Viruses as supramolecular self-assemblies: Modelling of capsid formation and genome packaging

Soft Matter

Volumn 4, Issue 10, 2008, Pages 1981-1990

  Angelescu, Daniel George ^a,b   Linse, Per ^a  

^a LUND UNIVERSITY   (Sweden)

^b INSTITUTE OF PHYSICAL CHEMISTRY   (Romania)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GENES; NUCLEIC ACIDS; VIRUSES;

GENOME PACKAGING; GENOME PACKING; MODEL SIMULATION; POLYNUCLEOTIDES; SUPRAMOLECULAR SELF-ASSEMBLIES; VIRAL CAPSIDS; VIRAL GENOME;

SELF ASSEMBLY;

MIRIDAE;

EID: 52149092576     PISSN: 1744683X     EISSN: 17446848     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b802597e     Document Type: Review

References (95)

1. L. W. Enquist, R. M. Krug, V. R. Racaniello, A. M. Skalka and S. J. Flint, Principles of Virology: Molecular Biology, Pathogenesis, and Control, ASM Press, Washington, 2000
2. A. Zlotnick J. Mol. Recognit. 2005 18 479
3. V. S. Reddy B. Natarajan B. Okerberg K. Li K. Damodaran R. T. Morton C. L. Brooks III J. E. Johnson J. Virol. 2001 75 11943
4. D. L. D. Caspar A. Klug Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1962 27 1
5. J. Lidmar L. Mirny D. R. Nelson Phys. Rev. E 2003 68 051910
6. T. T. Nguyen R. F. Bruinsma W. M. Gelbart Phys. Rev. Lett. 2006 96 078102
7. R. Twarock J. Theor. Biol. 2004 226 477
8. T. Keef C. Micheletti R. Twarock J. Theor. Biol. 2006 242 713
9. M. D. Wang H. Yin R. Landick J. Gelles S. M. Block Biophys. J. 1997 72 1335
10. J. A. Abels F. Moreno-Herrero T. v. d. Heijden C. Dekker N. H. Dekker Biophys. J. 2005 88 2737
11. K. An E. T. Gillock J. A. Sweat W. M. Reeves R. A. Consigli J. Gen. Virol. 1999 80 1009
12. T. S. Baker J. Drak M. Bina Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1988 85 422
13. W. W. Newcomb F. L. Homa D. R. Thomsen B. L. Trus N. Cheng A. Steven J. Virol. 1999 73 4239
14. M. L. Baker W. Jiang B. R. Bowman Z. H. Zhou F. A. Quiocho F. J. Rixon W. Chiu J. Mol. Biol. 2003 331 447
15. Y. Hu R. Zandi A. Anavitarte C. Knobler W. M. Gelbart Biophys. J. 2008 94 1428
16. P. K. Purohit M. M. Inamdar P. D. Grayson T. M. Squires J. Kondev Biophys. J. 2005 88 851
17. D. E. Smith S. J. Tans S. B. Smith S. Grimes D. L. Anderson C. Bustamante Nature 2001 413 748
18. A. Evilevitch M. Castelnovo C. M. Knobler W. M. Gelbart J. Phys. Chem. B 2004 108 6838
19. A. Evilevitch J. W. Gober M. Philips C. M. Knobler W. M. Gelbart Biophys. J. 2005 88 751
20. R. F. Bruinsma Eur. Phys. J. E 2006 19 303
21. D. F. Evans and H. Wennerström, The colloidal domain. Where physics, chemistry, biology, and technology meet, Wiley-VCH, New York, 1999
22. W. K. Kegel P. van der Schoot Biophys. J. 2004 86 3905
23. R. Zandi P. van der Schoot D. Reguera W. Kegel H. Reiss Biophys. J. 2006 90 1939
24. P. Ceres A. Zlotnick Biochemistry 2002 41 11525
25. A. McPherson BioEssays 2005 27 447
26. D. L. Caspar Biophys. J. 1980 32 103
27. R. W. Lucas Y. G. Kuznetsov S. B. Larson A. McPherson Virology 2001 286 290
28. T. Keef A. Taormina R. Twarock J. Phys. Biol. 2005 2 175
29. R. A. Mastico S. J. Talbot P. G. Stockley J. Gen. Virol. 1993 74 541
30. D. C. Rapaport J. E. Johnson J. Skolnick Comput. Phys. Commun. 1999 121-122 231
31. D. C. Rapaport Phys. Rev. E 2004 70 051905
32. H. D. Nguyen V. S. Reddy C. L. Brooks III Nano Lett. 2007 7 338
33. T. Zhang R. Schwartz Biophys. J. 2006 90 57
34. M. F. Hagan D. Chandler Biophys. J. 2006 91 42
35. T. Chen Z. Zhang S. C. Glotzer Langmuir 2007 23 6598
36. T. Chen Z. Zhang S. C. Glotzer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 717
37. P. L. Freddolino A. S. Arkhipov S. B. Larson A. McPherson K. Schulten Structure 2006 14 437
38. A. Arkhipov P. L. Freddolino K. Schulten Structure 2006 14 1767
39. S. C. Glotzer Science 2004 304 419
40. R. F. Bruinsma W. M. Gelbart D. Reguera J. Rudnick R. Zandi Phys. Rev. Lett. 2003 90 248101
41. R. Zandi D. Reguera Phys. Rev. E 2005 72 021917
