Synthesis/Degradation Ratio Mass Spectrometry for Measuring Relative Dynamic Protein Turnover

Analytical Chemistry

Volumn 76, Issue 1, 2004, Pages 86-97

  Cargile, Benjamin J ^a   Bundy, Jonathan L ^a   Grunden, Amy M ^b   Stephenson Jr , James L ^a  

^a RTI INTERNATIONAL   (United States)

^b NORTH CAROLINA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOSYNTHESIS; CELL CULTURE; DEGRADATION; ELECTROPHORESIS; ESCHERICHIA COLI; ISOTOPES; MASS SPECTROMETRY; POISSON DISTRIBUTION; SEPARATION; SOLUBILITY;

CELLULAR SYSTEMS; GEL ELECTROPHORESIS; PROTEIN SEPARATION;

PROTEINS;

ARTICLE; CALCULATION; CELL CULTURE; DIGESTION; MASS SPECTROMETRY; MEASUREMENT; MOLECULAR DYNAMICS; POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN DEGRADATION; PROTEIN SYNTHESIS; PROTEOMICS; QUANTITATIVE ANALYSIS; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY;

BACTERIAL PROTEINS; BASE SEQUENCE; MASS SPECTROMETRY; SEQUENCE ANALYSIS, PROTEIN; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION;

EID: 0347361590     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac034841a     Document Type: Article

References (38)

1. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
2. Han, D. K.; Eng, J.; Zhou, H. L.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 946-951.
3. Tao, W. A.; Aebersold, R. Curr. Opin. Biotechnol. 2003, 14, 110-118.
4. Ideker, T.; Thorsson, V.; Ranish, J. A.; Christmas, R.; Buhler, J.; Eng, J. K.; Bumgarner, R.; Goodlett, D. R.; Aebersold, R.; Hood, L. Science 2001, 292, 929-934.
5. Zhang, H.; Li, X. J.; Martin, D. B.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 660-666.
6. Yu, L. R.; Johnson, M. D.; Conrads, T. P.; Smith, R. D.; Morrison, R. S. ; Veenstra, T. D. Electrophoresis 2002, 23, 1591-1598.
7. Kindy, J. M.; Taraszka, J. A.; Regnier, F. E.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 2002, 74, 950-958.
8. Regnier, F. E.; Riggs, L.; Zhang, R. J.; Xiong, L.; Liu, P. R.; Chakraborty, A.; Seeley, E.; Sioma, C.; Thompson, R. A. J. Mass Spectrom. 2002, 37, 133-145.
9. Yao, X. D.; Freas, A.; Ramirez, J.; Demirev, P. A.; Fenselau, C. Anal. Chem. 2001, 73, 2836-2842.
10. Moseley, M. A. Trends Biotechnol. 2001, 19, S10-S16.
11. Goodlett, D. R.; Yi, E. C. TrAC, Trends Anal. Chem. 2003, 22, 282-290.
12. Cagney, G.; Emili, A. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 163-170.
13. Oda, Y.; Huang, K.; Cross, F. R.; Cowburn, D.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6591-6596.
14. Pasa-Tolic, L.; Jensen, P. K.; Anderson, G. A.; Lipton, M. S.; Peden, K. K.; Martinovic, S.; Tolic, N.; Bruce, J. E.; Smith, R. D.J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 7949-7950.
15. Conrads, T. P.; Alvng, K., Veenstra, T. D.; Belov, M. E.; Anderson, G. A.; Anderson, D. J.; Lipton, M. S.; Pasa-Tolic, L.; Udseth, H. R.; Chrisler, W. B.; Thrall, B. D.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 2132-2139.
16. Washburn, M. P.; Ulaszek, R.; Deciu, C.; Schieltz, D. M.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2002, 74, 1650-1657.
17. Goshe, M. B.; Smith, R. D. Curr. Opin. Biotechnol. 2003, 14, 101-109.
18. Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 376-386.
19. Ong, S. E.; Kratchmarova, I.; Mann, M. J. Proteome Res. 2003, 2, 173-181.
20. Larrabee, K. L.; Phillips, J. O.; Williams, G. J.; Larrabee, A. R. J. Biol. Chem. 1980, 255, 4125-4130.
21. Grunenfelder, B.; Rummel, G.; Vohradsky, J.; Roder, D.; Langen, H.; Jenal, U. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 4681-4686.
22. Gottesman, S. Annu. Rev. Genet. 1996, 30, 465-506.
23. Varshavsky, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 12142-12149.
24. DeMartino, G. N.; Slaughter, C. A. J. Biol. Chem. 1999, 274, 22123-22126.
25. Pratt, J. M.; Petty, J.; Riba-Garcia, I.; Robertson, D. H. L.; Gaskell, S. J.; Oliver, S. G.; Beynon, R. J. Mol. Cell. Proteomics 2002, 7, 579-591.
26. Martin, S. E.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; Marto, J. A. Anal. Chem. 2000, 72, 4266-4274.
27. Horn, D. M.; Zubarev, R. A.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 10313-10317.
28. Horn, D. M.; Zubarev, R. A.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 320-332.
29. Rejtar, T.; Hu, P.; Juhasz, P.; Campbell, J. M.; Vestal, M. L.; Preisler, J.; Karger, B. L. J. Proteome Res. 2002, 1, 171-179.
30. Cargile, B. J.; Talley, D. L.; Stephenson, J. L., Jr. Electrophoresis, in press.
31. Blankenhorn, D.; Phillips, J.; Slonczewski, J. L. J. Bacteriol. 1999, 181, 2209-2216.
32. Green, J.; Baldwin, M. L. Mol. Microbiol. 1997, 24, 593-605.
33. Perrot, F.; Hebraud, M.; Charlionet, R.; Junter, G. A.; Jouenne, T. Electrophoresis 2000, 21, 645-653.
34. Kirkpatrick, C.; Maurer, L. M.; Oyelakin, N. E.; Yoncheva, Y. N.; Maurer, R.; Slonczewski, J. L. J. Bacteriol. 2001, 183, 6466-6477.
35. Stancik, L. M.; Stancik, D. M.; Schmidt, B.; Barnhart, D. M.; Yoncheva, Y. N.; Slonczewski, J. L. J. Bacteriol. 2002, 184, 4246-4258.
36. Wyborn, N. R.; Messenger, S. L.; Henderson, R. A.; Sawers, G.; Roberts, R. E.; Attwood, M. M.; Green, J. Microbiology 2002, 148, 1015-1026.
37. Wagner, A. F.; Schultz, S.; Bomke, J.; Pils, T.; Lehmann, W. D.; Knappe, J. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2001, 285, 456-462.
38. Wagner, A. F.; Frey, M.; Neugebauer, F. A.; Schafer, W.; Knappe, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 996-1000.