Protein dynamics in iron-starved Mycobacterium tuberculosis revealed by turnover and abundance measurement using hybrid-linear ion trap-fourier transform mass spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 80, Issue 18, 2008, Pages 6860-6869

  Rao, Prahlad K ^a   Marcela Rodriguez, G ^c   Smith, Issar ^c   Li, Qingbo ^a,b  

^a UNIVERSITY OF ILLINOIS AT CHICAGO   (United States)

^b UNIVERSITY OF ILLINOIS   (United States)

^c PUBLIC HEALTH RESEARCH INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY;

FOURIER TRANSFORM MASS SPECTROMETRY; LINEAR ION TRAP; MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS; PROTEIN DYNAMICS;

FOURIER TRANSFORMS;

ASPARAGINE; BACTERIAL PROTEIN; IRON; NITROGEN; NITROGEN 15; PROTEOME;

ANALYTIC METHOD; ARTICLE; CLUSTER ANALYSIS; CYTOSOL; DILUTION; EXTRACELLULAR MATRIX; FOURIER TRANSFORM MASS SPECTROMETRY; ION TRAP MASS SPECTROMETRY; ISOTOPE LABELING; MASS SPECTROMETER; MEASUREMENT; MOLECULAR DYNAMICS; MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS; NONHUMAN; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN SECRETION; PROTEIN SYNTHESIS; SEPARATION TECHNIQUE; UPREGULATION;

ASPARAGINE; BACTERIAL PROTEINS; CLUSTER ANALYSIS; CYTOSOL; EXTRACELLULAR MATRIX; FOURIER ANALYSIS; IRON; MASS SPECTROMETRY; MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS; PROTEOME; STAINING AND LABELING;

EID: 51949108078     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac800288t     Document Type: Article

References (50)

