Tobias, P. S.; Ulevitch, R. J. Science 1990, 249, 1429-1431.
10. Wright, S. D.; Ramos, R. A.; Tobias, P. S.; Ulevitch, R. J.; Mathison, J. C. Science 1990, 249, 1431-1433.
11. Poltorak, A.; He, X.; Smirnova, I.; Liu, M. Y.; Van Huffet, C.; Du, X.; Birdwell, D.; Alejos, E.; Silva, M.; Galanos, C.; Freudenberg, M.; Ricciardi-Castagnoli, P.; Layton, B.; Beutler, B. Science 1998, 282, 2085-2088.
12. Lee, H. K.; Dunzendorfer, S.; Tobias, P. S. J Biol Chem 2004, 279, 10564-10574.
13. Shimazu, R.; Akashi, S.; Ogata, H.; Nagai, Y.; Fukudome, K.; Miyake, K.; Kimoto, M. J Exp Med 1999, 189, 1777-1782.
14. Viriyakosol, S.; Tobias, P. S.; Kitchens, R. L.; Kirkland, T. N. J Biol Chem 2001, 276, 38044-38051.
15. Ohto, U.; Fukase, K.; Miyake, K.; Satow, Y. Science 2007, 316, 1632-1634.
16. Kim, H. M.; Park, B. S.; Kim, J.-I.; Kim, S. E.; Lee, J.; Oh, S. C.; Enkhbayar, P.; Matsushima, N.; Lee, H.; Yoo, O. J.; Lee, J.-O. Cell 2007, 130, 906-917.
17. Martin, G. S.; Mannino, D. M.; Eaton, S.; Moss, M. N Engl J Med 2003, 348, 1546-1554.
18. David, S. A. J Mol Recognit 2001, 14, 370-387.
19. Jerala, R.; Porro, M. Curr Top Med Chem 2004, 4, 1173-1184.
20. Zasloff, M. Nature 2002, 415, 389-395.
21. Brogden, K. A. Nature 2005, 3, 238-250.
22. Boman, H. G. Annu Rev Immunol 1995, 13, 61-92.
23. Hancock, R. E.; Scott, M. G. Proc Natl Acad Sci USA 2000, 92, 8856-8861.
24. Hirata, M.; Shimomura, Y.; Yoshida, M.; Wright, S. C.; Larrick, J. W. Prog Clin Biol Res 1994, 388, 147-159.
25. Tossi, A.; Scocchi, M.; Skerlavaj, B.; Gennaro, R. FEBS Lett 1994, 339, 108-112.
26. Skerlavaj, B.; Benincasa, M.; Risso, A.; Zanetti, M.; Gennaro, R. FEBS Lett 1996, 463, 58-62.
27. Tack, B. F.; Sawai, M. V.; Kearney, W. R.; Robertson, A. D.; Sherman, M. A.; Wang, W.; Hong, T.; Boo, L. M.; Wu, H.; Waring, A. J.; Lehrer, R. I. Eur J Biochem 2002, 269, 1181-1189.
28. Larrick, J. W.; Hirata, M.; Balint, R. F.; Lee, J.; Zhong, J.; Wright, S. C. Infect Immun 1995, 63, 1291-1297.
29. Cowland, J. B.; Johnsen, A. H.; Borregaard, N. FEBS Lett 1995, 368, 173-176.
30. Gennaro, R.; Zanetti, M. Biopolymers 2000, 55, 31-49.
31. Durr, U.; Sudheendra, U. S.; Ramamorthy, A. Biochim Biophys Acta 2006, 1758, 1408-1425.
32. Zelezetsky, I.; Pontillo, A.; Puzzi, L.; Antcheva, N.; Segat, L.; Pacor, S.; Crovella, S.; Tossi, A. J Biol Chem 2006, 28, 19861-19871.
33. Murakami, M.; Lopez-Garcia, B.; Braff, M.; Dorschner, R. A.; Gallo, R. L. J Immunol 2004, 172, 3070-3077.
34. Nagaoka, I.; Hirota, S.; Niyonsaba, F.; Hirata, M.; Adachi, Y.; Tamura, H.; Tanaka, S.; Heumann, D. Clin Diagn Lab Immunol 2002, 9, 972-982.
35. Nell, M. J.; Tjabringa, G. S.; Wafelman, A. R.; Verrijk, R.; Hiemstra, P. S.; Drijfhout, J. W.; Grote, J. J. Peptides 2006, 27, 649-660.
36. Xiao, Y.; Cai, Y.; Bommineni, Y. R.; Fernando, S. C.; Prakash, O.; Gilliland, S. E.; Zhang, G. J Biol Chem 2006, 281, 2858-2867.
