Quantitative proteomic analysis of drug-induced changes in mycobacteria

Journal of Proteome Research

Volumn 5, Issue 1, 2006, Pages 54-63

  Hughes, Minerva A ^a   Silva, Jeffrey C ^b   Geromanos, Scott J ^b   Townsend, Craig A ^a  

^a JOHNS HOPKINS UNIVERSITY   (United States)

^b WATERS CORPORATION   (United States)

Author keywords

Isoniazid; Liquid chromatography; Mass spectrometry; Protein profiling; Tuberculosis

Indexed keywords

ANTIMYCOBACTERIAL AGENT; GENE PRODUCT; ISONIAZID; PROTEIN ACCD6; PROTEIN ACPM; PROTEIN KASA; PROTEIN KASB; UNCLASSIFIED DRUG;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CAPILLARY CHROMATOGRAPHY; CELL DEATH; CELL DIVISION; GENE OVEREXPRESSION; IRON METABOLISM; KAS OPERON; MASS SPECTROMETRY; MYCOBACTERIUM BOVIS; NONHUMAN; NUCLEOTIDE SEQUENCE; OPERON; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN EXPRESSION; PROTEOMICS; QUALITATIVE ANALYSIS; QUANTITATIVE ANALYSIS; QUANTITATIVE ASSAY; SEQUENCE ANALYSIS; TUBERCULOSIS;

ANTITUBERCULAR AGENTS; BACTERIAL PROTEINS; CELL WALL; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; ISONIAZID; LIPID METABOLISM; MASS SPECTROMETRY; MYCOBACTERIUM BOVIS; PROTEOME; PROTEOMICS;

CORYNEBACTERINEAE; MYCOBACTERIUM BOVIS;

EID: 30744459634     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr050248t     Document Type: Article

References (44)

