MODELLER: Generation and Refinement of Homology-Based Protein Structure Models

Methods in Enzymology

Volumn 374, Issue , 2003, Pages 461-491

  Fiser, András ^a   Šali, Andrej ^b  

^a ALBERT EINSTEIN COLLEGE OF MEDICINE   (United States)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACID SEQUENCE; COMPARATIVE STUDY; MOLECULAR MODEL; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN DATABASE; PROTEIN STRUCTURE; PROTEIN TARGETING; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; REVIEW; SEQUENCE HOMOLOGY;

EID: 0347383758     PISSN: 00766879     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/S0076-6879(03)74020-8     Document Type: Article

References (81)

1. W. J. Browne, A. C. T. North, D. C. Phillips, K. Brew, T. C. Vanaman, and R. C. Hill, J. Mol. Biol. 42, 65 (1969).
2. T. L. Blundell, M. J. E. Sternberg, B. L. Sibanda, and J. M. Thornton, Nature 326, 347 (1987).
3. J. Bajorath, R. Stenkamp, and A. Aruffo, Protein Sci. 2, 1798 (1994).
4. M. S. Johnson, N. Srinivasan, R. Sowdhamini, and T. L. Blundell, CRC Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 29, 1 (1994).
5. R. Sánchez and A. Šali, Curr. Opin. Struct. Biol. 7, 206 (1997).
6. M. A. Martí-Renom, A. Stuart, A. Fiser, R. Sánchez, F. Melo, and A. Šali, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 29, 291 (2000).
7. A. Fiser, R. Sánchez, F. Melo, and A. Šali, in "Computational Biochemistry and Biophysics" (M. Watanabe, B. Roux, A. MacKerell, and O. Becker, eds.) p. 275. Marcel Dekker, New York, 2000.
8. D. Baker, Nature 405, 39 (2000).
9. A. M. Lesk and C. Chothia, J. Mol. Biol. 136, 225 (1980).
10. R. Sánchez, U. Pieper, F. Melo, N. Eswar, M. A. Martí-Renom, M. S. Madhusudhan, N. Mirković, and A. Šali, Nat. Struct Biol. 7, 986 (2000).
11. A. J. Jennings and M. J. Sternberg, Protein Eng. 14, 227 (2001).
12. D. A. Benson, M. S. Boguski, D. J. Lipman, J. Ostell, B. F. F. Ouellette, B. A. Rapp, and D. L. Wheeler, Nucleic Acids Res. 27, 12 (1999).
13. A. Bairoch and R. Apweiler, Nucleic Acids Res. 27, 49 (1999).
14. H. M. Berman, J. Westbrook, Z. Feng, G. Gilliland, T. N. Bhat, H. Weissig, I. N. Shindyalov, and P. E. Bourne, Nucleic Acids Res. 28, 235 (2000).
15. C. Chothia, Nature 360, 543 (1992).
16. T. J. P. Hubbard, B. Ailey, S. E. Brenner, A. G. Murzin, and C. Chothia, Nucleic Acids Res. 27, 254 (1999).
17. L. Holm and C. Sander, Nucleic Acids Res. 27, 244 (1999).
18. J. E. Bray, A. E. Todd, F. M. Pearl, J. M. Thornton, and C. A. Orengo, Protein Eng. 13, 153 (2000).
19. L. Holm and C. Sander, Science 273, 595 (1996).
20. S. K. Burley, S. C. Almo, J. B. Bonanno, M. Capel, M. R. Chance, T. Gaasterland, D. Lin, A. Šali, F. W. Studier, and S. Swaminathan, Nat. Genet. 23, 151 (1999).
21. Nat. Struct. Biol. Suppl., (2000).
