Multiscale Monte Carlo sampling of protein sidechains: Application to binding pocket flexibility

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 4, Issue 5, 2008, Pages 835-846

  Nilmeier, Jerome ^a   Jacobson, Matt ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 58149154411     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct700334a     Document Type: Article

References (66)

1. Dunbrack, R. L., Jr.; Karplus, M. Nat. Struct. Biol. 1994, 7, 334.
2. Dunbrack, R. L., Jr.; Cohen, F. E. Protein Sci. 1997, 6, 1661.
3. Xiang, Z.; Honig, B. J. Mol. Biol. 2001, 311, 421.
4. Kuhlman, B.; Baker, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 10383.
5. Jiang, L.; Kuhlman, B.; Kortemme, T.; Baker, D. Proteins 2005, 58, 893.
6. Fiser, A.; Do, R. K.; Sali, A. Protein Sci. 2000, 9, 1753.
7. Fiser, A.; Sali, A. Methods Enzymol. 2003, 374, 461.
8. Sherman, W.; Day, T. J.; Jacobson, M.; Friesner, R. A.; Farid, R. J. Med. Chem. 2006, 49, 534.
9. Meiller, J.; Baker, D. Proteins 2006, 65, 538.
10. Ferrari, A. M.; Wei, B.; Constantino, L.; Shoichet, B. K. J. Med. Chem. 2004, 47, 5076.
11. Voigt, C. A.; Gordon, D. B.; Mayo, S. L. J. Mol. Biol. 2000, 299, 789.
12. Jain, T.; Cerutti, D. S.; McCammon, J. A. Protein Sci. 2006, 15, 2029.
13. Kuntz, I. D.; Blaney, J. M.; Oatley, S. J.; Langridge, R.; Ferrin, T. E. J. Mol. Biol. 1982, 161, 269.
14. Schlick, T. Molecular Modeling and Simulation; Springer-Verlag: New York, 2002.
15. Mobley, D. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1231.
16. Mobley, D.; Graves, A.; Chodera, J. D.; McReynolds, A.; Shoichet, B. K.; Dill, K. A. J. Mol. Biol. 2007, 371, 1118.
17. Metropolis, N.; Rosenbluth, A. W.; Rosenbluth, M. N.; Teller, A.; Teller, E. J. Chem. Phys. 1953, 21, 1087.
18. Rosenbluth, M. N.; Rosenbluth, A. W. J. Chem. Phys. 1955, 23, 356.
19. Deem, M. W. J. Chem. Phys. 1999, 111, 6625.
20. Deem, M. W. Mol. Phys. 1999, 97, 559.
21. Dinner, A. R. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1132.
22. Ulmschneider, J. P.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1849.
23. Li, Z. Q.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 6611.
24. Sorin, E. J.; Engelhardt, M. A.; Herschlag, D.; Pande, V. S. J. Mol. Biol. 2002, 317, 493.
25. Pande, V. S.; Baker, I; Chapman, J.; Elmer, S. P.; Khaliq, S.; Larson, S. M.; Rhee, Y. M.; Shirts, M. R.; Snow, C. D.; Sorin, E. J.; Zagrovic, B. Biopolymers 2003, 68, 91.
26. Felts, A. K.; Gallicchio, E.; Wallqvist, A.; Levy, R. M. Proteins 2002, 48, 404.
27. Ghosh, A.; Rapp, C. S.; Friesner, R. A. J. Phys. Chem. B. 1998, 102, 10983.
28. W. Clark Still, A. T.; Hawley, R. C.; Hendrickson, T. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127.
29. Gallicchio, E.; Zhang, L. Y.; Levy, R. M. J. Comput. Chem. 2002, 23, 517.
30. Kaminski, G. A.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B. 2001, 105, 6474.
31. Jacobson, M. P.; Pincus, D. L.; Rapp, C. S.; Day, T. J.; Honig, B.; Shaw, D. E.; Friesner, R. A. Proteins 2004, 55, 351.
32. Jacobson, M. P.; Friesner, R. A.; Xiang, Z.; Honig, B. J. Mol. Biol. 2002, 320, 597.
33. Tuckerman, M.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1990, 94, 1465.
34. Tuckerman, M.; Berne, B. J.; G.J., M. J. Chem. Phys. 1992, 97, 1990.