1. Corbett, E. L.; Watt, C. J.; Walker, N.; Maher, D.; Williams, B. G.; Raviglione, M. C.; Dye, C. Arch. Int. Med. 2003, 163, 1009-1021.
2. Bloch, A. B.; Cauthen, G. M.; Onorato, I. M.; Dansbury, K. G.; Kelly, G. D.; Driver, C. R.; Snyder, D. E., Jr. JAMA 1994, 271, 665-671.
3. Godfrey-Faussett, P.; Ayles, H. Tuberculosis 2003, 83, 68-76.
4. Cole, S. T.; Brosch, R.; Parkhill, J.; Garnier, T.; Churcher, C.; Harris, D.; Gordon, S. V.; Eiglmeier, K.; Gas, S.; Barry, C. E., III; Tekaia, F.; Badcock, K.; Basham, D.; Brown, D.; Chillingworth, T.; Connor, R.; Davies, R.; Devlin, K.; Feltwell, T.; Gentles, S.; Hamlin, N.; Holroyd, S.; Hornsby, T.; Jagels, K.; Krogh, A.; Mclean, J.; Moule, S.; Murphy, L.; Oliver, K.; Osborne, J.; Quail, M. A.; Rajandream, M. A.; Rogers, J.; Rutter, S.; Seeger, K.; Skelton, J.; Squares, R.; Squares, S.; Sulston, J. E.; Taylor, K.; Whitehead, S.; Barrell, B. G. Nature 1998, 393, 537-544.
5. Garnier, T.; Eiglmeier, K.; Camus, J. C.; Medina, N.; Mansoor, H.; Pryor, M.; Duthoy, S.; Grondin, S.; Lacroix, C.; Monsempe, C.; Simon, S.; Harris, B.; Atkin, R.; Doggett, J.; Mayes, R.; Keating, L.; Wheeler, P. R.; Parkhill, J.; Barrell, B. G.; Cole, S. T.; Gordon, S. V.; Hewinson, R. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 7877-7882.
6. Smith, D. R.; Richterich, P.; Rubenfield, M.; Rice, P. W.; Butler, C.; Lee, H.; Kirst, S.; Gundersen, K.; Abendschan, K.; Xu, Q.; Chung, M.; Deloughery, C.; Aldredge, T.; Maher, J.; Lundstrom, R.; Tulig, C.; Falls, K.; Imrich, J.; Torrey, D.; Engelstein, M.; Breton, G.; Madan, D.; Nietupski, R.; Seitz, B.; Connelly, S.; McDougall, S.; Safer, H.; Gibson, R.; Doucette-Stamm, L.; Eiglmeier, K.; Bergh, S.; Cole, S. T.; Robison, K.; Richterich, L.; Johnson, J.; Church, G. M.; Mao, J. Genome Res. 1997, 7, 802-819.
7. Marmiesse, M.; Brodin, P.; Buchrieser, C.; Gutierrez, C.; Simoes, N.; Vincent, V.; Glaser, P.; Cole, S. T.; Brosch, R. Microbiology 2004, 150, 483-496.
8. Dabnau, E.; Fontan, P.; Manganelli, R.; Soares-Appel, S.; Smith, I. Infect. Immun. 2002, 70, 2787-2795.
9. Stewart, G.; Wernisch, L.; Stabler, R.; Mangan, J. A.; Hinds, J.; Laing, K. G.; Young, D. B.; Butcher, P. D. Microbiology 2002, 148, 3129-3138.
10. Bacon, J.; James, B. W.; Wernisch, L.; Williams, A.; Morley, K. A.; Hatch, G. J.; Mangan, J. A.; Hinds, J.; Stocker, N. G.; Butcher, P. D.; Marsh, P. D. Tuberculosis 2004, 84, 205-217.
11. Betts, J. C.; Lukey, P. T.; Robb, L. C.; McAdam, R. A.; Duncan, K. Mol. Microbiol. 2002, 43, 717-731.
12. Boshoff, H. I. M.; Myers, T. G.; Copp, B. R.; McNeil, M. R.; Wilson, M. A.; Barry, C. E., III J. Biol. Chem. 2004, 279, 40174-40184.
13. Mehra, A.; Lee, K. H.; Hatzimanikatis, V. Biotechnol. Bioeng. 2003, 84, 822-833.
14. Hamdan, M.; Righetti, P. G. Mass Spectrom. Rev. 2002, 21, 287-302.
15. Lill, J. Mass Spectrom. Rev. 2003, 22, 182-194.
16. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gelber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-998.
17. Schmidt, F.; Donahoe, S.; Hagens, K.; Mattow, J.; Schaible, U. E.; Kaufmann, S. H. E.; Aebersold, R. Mol. Cell Proteomics 2004, 3, 24-42.
18. Silva, J. C.; Denny, R.; Dorschel, C. A.; Gorenstein, M.; Kass, I. J.; Li, G.; McKenna, T.; Nold, M. J.; Richardson, K.; Young, P.; Geromanos, S. Anal. Chem. 2005, 77, 2187-2200
19. Ducasse-Cabanot, S.; Cohen-Gonsaud, M.; Marrakchi, H.; Nguyen, M.; Zerbib, D.; Bernadou, J.; Daffe, M.; Labesse, G.; Quemard, A. Antimicrob. Agents Chemother. 2004, 48, 242-249.
20. Kremer, L.; Dover, L. G.; Morbidoni, H. R.; Vilcheze, C.; Maughan, W. N.; Baulard, A.; Tu, S.; Honore, N.; Deretic, V.; Sacchettini, J. C.; Locht, C.; Jacobs, W. R., Jr.; Besra, G. S. J. Biol. Chem. 2003, 275, 20547-20554.
21. Mdluli, K.; Slayden, R. A.; Zhu, Y.; Ramaswamy, S.; Pan, X.; Mead, D.; Crane, D. D.; Musser, J. M.; Barry, C. E., III Science 1998, 280, 1607-1610.
22. Marrakchi, H.; Laneelle, G.; Quemard, A. Microbioloby 2000, 146, 289-296.
23. Rawat, R.; Whitty, A.; Tonge, P. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13881-13886.
24. Slayden, R. A.; Barry, C. E., III Microbes Infect. 2000, 2, 659-669.
25. Waddell, S. J.; Stabler, R. A.; Laing, K.; Kremer, L.; Reynolds, R. C.; Besra, G. S. Tuberculosis 2004, 84, 263-274.
26. Wilson, M.; DeRisi, J.; Kristensen, H.; Imboden, P.; Rane, S.; Brown, P. O.; Schoolnik, G. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 12833-12838.
27. Garbe, T. R.; Hibler, N. S.; Deretic, V. Antimicrob. Agents Chemother. 1998, 40, 1754-1756.
28. Betts, J. C.; McLaren, A.; Lennon, M. G.; Kelly, F. M.; Lukey, P. T.; Blakemore, S. J.; Duncan, K. Antimicrob. Agents Chemother. 2003, 47, 2903-2913.
29. Alland, D.; Kramnik, I.; Weisbrod, T. R.; Otsubo, L.; Cerny, R.; Miller, L. P.; Jacobs, W. R., Jr.; Bloom, B. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 13227-13232.
30. Bateman, R. H.; Hoyes, J. B. United Kingdom Patent 2,364,168A, 2002.
31. Quackenbush, J. Nat. Genet. 2002, 32, 496-501.
32. Smith, R. D.; Anderson, G. A.; Lipton, M. S.; Pasa-Tolic, L.; Shen, Y.; Conrads, T. P.; Veenstra, T. D.; Udseth, H. R. Proteomics 2002, 2, 513-523.
33. Phetsuksiri, B.; Jackson, M.; Scherman, H.; McNeil, M.; Besra, G. S.; Baulard, A. R.; Slayden, R. A.; DeBarber, A. E.; Barry, C. E., III; Baird, M. S.; Crick, D. C.; Brennan, P. J. J. Biol. Chem. 2003, 278, 53123-53130.
34. Honor Zu Bentrup, K.; Miczak, A.; Swenson, D. L.; Russell, D. G. J. Bacteriol. 1999, 181, 7161-7167.
35. McKinney, J. D.; Bentrup, K. H. z.; Munoz-Elias, E. J.; Miczak, A.; Chen, B.; Chan, W.-T.; Swenson, D.; Sacchettini, J. C.; Jacobs, W. R., Jr.; Russell, D. G. Nature 2000, 406, 735-738.
36. Maharjan, R. P.; Yu, P.; Seeto, S.; Ferenci, T. Res. Microbiol. 2005, 156, 178-183.
37. Rodriguez, G. M.; Voskuil, M. I.; Gold, B.; Schoolnick, G. K.; Smith, I. Infect. Immun. 2002, 70, 3371-3381.
38. Zhang, Y.; Young, D. B. Trends Microbiol. 1993, 1, 109-113.
39. Timmins, G. S.; Master, S.; Rusnak, F.; Deretic, V. J. Bacteriol. 2004, 186, 5427-5431.
40. Dussurget, O.; Smith, I. Trends Microbiol. 1998, 6, 354-358.
41. Bardou, F.; Quemard, A.; Dupont, M.; Horn, C.; Marchal, G.; Daffe, M. Antimicrob. Agents Chemother. 1996, 40, 2459-2467.
42. Sassetti, C. M.; Boyd, D. H.; Rubin, E. Mol. Microbiol. 2003, 48, 77-84.
43. Cha, J.-H.; Stewart, G. C. J. Bacteriol. 1997, 179, 1671-1683.
44. Bergler, H.; Abraham, D.; Aschauer, H.; Turnowsky, F. Microbiology 1994, 140, 1937-1944.