22. U. Pieper, N. Eswar, H. Braberga, M. S. Madhusudhan, F. Davis, A. C. Stuart, N. Mirkovic, A. Rossi, M. A. Marti-Renom, A. Fiser, B. Webb, D. Greenblatt, C. Huang, T. Fernn, and A. Šali, Nucl. Acids. Res., in press.
23. a N. Eswar, B. John, N. Mirkovic, A. Fiscer, N. A. Ilyin, U. Pieper, A. C. Stuart, M. A. Marti-Renom, M. S. Madhusudhan, B. Yerkovich, and A. Šali, Nucl. Acids Res. 81, 3375 (2003).
24. b A. Šali and T. L. Blundell, J. Mol. Biol. 234, 779 (1993).
25. A. Šali and J. P. Overington, Protein Sci. 3, 1582 (1994).
26. A. Fiser, R. K. G. Do, and A. Šali, Protein Sci. 9, 1753 (2000).
27. S. F. Altschul, M. S. Boguski, W. Gish, and J. C. Wootton, Nat. Genet. 6, 119 (1994).
28. W. R. Pearson, Methods Enzymol. 266, 227 (1996).
29. G. D. Schuler, Methods Biochem. Anal. 39, 145 (1998).
30. G. J. Barton, in "Protein Structure Prediction: A Practical Approach" (M. J. E. Sternberg, ed.). IRL Press, Oxford, (1998).
31. M. Levitt and M. Gerstein, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 5913 (1998).
32. M. Gribskov, Methods Mol. Biol. 25, 247 (1994).
33. A. Krogh, M. Brown, I. S. Mian, K. Sjolander, and D. Haussler, J. Mol. Biol. 235, 1501 (1994).
34. S. R. Eddy, Curr. Opin. Struct. Biol. 6, 361 (1996).
35. K. Karplus, C. Barrett, and R. Hughey, Bioinformatics 14, 846 (1998).
36. J. Park, K. Karplus, C. Barrett, R. Hughey, D. Haussler, T. Hubbard, and C. Chothia, J. Mol. Biol. 284, 201 (1998).
37. J. U. Bowie, R. Lüthy, and D. Eisenberg, Science 253, 164 (1991).
38. D. T. Jones, W. R. Taylor, and J. M. Thornton, Nature 358, 86 (1992).
39. A. Godzik, A. Kolinski, and J. Skolnick, J. Mol. Biol. 227, 227 (1992).
40. M. J. Sippl and H. Flöckner, Structure 4, 15 (1996).
41. A. E. Torda, Curr. Opin. Struct. Biol. 7, 200 (1997).
42. H. Lu and J. Skolnick, Proteins 44, 223 (2001).
43. R. L. Dunbrack, Jr., D. L. Gerloff, M. Bower, X. Chen, O. Lichtarge, and F. E. Cohen, Fold. Des. 2, R27 (1997).
44. J. Felsenstein, Evolution 39, 783 (1985).
45. A. Šali, L. Potterton, F. Yuan, H. van Vlijmen, and M. Karplus, Proteins 23, 318 (1995).
46. R. Sánchez and A. Šali, Proteins Suppl. 1, 50 (1997).
47. M. J. Sippl, Proteins 17, 355 (1993).
48. G. Wu, H. G. Morrison, A. Fiser, A. G. McArthur, A. Šali, M. L. Sogin, and M. Müller, Mol. Biol. Evol. 17, 1156 (2000).
49. R. Sánchez and A. Šali, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 13597 (1998).
50. T. G. Dewey, J. Comput. Biol. 8, 177 (2001).
51. J. Shi, T. L. Blundell, and K. Mizuguchi, J. Mol. Biol. 310, 243 (2001).
52. J. D. Blake and F. E. Cohen, J. Mol. Biol. 307, 721 (2001).
53. L. Jaroszewski, L. Rychlewski, and A. Godzik, Protein Sci. 9, 1487 (2000).
54. J. M. Sauder, J. W. Arthur, and R. L. Dunbrack, Proteins 40, 6 (2000).
55. J. Greer, J. Mol. Biol. 153, 1027 (1981).