35. Hetenyi, B.; Bernacki, K.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 2002, 117, 8203.
36. Michel, J.; Taylor, R.; Essex, J. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 732.
37. Roux, B. Implicit Solvent Models; Marcel Dekker: New York, 2001.
38. Yu, Z.; Jacobson, M. P.; Friesner, R. A. J. Comput. Chem. 2005, 27, 72.
39. Jacobson, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 6643.
40. Verlet, L. Phys. Rev. 1968, 165, 201.
41. Weeks, J. D.; Chandler, D.; Andersen, H. C. J. Chem. Phys. 1971, 55, 5422.
42. Bernacki, K.; Hetenyi, B.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 2004, 121, 44.
43. Gelb, L. D. J. Chem. Phys. 2003, 118, 7747.
44. Zhu, K. FriesnerR. A.; JacobsonM. P. J. Comput. Chem. 2006.
45. D Frenkel, B. S. Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications; Academic Press: Boston, 2002.
46. Chen, B.; Siepmann, J. I. Theor. Chem. Ace. 1999, 103, 87.
47. Wei, Yang; Martin Karplus, R. B.-P. J. Chem. Phys. 2004, 120.
48. Shapiro, M. B. W.; Chen., H. J. 1968, 63, 1343.
49. Shapiro, S.; Wilk, M. B. Biometrika 1965, 52, 591.
50. Arevalo, J. H.; Hassig, C. A.; Stura, E. A.; Sims, M. J.; Taussig, M. J.; Wilson, I. A. J. Mol. Biol. 1994, 241, 663.
51. Arevalo, J. H.; Stura, E. A.; Taussig, M. J.; Wilson, I. A. J. Mol. Biol. 1993, 231, 103.
52. Knight, Z. A.; Gonzalez, B.; Feldman, M. E.; Zunder, E. R.; Goldenberg, D. D.; Williams, O.; Loewith, R.; Stokoe, D.; Balla, A.; Toth, B.; Balla, T.; Weiss, W. A.; Williams, R. L.; Shokat, K. M. Cell 2006, 125, 733.
53. Roe, D. R.; Okur, A.; Wickstrom, L.; Hornak, V.; Simmerling, C. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 1846.
54. Senda, M.; Senda, T.; Ogi, T.; Kidokoro, S.; Stihle, R.; Boroni, E.; Hennig, M. Acta Crystallogr. 2002, 58, C278.
55. Shiau, A. K.; Barstad, D.; Loria, P. M.; Cheng, L.; Kushner, P. J.; Agard, D. A.; Greene, G. L. Cell 1998, 95, 927.
56. Pike, A. C; Brzozowski, A. M.; Walton, J.; Hubbard, R. E.; Bonn, T.; Gustafsson, J. A.; Carlquist, M. Biochem. Soc. Trans. 2000, 28, 396.
57. Gampe, R. T., Jr.; Montana, V. G.; Lambert, M. H.; Miller, A. B.; Bledsoe, R. K.; Milburn, M. V.; Kliewer, S. A.; Willson, T. M.; Xu, H. E. Mol. Cell 2000, 5, 545.
58. Noite, R. T.; Wisely, G. B.; Westin, S.; Cobb, J. E.; Lambert, M. H.; Kurokawa, R.; Rosenfeld, M. G.; Willson, T. M.; Glass, C. K.; Milburn, M. V. Nature 1998, 395, 137.
59. Meijer, L.; Thunnissen, A. M.; White, A. W.; Garnier, M.; Nikolic, M.; Tsai, L. H.; Walter, J.; Cleverley, K. E.; Salinas, P. C.; Wu, Y. Z.; Biernat, J.; Mandelkow, E. M.; Kim, S. H.; Pettit, G. R. Chem. Biol. 2000, 7, 51.
60. Bourne, Y.; Watson, M. H.; Hickey, M. J.; Holmes, W.; Rocque, W.; Reed, S. L; Tainer, J. A. Cell 1996, 84, 863.
61. Graban, E. S.; Narayanan, A.; Jacobson, M. P. PLoS Comput. Biol. 2006, 2, e32.
62. Coutsias, E. A.; Seok, C. L.; Jacobson, M. P.; Dill, K. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 510.
63. Go, N.; Scheraga, H. A. Macromolecules 1969, 3, 178.
64. Dodd, L. R.; Boone, T. D.; Theodorou, D. N. Mol. Phys. 1993, 78, 961.
65. Wong, S.; Jacobson, M. P. Proteins 2008, 71, 153.
66. Pettersen, E. F.; Goddard, T. D.; Huang, C. C.; Couch, G. S.; Greenblatt, D. M.; Meng, E. C.; Ferrin, T. E. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1605.