Building a biological space based on protein sequence similarities and biological ontologies

Combinatorial Chemistry and High Throughput Screening

Volumn 11, Issue 8, 2008, Pages 653-660

  Kersey, Paul ^a   Lonsdale, David ^a   Mulder, Nicky J ^a   Petryszak, Robert ^a   Apweiler, Rolf ^a  

^a EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY   (Italy)

Author keywords

Clustering; CluSTr; Genomes; GO; InterPro; Metagenomes; Orthology; Paralagy

Indexed keywords

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; DATA BASE; DNA SEQUENCE; GENOMICS; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN DOMAIN; PROTEIN FUNCTION;

CONSENSUS SEQUENCE; DATABASES, PROTEIN; EVOLUTION, MOLECULAR; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; PROTEINS;

EID: 51349160679     PISSN: 13862073     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/138620708785739925     Document Type: Article

References (57)

1. Schulze-Kremer, S.; King, R.D. Protein Eng., 1992, 5, 377-90.
2. Smith, T. F.; Waterman, M.S. J. Mol. Biol., 1981, 147, 195-7.
3. Eddy, S. R. Bioinformatics, 1998, 14, 755-63.
4. Petryszak, R., Kersey, P. In In Silico Genomics and Proteomics: Functional Annotation of Genomes and Proteins., ed.; Mulder, N., Apweiler, A., 'Ed.l/vEds.' Nova Science Publishers, Inc.: New York, 2006.
5. Enright, A.I.; Kunin, V.; Ouzounis, C.A. Nucleic Acids Res., 2003, 31, 4632-8.
6. Kriventseva, E. V.; Servant, F.; Apweiler, R. Nucleic Acids Res., 2003, 31, 388-9.
7. Krause, A.; Stoye, I.; Vingron, M. BMC Bioinformatics, 2005, 6, 15.
8. Heger, A.; Holm, L. Bioinformatics, 2001, 17, 272-9.
9. Yona, G.; Linial, N.; Linial, M. Nucleic Acids Res., 2000, 28, 49-55.
10. Yooseph, S.; Sutton, G.; Rusch, D.B.; Halpern, A.L.; Williamson, S.I.; Remington, K.; Eisen, I.A.; Heidelberg, K.B.; Manning, G.; Li, W.; Jaroszewski, L.; Cieplak, P.; Miller, C.S.; Li, H; Mashiyama, S.T.; Joachimiak, M.P.; van Belle, C.; Chandonia, J.M.; Soergel, D.A.; Zhai, Y.; Natarajan, K; Lee, S.; Raphael, B.J.; Bafna, V.; Friedman, R.; Brenner, S.E.; Godzik, A.; Eisenberg, D.; Dixon, J.E.; Taylor, S.S.; Strausberg, R.L.; Frazier, M.; Venter, J.C. PLoS Biol., 2007, 5, e16.
11. Falquet, L.; Pagni, M.; Bucher, P.; Hulo, N.; Sigrist, C.I.; Hofmann, K.; Bairoch, A. Nucleic Acids Res., 2002, 30, 235-8.
12. Finn, R.D.; Tate, J.; Mistry, J.; Coggill, P.C.; Sammut, S.J.; Hotz, H.R.; Ceric, G.; Forslund, K.; Eddy, S.R.; Sonnhammer, E.L.; Bateman, A. Nucleic Acids Res., 2008, 36, D281-8.