1. Gold, B.; Rodriguez, G. M.; Marras, S. A.; Pentecost, M.; Smith, I. Mol. Microbiol. 2001, 42, 851-865.
2. Neilands, J. B. J. Biol. Chem. 1995, 270, 26723-26726.
3. Rodriguez, G. M.; Smith, I. Mol. Microbiol. 2003, 47, 1485-1494.
4. Ratledge, C. Tuberculosis (Edinburgh) 2004, 84, 110-130.
5. Chandra, R. K. Bull. World Health Org. 1979, 57, 167-177.
6. Gomes, M. S.; Boelaert, J. R.; Appelberg, R. J. Clin. Virol. 2001, 20, 117-122.
7. Monfeli, R. R.; Beeson, C. Infect. Disord. Drug Targets 2007, 7, 213-220.
8. Murillo, A. C.; Li, H. Y.; Alber, T.; Baker, E. N.; Berger, J. M.; Cherney, L. T.; Cherney, M. M.; Cho, Y. S.; Eisenberg, D.; Garen, C. R.; Goulding, C. W.; Hung, L. W.; Ioerger, T. R.; Jacobs, W. R.; James, M. N.; Kim, C.; Krieger, I.; Lott, J. S.; Sankaranarayanan, R.; Segelke, B. W.; Terwilliger, T. C.; Wang, F.; Wang, S.; Sacchettini, J. C. Infect. Disord. Drug Targets 2007, 7, 127-139.
9. Ferreras, J. A.; Ryu, J. S.; Di Lello, F.; Tan, D. S.; Quadri, L. E. Nat. Chem. Biol. 2005, 1, 29-32.
10. Rodriguez, G. M.; Voskuil, M. I.; Gold, B.; Schoolnik, G. K.; Smith, I. Infect. Immun. 2002, 70, 3371-3381.
11. Waddell, S. J.; Butcher, P. D. Curr. Mol. Med. 2007, 7, 287-296.
12. Bacon, J.; Dover, L. G.; Hatch, K. A.; Zhang, Y.; Gomes, J. M.; Kendall, S.; Wernisch, L.; Stoker, N. G.; Butcher, P. D.; Besra, G. S.; Marsh, P. D. Microbiology 2007, 153, 1435-1444.
13. Larrabee, K. L.; Phillips, J. O.; Williams, G. J.; Larrabee, A. R. J. Biol. Chem. 1980, 255, 4125-4130.
14. Prakash, P.; Yellaboina, S.; Ranjan, A.; Hasnain, S. E. Bioinformatics 2005, 21, 2161-2166.
15. Bacon, J.; Marsh, P. D. Curr. Mol. Med. 2007, 7, 277-286.
16. Wong, D. K.; Lee, B. Y.; Horwitz, M. A.; Gibson, B. W. Infect. Immun. 1999, 67, 327-336.
17. Rao, P. K.; Roxas, B. A.; Li, Q. Anal. Chem. 2008, 80, 396-406.
18. Andreev, V. P.; Li, L.; Cao, L.; Gu, Y.; Rejtar, T.; Wu, S. L.; Karger, B. L. J. Proteome Res. 2007, 6, 2186-2194.
19. Fang, R.; Elias, D. A.; Monroe, M. E.; Shen, Y.; McIntosh, M.; Wang, P.; Goddard, C. D.; Callister, S. J.; Moore, R. J.; Gorby, Y. A.; Adkins, J. N.; Fredrickson, J. K.; Lipton, M. S.; Smith, R. D. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 714-725.
20. Andreev, V. P.; Li, L.; Rejtar, T.; Li, Q.; Ferry, J. G.; Karger, B. L. J. Proteome Res. 2006, 5, 2039-2045.
21. Li, L.; Li, Q.; Rohlin, L.; Kim, U.; Salmon, K.; Rejtar, T.; Gunsalus, R. P.; Karger, B. L.; Ferry, J. G. J. Proteome Res. 2007, 6, 759-771.
22. Pratt, J. M.; Petty, J.; Riba-Garcia, I.; Robertson, D. H.; Gaskell, S. J.; Oliver, S. G.; Beynon, R. J. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 579-591.
23. Eisen, M. B.; Spellman, P. T.; Brown, P. O.; Botstein, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998, 95, 14863-14868.
24. Fu, L. M.; Fu-Liu, C. S. BMC Microbiol. 2007, 7, 37.
25. Zimmer, J. S.; Monroe, M. E.; Qian, W. J.; Smith, R. D. Mass. Spectrom. Rev. 2006, 25, 450-482.
26. Du, X.; Callister, S. J.; Manes, N. P.; Adkins, J. N.; Alexandridis, R. A.; Zeng, X.; Roh, J. H.; Smith, W. E.; Donohue, T. J.; Kaplan, S.; Smith, R. D.; Lipton, M. J. Proteome Res. In press.
27. Liu, H.; Sadygov, R. G.; Yates, J. R., 3rd Anal. Chem. 2004, 76, 4193-4201.
28. Mueller, L. N.; Brusniak, M. Y.; Mani, D. R.; Aebersold, R. J. Proteome Res. 2008, 7, 51-61.
29. Old, W. M.; Meyer-Arendt, K.; Aveline-Wolf, L.; Pierce, K. G.; Mendoza, A.; Sevinsky, J. R.; Resing, K. A.; Ahn, N. G. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1487-1502.
30. Pavelka, N.; Fournier, M. L.; Swanson, S. K.; Pelizzola, M.; Ricciardi-Castagnoli, P.; Florens, L.; Washburn, M. P. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 631-644.
31. Finney, G. L.; Blackler, A. R.; Hoopmann, M. R.; Canterbury, J. D.; Wu, C. C.; MacCoss, M. J. Anal. Chem. 2008, 80, 961-971.
32. Cargile, B. J.; Bundy, J. L.; Grunden, A. M.; Stephenson, J. L., Jr. Anal. Chem. 2004, 76, 86-97.
33. Hughes, M. A.; Silva, J. C.; Geromanos, S. J.; Townsend, C. A. J. Proteome Res. 2006, 5, 54-63.
34. Wang, G.; Wu, W. W.; Zeng, W.; Chou, C. L.; Shen, R. F. J. Proteome Res. 2006, 5, 1214-1223.
35. Zhu, Z.; Boobis, A. R.; Edwards, R. J. Proteomics 2008, 8, 1987-2005.
36. Dihal, A. A.; van der Woude, H.; Hendriksen, P. J.; Charif, H.; Dekker, L. J.; Ijsselstijn, L.; de Boer, V. C.; Alink, G. M.; Burgers, P. C.; Rietjens, I. M.; Woutersen, R. A.; Stierum, R. H. Proteomics 2008, 8, 45-61.
37. Nissom, P. M.; Sanny, A.; Kok, Y. J.; Hiang, Y. T.; Chuah, S. H.; Shing, T. K.; Lee, Y. Y.; Wong, K. T.; Hu, W. S.; Sim, M. Y.; Philp, R. Mol. Biotechnol. 2006, 34, 125-140.
38. Xia, Q.; Hendrickson, E. L.; Zhang, Y.; Wang, T.; Taub, F.; Moore, B. C.; Porat, I.; Whitman, W. B.; Hackett, M.; Leigh, J. A. Mol. Cell, Proteomics 2006, 5, 868-881.
39. http://genolist.pasteur.fr/TubercuList/.
40. http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB/PUBLIC/.
41. Milano, A.; Forti, F.; Sala, C.; Riccardi, G.; Ghisotti, D. J. Bacteriol. 2001, 183, 6801-6806.
42. Zahrt, T. C.; Song, J.; Siple, J.; Deretic, V. Mol. Microbiol. 2001, 39, 1174-1185.
43. Malen, H.; Berven, F. S.; Fladmark, K. E.; Wiker, H. G. Proteomics 2007, 7, 1702-1718.
44. Wiker, H. G.; Harboe, M. Microbiol. Rev. 1992, 56, 648-661.
45. Copenhaver, R. H.; Sepulveda, E.; Armitige, L. Y.; Actor, J. K.; Wanger, A.; Norris, S. J.; Hunter, R. L.; Jagannath, C. Infect. Immun. 2004, 72, 7084-7095.
46. Peirs, P.; Lefevre, P.; Boarbi, S.; Wang, X. M.; Denis, O.; Braibant, M.; Pethe, K.; Locht, C.; Huygen, K.; Content, J. Infect. Immun. 2005, 73, 1898-1902.
47. Slayden, R. A.; Barry, C. E., 3rd Tuberculosis (Edinburgh) 2002, 82, 149-160.
48. Boelaert, J. R.; Vandecasteele, S. J.; Appelberg, R.; Gordeuk, V. R. J. Infect. Dis. 2007, 195, 1745-1753.
49. Behr, M. A.; Sherman, D. R. Nat. Med. 2007, 13, 286-287.
50. Berthet, F. X.; Lagranderie, M.; Gounon, P.; Laurent-Winter, C.; Ensergueix, D.; Chavarot, P.; Thouron, F.; Maranghi, E.; Pelicic, V.; Portnoi, D.; Marchal, G.; Gicquel, B. Science 1998, 282, 759-762.