42. R. Zandi D. Reguera R. F. Bruinsma W. M. Gelbart J. Rudnick Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 15556
43. J. Rudnick R. Bruinsma Phys. Rev. Lett. 2005 94 038101
44. T. Hu B. I. Shklovskii Phys. Rev. E 2007 75 051901
45. L. R. Comolli A. J. Spakowitz C. E. Siegerist P. J. Jardine S. Grimes D. L. Anderson C. Bustamante K. H. Downing Virology 2008 371 267
46. W. C. Earnshaw S. C. Harisson Nature 1977 268 598
47. W. C. Earnshaw P. Casjens Cell 1980 21 319
48. A. Fokine P. R. Chipman P. G. Leiman V. V. Mesyanzhinov V. B. Rao M. G. Rossmann Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 6003
49. W. C. Earnshaw K. King S. C. Harrison F. A. Eiserling Cell 1978 14 559
50. P. Serwer J. Mol. Biol. 1986 223 999
51. M. E. Cerritelli N. Cheng A. H. Rosenberg C. E. McPherson F. P. Booy A. C. Steven Cell 1997 91 271
52. N. H. Olson M. Gingery F. A. Eiserling T. S. Baker Virology 2001 279 385
53. N. V. Hud Biophys. J. 1995 59 1355
54. T. Odijk Biophys. J. 1998 75 1223
55. J. Arsuaga R. K.-Z. Tan M. Vasquez D. Sumners S. C. Harvey Biophys. Chem. 2002 101-102 475
56. J. C. LaMarque T. L. Le S. C. Harvey Biopolymers 2004 73 348
57. A. S. Petrov M. B. Boz S. C. Harvey J. Struct. Biol. 2007 160 241
58. A. S. Petrov S. C. Harvey Structure 2007 15 21
59. J. Kindt S. Tzlil A. Ben-Shaul W. M. Gelbart Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 13671
60. S. Tzlil J. T. Kindt W. M. Gelbart A. Ben-Shaul Biophys. J. 2003 84 1616
61. P. K. Purohit J. Kondev R. Phillips Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 3173
62. R. Metzler P. G. Dommersnes Eur. Biophys. J. 2004 33 497
63. Z. Li J. Wu Z.-G. Wang Biophys. J. 2008 84 737
64. D. Marenduzzo C. Micheletti J. Mol. Biol. 2003 330 485
65. A. J. Spakowitz Z.-G. Wang Biophys. J. 2005 88 3912
66. D. G. Angelescu R. Bruinsma P. Linse Phys. Rev. E 2006 73 041921
67. I. Ali D. Marenduzzo J. M. Yeomans Phys. Rev. Lett. 2006 96 041921
68. C. R. Locker S. D. Fuller S. C. Harvey Biophys. J. 2007 93 2861
69. C. Forrey M. Muthukumar Biophys. J. 2006 91 25
70. A. S. Petrov K. Lim-Hing S. C. Harvey Structure 2007 15 807
71. J. Arsuaga M. Vazquez S. Trigueros D. Sumners J. Roca Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 5373
72. J. Arsuaga M. Vasquez P. McGurik S. Trigueros D. W. Sumners J. Roca Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 9165
73. R. P. Mondescu M. Muthukumar Phys. Rev. E 1998 57 4411
74. A. J. Spakowitz Z.-G. Wang Phys. Rev. Lett. 2003 91 166102
75. J. J. Cerda T. Sintes A. Chakrabarti Macromolecules 2005 38 1469
76. E. Katzav M. Adda-Bedia M. Boudaoud Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 18900
77. A. Slosar R. Podgornik Europhys. Lett. 2006 75 631
78. D. G. Angelescu P. Linse T. T. Nguyen R. F. Bruinsma Eur. Phys. J. E 2008 25 323
79. E. S. Sobel J. A. Harpst Biopolymers 1991 31 1559
80. G. S. Manning Biopolymers 1981 20 1751
81. D. Pörschke J. Biomol. Struct. Dyn. 1986 4 373
82. G. S. Manning Biophys. J. 2006 91 3607
83. T. Odijk J. Polym. Sci., Polym. Phys. Ed. 1977 15 477
84. J. Skolnick M. Fixman Macromolecules 1977 10 944
85. D. G. Angelescu J. Stenhammar P. Linse J. Phys. Chem. B 2007 111 8477
86. A. Cordova M. Deserno W. M. Gelbart A. Ben-Shaul Biophys. J. 2003 85 70
87. D. N. Fuller J. P. Rickgauer P. J. Jardine S. Grimes D. L. Anderson D. E. Smith Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 11245
88. H. Tsuruta V. S. Reddy W. R. Wikoff J. E. Johnson J. Mol. Biol. 1998 284 1998
89. R. Koning S. V. Worm J. R. Plaisier J. V. Duin J. P. Abrahams H. Koerten J. Mol. Biol. 2001 332 415
90. L. Tang K. N. Johnson L. A. Ball T. Lin M. Yeager J. E. Johnson Nat. Struct. Biol. 2001 8 77
91. P. van der Schoot R. Bruinsma Phys. Rev. E 2005 71 061928
92. V. A. Belyi M. Muthukumar Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 17174
93. A. Siber and R. Podgornik, 2008, arXiv:0806.0138v1
94. D. Zhang R. Konecny N. A. Baker J. A. McCammon Biopolymers 2004 75 323
95. D. G. Angelescu P. Linse Phys. Rev. E 2007 75 051905