13. Attwood, T.K.; Croning, M.D.; Flower, D.R.; Lewis, A.P.; Mabey, I.E.; Scordis, P.; Selley, J.N.; Wright, W. Nucleic Acids Res., 2000, 28, 225-7.
14. Letunic, I.; Copley, R.R.; Pils, B.; Pinkert, S.; Schultz, J.; Bork, P. Nucleic Acids Res., 2006, 34, D257-60.
15. Corpet, F.; Servant, F.; Gouzy, J.; Kahn, D. Nucleic Acids Res., 2000, 28, 267-9.
16. Mulder, N.; Apweiler, R. Methods Mol. Biol., 2007, 396, 59-70.
17. Selengut, J.D.; Haft, D.H.; Davidsen, T.; Ganapathy, A.; Gwinn-Giglio, M.; Nelson, W.C.; Richter, A.R.; White, O. Nucleic Acids Res., 2007, 35, D260-4.
18. Mi, H.; Guo, N.; Kejariwal, A.; Thomas, P.D. Nucleic Acids Res., 2007, 35, D247-52.
19. Gough, J.; Karplus, K.; Hughey, R.; Chothia, C. J. Mol. Biol., 2001, 313, 903-19.
20. Yeats, C.; Maibaum, M.; Marsden, R.; Dibley, M.; Lee, D.; Addou, S.; Orengo, C. A. Nucleic Acids Res., 2006, 34, D281-4.
21. Mulder, N.J.; Apweiler, R.; Attwood, T.K.; Bairoch, A.; Bateman, A.; Binns, D.; Bork, P.; Buillard, V.; Cerutti, L.; Copley, R.; Courcelle, E.; Das, U.; Daugherty, L.; Dibley, M.; Finn, R.; Fleischmann, W.; Gough, J.; Haft, D.; Hulo, N.; Hunter, S.; Kahn, D.; Kanapin, A.; Kejariwal, A.; Labarga, A.; Langendijk-Genevaux, P.S.; Lonsdale, D.; Lopez, R.; Letunic, I.; Madera, M.; Maslen, J.; McAnulla, C.; McDowall, J.; Mistry, J.; Mitchell, A.; Nikolskaya, A.N.; Orchard, S.; Orengo, C.; Petryszak, R.; Selengut, J.D.; Sigrist, C.J.; Thomas, P.D.; Valentin, F.; Wilson, D.; Wu, C.H.; Yeats, C. Nucleic Acids Res., 2007, 35, D224-8.
22. Andreeva, A.; Howorth, D.; Chandonia, J.M.; Brenner, S.E.; Hubbard, T.J.; Chothia, C.; Murzin, A.G. Nucleic Acids Res., 2008, 36, D419-25.
23. Greene, L.H.; Lewis, T.E.; Addou, S.; Cuff, A.; Dallman, T.; Dibley, M.; Redfern, O.; Pearl, F.; Nambudiry, R.; Reid, A.; Sillitoe, I.; Yeats, C.; Thornton, J. M.; Orengo, C.A. Nucleic Acids Res., 2007, 35, D291-7.
24. Todd, A. E.; Orengo, C. A.; Thornton, I. M. J. Mol. Biol., 2001, 307, 1113-43.
25. Sali, A.; Lima, C.D.; Kostic, M. Structure, 2007, 15, 1341.
26. Tatusov, R.L.; Fedorova, N.D.; Jackson, J.D.; Jacobs, A.R.; Kiryutin, B.; Koonin, E.V.; Krylov, D.M.; Mazumder, R.; Mekhedov, S.L.; Nikolskaya, A.N.; Rao, B.S.; Smirnov, S.; Sverdlov, A.V.; Vasudevan, S.; Wolf, Y.I.; Yin, J.J.; Natale, D.A. BMC Bioinformatics, 2003, 4, 41.
27. Suzek, B.E.; Huang, H.; McGarvey, P.; Mazumder, R.; Wu, C.H. Bioinformatics, 2007, 23, 1282-8.
28. Chen, F.; Mackey, A.J.; Stoeckert, C.J., Jr.; Roos, D.S. Nucleic Acids Res., 2006, 34, D363-8.