56. T. L. Blundell, B. L. Sibanda, M. J. E. Sternberg, and J. M. Thornton, Nature 326, 347 (1987).
57. T. H. Jones and S. Thirup, EMBO J. 5, 819 (1986).
58. R. Unger, D. Harel, S. Wherland, and J. L. Sussman, Proteins 5, 355 (1989).
59. M. Claessens, E. V. Cutsem, I. Lasters, and S. Wodak, Protein Eng. 4, 335 (1989).
60. M. Levitt, J. Mol. Biol. 226, 507 (1992).
61. T. F. Havel and M. E. Snow, J. Mol. Biol. 217, 1 (1991).
62. S. Srinivasan, C. J. March, and S. Sudarsanam, Protein Sci. 2, 227 (1993).
63. S. M. Brocklehurst and R. N. Perham, Protein Sci. 2, 626 (1993),
64. A. Aszódi and W. R. Taylor, Fold. Des. 1, 325 (1996).
65. A. D. MacKerell, Jr., D. Bashford, M. Bellott, R. L. Dunbrack, Jr., J. D. Evanseck, M. J. Field, S. Fischer, J. Gao, H. Guo, S. Ha, D. Joseph-McCarthy, L. Kuchnir, K. Kuczera, F. T. K. Lau, C. Mattos, S. Michnick, T. Ngo, D. T. Nguyen, B. Prodhom, W. E. Reiher III, M. Roux, B. Schlenkrich, J. C. Smith, J. Stote, R. Straub, M. Watanabe, J. Wiorkiewicz-Kuczera, D. Yin, and M. Karplus, J. Phys. Chem. B 102, 3586 (1998).
66. A. Kolinski, M. R. Betancourt, D. Kihara, P. Rotkiewicz, and J. Skolnick, Proteins 44, 133 (2001).
67. M. A. Marti-Renom, M. S. Madhusudhan, A. Fiser, B. Rost, and A. Sali, Structure 10, 435 (2002).
68. K. Fidelis, P. S. Stern, D. Bacon, and J. Moult, Protein Eng. 7, 953 (1994).
69. M. J. Sippl, J. Mol. Biol. 213, 859 (1990).
70. B. Cheng, A. Nayeem, and H. A. Scheraga, J. Comput. Chem. 17, 1453 (1996).
71. R. Lüthy, J. U. Bowie, and D. Eisenberg, Nature 356, 83 (1992).
72. R. A. Laskowski, M. W. McArthur, D. S. Moss, and J. M. Thornton, J. Appl. Crystallogr. 26, 283 (1993).
73. R. W. W. Hooft, G. Vriend, C. Sander, and E. E. Abola, Nature 381, 272 (1996).
74. B. Guenther, R. Onrust, A. Šali, M. O'Donnell, and J. Kuriyan, Cell 91, 335 (1997).,
75. a B. John, A. Šali, Nuc. Acids Res. 31, 1982 (2003).
76. A. Šali, R. Sánchez, A. Y. Badretdinov, A. Fiser, F. Melo, J. P. Overington, E. Feyfant, and M. A. Martí-Renom, "MODELLER: A Protein Structure Modeling Program," release 6. URL: http://Salilab.org/.2000.
77. G. Wu, A. Fiser, B. ter Kuile, A. Šali, and M. Müller, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 6285 (1999).
78. W. C. Barker, J. S. Garavelli, D. H. Haft, L. T. Hunt, C. R. Marzec, B. C. Orcutt, G. Y. Srinivasarao, L. S. L. Yeh, R. S. Ledley, H. W. Mewes, F. Pfeiffer, and A. Tsugita, Nucleic Acids Res. 26, 27 (1998).
79. S. B. Needleman and C. D. Wunsch, J. Mol. Biol. 48, 443 (1970).
80. L. G. Barrientos, R. Campos-Olivas, J. M. Louis, A. Fiser, A. Sali, and A. M. Gronenborn, J. Biomol. NMR 19, 289 (2001).
81. R. Sánchez and A. Šali, in "Protein Structure Prediction: Methods and Protocols" (D. M. Webster, ed.), p. 97. Humana Press, Totowa, NJ, 2000.