37. Xiao, Y.; Dai, H.; Bommineni, Y. R.; Soulages, J. L.; Gong, Y. X.; Prakash, O.; Zhang, G. FEBS J 2006, 273, 2581-2593.
38. Bommineni, Y. R.; Dai, H.; Gong, Y. X.; Soulages, J. L.; Fernando, S. C.; Desilva, U.; Prakash, O.; Zhang, G. FEBS J 2007, 274, 418-428.
39. Rustici, A.; Velucchi, M.; Faggioni, R.; Sironi, M.; Ghezzi, P.; Quataert, S.; Green, B.; Porro, M. Science 1993, 259, 361-365.
40. Clore, G. M.; Gronenborn, A. M. J Magn Reson 1982, 48, 402-417.
41. Post, C. B. Curr Opin Struct Biol 2003, 13, 581-588.
42. Wang, Z.; Jones, J. D.; Rizo, J.; Gierasch, L. M. Biochemistry 1993, 32, 13991-13999.
43. Tobias, P. S.; Soldau, K.; Gegner, J. A.; Mintz, D.; Ulevitch, R. J. J Biol Chem 1995, 270, 10482-10488.
44. Rosenfeld, Y.; Papo, N.; Shai, Y. J Biol Chem 2006, 281, 1636-1643.
45. Rosenfeld, Y.; Sahl, H. G.; Shai, Y. Biochemistry 2008, 47, 6468-6478.
46. Mueller, M.; Lindner, B.; Kusumoto, S.; Fukase, K.; Schromm, A. B.; Seydel, U. J Biol Chem 2004, 279, 26307-263013.
47. Wüthrich, K. NMR of Proteins and Nucleic Acids; Wiley: New York, 1986.
48. Johansson, J.; Gudmundsson, G. H.; Rottenberg, M. E.; Berndt, K. D.; Agerberth, B. J Biol Chem 1998, 273, 3718-3724.
49. Oren, Z.; Lerman, J. C.; Gudmundsson, G. H.; Agerberth, B.; Shai, Y. Biochem J 1999, 341, 501-513.
50. Santos, N. C.; Silva, A. C.; Castanho, M. A.; Martins-Silva, J.Saldanha, C. ChemBioChem 2003, 4, 96-100.
51. Yu, L.; Tan, M.; Ho, B.; Ding, J. L.; Wohland, T. Anal Chim Acta 2006, 556, 216-225.
52. Bhattacharjya, S.; Domadia, P. N.; Bhunia, A.; Malladi, S.; David, S. A. Biochemistry 2007, 46, 5864-5874.
53. Japelj, B.; Pristovsek, P.; Majerle, A.; Jerala, R. J Biol Chem 2005, 280, 16955-16961.
54. Bhattacharjya, S.; David, S. A.; Mathan, V. I.; Balaram, P. Biopolymers 1997, 41, 251-265.
55. Pristovsek, P.; Kidric, J. J Med Chem 1999, 42, 4604-4613.
56. Chou, P. Y.; Fasman, G. D. Annu Rev Biochem 1974, 47, 251-276.
57. Lakowicz, J. R. Principles of Fluorescence Spectroscopy; Plenum press: New York, 1983.
58. Bhunia, A.; Domadia, P. N.; Bhattacharjya, S. Biochim Biophys Acta 2007, 1768, 3282-3291.
59. Mayer, M.; Meyer, B. Angew Chem Int Ed Engl 1999, 38, 1784-1788.
60. Claasen, B.; Axmann, M.; Meinecke, R.; Meyer, B. J Am Chem Soc 2005, 127, 916-919.
61. Porcelli, F.; Verardi, R.; Shi, L.; Henzler-Wildman, K. A.; Ramamoorthy, A.; Veglia, G. Biochemistry 2008, 47, 5565-5572.
62. Li, X.; Li, Y.; Han, H.; Miller, D. W.; Wang, G. J Am Chem Soc 2006, 128, 5776-5785.
63. Chen, C.; Brock, R.; Luh, F.; Chou, P. J.; Larrick, J. W.; Huang, R. F.; Huang, T. H. FEBS Lett 1995, 370, 46-52.
64. Guntert, P.; Mumenthaler, C.; Wuthrich, K. J Mol Biol 1997, 273, 283-298.
65. Schibli, D. J.; Hwang, P. M.; Vogel, H. J. Biochemistry 1999, 38, 16749-16755.
66. Eisenmesser, E.; Post, C. B. Biochemsirty 1998, 37, 867-877.
67. Morris, G. M.; Goodsell, D. S.; Halliday, R. S.; Huey, R.; Hart, W. E.; Belew, R. K.; Olson, A. J. J Comput Chem 1998, 19, 1639-1662.
68. Ferguson, A. D.; Hofmann, E.; Coulton, J. W.; Diederichs, K.; Welte, W. Science 1998, 282, 2215-2220.