29. MacQueen J, B. In Some methods for classification of and Analysis of Multivariate observations, Proceedings of 5th Berkeley Symposium of Mathematical Statistics and Probability, Berkeley, 1967; University of California Press: Berkeley, 1967; pp. 281-297.
30. Hubbard, T.J.; Aken, B.L.; Beal, K.; Ballester, B.; Caccamo, M.; Chen, Y.; Clarke, L.; Coates, G.; Cunningham, F.; Cutts, T.; Down, T.; Dyer, S.C.; Fitzgerald, S.; Fernandez-Banet, J.; Graf, S.; Haider, S.; Hammond, M.; Herrero, J.; Holland, R.; Howe, K.; Johnson, N.; Kahari, A.; Keefe, D.; Kokocinski, F.; Kulesha, E.; Lawson, D.; Longden, I.; Melsopp, C.; Megy, K.; Meidl, P.; Ouverdin, B.; Parker, A.; Prlic, A.; Rice, S.; Rios, D.; Schuster, M.; Sealy, I.; Severin, J.; Slater, G.; Smedley, D.; Spudich, G.; Trevanion, S.; Vilella, A.; Vogel, J.; White, S.; Wood, M.; Cox, T.; Curwen, V.; Durbin, R.; Fernandez-Suarez, X. M.; Flicek, P.; Kasprzyk, A.; Proctor, G.; Searle, S.; Smith, J.; Ureta-Vidal, A.; Birney, E. Nucleic Acids Res., 2007, 35, D610-7.
31. Remm, M.; Storm, C.E.; Sonnhammer, E.L., J. Mol. Biol., 2001, 314, 1041-52.
32. Kersey, P.; Bower, L.; Morris, L.; Home, A.; Petryszak, R.; Kanz, C; Kanapin, A.; Das, U.; Michoud, K.; Phan, I.; Gattiker, A.; Kulikova, T.; Faruque, N.; Duggan, K.; McLaren, P.; Reimholz, B.; Duret, L.; Penel, S.; Reuter, I.; Apweiler, R. Nucleic Acids Res., 2005, 33, D297-302.
33. Larsen, T.S.; Krogh, A. BMC Bioinformatics, 2003, 4, 21.
34. Bateman, A.; Coin, L.; Durbin, R.; Finn, R.D.; Hollich, V.; Griffiths-Jones, S.; Khanna, A.; Marshall, M.; Moxon, S.; Sonnhammer, E.L.; Studholme, D.J.; Yeats, C.; Eddy, S.R., Nucleic Acids Res., 2004, 32, D138-41.
35. Wu, C.H.; Nikolskaya, A.; Huang, H.; Yeh, L.S.; Natale, D.A.; Vinayaka, C.R.; Hu, Z.Z.; Mazumder, R.; Kumar, S.; Kourtesis, P.; Ledley, R.S.; Suzek, B.E.; Arminski, L.; Chen, Y.; Zhang, J.; Cardenas, J.L.; Chung, S.; Castro-Alvear, J.; Dinkov, G.; Barker, W.C. Nucleic Acids Res., 2004, 32, D112-4.
36. Letunic, I.; Copley, R.R.; Schmidt, S.; Ciccarelli, F.D.; Doerks, T.; Schultz, J.; Ponting, C. P.; Bork, P. Nucleic Acids Res., 2004, 32, D142-4.
37. Wu, C.H.; Apweiler, R.; Bairoch, A.; Natale, D.A.; Barker, W.C.; Boeckmann, B.; Ferro, S.; Gasteiger, E.; Huang, H.; Lopez, R.; Magrane, M.; Martin, M.J.; Mazumder. R.; O'Donovan, C.; Redaschi, N.; Suzek, B. Nucleic Acids Res., 2006, 34, D187-91.
38. Harris, M.A.; Clark, J.; Ireland, A.; Lomax, J.; Ashburner, M.; Foulger, R.; Eilbeck, K.; Lewis, S.; Marshall, B.; Mungall, C.; Richter, J.; Rubin, G.M.; Blake, J. A.; Bult, C.; Dolan, M.; Drabkin, H.; Eppig, J.T.; Hill, D.P.; Ni, L.; Ringwald, M.; Balakrishnan, R.; Cherry, J.M.; Christie, K.R.; Costanzo, M.C.; Dwight, S.S.; Engel, S.; Fisk, D.G.; Hirschman, J.E.; Hong, E.L.; Nash, R.S.; Sethuraman, A.; Theesfeld, C.L.; Botstein, D.; Dolinski, K.; Feierbach, B.; Berardini, T.; Mundodi, S.; Rhee, S. Y.; Apweiler, R.; Barren, D.; Camon, E.; Dimmer, E.; Lee, V.; Chisholm, R.; Gaudet, P.; Kibbe, W.; Kishore, R.; Schwarz, E.M.; Sternberg, P.; Gwinn, M.; Hannick, L.; Wortman, J.; Berriman, M.; Wood, V.; de la Cruz, N.; Tonellato, P.; Jaiswal, P.; Seigfried, T.; White, R. Nucleic Acids Res., 2004, 32, D258-61.
39. Berman, H.; Henrick, K.; Nakamura, H. Nat. Struct. Biol., 2003, 10, 980.
40. Andreeva, A.; Howorth, D.; Brenner, S.E.; Hubbard, T.J.; Chothia, C.; Murzin, A. G. Nucleic Acids Res., 2004, 32, D226-9.
41. Pieper, U.; Eswar, N.; Davis, F.P.; Braberg, H.; Madhusudhan, M. S.; Rossi, A.; Marti-Renom, M.; Karchin, R.; Webb, B.M.; Eramian, D.; Shen, MY.; Kelly, L.; Melo, F.; Sali, A. Nucleic Acids Res., 2006, 34, D291-5.
42. Kopp, J.; Schwede, T. Nucleic Acids Res., 2006, 34, D315-8.
43. Jones, P.; Vinod, N.; Down, T.; Hackmann, A.; Kahari, A.; Kretschmann, E.; Quinn, A.; Wieser, D.; Hermjakob, H.; Apweiler, R. Bioinformatics., 2005, 21, 3198-9.
44. Prlic, A.; Down, T.A.; Hubbard, T.J. Bioinformatics, 2005, 21 Suppl 2,ii40-1.
45. Leinonen, R.; Diez, F.G.; Binns, D.; Fleischmann, W.; Lopez, R.; Apweiler, R. Bioinformatics, 2004, 20, 3236-7.
46. Pruitt, K.D.; Tatusova, T.; Maglott, D.R., Nucleic Acids Res., 2007, 35, D61-5.
47. Handelsman, J. Microbiol. Mol. Biol. Rev., 2004, 68, 669-85.
48. Tringe, S.G.; von Mering, C.; Kobayashi, A.; Salamov, A.A.; Chen, K.; Chang, H.W.; Podar, M.; Short, J.M.; Mathur, E.J.; Detter, J.C.; Bork, P.; Hugenholtz, P.; Rubin, E.M. Science, 2005, 308, 554-7.
49. Camon, E.; Barrell, D.; Lee, V.; Dimmer, E.; Apweiler, R. In Silico Biol., 2004, 4, 5-6.
50. Camon, E.B.; Barrell, D.G.; Dimmer, E.C.; Lee, V.; Magrane, M.; Maslen, J.; Binns, D.; Apweiler, R. BMC Bioinform., 2005, 6, (Suppl 1), S17.
51. Lee, V.; Camon, E.; Dimmer, E.; Barrell, D.; Apweiler, R., In Silico Biol., 2005, 5, 5-8.
52. Gilbert, W. Nature, 1986, 319, 618.
53. Erwin, T.L., In Biodiversity, H, ed.; Reaka-Kudla, M.L., D.E. Wilson, and E.O.Wilson, Eds. Joseph Henry Press,: Washington, D.C., 1997; pp. 27-40.
54. Woese, C. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1998, 95, 6854-9.
55. Ranea, J.A.; Sillero, A.; Thornton, J.M.; Orengo, C.A. J. Mol. Evol., 2006, 63, 513-25.
56. Chothia, C.; Lesk, A.M. EMBO J., 1986, 5, 823-6.
57. Koonin, E.V.; Wolf, Y.I.; Karev, G.P. Nature, 2002, 420, 218-23.